####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS091_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.98 1.05 LCS_AVERAGE: 98.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 63 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 57 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 39 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 11 83 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 16 97 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 57 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 48 103 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 41 65 118 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 57 106 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 67 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 57 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 14 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 69 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 66 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 66 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 59 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 20 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 22 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 4 9 59 120 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 3 3 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.39 ( 98.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 107 121 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 79.26 89.63 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.54 0.67 0.80 0.87 0.93 0.99 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.06 1.06 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.624 0 0.072 0.072 0.748 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.733 0 0.049 0.156 1.466 81.818 76.364 1.466 LGA W 167 W 167 0.495 0 0.084 0.123 0.624 86.364 90.909 0.515 LGA I 168 I 168 1.222 0 0.049 0.772 3.076 65.909 52.727 3.076 LGA S 169 S 169 1.560 0 0.236 0.296 3.079 58.182 48.182 3.079 LGA G 170 G 170 1.406 0 0.136 0.136 1.406 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.936 0 0.076 1.296 4.406 82.273 66.591 0.916 LGA A 172 A 172 0.432 0 0.052 0.061 0.594 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.378 0 0.000 0.196 0.803 90.909 89.610 0.803 LGA Y 174 Y 174 0.429 0 0.027 0.201 0.965 95.455 92.424 0.965 LGA G 175 G 175 0.418 0 0.019 0.019 0.418 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.267 0 0.044 0.136 0.404 100.000 100.000 0.184 LGA Q 177 Q 177 0.457 0 0.011 1.096 4.668 100.000 73.333 0.865 LGA L 178 L 178 0.273 0 0.066 0.105 0.693 95.455 93.182 0.693 LGA N 179 N 179 1.105 0 0.203 0.714 4.884 66.818 39.773 4.884 LGA K 180 K 180 4.065 0 0.130 1.048 14.197 19.091 8.485 14.197 LGA K 181 K 181 1.210 0 0.365 0.982 7.605 77.727 39.596 7.605 LGA T 182 T 182 0.678 0 0.037 1.136 3.453 86.364 70.649 3.453 LGA S 183 S 183 0.772 0 0.143 0.151 1.003 82.273 85.152 0.498 LGA K 184 K 184 1.097 0 0.054 0.913 3.342 69.545 60.404 3.342 LGA L 185 L 185 0.559 0 0.096 0.134 0.732 86.364 84.091 0.562 LGA D 186 D 186 0.106 0 0.046 0.151 0.934 100.000 97.727 0.316 LGA P 187 P 187 0.490 0 0.117 0.412 1.629 83.182 85.195 0.682 LGA V 188 V 188 0.557 0 0.053 0.047 0.646 81.818 84.416 0.610 LGA E 189 E 189 0.790 0 0.014 0.131 1.487 81.818 76.364 1.487 LGA D 190 D 190 0.803 0 0.064 0.085 1.592 86.364 74.091 1.592 LGA E 191 E 191 0.451 0 0.043 0.094 0.797 95.455 89.899 0.727 LGA A 192 A 192 0.349 0 0.000 0.000 0.423 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.254 0 0.000 0.586 2.129 100.000 87.677 1.615 LGA V 194 V 194 0.210 0 0.024 0.026 0.347 100.000 100.000 0.272 LGA V 195 V 195 0.076 0 0.000 0.032 0.166 100.000 100.000 0.166 LGA Q 196 Q 196 0.142 0 0.040 0.241 1.188 100.000 92.121 0.539 LGA L 197 L 197 0.219 0 0.000 0.060 0.638 100.000 95.455 0.565 LGA I 198 I 198 0.141 0 0.071 0.075 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA F 199 F 199 0.184 0 0.047 0.075 0.305 100.000 100.000 0.192 LGA N 200 N 200 0.227 0 0.049 0.787 1.761 100.000 87.727 1.548 LGA I 201 I 201 0.142 0 0.031 0.051 0.209 100.000 100.000 0.209 LGA F 202 F 202 0.109 0 0.034 0.067 0.309 100.000 100.000 0.309 LGA L 203 L 203 0.339 0 0.000 0.035 0.517 95.455 97.727 0.462 LGA N 204 N 204 0.324 0 0.079 0.107 1.233 95.455 86.818 1.056 LGA G 205 G 205 0.489 0 0.086 0.086 0.694 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.626 0 0.000 0.032 1.041 77.727 84.318 0.402 LGA N 207 N 207 1.450 0 0.065 0.242 2.062 55.000 52.955 1.612 LGA G 208 G 208 1.539 0 0.041 0.041 2.122 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.629 0 0.063 0.739 3.014 54.545 51.313 3.014 LGA D 210 D 210 1.498 0 0.020 0.729 1.918 65.455 60.000 1.884 LGA Y 211 Y 211 1.594 0 0.073 0.423 1.865 50.909 56.970 1.502 LGA S 212 S 212 2.600 0 0.693 0.833 6.787 33.636 22.727 6.787 LGA Y 213 Y 213 2.868 0 0.185 1.449 14.905 42.273 14.242 14.905 LGA A 215 A 215 0.882 0 0.144 0.154 1.785 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.309 0 0.033 0.175 0.580 100.000 95.455 0.562 LGA A 217 A 217 0.138 0 0.018 0.035 0.272 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.394 0 0.043 0.063 1.055 100.000 91.212 1.055 LGA H 219 H 219 0.139 0 0.019 0.089 0.519 100.000 98.182 0.519 LGA L 220 L 220 0.240 0 0.016 0.097 0.356 100.000 100.000 0.335 LGA T 221 T 221 0.367 0 0.000 0.000 0.590 95.455 94.805 0.359 LGA N 222 N 222 0.494 0 0.059 0.190 0.864 90.909 90.909 0.864 LGA L 223 L 223 0.629 0 0.037 0.040 0.775 81.818 81.818 0.648 LGA Q 224 Q 224 0.838 0 0.045 0.756 3.689 77.727 58.990 3.689 LGA I 225 I 225 0.800 0 0.064 0.092 0.844 81.818 84.091 0.388 LGA P 226 P 226 0.966 0 0.082 0.085 1.142 77.727 72.468 1.066 LGA T 227 T 227 0.184 0 0.038 0.135 0.665 95.455 94.805 0.286 LGA P 228 P 228 0.732 0 0.069 0.089 0.887 86.364 87.013 0.876 LGA S 229 S 229 0.665 0 0.117 0.125 1.078 86.364 79.394 1.078 LGA G 230 G 230 0.627 0 0.062 0.062 0.957 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.803 0 0.092 0.641 2.654 78.182 74.141 2.654 LGA K 232 K 232 1.103 0 0.334 0.852 4.154 61.818 47.677 4.154 LGA R 233 R 233 0.696 0 0.042 1.378 8.211 81.818 45.289 8.211 LGA W 234 W 234 0.380 0 0.033 0.073 0.485 100.000 100.000 0.214 LGA N 235 N 235 0.698 0 0.032 0.640 1.834 86.364 80.227 1.834 LGA Q 236 Q 236 0.629 0 0.042 1.066 4.202 86.364 64.646 3.680 LGA Y 237 Y 237 0.395 0 0.062 1.724 10.282 100.000 43.939 10.282 LGA T 238 T 238 0.231 0 0.017 0.227 0.545 100.000 97.403 0.451 LGA I 239 I 239 0.074 0 0.033 0.067 0.216 100.000 100.000 0.198 LGA K 240 K 240 0.260 0 0.067 0.624 4.344 100.000 74.545 4.344 LGA A 241 A 241 0.309 0 0.000 0.025 0.447 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.436 0 0.037 0.036 0.743 95.455 88.636 0.743 LGA L 243 L 243 0.294 0 0.086 0.097 0.870 95.455 97.727 0.264 LGA Q 244 Q 244 0.244 0 0.000 0.256 1.455 100.000 88.485 1.351 LGA N 245 N 245 0.316 0 0.000 0.048 0.884 100.000 93.182 0.679 LGA E 246 E 246 0.505 0 0.000 0.377 1.198 90.909 84.040 0.771 LGA V 247 V 247 0.454 0 0.000 0.059 0.591 100.000 97.403 0.212 LGA Y 248 Y 248 0.345 0 0.000 0.148 1.261 100.000 89.545 1.261 LGA I 249 I 249 0.418 0 0.000 0.037 0.466 100.000 100.000 0.466 LGA G 250 G 250 0.362 0 0.054 0.054 0.417 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.264 0 0.079 0.073 0.370 100.000 100.000 0.295 LGA V 252 V 252 0.306 0 0.044 0.150 0.728 100.000 97.403 0.728 LGA K 253 K 253 0.647 0 0.052 0.144 0.952 81.818 81.818 0.726 LGA Y 254 Y 254 0.625 0 0.043 0.397 3.151 81.818 65.303 3.151 LGA K 255 K 255 0.756 0 0.052 0.298 1.598 77.727 78.586 1.598 LGA V 256 V 256 1.009 0 0.105 0.142 1.379 69.545 67.792 1.379 LGA R 257 R 257 1.431 0 0.035 1.103 6.390 65.455 39.339 3.408 LGA E 258 E 258 1.375 0 0.071 1.092 5.108 55.000 40.404 5.108 LGA K 259 K 259 2.255 0 0.013 0.126 5.699 47.727 27.071 5.699 LGA T 260 T 260 1.414 0 0.016 0.097 2.245 51.364 59.740 1.178 LGA K 261 K 261 2.388 0 0.046 0.982 8.447 33.636 21.010 8.447 LGA D 262 D 262 2.007 0 0.144 0.229 2.097 38.182 52.045 0.913 LGA G 263 G 263 2.787 0 0.177 0.177 3.634 25.909 25.909 - LGA K 264 K 264 2.383 0 0.076 0.233 2.851 38.182 37.172 1.598 LGA R 265 R 265 2.051 0 0.180 0.894 3.362 41.364 40.165 3.362 LGA T 266 T 266 1.640 0 0.017 0.204 1.789 50.909 55.065 1.577 LGA I 267 I 267 1.342 0 0.000 0.067 1.707 65.455 61.818 1.707 LGA R 268 R 268 0.795 0 0.000 1.034 3.086 77.727 65.950 3.086 LGA P 269 P 269 0.716 0 0.000 0.023 0.716 86.364 84.416 0.636 LGA E 270 E 270 0.759 0 0.024 0.925 2.840 86.364 67.273 1.659 LGA K 271 K 271 0.643 0 0.086 0.601 4.441 81.818 53.333 3.813 LGA E 272 E 272 0.366 0 0.101 0.124 1.950 95.455 75.758 1.950 LGA Q 273 Q 273 0.273 0 0.013 0.062 1.356 100.000 86.465 1.267 LGA I 274 I 274 0.282 0 0.061 0.100 0.646 100.000 97.727 0.646 LGA V 275 V 275 0.229 0 0.030 0.029 0.336 100.000 100.000 0.336 LGA V 276 V 276 0.170 0 0.000 0.044 0.348 100.000 100.000 0.348 LGA Q 277 Q 277 0.302 0 0.030 0.591 2.366 100.000 83.838 1.736 LGA D 278 D 278 0.274 0 0.017 0.137 1.091 100.000 91.136 1.091 LGA A 279 A 279 0.225 0 0.019 0.038 0.293 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.093 0 0.037 0.248 0.897 100.000 92.727 0.897 LGA A 281 A 281 0.229 0 0.000 0.006 0.356 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.424 0 0.012 0.021 0.513 95.455 94.805 0.513 LGA I 283 I 283 0.486 0 0.018 0.042 0.616 90.909 93.182 0.465 LGA I 284 I 284 0.468 0 0.011 0.055 0.479 100.000 100.000 0.330 LGA D 285 D 285 0.715 0 0.043 0.332 1.776 81.818 73.864 1.776 LGA K 286 K 286 0.681 0 0.031 0.225 1.022 81.818 80.000 1.022 LGA E 287 E 287 0.681 0 0.028 0.443 1.737 86.364 75.152 1.737 LGA Q 288 Q 288 0.506 0 0.000 0.637 2.194 90.909 75.556 1.339 LGA F 289 F 289 0.316 0 0.068 0.109 0.836 100.000 90.083 0.836 LGA Q 290 Q 290 0.356 0 0.038 0.445 2.128 100.000 91.111 0.372 LGA Q 291 Q 291 0.270 0 0.000 0.154 0.701 100.000 93.939 0.562 LGA S 292 S 292 0.384 0 0.054 0.621 1.740 100.000 88.788 1.740 LGA Q 293 Q 293 0.376 0 0.049 0.088 0.586 95.455 95.960 0.491 LGA V 294 V 294 0.352 0 0.058 0.076 0.808 90.909 94.805 0.315 LGA K 295 K 295 0.572 0 0.038 0.239 1.011 82.273 82.020 0.663 LGA I 296 I 296 0.830 0 0.053 0.052 1.483 73.636 80.227 0.427 LGA A 297 A 297 1.184 0 0.008 0.054 1.662 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.569 0 0.034 0.213 2.932 45.455 55.682 1.197 LGA K 299 K 299 4.034 0 0.297 0.969 14.083 27.273 12.121 14.083 LGA V 300 V 300 2.012 0 0.132 0.156 4.857 45.000 27.792 4.524 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.048 1.019 2.023 83.444 77.348 63.361 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.05 93.519 96.897 11.765 LGA_LOCAL RMSD: 1.048 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.048 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.048 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.761850 * X + -0.309497 * Y + -0.569031 * Z + 162.438202 Y_new = 0.630292 * X + 0.556798 * Y + 0.541026 * Z + 158.920685 Z_new = 0.149389 * X + -0.770836 * Y + 0.619270 * Z + 145.349609 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.691177 -0.149950 -0.894001 [DEG: 39.6015 -8.5915 -51.2225 ] ZXZ: -2.330971 0.902983 2.950164 [DEG: -133.5548 51.7371 169.0320 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS091_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS091_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.05 96.897 1.05 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS091_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.146 186.865 153.656 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 152.399 187.525 154.729 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 150.878 187.436 154.546 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 150.165 188.361 154.932 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 150.371 186.385 153.890 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 148.935 186.080 153.824 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 148.589 185.394 152.480 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 148.758 186.304 151.232 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.524 185.559 149.892 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.421 186.497 148.663 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.539 185.788 147.350 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 148.527 185.272 155.079 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 149.268 184.411 155.550 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 147.368 185.586 155.657 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 146.800 184.899 156.829 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 145.884 185.851 157.598 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 145.332 185.283 158.871 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 144.195 184.552 159.004 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 144.056 184.145 160.320 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 145.092 184.604 161.099 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 145.396 184.456 162.455 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 146.585 185.021 162.947 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 147.439 185.736 162.090 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 147.119 185.884 160.727 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 145.935 185.322 160.199 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 146.023 183.649 156.400 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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