####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS091_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 30 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 56 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 72 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 108 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 65 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 104 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 92 110 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 59 108 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 31 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 9 106 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 69 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 32 106 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 32 106 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 97 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 106 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 23 95 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 33 69 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 16 25 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 49 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 62 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 49 104 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 29 106 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 33 85 120 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 23 41 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 80.74 91.85 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.67 0.76 0.84 0.88 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.03 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.614 0 0.058 0.058 0.776 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.721 0 0.068 0.179 1.525 81.818 74.747 1.525 LGA W 167 W 167 0.386 0 0.039 0.067 0.580 90.909 93.506 0.502 LGA I 168 I 168 0.946 0 0.096 1.584 4.272 78.182 56.136 4.272 LGA S 169 S 169 1.447 0 0.151 0.248 4.701 64.091 46.061 4.701 LGA G 170 G 170 1.128 0 0.151 0.151 1.128 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.907 0 0.084 1.291 4.311 82.273 66.591 0.855 LGA A 172 A 172 0.489 0 0.039 0.032 0.568 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.317 0 0.022 0.349 1.127 90.909 87.273 1.127 LGA Y 174 Y 174 0.569 0 0.010 0.196 1.197 81.818 79.242 1.184 LGA G 175 G 175 0.493 0 0.012 0.012 0.497 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.355 0 0.046 0.174 0.489 100.000 100.000 0.258 LGA Q 177 Q 177 0.468 0 0.040 0.106 0.855 100.000 93.939 0.498 LGA L 178 L 178 0.262 0 0.093 0.179 0.787 90.909 90.909 0.509 LGA N 179 N 179 1.100 0 0.240 0.690 4.742 66.818 42.045 4.742 LGA K 180 K 180 4.266 0 0.191 1.045 14.309 16.364 7.273 14.309 LGA K 181 K 181 1.227 0 0.265 1.298 9.421 73.636 36.364 9.421 LGA T 182 T 182 0.545 0 0.034 1.131 3.397 86.364 70.649 3.397 LGA S 183 S 183 0.783 0 0.181 0.184 0.932 86.364 84.848 0.586 LGA K 184 K 184 1.130 0 0.045 0.919 3.355 69.545 60.404 3.355 LGA L 185 L 185 0.542 0 0.080 0.120 0.648 86.364 86.364 0.566 LGA D 186 D 186 0.124 0 0.047 0.139 0.888 100.000 97.727 0.303 LGA P 187 P 187 0.441 0 0.079 0.395 1.419 86.818 87.273 0.757 LGA V 188 V 188 0.663 0 0.026 0.041 0.801 81.818 81.818 0.768 LGA E 189 E 189 0.861 0 0.000 0.132 1.594 77.727 72.929 1.594 LGA D 190 D 190 0.943 0 0.072 0.074 1.838 81.818 68.182 1.838 LGA E 191 E 191 0.601 0 0.033 0.102 1.154 90.909 84.040 0.970 LGA A 192 A 192 0.464 0 0.000 0.000 0.505 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.390 0 0.000 0.578 2.320 100.000 87.677 1.789 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.031 0.047 0.597 100.000 97.403 0.462 LGA V 195 V 195 0.183 0 0.000 0.035 0.213 100.000 100.000 0.116 LGA Q 196 Q 196 0.219 0 0.059 0.222 1.226 100.000 92.121 0.825 LGA L 197 L 197 0.230 0 0.011 0.068 0.736 100.000 93.182 0.623 LGA I 198 I 198 0.253 0 0.057 0.063 0.347 100.000 100.000 0.335 LGA F 199 F 199 0.178 0 0.044 0.077 0.331 100.000 100.000 0.231 LGA N 200 N 200 0.290 0 0.078 0.896 3.020 100.000 75.909 3.020 LGA I 201 I 201 0.188 0 0.032 0.045 0.331 100.000 100.000 0.242 LGA F 202 F 202 0.097 0 0.000 0.060 0.277 100.000 100.000 0.229 LGA L 203 L 203 0.144 0 0.000 0.085 0.399 100.000 100.000 0.362 LGA N 204 N 204 0.137 0 0.067 0.212 1.194 90.909 86.591 0.706 LGA G 205 G 205 0.540 0 0.072 0.072 0.714 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.630 0 0.000 0.000 1.078 77.727 86.591 0.477 LGA N 207 N 207 1.486 0 0.044 0.171 1.965 58.182 54.545 1.551 LGA G 208 G 208 1.689 0 0.000 0.000 1.853 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.695 0 0.044 0.732 2.084 54.545 62.020 2.084 LGA D 210 D 210 1.543 0 0.020 0.692 1.763 54.545 54.545 1.713 LGA Y 211 Y 211 1.733 0 0.100 0.425 1.777 54.545 54.545 1.406 LGA S 212 S 212 2.206 0 0.691 0.715 5.641 36.364 26.061 5.641 LGA Y 213 Y 213 3.013 0 0.167 1.492 14.910 36.364 12.273 14.910 LGA A 215 A 215 0.903 0 0.179 0.193 1.968 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.352 0 0.023 0.138 0.564 100.000 97.727 0.564 LGA A 217 A 217 0.152 0 0.026 0.037 0.260 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.392 0 0.040 0.099 1.120 100.000 91.212 1.120 LGA H 219 H 219 0.158 0 0.026 0.065 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA L 220 L 220 0.202 0 0.000 0.076 0.318 100.000 100.000 0.318 LGA T 221 T 221 0.277 0 0.000 0.000 0.449 100.000 100.000 0.290 LGA N 222 N 222 0.351 0 0.063 0.202 0.806 100.000 97.727 0.806 LGA L 223 L 223 0.492 0 0.044 0.044 0.657 95.455 90.909 0.558 LGA Q 224 Q 224 0.762 0 0.037 0.750 3.713 77.727 58.182 3.713 LGA I 225 I 225 0.791 0 0.057 0.101 0.840 81.818 84.091 0.377 LGA P 226 P 226 0.961 0 0.069 0.068 1.134 81.818 74.805 1.074 LGA T 227 T 227 0.272 0 0.034 0.149 0.679 95.455 94.805 0.437 LGA P 228 P 228 0.560 0 0.069 0.084 0.855 95.455 92.208 0.855 LGA S 229 S 229 0.348 0 0.078 0.102 1.108 100.000 91.212 1.108 LGA G 230 G 230 0.691 0 0.056 0.056 1.214 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 1.049 0 0.105 0.638 3.210 65.909 62.222 3.210 LGA K 232 K 232 1.132 0 0.337 0.836 4.087 61.818 47.677 4.087 LGA R 233 R 233 0.690 0 0.035 1.421 8.665 81.818 44.959 8.665 LGA W 234 W 234 0.401 0 0.049 0.075 0.589 95.455 98.701 0.240 LGA N 235 N 235 0.581 0 0.020 0.850 2.135 86.364 76.591 2.135 LGA Q 236 Q 236 0.518 0 0.030 0.831 3.585 86.364 71.111 1.606 LGA Y 237 Y 237 0.509 0 0.061 0.417 1.293 86.364 79.242 1.068 LGA T 238 T 238 0.445 0 0.049 0.244 0.637 100.000 94.805 0.637 LGA I 239 I 239 0.224 0 0.048 0.094 0.353 100.000 100.000 0.232 LGA K 240 K 240 0.503 0 0.064 0.644 4.454 95.455 70.505 4.454 LGA A 241 A 241 0.584 0 0.000 0.014 0.779 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.419 0 0.036 0.032 0.793 100.000 90.909 0.793 LGA L 243 L 243 0.176 0 0.105 0.118 0.886 95.455 97.727 0.298 LGA Q 244 Q 244 0.093 0 0.000 0.300 1.441 100.000 90.303 1.417 LGA N 245 N 245 0.165 0 0.000 0.034 0.447 100.000 100.000 0.262 LGA E 246 E 246 0.250 0 0.023 0.373 0.998 100.000 95.960 0.887 LGA V 247 V 247 0.161 0 0.000 0.071 0.387 100.000 100.000 0.362 LGA Y 248 Y 248 0.244 0 0.013 0.159 1.425 100.000 89.697 1.425 LGA I 249 I 249 0.345 0 0.000 0.034 0.396 100.000 100.000 0.369 LGA G 250 G 250 0.260 0 0.032 0.032 0.334 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.168 0 0.077 0.081 0.300 100.000 100.000 0.203 LGA V 252 V 252 0.250 0 0.062 0.127 0.612 100.000 97.403 0.612 LGA K 253 K 253 0.786 0 0.056 0.118 0.994 81.818 81.818 0.994 LGA Y 254 Y 254 0.754 0 0.065 0.383 2.992 81.818 64.394 2.992 LGA K 255 K 255 0.755 0 0.112 0.295 1.609 77.727 78.586 1.609 LGA V 256 V 256 0.846 0 0.116 0.130 1.113 77.727 77.143 1.113 LGA R 257 R 257 1.217 0 0.082 1.112 6.275 65.455 42.975 3.319 LGA E 258 E 258 1.171 0 0.087 1.070 5.275 58.182 41.818 5.275 LGA K 259 K 259 1.845 0 0.018 0.126 3.676 50.909 33.939 3.676 LGA T 260 T 260 1.142 0 0.010 0.080 1.764 58.182 68.312 0.874 LGA K 261 K 261 2.205 0 0.045 0.908 7.973 38.636 23.232 7.973 LGA D 262 D 262 1.848 0 0.063 0.086 1.925 50.909 58.409 0.971 LGA G 263 G 263 2.203 0 0.198 0.198 3.193 36.364 36.364 - LGA K 264 K 264 1.882 0 0.084 0.616 2.680 50.909 42.828 2.680 LGA R 265 R 265 1.706 0 0.246 1.036 3.848 47.727 43.967 3.848 LGA T 266 T 266 1.188 0 0.064 0.179 1.344 65.455 72.727 1.033 LGA I 267 I 267 1.040 0 0.008 0.075 1.148 69.545 69.545 1.148 LGA R 268 R 268 0.739 0 0.018 1.104 2.827 81.818 65.785 2.827 LGA P 269 P 269 0.643 0 0.000 0.010 0.643 86.364 84.416 0.601 LGA E 270 E 270 0.538 0 0.014 0.844 3.232 90.909 70.505 2.276 LGA K 271 K 271 0.617 0 0.107 0.617 4.455 81.818 52.727 4.018 LGA E 272 E 272 0.409 0 0.105 0.107 1.704 95.455 78.990 1.704 LGA Q 273 Q 273 0.128 0 0.047 0.078 0.812 100.000 93.939 0.812 LGA I 274 I 274 0.161 0 0.050 0.090 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA V 275 V 275 0.236 0 0.024 0.040 0.402 100.000 100.000 0.242 LGA V 276 V 276 0.186 0 0.000 0.035 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA Q 277 Q 277 0.326 0 0.036 0.608 2.192 100.000 80.404 2.187 LGA D 278 D 278 0.082 0 0.032 0.518 1.424 100.000 91.364 1.424 LGA A 279 A 279 0.146 0 0.028 0.045 0.220 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.205 0 0.037 0.322 0.792 100.000 92.727 0.792 LGA A 281 A 281 0.277 0 0.000 0.000 0.321 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.363 0 0.023 0.025 0.492 100.000 100.000 0.472 LGA I 283 I 283 0.425 0 0.037 0.052 0.563 95.455 97.727 0.380 LGA I 284 I 284 0.316 0 0.000 0.032 0.349 100.000 100.000 0.171 LGA D 285 D 285 0.479 0 0.042 0.703 2.186 100.000 85.455 2.186 LGA K 286 K 286 0.465 0 0.026 0.252 1.173 95.455 90.101 1.173 LGA E 287 E 287 0.641 0 0.031 0.481 1.969 86.364 76.768 1.969 LGA Q 288 Q 288 0.373 0 0.000 0.131 1.010 100.000 88.283 1.010 LGA F 289 F 289 0.459 0 0.067 0.093 0.770 95.455 88.430 0.718 LGA Q 290 Q 290 0.489 0 0.019 0.892 3.500 100.000 75.960 3.500 LGA Q 291 Q 291 0.335 0 0.021 0.211 0.676 100.000 97.980 0.676 LGA S 292 S 292 0.283 0 0.026 0.040 0.364 100.000 100.000 0.364 LGA Q 293 Q 293 0.527 0 0.037 0.131 1.162 86.364 78.384 1.081 LGA V 294 V 294 0.532 0 0.043 0.046 0.694 90.909 92.208 0.417 LGA K 295 K 295 0.479 0 0.083 0.252 1.195 86.818 86.061 0.587 LGA I 296 I 296 0.737 0 0.044 0.065 1.309 73.636 77.955 0.557 LGA A 297 A 297 1.201 0 0.083 0.107 1.846 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.181 0 0.056 0.483 2.314 59.091 68.409 0.531 LGA K 299 K 299 2.751 0 0.443 0.701 13.079 49.091 22.424 13.079 LGA V 300 V 300 3.344 0 0.076 0.087 6.834 23.182 13.247 6.834 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.988 0.968 1.931 84.552 78.645 63.453 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.074 97.323 12.409 LGA_LOCAL RMSD: 0.988 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.046127 * X + -0.984083 * Y + 0.171621 * Z + 157.098221 Y_new = 0.582864 * X + 0.113012 * Y + 0.804673 * Z + 149.897949 Z_new = -0.811260 * X + 0.137149 * Y + 0.568373 * Z + 144.109375 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.649770 0.946303 0.236775 [DEG: 94.5249 54.2192 13.5662 ] ZXZ: 2.931460 0.966269 -1.403323 [DEG: 167.9603 55.3631 -80.4045 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS091_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.323 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS091_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.185 186.910 153.764 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 152.385 187.569 154.794 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 150.876 187.447 154.550 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 150.133 188.345 154.939 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 150.410 186.407 153.843 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 148.978 186.103 153.701 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 148.680 185.433 152.341 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 148.804 186.391 151.132 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.572 185.669 149.784 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.531 186.622 148.566 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.510 185.896 147.261 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 148.505 185.275 154.912 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 149.180 184.346 155.351 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 147.365 185.653 155.482 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 146.751 185.021 156.649 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 145.885 186.044 157.385 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 145.226 185.504 158.616 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 144.027 184.877 158.669 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 143.770 184.459 159.962 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 144.819 184.776 160.803 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 145.062 184.556 162.163 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 146.265 185.017 162.724 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 147.208 185.691 161.933 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 146.964 185.895 160.563 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 145.764 185.448 159.969 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 145.912 183.810 156.224 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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