####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS075_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS075_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 105 184 - 289 1.00 1.22 LCS_AVERAGE: 74.69 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 22 93 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 64 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 52 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 28 108 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 5 88 116 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 56 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 63 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 34 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 9 26 90 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 6 61 107 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 103 135 135 56 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 103 135 135 59 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 105 135 135 24 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 105 135 135 63 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 105 135 135 52 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 105 135 135 24 90 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 105 135 135 32 93 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 105 135 135 10 90 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 105 135 135 10 90 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 105 135 135 18 69 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 105 135 135 3 20 62 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 105 135 135 3 11 40 81 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 105 135 135 32 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 105 135 135 63 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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262 D 262 105 135 135 7 18 51 92 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 263 G 263 105 135 135 11 50 108 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 264 K 264 105 135 135 15 83 118 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 265 R 265 105 135 135 24 89 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 266 T 266 105 135 135 24 89 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 267 I 267 105 135 135 24 93 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 268 R 268 105 135 135 30 100 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 269 P 269 105 135 135 15 99 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 270 E 270 105 135 135 15 92 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 271 K 271 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105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 105 135 135 59 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 105 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 102 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 102 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 102 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 81 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 81 135 135 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 81 135 135 64 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 61 135 135 52 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 59 135 135 25 89 115 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 58 135 135 19 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 36 135 135 4 22 67 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 3 135 135 3 3 61 84 111 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 91.56 ( 74.69 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 101 119 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 74.81 88.15 93.33 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.53 0.75 0.92 0.98 1.08 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 GDT RMS_ALL_AT 1.53 1.35 1.23 1.19 1.19 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.476 0 0.000 0.000 1.625 61.818 61.818 - LGA K 166 K 166 1.070 0 0.043 0.135 2.351 73.636 62.828 2.351 LGA W 167 W 167 0.644 0 0.035 0.174 0.825 90.909 84.416 0.755 LGA I 168 I 168 0.586 0 0.016 1.571 4.725 78.182 59.318 4.725 LGA S 169 S 169 1.735 0 0.648 0.566 4.834 62.273 44.848 4.834 LGA G 170 G 170 1.935 0 0.184 0.184 1.935 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.491 0 0.000 1.315 5.694 58.182 44.318 2.491 LGA A 172 A 172 1.300 0 0.031 0.027 1.373 69.545 68.727 - LGA P 173 P 173 0.696 0 0.050 0.346 1.743 86.364 77.662 1.743 LGA Y 174 Y 174 0.404 0 0.013 0.164 1.008 100.000 91.061 1.008 LGA G 175 G 175 0.356 0 0.064 0.064 0.371 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.583 0 0.021 0.122 0.735 86.364 92.424 0.175 LGA Q 177 Q 177 1.074 0 0.060 0.251 1.249 69.545 67.273 1.192 LGA L 178 L 178 1.126 0 0.073 0.095 1.324 65.455 67.500 0.985 LGA N 179 N 179 1.169 0 0.187 0.639 4.350 78.182 49.091 4.350 LGA K 180 K 180 2.733 0 0.305 0.973 13.065 40.455 18.182 13.065 LGA K 181 K 181 2.556 0 0.331 1.237 10.788 42.273 19.394 10.788 LGA T 182 T 182 1.092 0 0.049 1.108 3.136 74.545 61.818 3.136 LGA S 183 S 183 1.326 0 0.131 0.120 1.578 65.455 63.030 1.578 LGA K 184 K 184 1.070 0 0.055 0.839 2.811 69.545 63.232 2.811 LGA L 185 L 185 0.662 0 0.060 0.075 0.721 81.818 90.909 0.317 LGA D 186 D 186 0.551 0 0.054 0.091 0.867 81.818 88.636 0.449 LGA P 187 P 187 0.686 0 0.025 0.065 1.521 70.000 75.065 0.682 LGA V 188 V 188 0.942 0 0.000 0.024 1.101 81.818 77.143 1.101 LGA E 189 E 189 0.971 0 0.031 0.325 1.722 81.818 76.566 1.722 LGA D 190 D 190 0.882 0 0.012 0.038 1.268 81.818 73.636 1.268 LGA E 191 E 191 0.611 0 0.037 0.070 1.116 90.909 84.040 1.116 LGA A 192 A 192 0.323 0 0.000 0.000 0.412 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.400 0 0.025 0.656 3.073 100.000 76.768 2.861 LGA V 194 V 194 0.299 0 0.034 0.039 0.407 100.000 100.000 0.360 LGA V 195 V 195 0.055 0 0.000 0.000 0.228 100.000 100.000 0.125 LGA Q 196 Q 196 0.293 0 0.030 0.261 1.245 100.000 90.303 1.209 LGA L 197 L 197 0.279 0 0.023 0.066 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA I 198 I 198 0.166 0 0.084 0.090 0.445 100.000 100.000 0.341 LGA F 199 F 199 0.384 0 0.041 0.100 0.623 95.455 95.041 0.390 LGA N 200 N 200 0.402 0 0.034 0.862 3.111 100.000 81.136 3.111 LGA I 201 I 201 0.227 0 0.030 0.049 0.377 100.000 100.000 0.040 LGA F 202 F 202 0.382 0 0.000 0.048 0.861 90.909 86.777 0.861 LGA L 203 L 203 0.680 0 0.000 0.071 1.374 81.818 75.682 1.221 LGA N 204 N 204 0.396 0 0.031 0.069 1.197 100.000 86.818 1.123 LGA G 205 G 205 0.261 0 0.042 0.042 0.337 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.560 0 0.017 0.134 0.945 86.364 90.909 0.142 LGA N 207 N 207 1.333 0 0.066 0.281 2.276 65.455 56.591 1.858 LGA G 208 G 208 1.202 0 0.038 0.038 1.458 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.309 0 0.040 0.133 2.096 69.545 56.364 2.096 LGA D 210 D 210 1.206 0 0.103 0.586 1.360 69.545 69.545 1.079 LGA Y 211 Y 211 1.786 0 0.105 0.393 2.099 50.909 48.788 1.676 LGA S 212 S 212 2.291 0 0.694 0.765 6.148 34.545 23.939 6.148 LGA Y 213 Y 213 2.879 0 0.145 1.629 14.505 45.455 15.303 14.505 LGA A 215 A 215 0.977 0 0.184 0.198 1.850 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.484 0 0.041 0.191 0.560 95.455 95.455 0.448 LGA A 217 A 217 0.434 0 0.024 0.039 0.481 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.623 0 0.042 0.077 1.234 86.364 82.121 1.234 LGA H 219 H 219 0.536 0 0.038 0.058 0.655 81.818 81.818 0.655 LGA L 220 L 220 0.404 0 0.026 0.095 0.449 100.000 100.000 0.354 LGA T 221 T 221 0.328 0 0.000 0.056 0.352 100.000 100.000 0.303 LGA N 222 N 222 0.391 0 0.034 0.082 0.731 100.000 93.182 0.731 LGA L 223 L 223 0.579 0 0.045 0.046 0.879 86.364 84.091 0.879 LGA Q 224 Q 224 0.479 0 0.023 0.795 4.628 95.455 61.616 4.628 LGA I 225 I 225 0.359 0 0.053 0.130 0.456 100.000 100.000 0.074 LGA P 226 P 226 0.604 0 0.063 0.070 0.751 81.818 81.818 0.748 LGA T 227 T 227 0.369 0 0.037 0.180 0.521 95.455 97.403 0.412 LGA P 228 P 228 0.833 0 0.080 0.087 1.004 81.818 79.481 1.004 LGA S 229 S 229 0.718 0 0.118 0.116 0.850 81.818 81.818 0.850 LGA G 230 G 230 0.471 0 0.024 0.024 0.525 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.278 0 0.101 0.552 2.567 90.909 81.818 2.567 LGA K 232 K 232 0.170 0 0.174 0.869 3.361 95.455 75.354 3.361 LGA R 233 R 233 0.188 0 0.032 1.113 6.106 100.000 58.017 6.106 LGA W 234 W 234 0.486 0 0.048 0.058 0.772 90.909 92.208 0.352 LGA N 235 N 235 1.045 0 0.095 0.963 2.943 77.727 65.000 1.559 LGA Q 236 Q 236 0.292 0 0.044 0.936 3.614 95.455 80.202 0.845 LGA Y 237 Y 237 0.984 0 0.034 0.363 2.274 77.727 63.636 2.274 LGA T 238 T 238 0.840 0 0.010 0.260 1.312 81.818 79.481 1.312 LGA I 239 I 239 0.573 0 0.017 0.106 0.694 86.364 88.636 0.593 LGA K 240 K 240 0.845 0 0.070 0.626 4.588 81.818 60.808 4.588 LGA A 241 A 241 0.943 0 0.032 0.035 1.071 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.205 0 0.041 0.042 0.845 100.000 95.455 0.845 LGA L 243 L 243 0.342 0 0.045 0.127 0.767 90.909 93.182 0.453 LGA Q 244 Q 244 0.694 0 0.016 0.282 1.139 77.727 78.182 1.139 LGA N 245 N 245 0.713 0 0.000 0.086 0.829 81.818 81.818 0.829 LGA E 246 E 246 0.661 0 0.000 0.619 1.498 81.818 78.182 1.498 LGA V 247 V 247 0.422 0 0.005 0.071 0.532 95.455 94.805 0.516 LGA Y 248 Y 248 0.401 0 0.000 0.102 0.951 100.000 95.455 0.951 LGA I 249 I 249 0.479 0 0.069 0.097 0.851 100.000 90.909 0.851 LGA G 250 G 250 0.325 0 0.031 0.031 0.424 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.475 0 0.046 0.067 0.643 100.000 94.805 0.527 LGA V 252 V 252 0.550 0 0.036 0.179 1.030 86.364 84.675 1.030 LGA K 253 K 253 0.559 0 0.034 0.142 1.002 82.273 84.040 0.688 LGA Y 254 Y 254 0.745 0 0.046 1.489 9.097 81.818 39.697 9.097 LGA K 255 K 255 0.607 0 0.055 0.476 2.664 81.818 65.657 2.176 LGA V 256 V 256 0.690 0 0.101 0.112 0.690 86.364 84.416 0.646 LGA R 257 R 257 0.745 0 0.078 1.103 4.895 81.818 56.198 4.165 LGA E 258 E 258 1.211 0 0.052 0.992 5.189 62.273 44.040 5.189 LGA K 259 K 259 1.784 0 0.000 0.684 2.423 44.545 53.131 1.171 LGA T 260 T 260 2.592 0 0.031 0.137 2.981 30.000 30.390 2.766 LGA K 261 K 261 3.963 0 0.044 0.864 11.064 12.727 5.859 11.064 LGA D 262 D 262 3.648 0 0.096 0.782 4.067 14.545 12.045 4.067 LGA G 263 G 263 2.236 0 0.121 0.121 2.551 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.572 0 0.000 0.494 3.913 50.909 46.465 3.913 LGA R 265 R 265 1.077 0 0.107 1.026 2.742 65.455 62.479 2.742 LGA T 266 T 266 1.099 0 0.029 0.145 1.600 65.455 65.714 0.979 LGA I 267 I 267 0.953 0 0.029 0.076 1.589 77.727 69.773 1.589 LGA R 268 R 268 0.832 0 0.000 0.965 2.725 73.636 69.587 2.725 LGA P 269 P 269 1.341 0 0.000 0.015 1.499 65.455 65.455 1.444 LGA E 270 E 270 1.397 0 0.000 0.866 4.618 65.455 43.838 3.895 LGA K 271 K 271 1.585 0 0.053 0.643 1.869 54.545 68.283 0.604 LGA E 272 E 272 1.046 0 0.062 0.064 1.502 73.636 67.475 1.502 LGA Q 273 Q 273 0.804 0 0.009 0.049 0.921 81.818 81.818 0.789 LGA I 274 I 274 0.555 0 0.051 0.118 0.675 86.364 84.091 0.666 LGA V 275 V 275 0.204 0 0.023 0.031 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA V 276 V 276 0.512 0 0.000 0.040 0.781 95.455 89.610 0.781 LGA Q 277 Q 277 0.437 0 0.053 0.623 2.825 95.455 75.556 2.825 LGA D 278 D 278 0.328 0 0.024 0.145 0.706 100.000 97.727 0.706 LGA A 279 A 279 0.528 0 0.028 0.046 0.615 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.282 0 0.038 0.239 0.691 100.000 94.545 0.514 LGA A 281 A 281 0.182 0 0.000 0.000 0.319 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.256 0 0.017 0.027 0.550 100.000 97.403 0.550 LGA I 283 I 283 0.335 0 0.043 0.081 0.592 95.455 97.727 0.453 LGA I 284 I 284 0.524 0 0.014 0.065 0.765 86.364 93.182 0.296 LGA D 285 D 285 1.069 0 0.070 0.940 3.470 69.545 57.955 1.872 LGA K 286 K 286 1.162 0 0.023 0.282 1.363 65.455 69.091 0.872 LGA E 287 E 287 1.278 0 0.027 0.307 1.598 65.455 63.838 1.227 LGA Q 288 Q 288 0.856 0 0.000 0.454 1.833 77.727 71.111 1.015 LGA F 289 F 289 0.831 0 0.037 0.123 1.012 81.818 78.843 1.009 LGA Q 290 Q 290 1.239 0 0.000 0.892 2.260 65.455 62.626 2.260 LGA Q 291 Q 291 1.047 0 0.000 0.237 1.372 73.636 69.091 1.372 LGA S 292 S 292 0.793 0 0.057 0.683 2.754 77.727 70.000 2.754 LGA Q 293 Q 293 1.250 0 0.036 0.245 1.530 61.818 63.838 1.496 LGA V 294 V 294 1.481 0 0.021 0.048 1.660 65.455 59.221 1.549 LGA K 295 K 295 1.043 0 0.073 0.145 1.420 65.455 76.566 0.470 LGA I 296 I 296 1.331 0 0.024 0.066 1.752 58.182 60.000 1.220 LGA A 297 A 297 1.964 0 0.139 0.163 2.723 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 1.218 0 0.081 0.574 1.734 58.182 66.136 1.734 LGA K 299 K 299 2.418 0 0.159 0.642 14.121 52.273 23.434 14.121 LGA V 300 V 300 4.217 0 0.076 0.080 8.314 16.364 9.351 8.314 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.181 1.128 2.080 78.781 73.192 58.854 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.18 92.037 96.326 10.536 LGA_LOCAL RMSD: 1.181 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.181 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.181 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.770169 * X + -0.491234 * Y + -0.406853 * Z + 155.020111 Y_new = -0.449129 * X + 0.035262 * Y + -0.892771 * Z + 151.217072 Z_new = 0.452906 * X + 0.870314 * Y + -0.193470 * Z + 142.535355 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.527942 -0.470022 1.789538 [DEG: -30.2489 -26.9303 102.5330 ] ZXZ: -0.427600 1.765494 0.479829 [DEG: -24.4997 101.1553 27.4922 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS075_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS075_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.18 96.326 1.18 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS075_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.644 187.837 153.056 1.00 69.33 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.972 188.493 154.187 1.00 69.99 C ATOM 1347 C GLY 165 150.457 188.280 154.230 1.00 73.85 C ATOM 1348 O GLY 165 149.744 189.047 154.887 1.00 71.12 O ATOM 1349 N LYS 166 149.928 187.287 153.538 1.00 69.46 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.509 186.948 153.548 1.00 69.14 C ATOM 1351 C LYS 166 148.158 186.128 154.792 1.00 68.96 C ATOM 1352 O LYS 166 148.944 185.312 155.270 1.00 67.34 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.114 186.212 152.260 1.00 68.09 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.242 187.098 151.007 1.00 67.50 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.874 186.329 149.733 1.00 66.20 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.986 187.236 148.497 1.00 60.59 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.777 186.495 147.229 1.00 55.70 N ATOM 1358 N TRP 167 146.949 186.320 155.306 1.00 75.30 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.447 185.564 156.455 1.00 75.14 C ATOM 1360 C TRP 167 145.909 184.204 156.023 1.00 73.26 C ATOM 1361 O TRP 167 144.999 184.127 155.190 1.00 68.84 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.377 186.383 157.171 1.00 74.84 C ATOM 1363 CG TRP 167 144.894 185.740 158.427 1.00 76.80 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.748 185.041 158.562 1.00 71.02 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.556 185.698 159.729 1.00 76.63 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.738 184.951 160.610 1.00 76.28 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.764 186.221 160.236 1.00 78.41 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.646 184.576 159.867 1.00 72.67 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.106 184.728 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PRO 173 142.405 187.829 165.327 1.00 83.13 C ATOM 1405 C PRO 173 141.601 189.082 165.684 1.00 84.94 C ATOM 1406 O PRO 173 141.303 189.919 164.831 1.00 82.90 O ATOM 1407 CB PRO 173 143.907 187.998 165.565 1.00 80.48 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.412 188.532 164.226 1.00 78.12 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.520 187.837 163.197 1.00 81.40 C ATOM 1410 N TYR 174 141.264 189.222 166.958 1.00 85.69 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.547 190.387 167.467 1.00 86.91 C ATOM 1412 C TYR 174 141.295 191.683 167.140 1.00 87.71 C ATOM 1413 O TYR 174 142.507 191.744 167.297 1.00 84.89 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.358 190.224 168.976 1.00 85.87 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.534 191.333 169.598 1.00 86.93 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.156 192.341 170.354 1.00 77.44 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.141 191.364 169.398 1.00 77.44 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.388 193.373 170.916 1.00 76.63 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.371 192.389 169.952 1.00 76.52 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.988 193.395 170.717 1.00 85.24 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.234 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 149.767 194.279 181.562 1.00 75.21 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 152.249 194.060 180.284 1.00 74.78 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 150.726 193.373 182.036 1.00 75.30 C ATOM 1649 CZ PHE 202 151.961 193.267 181.396 1.00 81.74 C ATOM 1650 N LEU 203 150.653 198.829 180.343 1.00 83.89 N ATOM 1651 CA LEU 203 151.930 199.525 180.467 1.00 82.91 C ATOM 1652 C LEU 203 151.888 200.630 181.527 1.00 82.46 C ATOM 1653 O LEU 203 152.692 200.612 182.466 1.00 77.60 O ATOM 1654 CB LEU 203 152.347 200.072 179.095 1.00 81.25 C ATOM 1655 CG LEU 203 152.821 198.972 178.127 1.00 78.88 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 153.014 199.566 176.746 1.00 71.54 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 154.142 198.347 178.568 1.00 72.24 C ATOM 1658 N ASN 204 150.919 201.532 181.420 1.00 81.78 N ATOM 1659 CA ASN 204 150.853 202.778 182.181 1.00 79.45 C ATOM 1660 C ASN 204 149.913 202.706 183.388 1.00 78.04 C ATOM 1661 O ASN 204 149.962 203.565 184.263 1.00 70.87 O ATOM 1662 CB ASN 204 150.432 203.902 181.216 1.00 77.22 C ATOM 1663 CG 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