####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS091_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 50 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 30 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 62 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 40 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 48 122 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 19 108 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 68 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 38 107 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 30 49 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 69 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 26 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 10 108 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 59 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 68 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 63 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 54 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 64 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 42 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 16 88 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 16 95 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 9 89 123 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 28 96 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 80.74 91.85 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.68 0.78 0.83 0.87 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.11 1.03 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.816 0 0.059 0.059 0.922 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.852 0 0.019 0.158 1.789 86.364 73.333 1.789 LGA W 167 W 167 0.516 0 0.047 0.110 1.130 77.727 87.143 0.626 LGA I 168 I 168 1.175 0 0.061 0.299 1.802 65.909 63.864 1.170 LGA S 169 S 169 1.737 0 0.000 0.462 4.474 58.182 44.242 4.474 LGA G 170 G 170 1.272 0 0.355 0.355 1.766 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.827 0 0.000 1.296 4.047 90.909 72.727 0.733 LGA A 172 A 172 0.443 0 0.044 0.043 0.559 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.282 0 0.000 0.359 1.056 90.909 89.870 1.056 LGA Y 174 Y 174 0.505 0 0.013 0.191 1.262 81.818 79.242 1.262 LGA G 175 G 175 0.444 0 0.036 0.036 0.444 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.282 0 0.046 0.149 0.486 100.000 100.000 0.335 LGA Q 177 Q 177 0.442 0 0.029 0.088 0.722 100.000 93.939 0.472 LGA L 178 L 178 0.294 0 0.083 0.130 0.716 90.909 90.909 0.671 LGA N 179 N 179 1.022 0 0.203 0.734 4.863 66.818 40.682 4.863 LGA K 180 K 180 4.189 0 0.240 1.012 13.952 13.182 5.859 13.952 LGA K 181 K 181 1.054 0 0.333 1.013 7.633 82.273 42.626 7.633 LGA T 182 T 182 0.492 0 0.032 1.149 3.407 86.818 70.909 3.407 LGA S 183 S 183 1.079 0 0.147 0.161 1.305 69.545 70.909 0.904 LGA K 184 K 184 1.209 0 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0.059 0.890 2.227 100.000 83.864 1.540 LGA I 201 I 201 0.184 0 0.030 0.037 0.343 100.000 100.000 0.031 LGA F 202 F 202 0.182 0 0.000 0.051 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA L 203 L 203 0.397 0 0.000 0.060 0.621 100.000 95.455 0.578 LGA N 204 N 204 0.170 0 0.055 0.139 1.205 95.455 88.864 0.887 LGA G 205 G 205 0.380 0 0.076 0.076 0.706 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.449 0 0.000 0.000 0.713 90.909 90.909 0.535 LGA N 207 N 207 1.093 0 0.050 0.126 1.487 69.545 67.500 1.199 LGA G 208 G 208 1.200 0 0.000 0.000 1.469 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.310 0 0.062 0.846 3.073 65.455 58.586 3.072 LGA D 210 D 210 1.245 0 0.100 0.881 2.744 69.545 60.909 2.744 LGA Y 211 Y 211 1.711 0 0.045 0.429 1.752 54.545 54.545 1.452 LGA S 212 S 212 1.761 0 0.677 0.751 5.186 42.727 31.515 5.186 LGA Y 213 Y 213 3.209 0 0.130 1.620 14.881 33.636 11.364 14.881 LGA A 215 A 215 0.962 0 0.242 0.258 2.275 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.557 0 0.035 0.129 0.733 90.909 86.364 0.733 LGA A 217 A 217 0.211 0 0.035 0.044 0.419 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.478 0 0.075 0.139 1.382 100.000 91.212 1.382 LGA H 219 H 219 0.284 0 0.048 0.073 0.422 100.000 100.000 0.392 LGA L 220 L 220 0.268 0 0.026 0.099 0.441 100.000 100.000 0.201 LGA T 221 T 221 0.377 0 0.032 0.028 0.641 95.455 97.403 0.277 LGA N 222 N 222 0.528 0 0.034 0.062 0.882 86.364 86.364 0.882 LGA L 223 L 223 0.613 0 0.047 0.046 0.838 86.364 84.091 0.787 LGA Q 224 Q 224 0.805 0 0.055 0.723 3.777 77.727 58.990 3.419 LGA I 225 I 225 0.762 0 0.058 0.090 0.762 81.818 84.091 0.400 LGA P 226 P 226 0.856 0 0.080 0.088 1.069 81.818 79.481 0.989 LGA T 227 T 227 0.207 0 0.036 0.171 0.539 95.455 97.403 0.324 LGA P 228 P 228 0.845 0 0.080 0.093 0.926 81.818 84.416 0.907 LGA S 229 S 229 0.995 0 0.104 0.122 1.282 81.818 76.364 1.146 LGA G 230 G 230 0.898 0 0.040 0.040 0.898 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.544 0 0.064 0.603 2.243 73.636 77.374 2.243 LGA K 232 K 232 0.909 0 0.295 0.805 2.765 65.909 58.990 2.765 LGA R 233 R 233 0.711 0 0.032 1.311 7.556 86.364 47.438 7.556 LGA W 234 W 234 0.312 0 0.044 0.062 0.428 100.000 100.000 0.310 LGA N 235 N 235 0.457 0 0.024 0.702 1.666 95.455 82.727 1.666 LGA Q 236 Q 236 0.468 0 0.039 1.018 4.435 95.455 65.455 3.719 LGA Y 237 Y 237 0.773 0 0.042 1.675 10.767 86.364 36.667 10.767 LGA T 238 T 238 0.661 0 0.009 0.190 0.805 81.818 81.818 0.646 LGA I 239 I 239 0.353 0 0.043 0.076 0.502 95.455 97.727 0.209 LGA K 240 K 240 0.554 0 0.084 0.577 3.824 86.364 68.283 3.824 LGA A 241 A 241 0.598 0 0.000 0.000 0.800 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.455 0 0.045 0.048 0.779 95.455 88.636 0.779 LGA L 243 L 243 0.176 0 0.082 0.121 0.738 95.455 97.727 0.240 LGA Q 244 Q 244 0.071 0 0.000 0.258 1.221 100.000 90.303 1.122 LGA N 245 N 245 0.201 0 0.000 0.050 0.725 100.000 93.182 0.633 LGA E 246 E 246 0.350 0 0.012 0.254 0.804 100.000 95.960 0.641 LGA V 247 V 247 0.289 0 0.000 0.062 0.417 100.000 100.000 0.322 LGA Y 248 Y 248 0.383 0 0.051 0.103 1.127 95.455 85.000 1.127 LGA I 249 I 249 0.481 0 0.018 0.044 0.557 100.000 97.727 0.498 LGA G 250 G 250 0.309 0 0.033 0.033 0.421 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.209 0 0.057 0.064 0.376 100.000 100.000 0.365 LGA V 252 V 252 0.225 0 0.071 0.150 0.494 100.000 100.000 0.430 LGA K 253 K 253 0.586 0 0.055 0.121 0.790 81.818 81.818 0.656 LGA Y 254 Y 254 0.501 0 0.043 0.318 2.489 90.909 74.697 2.489 LGA K 255 K 255 0.716 0 0.033 0.349 1.374 81.818 82.020 1.374 LGA V 256 V 256 0.753 0 0.130 0.145 0.903 81.818 81.818 0.857 LGA R 257 R 257 1.110 0 0.011 1.227 6.202 65.455 45.455 3.186 LGA E 258 E 258 1.158 0 0.085 1.010 4.726 61.818 43.636 4.726 LGA K 259 K 259 1.753 0 0.015 0.144 5.262 54.545 33.333 5.262 LGA T 260 T 260 1.358 0 0.006 0.118 1.909 58.182 61.299 1.182 LGA K 261 K 261 2.446 0 0.014 0.977 8.715 32.727 19.596 8.715 LGA D 262 D 262 2.115 0 0.138 0.254 2.192 41.364 49.773 1.455 LGA G 263 G 263 2.024 0 0.169 0.169 2.503 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.331 0 0.043 0.314 1.424 65.455 69.293 0.084 LGA R 265 R 265 1.479 0 0.188 0.993 3.400 61.818 52.066 3.400 LGA T 266 T 266 1.149 0 0.029 0.190 1.304 65.455 67.792 1.117 LGA I 267 I 267 0.903 0 0.009 0.096 0.998 81.818 81.818 0.926 LGA R 268 R 268 0.776 0 0.000 1.024 3.258 81.818 68.760 3.258 LGA P 269 P 269 0.506 0 0.017 0.057 0.559 90.909 94.805 0.406 LGA E 270 E 270 0.343 0 0.098 0.977 4.524 100.000 71.111 3.804 LGA K 271 K 271 0.582 0 0.128 0.730 5.061 86.364 56.162 5.061 LGA E 272 E 272 0.477 0 0.108 0.382 3.470 90.909 63.232 3.470 LGA Q 273 Q 273 0.393 0 0.036 0.052 0.697 100.000 91.919 0.697 LGA I 274 I 274 0.391 0 0.059 0.108 0.584 100.000 97.727 0.584 LGA V 275 V 275 0.131 0 0.021 0.022 0.188 100.000 100.000 0.110 LGA V 276 V 276 0.252 0 0.000 0.034 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA Q 277 Q 277 0.268 0 0.034 0.585 2.340 100.000 80.808 2.184 LGA D 278 D 278 0.145 0 0.018 0.443 1.316 100.000 93.409 1.316 LGA A 279 A 279 0.234 0 0.016 0.037 0.269 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.216 0 0.042 0.281 0.830 100.000 92.727 0.830 LGA A 281 A 281 0.293 0 0.000 0.000 0.387 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.335 0 0.000 0.025 0.528 100.000 97.403 0.528 LGA I 283 I 283 0.533 0 0.027 0.082 0.730 86.364 88.636 0.472 LGA I 284 I 284 0.548 0 0.031 0.048 0.639 86.364 90.909 0.464 LGA D 285 D 285 1.024 0 0.096 1.005 3.288 77.727 65.682 1.111 LGA K 286 K 286 0.919 0 0.037 0.270 1.066 81.818 78.182 1.066 LGA E 287 E 287 0.891 0 0.024 0.609 1.903 81.818 71.313 1.592 LGA Q 288 Q 288 0.449 0 0.000 0.482 1.664 95.455 78.990 1.352 LGA F 289 F 289 0.531 0 0.081 0.130 0.907 81.818 81.818 0.896 LGA Q 290 Q 290 0.688 0 0.029 1.112 3.397 81.818 69.293 3.397 LGA Q 291 Q 291 0.462 0 0.000 0.441 1.639 95.455 88.485 1.639 LGA S 292 S 292 0.356 0 0.033 0.037 0.419 100.000 100.000 0.403 LGA Q 293 Q 293 0.729 0 0.026 0.066 0.918 81.818 81.818 0.748 LGA V 294 V 294 0.766 0 0.083 0.081 0.964 81.818 81.818 0.578 LGA K 295 K 295 0.562 0 0.027 0.177 0.981 81.818 83.838 0.591 LGA I 296 I 296 0.956 0 0.051 0.063 1.531 70.000 76.136 0.655 LGA A 297 A 297 1.495 0 0.035 0.060 2.016 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.517 0 0.081 0.205 2.214 48.182 62.955 0.718 LGA K 299 K 299 3.749 0 0.331 0.946 15.067 35.000 15.556 15.067 LGA V 300 V 300 2.333 0 0.061 0.063 5.465 44.545 26.234 5.465 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.996 0.959 2.018 83.805 77.745 63.254 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.259 97.375 12.320 LGA_LOCAL RMSD: 0.996 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.996 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.996 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.352286 * X + 0.223539 * Y + -0.908804 * Z + 153.495834 Y_new = -0.095749 * X + 0.957352 * Y + 0.272596 * Z + 152.573303 Z_new = 0.930982 * X + 0.183049 * Y + -0.315858 * Z + 145.883789 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.876210 -1.197093 2.616361 [DEG: -164.7947 -68.5884 149.9064 ] ZXZ: -1.862208 1.892157 1.376654 [DEG: -106.6966 108.4126 78.8764 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS091_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.375 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS091_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.946 186.845 153.650 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 152.200 187.549 154.693 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 150.681 187.486 154.486 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 149.975 188.411 154.884 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 150.166 186.456 153.804 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 148.736 186.128 153.837 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 148.336 185.354 152.559 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 148.443 186.204 151.267 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.135 185.433 149.961 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.076 186.383 148.740 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.192 185.683 147.427 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 148.434 185.397 155.164 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 149.303 184.741 155.735 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 147.223 185.544 155.690 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 146.777 184.978 156.965 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 145.959 186.030 157.716 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 145.413 185.536 159.017 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 144.227 184.903 159.173 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 144.113 184.460 160.476 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 145.220 184.786 161.223 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 145.584 184.528 162.549 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 146.815 185.012 163.026 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 147.663 185.741 162.172 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 147.296 185.970 160.830 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 146.065 185.500 160.323 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 145.970 183.692 156.733 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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