####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS079_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 125 170 - 295 1.00 1.10 LCS_AVERAGE: 91.71 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 121 135 135 42 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 121 135 135 56 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 121 135 135 65 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 121 135 135 23 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 121 135 135 3 11 59 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 125 135 135 38 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 125 135 135 3 3 3 106 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 125 135 135 4 85 117 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 125 135 135 63 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 125 135 135 16 86 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 125 135 135 31 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 125 135 135 63 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 125 135 135 56 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 125 135 135 68 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 125 135 135 57 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 125 135 135 57 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 125 135 135 33 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 125 135 135 26 95 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 125 135 135 7 95 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 125 135 135 23 98 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 125 135 135 9 88 113 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 125 135 135 3 33 59 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 125 135 135 3 6 14 57 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 125 135 135 27 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 125 135 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135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 125 135 135 68 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 125 135 135 66 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 125 135 135 66 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 117 135 135 44 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 18 89 110 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 32 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 69 135 135 3 19 35 107 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 65 135 135 3 3 82 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 97.24 ( 91.71 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 73.33 89.63 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.52 0.82 0.91 0.99 1.05 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 GDT RMS_ALL_AT 1.37 1.26 1.10 1.10 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.037 0 0.027 0.027 1.152 73.636 73.636 - LGA K 166 K 166 0.993 0 0.025 0.169 2.693 81.818 63.838 2.693 LGA W 167 W 167 0.723 0 0.070 0.154 1.286 77.727 78.442 0.921 LGA I 168 I 168 1.286 0 0.053 1.555 4.693 59.091 45.909 4.693 LGA S 169 S 169 2.317 0 0.507 0.495 4.958 44.545 31.818 4.958 LGA G 170 G 170 0.857 0 0.135 0.135 1.096 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.847 0 0.000 1.363 5.126 81.818 60.909 1.865 LGA A 172 A 172 0.903 0 0.035 0.027 1.015 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.422 0 0.040 0.075 0.855 95.455 92.208 0.855 LGA Y 174 Y 174 0.306 0 0.000 0.142 0.906 100.000 90.909 0.906 LGA G 175 G 175 0.485 0 0.078 0.078 0.493 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.596 0 0.022 0.139 0.823 81.818 86.364 0.533 LGA Q 177 Q 177 0.917 0 0.059 0.560 1.893 81.818 76.566 1.277 LGA L 178 L 178 0.904 0 0.036 0.099 1.202 77.727 77.727 1.202 LGA N 179 N 179 0.903 0 0.165 0.659 4.438 73.636 45.000 4.438 LGA K 180 K 180 3.290 0 0.298 0.972 13.132 29.545 13.131 13.132 LGA K 181 K 181 1.759 0 0.345 0.978 8.633 74.545 36.364 8.633 LGA T 182 T 182 0.535 0 0.047 1.130 3.323 77.727 65.714 3.323 LGA S 183 S 183 1.463 0 0.166 0.149 1.771 65.909 60.909 1.771 LGA K 184 K 184 1.150 0 0.062 0.769 2.097 69.545 64.444 2.097 LGA L 185 L 185 0.610 0 0.029 0.043 0.637 81.818 88.636 0.324 LGA D 186 D 186 0.338 0 0.073 0.084 0.757 95.455 97.727 0.224 LGA P 187 P 187 0.558 0 0.000 0.108 1.490 78.182 82.338 0.638 LGA V 188 V 188 1.049 0 0.039 0.039 1.311 69.545 67.792 1.311 LGA E 189 E 189 1.072 0 0.062 0.488 2.471 69.545 67.879 2.471 LGA D 190 D 190 1.070 0 0.000 0.072 1.315 73.636 69.545 1.315 LGA E 191 E 191 0.878 0 0.053 0.116 1.480 82.273 76.566 1.480 LGA A 192 A 192 0.459 0 0.016 0.026 0.617 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.514 0 0.049 0.667 3.310 86.364 69.697 3.310 LGA V 194 V 194 0.587 0 0.036 0.053 0.669 90.909 87.013 0.636 LGA V 195 V 195 0.220 0 0.000 0.030 0.432 100.000 100.000 0.228 LGA Q 196 Q 196 0.294 0 0.037 0.271 1.603 100.000 86.869 1.603 LGA L 197 L 197 0.315 0 0.016 0.031 0.546 100.000 95.455 0.546 LGA I 198 I 198 0.375 0 0.075 0.115 0.579 100.000 95.455 0.447 LGA F 199 F 199 0.252 0 0.036 0.048 0.354 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.376 0 0.040 0.671 1.796 100.000 89.318 1.796 LGA I 201 I 201 0.187 0 0.032 0.065 0.273 100.000 100.000 0.273 LGA F 202 F 202 0.311 0 0.000 0.093 0.836 100.000 91.736 0.836 LGA L 203 L 203 0.496 0 0.026 0.115 1.215 100.000 88.864 0.994 LGA N 204 N 204 0.193 0 0.037 0.063 0.931 100.000 93.182 0.888 LGA G 205 G 205 0.358 0 0.035 0.035 0.407 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.375 0 0.000 0.816 2.567 90.909 77.727 1.055 LGA N 207 N 207 1.045 0 0.077 0.213 1.202 69.545 71.591 1.029 LGA G 208 G 208 1.285 0 0.030 0.030 1.629 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.345 0 0.079 0.137 2.100 65.455 56.162 2.100 LGA D 210 D 210 1.212 0 0.076 0.215 1.276 65.455 71.818 0.421 LGA Y 211 Y 211 1.786 0 0.059 0.443 2.019 50.909 52.273 1.449 LGA S 212 S 212 2.246 0 0.701 0.785 5.952 34.545 24.848 5.952 LGA Y 213 Y 213 2.831 0 0.116 1.627 14.545 45.455 15.303 14.545 LGA A 215 A 215 1.013 0 0.173 0.181 1.966 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.425 0 0.012 0.170 0.625 100.000 97.727 0.269 LGA A 217 A 217 0.504 0 0.018 0.044 0.590 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.639 0 0.041 0.076 1.154 86.364 82.121 1.154 LGA H 219 H 219 0.522 0 0.047 0.058 0.657 86.364 83.636 0.657 LGA L 220 L 220 0.466 0 0.029 0.138 0.527 100.000 97.727 0.527 LGA T 221 T 221 0.298 0 0.000 0.030 0.365 100.000 100.000 0.252 LGA N 222 N 222 0.347 0 0.037 0.097 0.643 100.000 93.182 0.643 LGA L 223 L 223 0.641 0 0.036 0.064 1.109 81.818 77.727 1.109 LGA Q 224 Q 224 0.377 0 0.085 0.837 4.760 95.455 64.040 4.760 LGA I 225 I 225 0.295 0 0.063 0.120 0.487 100.000 100.000 0.424 LGA P 226 P 226 0.623 0 0.075 0.086 1.005 81.818 79.481 1.005 LGA T 227 T 227 0.368 0 0.054 0.172 0.664 90.909 94.805 0.393 LGA P 228 P 228 1.002 0 0.047 0.066 1.024 77.727 77.143 0.978 LGA S 229 S 229 0.935 0 0.048 0.127 0.935 81.818 81.818 0.849 LGA G 230 G 230 0.724 0 0.009 0.009 0.748 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.225 0 0.080 0.705 2.633 90.909 87.879 2.633 LGA K 232 K 232 0.143 0 0.120 0.897 3.082 95.455 76.566 3.082 LGA R 233 R 233 0.157 0 0.064 1.369 8.140 95.455 51.901 8.140 LGA W 234 W 234 0.399 0 0.069 0.091 0.709 95.455 96.104 0.390 LGA N 235 N 235 0.981 0 0.134 0.911 2.852 77.727 63.409 2.112 LGA Q 236 Q 236 0.374 0 0.050 0.815 3.584 95.455 78.182 0.543 LGA Y 237 Y 237 0.966 0 0.028 0.333 2.654 81.818 61.818 2.654 LGA T 238 T 238 0.725 0 0.015 0.239 1.135 81.818 79.481 1.135 LGA I 239 I 239 0.507 0 0.028 0.094 0.568 86.364 93.182 0.406 LGA K 240 K 240 0.825 0 0.061 0.663 4.951 81.818 59.798 4.951 LGA A 241 A 241 0.862 0 0.034 0.041 1.073 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.296 0 0.021 0.065 1.069 100.000 88.864 1.069 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.043 0.135 0.483 100.000 100.000 0.373 LGA Q 244 Q 244 0.443 0 0.000 0.243 0.884 90.909 91.919 0.884 LGA N 245 N 245 0.717 0 0.040 0.076 0.751 81.818 81.818 0.687 LGA E 246 E 246 0.660 0 0.025 0.764 1.871 81.818 74.949 1.713 LGA V 247 V 247 0.369 0 0.014 0.070 0.458 100.000 100.000 0.323 LGA Y 248 Y 248 0.435 0 0.041 0.171 1.297 95.455 89.545 1.297 LGA I 249 I 249 0.521 0 0.078 0.111 0.999 90.909 86.364 0.999 LGA G 250 G 250 0.414 0 0.031 0.031 0.537 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.572 0 0.091 0.116 0.749 81.818 81.818 0.685 LGA V 252 V 252 0.504 0 0.024 0.101 0.708 81.818 84.416 0.556 LGA K 253 K 253 0.548 0 0.000 0.239 0.784 86.364 89.899 0.391 LGA Y 254 Y 254 0.697 0 0.038 0.332 2.506 81.818 69.394 2.506 LGA K 255 K 255 0.922 0 0.038 0.158 1.332 73.636 72.727 1.001 LGA V 256 V 256 1.181 0 0.058 0.087 1.281 65.455 65.455 1.281 LGA R 257 R 257 1.088 0 0.030 1.106 4.470 73.636 52.727 3.980 LGA E 258 E 258 1.422 0 0.104 1.079 5.889 55.000 35.960 5.889 LGA K 259 K 259 1.400 0 0.000 0.251 1.552 61.818 62.222 1.304 LGA T 260 T 260 1.669 0 0.010 0.215 2.349 50.909 47.273 2.102 LGA K 261 K 261 1.732 0 0.038 0.750 5.526 44.545 33.535 5.526 LGA D 262 D 262 2.458 0 0.051 0.981 4.241 35.455 25.455 4.241 LGA G 263 G 263 1.805 0 0.072 0.072 1.922 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.911 0 0.033 0.530 2.961 44.545 45.455 2.961 LGA R 265 R 265 1.574 0 0.057 1.025 2.733 50.909 54.380 2.733 LGA T 266 T 266 1.731 0 0.050 0.145 1.972 50.909 50.909 1.604 LGA I 267 I 267 1.443 0 0.022 0.092 1.933 61.818 58.182 1.933 LGA R 268 R 268 1.216 0 0.023 1.010 2.838 65.455 58.182 2.447 LGA P 269 P 269 1.530 0 0.023 0.055 1.791 61.818 59.221 1.791 LGA E 270 E 270 1.448 0 0.003 0.873 4.322 61.818 42.626 3.648 LGA K 271 K 271 1.462 0 0.054 0.746 4.653 65.455 45.455 4.653 LGA E 272 E 272 1.186 0 0.088 0.084 2.554 69.545 55.354 2.554 LGA Q 273 Q 273 1.164 0 0.037 0.057 1.366 65.455 65.455 1.229 LGA I 274 I 274 0.752 0 0.082 0.079 0.887 81.818 81.818 0.825 LGA V 275 V 275 0.435 0 0.030 0.062 0.606 100.000 94.805 0.526 LGA V 276 V 276 0.473 0 0.000 0.030 0.622 100.000 92.208 0.586 LGA Q 277 Q 277 0.537 0 0.032 0.663 3.600 90.909 66.869 3.600 LGA D 278 D 278 0.471 0 0.112 0.174 0.808 90.909 86.364 0.808 LGA A 279 A 279 0.550 0 0.027 0.059 0.637 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.245 0 0.041 0.203 0.533 100.000 98.182 0.277 LGA A 281 A 281 0.168 0 0.000 0.000 0.366 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.353 0 0.021 0.052 0.812 95.455 92.208 0.812 LGA I 283 I 283 0.394 0 0.051 0.106 0.785 90.909 90.909 0.637 LGA I 284 I 284 0.525 0 0.014 0.057 0.665 86.364 93.182 0.380 LGA D 285 D 285 0.930 0 0.043 0.111 1.385 81.818 73.636 1.168 LGA K 286 K 286 1.035 0 0.019 0.241 1.372 69.545 69.091 1.232 LGA E 287 E 287 1.227 0 0.033 0.270 1.506 65.455 63.838 1.114 LGA Q 288 Q 288 0.876 0 0.000 0.246 1.508 77.727 72.929 1.508 LGA F 289 F 289 0.824 0 0.041 0.131 1.086 81.818 77.355 1.040 LGA Q 290 Q 290 1.275 0 0.049 0.626 1.749 65.455 64.040 1.080 LGA Q 291 Q 291 1.064 0 0.000 0.178 1.358 73.636 69.091 1.358 LGA S 292 S 292 0.792 0 0.070 0.682 2.796 77.727 70.000 2.796 LGA Q 293 Q 293 1.193 0 0.032 0.245 1.534 65.455 63.838 1.479 LGA V 294 V 294 1.433 0 0.030 0.062 1.576 65.455 61.299 1.539 LGA K 295 K 295 0.885 0 0.036 0.149 1.125 69.545 76.364 0.891 LGA I 296 I 296 1.280 0 0.029 0.097 1.767 58.182 62.045 1.103 LGA A 297 A 297 1.995 0 0.070 0.083 2.582 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 1.358 0 0.116 0.542 2.409 51.364 59.091 2.263 LGA K 299 K 299 3.330 0 0.438 0.854 14.044 40.000 17.778 14.044 LGA V 300 V 300 2.425 0 0.120 0.135 4.443 38.182 24.935 4.429 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.089 1.058 1.943 78.731 72.983 57.983 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.09 92.037 96.566 11.352 LGA_LOCAL RMSD: 1.089 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.089 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.089 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.468817 * X + 0.825562 * Y + -0.314099 * Z + 154.180420 Y_new = -0.863081 * X + 0.352507 * Y + -0.361705 * Z + 152.239273 Z_new = -0.187888 * X + 0.440667 * Y + 0.877788 * Z + 142.707214 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.073196 0.189011 0.465262 [DEG: -61.4896 10.8296 26.6575 ] ZXZ: -0.715071 0.499572 -0.403032 [DEG: -40.9705 28.6234 -23.0921 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS079_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.09 96.566 1.09 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS079_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.571 186.909 153.512 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 151.997 187.730 154.568 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.491 187.586 154.682 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 149.836 188.386 155.354 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 149.919 186.601 153.993 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.484 186.348 154.090 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.138 185.639 155.395 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.003 185.519 152.898 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 148.981 184.953 155.978 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.176 186.209 151.554 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 147.661 185.343 150.410 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 147.840 186.030 149.063 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.328 185.189 147.941 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 146.918 185.892 155.893 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.461 185.233 157.113 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.710 183.946 156.788 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 145.564 186.170 157.926 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 144.595 183.986 156.262 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.164 185.622 159.263 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.981 185.018 159.586 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.948 185.633 160.460 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.176 185.017 161.470 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.230 186.102 160.777 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.982 184.652 160.911 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.903 185.327 163.059 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.646 184.859 162.777 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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