####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS079_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.01 LCS_AVERAGE: 99.24 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 50 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 60 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 63 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 21 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 5 19 52 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 35 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 58 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 24 83 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 55 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 32 95 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 32 100 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 60 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 66 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 55 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 44 90 116 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 89 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 130 135 135 3 3 103 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.75 ( 99.24 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 75.56 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.56 0.79 0.87 0.94 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.33 1.11 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.980 0 0.048 0.048 1.105 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.902 0 0.025 0.188 2.813 81.818 63.838 2.813 LGA W 167 W 167 0.581 0 0.053 0.135 1.142 77.727 78.442 1.054 LGA I 168 I 168 1.143 0 0.027 1.232 4.123 59.091 49.545 4.123 LGA S 169 S 169 2.127 0 0.502 0.498 4.832 51.818 36.667 4.832 LGA G 170 G 170 0.966 0 0.136 0.136 1.029 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.921 0 0.007 1.423 5.247 81.818 59.318 2.060 LGA A 172 A 172 0.939 0 0.033 0.026 1.033 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.428 0 0.031 0.140 1.175 95.455 87.273 1.175 LGA Y 174 Y 174 0.299 0 0.000 0.149 0.995 100.000 89.394 0.995 LGA G 175 G 175 0.398 0 0.060 0.060 0.440 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.571 0 0.019 0.148 0.768 86.364 89.394 0.588 LGA Q 177 Q 177 0.878 0 0.058 0.721 2.819 81.818 72.121 0.986 LGA L 178 L 178 0.857 0 0.032 0.269 1.526 77.727 75.909 1.526 LGA N 179 N 179 0.917 0 0.165 0.676 4.461 73.636 45.909 4.461 LGA K 180 K 180 3.266 0 0.315 0.970 13.444 29.545 13.131 13.444 LGA K 181 K 181 1.827 0 0.333 1.041 9.095 65.909 31.919 9.095 LGA T 182 T 182 0.563 0 0.044 1.115 3.277 81.818 68.052 3.277 LGA S 183 S 183 1.324 0 0.172 0.160 1.644 69.545 63.333 1.644 LGA K 184 K 184 1.077 0 0.059 0.802 2.356 69.545 67.879 2.356 LGA L 185 L 185 0.606 0 0.035 0.118 0.852 81.818 88.636 0.311 LGA D 186 D 186 0.363 0 0.070 0.087 0.806 90.909 95.455 0.205 LGA P 187 P 187 0.599 0 0.000 0.181 1.541 74.545 80.260 0.524 LGA V 188 V 188 1.045 0 0.033 0.038 1.269 69.545 67.792 1.269 LGA E 189 E 189 1.034 0 0.049 0.689 3.374 73.636 65.859 3.374 LGA D 190 D 190 0.999 0 0.018 0.095 1.234 81.818 73.636 1.234 LGA E 191 E 191 0.784 0 0.057 0.106 1.236 86.364 82.020 1.236 LGA A 192 A 192 0.401 0 0.023 0.035 0.540 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.437 0 0.059 0.709 3.661 100.000 73.131 3.661 LGA V 194 V 194 0.526 0 0.030 0.050 0.601 95.455 89.610 0.562 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.000 0.040 0.405 100.000 100.000 0.216 LGA Q 196 Q 196 0.295 0 0.046 0.318 1.682 100.000 85.253 1.682 LGA L 197 L 197 0.284 0 0.016 0.219 0.837 100.000 93.182 0.837 LGA I 198 I 198 0.340 0 0.078 0.130 0.576 100.000 95.455 0.342 LGA F 199 F 199 0.295 0 0.042 0.085 0.426 100.000 100.000 0.161 LGA N 200 N 200 0.369 0 0.053 0.816 2.679 100.000 88.636 2.679 LGA I 201 I 201 0.154 0 0.034 0.093 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA F 202 F 202 0.349 0 0.000 0.101 0.960 95.455 88.430 0.960 LGA L 203 L 203 0.552 0 0.038 0.087 1.094 90.909 82.273 1.032 LGA N 204 N 204 0.170 0 0.043 0.112 1.066 100.000 91.136 0.940 LGA G 205 G 205 0.424 0 0.037 0.037 0.465 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.459 0 0.000 0.525 1.809 90.909 84.773 0.553 LGA N 207 N 207 1.064 0 0.069 0.290 1.505 69.545 67.727 1.038 LGA G 208 G 208 1.351 0 0.000 0.000 1.620 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.364 0 0.076 0.166 1.948 65.455 58.990 1.948 LGA D 210 D 210 1.223 0 0.075 0.338 1.236 65.455 71.591 0.751 LGA Y 211 Y 211 1.765 0 0.055 0.426 2.145 50.909 48.788 1.558 LGA S 212 S 212 2.281 0 0.701 0.753 5.848 34.545 24.848 5.848 LGA Y 213 Y 213 2.858 0 0.125 1.622 14.615 45.455 15.303 14.615 LGA A 215 A 215 1.024 0 0.166 0.174 1.996 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.388 0 0.000 0.170 0.578 100.000 97.727 0.285 LGA A 217 A 217 0.435 0 0.028 0.052 0.508 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.580 0 0.038 0.046 1.054 90.909 85.152 1.054 LGA H 219 H 219 0.431 0 0.047 0.062 0.632 100.000 89.091 0.632 LGA L 220 L 220 0.384 0 0.018 0.196 0.579 100.000 95.455 0.541 LGA T 221 T 221 0.113 0 0.022 0.049 0.194 100.000 100.000 0.147 LGA N 222 N 222 0.234 0 0.042 0.167 0.760 100.000 93.182 0.760 LGA L 223 L 223 0.578 0 0.028 0.175 1.100 81.818 79.773 0.836 LGA Q 224 Q 224 0.435 0 0.085 0.775 4.259 100.000 68.485 4.259 LGA I 225 I 225 0.432 0 0.057 0.125 0.499 100.000 100.000 0.458 LGA P 226 P 226 0.526 0 0.063 0.131 1.158 90.909 84.675 1.158 LGA T 227 T 227 0.247 0 0.056 0.173 0.473 100.000 100.000 0.282 LGA P 228 P 228 0.817 0 0.054 0.099 0.866 81.818 81.818 0.663 LGA S 229 S 229 0.771 0 0.055 0.301 1.593 86.364 79.697 1.593 LGA G 230 G 230 0.441 0 0.000 0.000 0.483 100.000 100.000 - LGA K 231 K 231 0.339 0 0.081 0.700 2.864 90.909 81.818 2.864 LGA K 232 K 232 0.408 0 0.155 0.839 3.113 95.455 75.152 3.113 LGA R 233 R 233 0.276 0 0.055 1.318 7.447 95.455 54.711 7.447 LGA W 234 W 234 0.303 0 0.062 0.080 0.538 100.000 98.701 0.226 LGA N 235 N 235 0.856 0 0.122 0.900 2.443 81.818 68.409 1.921 LGA Q 236 Q 236 0.402 0 0.047 0.873 3.874 95.455 76.566 0.953 LGA Y 237 Y 237 0.950 0 0.021 0.364 2.860 77.727 60.455 2.860 LGA T 238 T 238 0.703 0 0.028 0.384 1.331 81.818 79.481 1.331 LGA I 239 I 239 0.515 0 0.035 0.133 0.563 86.364 93.182 0.426 LGA K 240 K 240 0.854 0 0.058 0.648 5.021 81.818 57.778 5.021 LGA A 241 A 241 0.877 0 0.050 0.056 1.078 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.244 0 0.032 0.087 0.944 100.000 95.455 0.944 LGA L 243 L 243 0.303 0 0.037 0.089 0.521 95.455 97.727 0.437 LGA Q 244 Q 244 0.491 0 0.000 0.290 1.150 90.909 90.101 1.150 LGA N 245 N 245 0.654 0 0.048 0.082 0.684 81.818 81.818 0.628 LGA E 246 E 246 0.647 0 0.023 0.751 1.766 81.818 74.949 1.766 LGA V 247 V 247 0.347 0 0.000 0.397 0.964 100.000 94.805 0.964 LGA Y 248 Y 248 0.412 0 0.036 0.152 1.261 95.455 89.545 1.261 LGA I 249 I 249 0.516 0 0.068 0.090 1.010 90.909 84.318 1.010 LGA G 250 G 250 0.519 0 0.043 0.043 0.626 86.364 86.364 - LGA T 251 T 251 0.651 0 0.089 0.116 0.778 81.818 81.818 0.742 LGA V 252 V 252 0.567 0 0.022 0.131 0.751 81.818 84.416 0.697 LGA K 253 K 253 0.481 0 0.009 0.294 0.690 90.909 87.879 0.583 LGA Y 254 Y 254 0.658 0 0.061 0.318 2.608 81.818 69.394 2.608 LGA K 255 K 255 0.563 0 0.070 0.651 4.222 81.818 55.152 4.222 LGA V 256 V 256 0.854 0 0.089 0.210 1.302 81.818 77.143 1.302 LGA R 257 R 257 0.747 0 0.029 1.082 4.390 81.818 58.678 3.999 LGA E 258 E 258 1.091 0 0.113 1.090 5.523 62.727 42.626 5.523 LGA K 259 K 259 0.939 0 0.000 0.317 1.563 73.636 69.495 1.563 LGA T 260 T 260 1.314 0 0.015 0.212 2.053 65.455 55.584 2.005 LGA K 261 K 261 1.170 0 0.036 0.777 4.751 58.182 48.485 4.751 LGA D 262 D 262 2.085 0 0.049 0.976 3.572 41.364 35.000 3.572 LGA G 263 G 263 1.485 0 0.096 0.096 1.590 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.615 0 0.034 0.535 3.045 50.909 52.121 3.045 LGA R 265 R 265 1.332 0 0.069 0.997 3.211 58.182 53.388 2.483 LGA T 266 T 266 1.495 0 0.056 0.206 1.797 58.182 57.143 1.221 LGA I 267 I 267 1.231 0 0.005 0.125 1.823 65.455 60.000 1.823 LGA R 268 R 268 1.053 0 0.000 1.055 2.652 65.455 58.678 2.650 LGA P 269 P 269 1.427 0 0.000 0.128 1.927 65.455 61.299 1.927 LGA E 270 E 270 1.256 0 0.012 0.950 4.122 65.455 47.677 3.377 LGA K 271 K 271 1.285 0 0.056 0.790 2.398 65.455 64.848 1.745 LGA E 272 E 272 1.078 0 0.129 0.103 2.655 73.636 57.172 2.655 LGA Q 273 Q 273 1.123 0 0.044 0.098 1.242 65.455 65.455 1.193 LGA I 274 I 274 0.751 0 0.070 0.076 0.918 81.818 81.818 0.918 LGA V 275 V 275 0.385 0 0.035 0.068 0.586 100.000 94.805 0.521 LGA V 276 V 276 0.503 0 0.000 0.040 0.654 95.455 89.610 0.606 LGA Q 277 Q 277 0.513 0 0.050 0.625 3.017 86.364 67.879 3.017 LGA D 278 D 278 0.431 0 0.095 0.164 0.660 95.455 88.636 0.656 LGA A 279 A 279 0.522 0 0.029 0.063 0.614 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.247 0 0.044 0.152 0.474 100.000 100.000 0.296 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.000 0.000 0.485 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.397 0 0.014 0.083 1.053 90.909 84.675 1.053 LGA I 283 I 283 0.457 0 0.051 0.121 0.814 90.909 90.909 0.723 LGA I 284 I 284 0.521 0 0.009 0.055 0.655 86.364 90.909 0.650 LGA D 285 D 285 0.982 0 0.047 0.426 2.392 81.818 65.000 2.164 LGA K 286 K 286 1.072 0 0.024 0.347 2.394 65.455 57.778 2.081 LGA E 287 E 287 1.224 0 0.046 0.279 1.730 65.455 58.990 1.514 LGA Q 288 Q 288 0.863 0 0.000 0.220 1.167 77.727 78.182 1.167 LGA F 289 F 289 0.849 0 0.044 0.138 1.125 81.818 77.355 1.058 LGA Q 290 Q 290 1.265 0 0.050 1.063 2.598 65.455 63.232 2.598 LGA Q 291 Q 291 1.113 0 0.017 0.205 1.646 69.545 64.040 1.612 LGA S 292 S 292 0.832 0 0.074 0.694 2.853 77.727 70.000 2.853 LGA Q 293 Q 293 1.188 0 0.030 0.276 1.799 65.455 60.606 1.653 LGA V 294 V 294 1.468 0 0.042 0.083 1.605 65.455 61.299 1.605 LGA K 295 K 295 0.904 0 0.049 0.120 1.071 73.636 80.202 0.557 LGA I 296 I 296 1.197 0 0.018 0.110 1.599 61.818 63.864 1.099 LGA A 297 A 297 1.800 0 0.079 0.094 2.333 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.835 0 0.063 0.546 2.284 65.909 68.636 2.284 LGA K 299 K 299 2.910 0 0.431 0.818 13.887 52.727 23.636 13.887 LGA V 300 V 300 1.978 0 0.112 0.138 4.328 58.182 36.364 4.305 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.005 0.968 1.909 80.731 73.977 55.309 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 92.963 97.105 12.212 LGA_LOCAL RMSD: 1.005 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.978727 * X + 0.071951 * Y + 0.192137 * Z + 154.132767 Y_new = -0.124788 * X + 0.534586 * Y + -0.835850 * Z + 152.506195 Z_new = -0.162854 * X + -0.842045 * Y + -0.514235 * Z + 142.516159 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.014776 0.163583 -2.119045 [DEG: -172.7339 9.3726 -121.4123 ] ZXZ: 0.225945 2.110912 -2.950549 [DEG: 12.9457 120.9464 -169.0540 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS079_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS079_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.105 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS079_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.625 186.910 153.501 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.062 187.737 154.557 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.556 187.606 154.679 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 149.920 188.363 155.415 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 149.993 186.662 153.946 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.557 186.421 154.044 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.209 185.697 155.342 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.065 185.610 152.845 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 149.050 185.001 155.915 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.189 186.337 151.513 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 147.617 185.510 150.369 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 147.690 186.259 149.046 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.163 185.439 147.915 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.016 185.935 155.807 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.566 185.262 157.020 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.846 183.960 156.685 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 145.644 186.176 157.833 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 144.773 183.977 156.076 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.262 185.619 159.173 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.115 184.946 159.488 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.028 185.694 160.378 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.284 185.043 161.387 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.274 186.247 160.704 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.122 184.597 160.818 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.967 185.480 162.992 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.746 184.931 162.701 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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