####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS091_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 40 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 22 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 57 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 76 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 25 106 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 56 72 95 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 56 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 14 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 26 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 26 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 103 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 4 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 19 75 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 30 85 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 0 6 26 39 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 45 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 70 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 31 108 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 22 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 30 85 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 39 63 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 81.48 90.37 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.63 0.73 0.83 0.87 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.787 0 0.080 0.080 0.970 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.861 0 0.062 0.172 1.582 77.727 72.929 1.582 LGA W 167 W 167 0.459 0 0.036 0.072 0.746 86.364 94.805 0.336 LGA I 168 I 168 1.025 0 0.062 1.594 4.476 65.909 51.591 4.476 LGA S 169 S 169 1.638 0 0.160 0.265 4.845 59.091 42.727 4.845 LGA G 170 G 170 0.771 0 0.159 0.159 1.218 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.810 0 0.040 1.320 4.460 90.909 70.909 1.087 LGA A 172 A 172 0.441 0 0.037 0.039 0.578 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.340 0 0.000 0.350 1.142 90.909 84.675 1.142 LGA Y 174 Y 174 0.425 0 0.032 0.249 1.122 90.909 85.152 1.098 LGA G 175 G 175 0.359 0 0.042 0.042 0.360 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.365 0 0.014 0.149 0.457 100.000 100.000 0.285 LGA Q 177 Q 177 0.397 0 0.036 0.102 0.739 100.000 93.939 0.479 LGA L 178 L 178 0.174 0 0.082 0.125 0.735 95.455 97.727 0.390 LGA N 179 N 179 1.102 0 0.218 0.763 4.905 66.818 40.682 4.905 LGA K 180 K 180 4.181 0 0.062 0.994 14.317 16.364 7.273 14.317 LGA K 181 K 181 1.164 0 0.309 1.295 9.350 73.636 37.576 9.350 LGA T 182 T 182 0.507 0 0.038 1.148 3.327 86.364 70.649 3.327 LGA S 183 S 183 0.748 0 0.145 0.139 0.934 86.364 84.848 0.601 LGA K 184 K 184 1.052 0 0.065 0.924 3.327 69.545 63.838 3.327 LGA L 185 L 185 0.512 0 0.095 0.111 0.667 86.364 90.909 0.433 LGA D 186 D 186 0.136 0 0.053 0.127 0.777 100.000 97.727 0.459 LGA P 187 P 187 0.370 0 0.063 0.392 1.309 86.818 87.273 0.687 LGA V 188 V 188 0.594 0 0.000 0.048 0.744 86.364 84.416 0.714 LGA E 189 E 189 0.809 0 0.000 0.131 1.534 81.818 74.747 1.534 LGA D 190 D 190 0.885 0 0.075 0.076 1.708 86.364 72.273 1.708 LGA E 191 E 191 0.544 0 0.026 0.082 0.935 90.909 85.859 0.840 LGA A 192 A 192 0.450 0 0.000 0.000 0.499 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.344 0 0.000 0.571 2.259 100.000 87.677 1.726 LGA V 194 V 194 0.324 0 0.026 0.027 0.423 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.157 0 0.000 0.031 0.173 100.000 100.000 0.112 LGA Q 196 Q 196 0.203 0 0.063 0.219 1.138 100.000 92.121 0.688 LGA L 197 L 197 0.205 0 0.024 0.088 0.680 100.000 93.182 0.585 LGA I 198 I 198 0.220 0 0.077 0.075 0.322 100.000 100.000 0.311 LGA F 199 F 199 0.158 0 0.042 0.077 0.335 100.000 100.000 0.224 LGA N 200 N 200 0.252 0 0.077 0.894 3.036 100.000 75.909 3.036 LGA I 201 I 201 0.137 0 0.032 0.051 0.302 100.000 100.000 0.250 LGA F 202 F 202 0.116 0 0.000 0.128 0.311 100.000 100.000 0.040 LGA L 203 L 203 0.156 0 0.000 0.083 0.375 100.000 100.000 0.313 LGA N 204 N 204 0.093 0 0.067 0.185 1.152 95.455 88.864 0.700 LGA G 205 G 205 0.486 0 0.080 0.080 0.707 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.617 0 0.000 0.006 1.053 77.727 86.591 0.419 LGA N 207 N 207 1.456 0 0.048 0.157 1.963 58.182 58.182 1.497 LGA G 208 G 208 1.693 0 0.000 0.000 1.861 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.710 0 0.051 0.684 1.916 54.545 63.434 1.790 LGA D 210 D 210 1.557 0 0.027 0.706 1.684 54.545 54.545 1.610 LGA Y 211 Y 211 1.899 0 0.104 0.462 1.989 50.909 53.333 1.483 LGA S 212 S 212 2.194 0 0.688 0.777 5.880 34.545 24.848 5.880 LGA Y 213 Y 213 2.983 0 0.164 1.607 14.875 41.818 14.091 14.875 LGA A 215 A 215 1.056 0 0.168 0.181 2.078 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.346 0 0.010 0.153 0.440 100.000 100.000 0.440 LGA A 217 A 217 0.113 0 0.016 0.036 0.289 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.465 0 0.050 0.052 0.981 100.000 93.939 0.981 LGA H 219 H 219 0.160 0 0.015 0.065 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA L 220 L 220 0.217 0 0.029 0.065 0.300 100.000 100.000 0.182 LGA T 221 T 221 0.311 0 0.000 0.012 0.428 100.000 100.000 0.332 LGA N 222 N 222 0.369 0 0.064 0.179 0.823 100.000 95.455 0.823 LGA L 223 L 223 0.515 0 0.043 0.041 0.637 86.364 84.091 0.567 LGA Q 224 Q 224 0.779 0 0.032 0.757 3.879 77.727 58.182 3.879 LGA I 225 I 225 0.857 0 0.047 0.101 0.918 81.818 84.091 0.416 LGA P 226 P 226 1.021 0 0.081 0.086 1.166 73.636 70.130 1.124 LGA T 227 T 227 0.295 0 0.029 0.177 0.931 95.455 89.610 0.509 LGA P 228 P 228 0.780 0 0.080 0.092 1.021 86.364 82.078 0.952 LGA S 229 S 229 0.530 0 0.098 0.163 1.319 86.364 82.121 1.319 LGA G 230 G 230 0.650 0 0.000 0.000 0.806 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.707 0 0.116 0.726 3.062 70.000 69.495 3.062 LGA K 232 K 232 1.005 0 0.316 0.835 4.069 61.818 51.313 4.069 LGA R 233 R 233 0.513 0 0.062 1.452 8.773 90.909 48.264 8.773 LGA W 234 W 234 0.213 0 0.046 0.100 0.478 100.000 100.000 0.250 LGA N 235 N 235 0.557 0 0.013 0.805 1.759 86.364 78.636 1.759 LGA Q 236 Q 236 0.371 0 0.051 0.589 2.902 100.000 80.202 1.394 LGA Y 237 Y 237 0.433 0 0.058 0.432 1.335 95.455 88.333 1.305 LGA T 238 T 238 0.381 0 0.040 0.131 0.709 100.000 97.403 0.709 LGA I 239 I 239 0.189 0 0.045 0.077 0.307 100.000 100.000 0.307 LGA K 240 K 240 0.408 0 0.065 0.631 4.106 100.000 75.758 4.106 LGA A 241 A 241 0.464 0 0.000 0.000 0.644 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.318 0 0.028 0.024 0.834 100.000 90.909 0.834 LGA L 243 L 243 0.193 0 0.091 0.107 0.824 95.455 97.727 0.282 LGA Q 244 Q 244 0.197 0 0.015 0.260 1.371 100.000 90.303 1.326 LGA N 245 N 245 0.393 0 0.006 0.088 0.553 100.000 97.727 0.426 LGA E 246 E 246 0.321 0 0.000 0.380 0.897 100.000 95.960 0.848 LGA V 247 V 247 0.147 0 0.000 0.041 0.382 100.000 100.000 0.250 LGA Y 248 Y 248 0.284 0 0.000 0.146 1.431 100.000 88.182 1.431 LGA I 249 I 249 0.384 0 0.000 0.025 0.480 100.000 100.000 0.437 LGA G 250 G 250 0.273 0 0.032 0.032 0.358 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.174 0 0.082 0.079 0.317 100.000 100.000 0.237 LGA V 252 V 252 0.176 0 0.094 0.155 0.553 95.455 97.403 0.395 LGA K 253 K 253 0.700 0 0.040 0.089 0.821 81.818 81.818 0.760 LGA Y 254 Y 254 0.804 0 0.082 0.350 2.289 81.818 67.727 2.289 LGA K 255 K 255 0.836 0 0.129 0.377 1.688 82.273 76.768 1.688 LGA V 256 V 256 0.633 0 0.152 0.169 0.882 81.818 81.818 0.882 LGA R 257 R 257 1.081 0 0.094 1.193 7.221 65.455 41.488 4.205 LGA E 258 E 258 1.116 0 0.122 1.049 5.460 59.091 40.606 5.460 LGA K 259 K 259 1.923 0 0.062 0.095 4.227 50.909 31.717 4.227 LGA T 260 T 260 1.217 0 0.015 0.078 1.860 58.182 68.312 0.956 LGA K 261 K 261 2.223 0 0.039 0.910 8.114 38.636 23.232 8.114 LGA D 262 D 262 1.863 0 0.032 0.048 1.928 50.909 58.409 0.940 LGA G 263 G 263 2.242 0 0.153 0.153 3.020 36.364 36.364 - LGA K 264 K 264 1.861 0 0.077 0.614 2.546 50.909 46.869 2.546 LGA R 265 R 265 1.808 0 0.247 1.082 4.171 47.727 43.471 4.171 LGA T 266 T 266 1.211 0 0.053 0.204 1.400 65.455 70.130 1.088 LGA I 267 I 267 0.984 0 0.010 0.060 1.253 73.636 71.591 1.253 LGA R 268 R 268 0.540 0 0.021 1.142 2.576 81.818 68.926 2.576 LGA P 269 P 269 0.493 0 0.000 0.021 0.493 100.000 100.000 0.481 LGA E 270 E 270 0.494 0 0.000 0.849 3.074 100.000 74.545 2.302 LGA K 271 K 271 0.560 0 0.097 0.626 4.384 81.818 54.545 3.943 LGA E 272 E 272 0.429 0 0.136 0.144 1.936 95.455 75.758 1.936 LGA Q 273 Q 273 0.173 0 0.040 0.078 0.875 100.000 93.939 0.793 LGA I 274 I 274 0.234 0 0.063 0.084 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA V 275 V 275 0.204 0 0.021 0.033 0.310 100.000 100.000 0.155 LGA V 276 V 276 0.147 0 0.000 0.032 0.324 100.000 100.000 0.324 LGA Q 277 Q 277 0.314 0 0.036 0.584 2.174 100.000 81.818 2.174 LGA D 278 D 278 0.087 0 0.021 0.501 1.347 100.000 91.364 1.347 LGA A 279 A 279 0.137 0 0.020 0.042 0.201 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.201 0 0.038 0.267 0.739 100.000 92.727 0.739 LGA A 281 A 281 0.223 0 0.000 0.000 0.294 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.296 0 0.025 0.034 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA I 283 I 283 0.393 0 0.027 0.047 0.547 95.455 97.727 0.365 LGA I 284 I 284 0.311 0 0.000 0.011 0.361 100.000 100.000 0.186 LGA D 285 D 285 0.498 0 0.041 0.692 2.064 100.000 85.455 2.064 LGA K 286 K 286 0.494 0 0.032 0.252 1.185 90.909 86.061 1.185 LGA E 287 E 287 0.658 0 0.026 0.507 1.911 81.818 74.747 1.911 LGA Q 288 Q 288 0.420 0 0.000 0.131 1.023 95.455 88.081 0.999 LGA F 289 F 289 0.503 0 0.069 0.080 0.739 86.364 83.471 0.709 LGA Q 290 Q 290 0.529 0 0.020 0.895 3.510 81.818 67.071 3.510 LGA Q 291 Q 291 0.378 0 0.027 0.221 0.638 100.000 97.980 0.638 LGA S 292 S 292 0.312 0 0.032 0.037 0.378 100.000 100.000 0.371 LGA Q 293 Q 293 0.556 0 0.032 0.148 1.247 86.364 78.384 1.170 LGA V 294 V 294 0.580 0 0.045 0.046 0.749 81.818 84.416 0.475 LGA K 295 K 295 0.516 0 0.102 0.251 1.310 82.273 84.040 0.571 LGA I 296 I 296 0.715 0 0.074 0.080 1.365 73.636 82.273 0.480 LGA A 297 A 297 1.196 0 0.051 0.076 1.667 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.149 0 0.048 0.511 2.286 59.091 66.364 0.663 LGA K 299 K 299 2.707 0 0.457 0.705 12.833 49.091 22.424 12.833 LGA V 300 V 300 3.534 0 0.087 0.081 6.989 17.727 10.130 6.989 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.985 0.966 1.934 84.583 78.996 64.828 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.074 97.219 12.445 LGA_LOCAL RMSD: 0.985 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.985 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.985 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.048207 * X + -0.983870 * Y + 0.172267 * Z + 157.074738 Y_new = 0.583439 * X + 0.112250 * Y + 0.804362 * Z + 149.909256 Z_new = -0.810725 * X + 0.139283 * Y + 0.568617 * Z + 144.051590 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.653235 0.945389 0.240221 [DEG: 94.7234 54.1668 13.7636 ] ZXZ: 2.930614 0.965972 -1.400656 [DEG: 167.9118 55.3461 -80.2517 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS091_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.219 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS091_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.037 186.865 153.741 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 152.220 187.530 154.756 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 150.716 187.450 154.458 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 149.988 188.390 154.771 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 150.239 186.393 153.789 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 148.801 186.096 153.662 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 148.515 185.379 152.323 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 148.700 186.266 151.066 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.449 185.485 149.754 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.377 186.383 148.495 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.465 185.609 147.219 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 148.344 185.285 154.898 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 149.048 184.370 155.322 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 147.221 185.638 155.520 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 146.709 184.969 156.722 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 145.836 185.933 157.530 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 145.257 185.343 158.784 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 144.091 184.659 158.876 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 143.908 184.216 160.171 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 144.956 184.582 160.983 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 145.241 184.359 162.336 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 146.442 184.857 162.870 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 147.335 185.572 162.052 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 147.040 185.785 160.692 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 145.842 185.299 160.122 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 145.941 183.692 156.358 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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