####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS079_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 32 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 18 56 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 95 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 49 90 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 35 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 94 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 53 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 13 86 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 22 80 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 83 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 89 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 71 119 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 32 106 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 26 95 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 29 102 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 96 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 39 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 45 121 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 46.67 77.04 90.37 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.57 0.74 0.87 0.93 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.28 1.08 1.02 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.846 0 0.044 0.044 0.955 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.756 0 0.020 0.177 2.499 86.364 70.303 2.499 LGA W 167 W 167 0.493 0 0.072 0.135 1.095 82.273 80.909 0.942 LGA I 168 I 168 1.039 0 0.079 1.588 4.675 70.455 53.409 4.675 LGA S 169 S 169 2.216 0 0.488 0.485 4.914 55.000 38.788 4.914 LGA G 170 G 170 0.725 0 0.129 0.129 1.052 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.730 0 0.000 1.300 4.913 81.818 62.500 1.715 LGA A 172 A 172 0.822 0 0.032 0.026 0.914 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.380 0 0.035 0.078 0.944 95.455 89.610 0.944 LGA Y 174 Y 174 0.267 0 0.000 0.166 0.868 100.000 90.909 0.868 LGA G 175 G 175 0.343 0 0.064 0.064 0.411 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.551 0 0.019 0.136 0.742 86.364 89.394 0.597 LGA Q 177 Q 177 0.883 0 0.056 0.527 1.801 81.818 76.566 1.173 LGA L 178 L 178 0.864 0 0.035 0.078 1.159 81.818 79.773 1.159 LGA N 179 N 179 1.068 0 0.162 0.737 4.628 73.636 44.091 4.628 LGA K 180 K 180 3.204 0 0.306 0.973 12.886 29.545 13.131 12.886 LGA K 181 K 181 1.807 0 0.348 0.969 8.589 65.909 31.111 8.589 LGA T 182 T 182 0.728 0 0.042 1.134 3.426 77.727 65.714 3.426 LGA S 183 S 183 1.292 0 0.189 0.168 1.629 69.545 63.333 1.629 LGA K 184 K 184 0.997 0 0.054 0.776 2.253 73.636 69.697 2.253 LGA L 185 L 185 0.648 0 0.041 0.046 0.767 81.818 86.364 0.398 LGA D 186 D 186 0.472 0 0.078 0.089 0.840 86.364 93.182 0.320 LGA P 187 P 187 0.617 0 0.000 0.080 1.521 74.545 77.662 0.734 LGA V 188 V 188 1.032 0 0.039 0.034 1.216 73.636 70.130 1.216 LGA E 189 E 189 1.006 0 0.054 0.521 2.473 73.636 71.515 2.473 LGA D 190 D 190 0.919 0 0.025 0.100 1.183 81.818 73.636 1.183 LGA E 191 E 191 0.738 0 0.055 0.115 1.305 86.364 80.202 1.305 LGA A 192 A 192 0.373 0 0.026 0.036 0.517 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.386 0 0.051 0.668 3.149 100.000 75.758 3.149 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.032 0.052 0.457 100.000 100.000 0.449 LGA V 195 V 195 0.159 0 0.000 0.035 0.366 100.000 100.000 0.236 LGA Q 196 Q 196 0.285 0 0.039 0.269 1.470 100.000 88.485 1.470 LGA L 197 L 197 0.201 0 0.032 0.056 0.376 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.277 0 0.073 0.113 0.446 100.000 100.000 0.275 LGA F 199 F 199 0.263 0 0.043 0.079 0.404 100.000 100.000 0.170 LGA N 200 N 200 0.382 0 0.056 0.784 2.445 100.000 90.000 2.445 LGA I 201 I 201 0.195 0 0.029 0.079 0.315 100.000 100.000 0.306 LGA F 202 F 202 0.344 0 0.000 0.094 0.751 95.455 90.083 0.751 LGA L 203 L 203 0.541 0 0.022 0.121 1.197 90.909 84.318 0.892 LGA N 204 N 204 0.320 0 0.049 0.071 0.836 95.455 90.909 0.822 LGA G 205 G 205 0.560 0 0.039 0.039 0.560 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.713 0 0.032 0.989 3.032 73.636 64.318 1.513 LGA N 207 N 207 1.442 0 0.076 0.221 1.689 58.182 60.000 1.474 LGA G 208 G 208 1.713 0 0.000 0.000 2.042 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.689 0 0.065 0.130 2.099 54.545 49.697 2.066 LGA D 210 D 210 1.486 0 0.063 0.431 1.494 65.455 65.455 1.111 LGA Y 211 Y 211 1.923 0 0.076 0.414 2.245 50.909 48.788 1.692 LGA S 212 S 212 2.105 0 0.701 0.782 5.679 34.545 24.848 5.679 LGA Y 213 Y 213 3.019 0 0.127 1.635 14.876 36.364 12.273 14.876 LGA A 215 A 215 1.000 0 0.168 0.176 2.054 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.328 0 0.025 0.175 0.546 100.000 97.727 0.351 LGA A 217 A 217 0.279 0 0.000 0.040 0.356 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.450 0 0.044 0.074 1.149 100.000 91.212 1.149 LGA H 219 H 219 0.270 0 0.044 0.071 0.541 100.000 96.364 0.541 LGA L 220 L 220 0.374 0 0.024 0.126 0.515 100.000 97.727 0.515 LGA T 221 T 221 0.134 0 0.000 0.032 0.304 100.000 100.000 0.183 LGA N 222 N 222 0.277 0 0.038 0.090 0.510 95.455 97.727 0.326 LGA L 223 L 223 0.600 0 0.033 0.068 1.128 81.818 79.773 0.982 LGA Q 224 Q 224 0.504 0 0.081 0.830 4.250 95.455 67.475 4.250 LGA I 225 I 225 0.529 0 0.062 0.114 0.529 90.909 95.455 0.298 LGA P 226 P 226 0.601 0 0.077 0.086 0.908 90.909 87.013 0.908 LGA T 227 T 227 0.124 0 0.051 0.168 0.511 100.000 97.403 0.198 LGA P 228 P 228 0.887 0 0.058 0.073 0.961 81.818 81.818 0.878 LGA S 229 S 229 0.853 0 0.062 0.086 0.991 81.818 81.818 0.965 LGA G 230 G 230 0.627 0 0.016 0.016 0.627 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.398 0 0.089 0.707 3.011 86.818 76.970 3.011 LGA K 232 K 232 0.502 0 0.131 0.895 3.698 90.909 67.071 3.698 LGA R 233 R 233 0.408 0 0.051 1.391 8.200 95.455 50.248 8.200 LGA W 234 W 234 0.245 0 0.057 0.075 0.391 100.000 100.000 0.145 LGA N 235 N 235 0.712 0 0.110 0.933 3.017 86.364 68.182 1.860 LGA Q 236 Q 236 0.478 0 0.052 0.834 3.328 95.455 78.990 0.813 LGA Y 237 Y 237 0.916 0 0.030 0.381 2.621 77.727 62.727 2.621 LGA T 238 T 238 0.599 0 0.000 0.244 0.815 81.818 81.818 0.815 LGA I 239 I 239 0.498 0 0.029 0.081 0.545 90.909 95.455 0.201 LGA K 240 K 240 0.868 0 0.060 0.668 5.162 81.818 57.778 5.162 LGA A 241 A 241 0.868 0 0.040 0.045 1.059 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.308 0 0.012 0.069 0.899 100.000 93.182 0.899 LGA L 243 L 243 0.317 0 0.044 0.135 0.508 95.455 97.727 0.396 LGA Q 244 Q 244 0.451 0 0.000 0.264 1.157 90.909 88.081 1.157 LGA N 245 N 245 0.691 0 0.051 0.091 0.779 81.818 81.818 0.709 LGA E 246 E 246 0.615 0 0.030 0.764 2.054 81.818 73.535 1.764 LGA V 247 V 247 0.379 0 0.021 0.104 0.466 100.000 100.000 0.291 LGA Y 248 Y 248 0.430 0 0.039 0.163 1.172 95.455 91.061 1.172 LGA I 249 I 249 0.542 0 0.070 0.116 0.968 90.909 86.364 0.968 LGA G 250 G 250 0.518 0 0.043 0.043 0.650 90.909 90.909 - LGA T 251 T 251 0.629 0 0.082 0.101 0.841 81.818 81.818 0.758 LGA V 252 V 252 0.548 0 0.027 0.112 0.821 81.818 87.013 0.542 LGA K 253 K 253 0.654 0 0.010 0.217 0.893 81.818 87.879 0.098 LGA Y 254 Y 254 0.842 0 0.067 0.324 2.752 77.727 63.030 2.752 LGA K 255 K 255 0.727 0 0.057 0.960 6.422 77.727 49.899 6.422 LGA V 256 V 256 0.979 0 0.076 0.088 1.112 81.818 77.143 1.112 LGA R 257 R 257 0.737 0 0.030 1.091 4.465 81.818 58.182 4.129 LGA E 258 E 258 0.888 0 0.112 0.883 4.584 70.000 50.909 4.584 LGA K 259 K 259 0.625 0 0.000 0.167 1.123 81.818 78.182 1.123 LGA T 260 T 260 0.982 0 0.024 0.084 1.432 73.636 70.130 1.432 LGA K 261 K 261 1.149 0 0.033 0.738 5.382 65.455 47.677 5.382 LGA D 262 D 262 1.773 0 0.070 0.932 3.090 47.727 40.682 3.090 LGA G 263 G 263 1.069 0 0.073 0.073 1.252 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.265 0 0.000 0.527 2.736 61.818 61.414 2.736 LGA R 265 R 265 1.079 0 0.071 1.005 2.958 65.455 59.835 2.463 LGA T 266 T 266 1.386 0 0.051 0.123 1.707 61.818 63.377 1.250 LGA I 267 I 267 1.307 0 0.008 0.084 1.955 61.818 56.364 1.955 LGA R 268 R 268 1.207 0 0.022 1.023 2.944 65.455 58.182 2.944 LGA P 269 P 269 1.668 0 0.012 0.047 1.903 54.545 52.987 1.903 LGA E 270 E 270 1.544 0 0.007 0.865 4.365 54.545 39.394 3.571 LGA K 271 K 271 1.561 0 0.077 0.753 4.995 54.545 37.576 4.995 LGA E 272 E 272 1.285 0 0.183 0.138 2.593 65.455 51.919 2.593 LGA Q 273 Q 273 1.270 0 0.038 0.076 1.537 65.455 63.838 1.387 LGA I 274 I 274 0.893 0 0.069 0.069 1.055 77.727 75.682 1.055 LGA V 275 V 275 0.548 0 0.032 0.066 0.739 90.909 87.013 0.618 LGA V 276 V 276 0.519 0 0.000 0.028 0.602 90.909 87.013 0.541 LGA Q 277 Q 277 0.456 0 0.046 0.682 3.449 95.455 71.919 3.449 LGA D 278 D 278 0.314 0 0.096 0.184 0.802 100.000 97.727 0.802 LGA A 279 A 279 0.472 0 0.035 0.066 0.543 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.272 0 0.037 0.176 0.499 100.000 100.000 0.363 LGA A 281 A 281 0.352 0 0.000 0.000 0.550 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.442 0 0.000 0.051 0.865 90.909 87.013 0.865 LGA I 283 I 283 0.427 0 0.046 0.092 0.747 95.455 93.182 0.747 LGA I 284 I 284 0.476 0 0.000 0.031 0.626 90.909 95.455 0.363 LGA D 285 D 285 0.862 0 0.050 1.107 4.297 81.818 60.909 1.644 LGA K 286 K 286 0.917 0 0.021 0.233 1.342 81.818 76.364 1.342 LGA E 287 E 287 1.026 0 0.026 0.328 1.231 73.636 70.909 1.231 LGA Q 288 Q 288 0.673 0 0.000 0.220 1.123 81.818 78.182 1.075 LGA F 289 F 289 0.702 0 0.042 0.139 1.038 81.818 80.331 0.963 LGA Q 290 Q 290 1.071 0 0.050 1.170 2.876 73.636 65.051 2.876 LGA Q 291 Q 291 0.872 0 0.010 0.177 1.284 81.818 76.364 1.284 LGA S 292 S 292 0.703 0 0.073 0.691 2.704 81.818 72.727 2.704 LGA Q 293 Q 293 0.964 0 0.027 0.227 1.339 73.636 72.727 1.304 LGA V 294 V 294 1.184 0 0.029 0.065 1.272 65.455 65.455 1.272 LGA K 295 K 295 0.708 0 0.050 0.145 0.951 81.818 81.818 0.914 LGA I 296 I 296 0.972 0 0.029 0.099 1.333 73.636 75.682 0.896 LGA A 297 A 297 1.427 0 0.075 0.087 1.963 58.182 59.636 - LGA N 298 N 298 0.903 0 0.088 0.571 2.184 59.091 73.409 1.717 LGA K 299 K 299 3.264 0 0.430 0.853 13.899 43.182 19.192 13.899 LGA V 300 V 300 1.908 0 0.113 0.127 4.430 54.545 34.286 4.430 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.999 0.960 1.924 81.121 74.832 58.365 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.519 97.118 12.288 LGA_LOCAL RMSD: 0.999 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.129905 * X + 0.451479 * Y + -0.882775 * Z + 155.239639 Y_new = -0.987138 * X + -0.142558 * Y + 0.072354 * Z + 150.295929 Z_new = -0.093180 * X + 0.880820 * Y + 0.464191 * Z + 139.327240 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.701642 0.093315 1.085783 [DEG: -97.4969 5.3466 62.2108 ] ZXZ: -1.652575 1.088075 -0.105396 [DEG: -94.6856 62.3421 -6.0387 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS079_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.118 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS079_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.773 186.912 153.535 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.190 187.720 154.595 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.681 187.585 154.687 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 150.028 188.341 155.407 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.147 186.655 153.938 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.712 186.395 154.028 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.369 185.640 155.308 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.232 185.605 152.809 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 149.195 184.890 155.833 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.398 186.342 151.489 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 147.849 185.531 150.322 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 147.995 186.276 149.002 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.472 185.478 147.854 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.144 185.972 155.829 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.703 185.274 157.032 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.954 183.994 156.676 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 145.812 186.181 157.884 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 144.829 184.044 156.176 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.412 185.581 159.199 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.245 184.928 159.486 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.179 185.583 160.407 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.415 184.912 161.388 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.438 186.086 160.755 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.241 184.523 160.801 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.107 185.235 163.010 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.870 184.732 162.696 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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