####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS075_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS075_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 102 183 - 285 1.00 1.20 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 102 184 - 286 1.00 1.20 LCS_AVERAGE: 70.41 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 57 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 20 105 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 25 58 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 4 100 117 125 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 68 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 68 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 43 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 100 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 5 65 112 123 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 56 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 102 135 135 71 105 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 102 135 135 48 105 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 102 135 135 66 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 102 135 135 42 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 102 135 135 50 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 102 135 135 30 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 102 135 135 9 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 102 135 135 12 92 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 102 135 135 3 23 49 125 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 102 135 135 3 11 19 49 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 102 135 135 44 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 102 135 135 71 106 117 126 130 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 50 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 50 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 50 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 49 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 34 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 34 135 135 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 34 135 135 70 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 34 135 135 49 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 34 135 135 22 88 115 125 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 34 135 135 32 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 33 135 135 3 3 7 117 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 33 135 135 3 3 108 124 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 90.14 ( 70.41 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 106 117 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 78.52 86.67 93.33 96.30 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.57 0.69 0.94 0.99 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 GDT RMS_ALL_AT 1.57 1.33 1.25 1.17 1.17 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.092 0 0.000 0.000 1.181 73.636 73.636 - LGA K 166 K 166 0.840 0 0.037 0.100 1.776 81.818 72.929 1.776 LGA W 167 W 167 0.566 0 0.036 0.189 0.812 90.909 84.416 0.764 LGA I 168 I 168 0.754 0 0.018 1.558 4.911 74.545 56.364 4.911 LGA S 169 S 169 1.953 0 0.662 0.567 5.108 62.273 43.333 5.108 LGA G 170 G 170 1.733 0 0.176 0.176 1.733 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.486 0 0.000 1.331 5.693 54.545 42.500 2.445 LGA A 172 A 172 1.386 0 0.030 0.027 1.439 69.545 68.727 - LGA P 173 P 173 0.803 0 0.051 0.343 1.861 77.727 72.727 1.861 LGA Y 174 Y 174 0.532 0 0.028 0.167 1.009 86.364 85.000 1.009 LGA G 175 G 175 0.449 0 0.069 0.069 0.449 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.628 0 0.032 0.129 0.775 81.818 89.394 0.208 LGA Q 177 Q 177 1.090 0 0.055 0.259 1.408 69.545 67.273 1.149 LGA L 178 L 178 1.097 0 0.074 0.095 1.425 65.455 67.500 0.896 LGA N 179 N 179 1.308 0 0.180 0.643 4.590 73.636 44.091 4.590 LGA K 180 K 180 2.623 0 0.298 0.974 12.891 46.364 20.808 12.891 LGA K 181 K 181 2.703 0 0.338 0.992 9.513 42.273 19.596 9.513 LGA T 182 T 182 1.089 0 0.048 1.103 3.201 79.091 64.416 3.201 LGA S 183 S 183 1.131 0 0.120 0.111 1.343 69.545 68.182 1.343 LGA K 184 K 184 0.916 0 0.057 0.831 2.837 77.727 70.303 2.837 LGA L 185 L 185 0.571 0 0.054 0.073 0.620 81.818 90.909 0.333 LGA D 186 D 186 0.492 0 0.057 0.104 0.834 90.909 93.182 0.443 LGA P 187 P 187 0.653 0 0.015 0.057 1.444 73.636 77.143 0.660 LGA V 188 V 188 0.935 0 0.009 0.024 1.106 81.818 77.143 1.106 LGA E 189 E 189 0.947 0 0.020 0.333 1.945 81.818 76.566 1.945 LGA D 190 D 190 0.896 0 0.020 0.045 1.245 81.818 73.636 1.245 LGA E 191 E 191 0.632 0 0.035 0.075 1.211 90.909 84.040 1.211 LGA A 192 A 192 0.293 0 0.000 0.000 0.401 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.360 0 0.024 0.660 3.089 100.000 76.768 2.913 LGA V 194 V 194 0.249 0 0.032 0.043 0.401 100.000 100.000 0.368 LGA V 195 V 195 0.134 0 0.000 0.000 0.336 100.000 100.000 0.183 LGA Q 196 Q 196 0.344 0 0.027 0.265 1.312 100.000 90.303 1.162 LGA L 197 L 197 0.317 0 0.019 0.050 0.357 100.000 100.000 0.336 LGA I 198 I 198 0.172 0 0.084 0.092 0.546 95.455 97.727 0.353 LGA F 199 F 199 0.463 0 0.045 0.089 0.689 90.909 90.083 0.506 LGA N 200 N 200 0.551 0 0.046 1.090 3.909 95.455 68.864 3.909 LGA I 201 I 201 0.469 0 0.031 0.052 0.590 90.909 93.182 0.265 LGA F 202 F 202 0.565 0 0.000 0.030 0.966 86.364 83.471 0.966 LGA L 203 L 203 0.844 0 0.000 0.039 1.336 81.818 75.682 1.224 LGA N 204 N 204 0.714 0 0.032 0.103 1.270 81.818 75.682 1.270 LGA G 205 G 205 0.350 0 0.046 0.046 0.442 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.279 0 0.000 0.026 0.511 100.000 97.727 0.511 LGA N 207 N 207 0.798 0 0.069 0.299 1.889 81.818 73.864 1.479 LGA G 208 G 208 0.525 0 0.000 0.000 0.614 86.364 86.364 - LGA K 209 K 209 0.689 0 0.037 0.185 1.542 81.818 72.929 1.542 LGA D 210 D 210 0.752 0 0.119 0.715 2.068 81.818 70.455 2.068 LGA Y 211 Y 211 1.254 0 0.116 0.398 1.545 65.455 63.030 1.087 LGA S 212 S 212 1.992 0 0.688 0.750 5.859 46.364 32.727 5.859 LGA Y 213 Y 213 2.859 0 0.156 1.639 14.705 41.818 14.091 14.705 LGA A 215 A 215 0.622 0 0.218 0.234 1.760 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.254 0 0.037 0.188 0.713 100.000 95.455 0.713 LGA A 217 A 217 0.125 0 0.036 0.053 0.236 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.331 0 0.050 0.118 1.116 100.000 91.212 1.116 LGA H 219 H 219 0.224 0 0.029 0.037 0.351 100.000 100.000 0.351 LGA L 220 L 220 0.287 0 0.028 0.073 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA T 221 T 221 0.201 0 0.029 0.054 0.332 100.000 100.000 0.174 LGA N 222 N 222 0.313 0 0.040 0.046 0.447 100.000 100.000 0.422 LGA L 223 L 223 0.491 0 0.042 0.049 0.767 100.000 90.909 0.706 LGA Q 224 Q 224 0.527 0 0.030 0.798 4.308 81.818 60.404 4.308 LGA I 225 I 225 0.558 0 0.051 0.134 0.605 81.818 88.636 0.129 LGA P 226 P 226 0.740 0 0.060 0.064 0.965 81.818 81.818 0.965 LGA T 227 T 227 0.463 0 0.036 0.173 0.637 86.364 89.610 0.526 LGA P 228 P 228 0.999 0 0.079 0.084 1.161 81.818 77.143 1.161 LGA S 229 S 229 0.861 0 0.128 0.119 0.880 81.818 81.818 0.718 LGA G 230 G 230 0.608 0 0.060 0.060 0.660 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.339 0 0.109 0.677 2.410 90.909 89.091 2.410 LGA K 232 K 232 0.346 0 0.155 0.863 3.485 95.455 73.939 3.485 LGA R 233 R 233 0.243 0 0.022 1.002 4.969 100.000 63.967 4.969 LGA W 234 W 234 0.435 0 0.066 0.114 0.570 95.455 93.506 0.326 LGA N 235 N 235 0.655 0 0.032 0.905 2.510 81.818 72.955 2.510 LGA Q 236 Q 236 0.305 0 0.036 0.841 3.845 90.909 74.545 0.834 LGA Y 237 Y 237 1.217 0 0.030 0.345 2.127 69.545 57.273 2.127 LGA T 238 T 238 0.995 0 0.016 0.299 1.355 81.818 77.143 1.355 LGA I 239 I 239 0.613 0 0.013 0.089 0.785 81.818 88.636 0.419 LGA K 240 K 240 1.014 0 0.063 0.590 4.793 69.545 50.707 4.793 LGA A 241 A 241 1.139 0 0.063 0.067 1.257 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.349 0 0.045 0.047 0.841 95.455 93.182 0.841 LGA L 243 L 243 0.474 0 0.030 0.128 0.744 90.909 86.364 0.565 LGA Q 244 Q 244 0.830 0 0.042 0.285 1.275 77.727 78.182 1.275 LGA N 245 N 245 0.772 0 0.000 0.088 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA E 246 E 246 0.654 0 0.013 0.652 1.820 81.818 76.566 1.820 LGA V 247 V 247 0.434 0 0.000 0.069 0.587 95.455 94.805 0.587 LGA Y 248 Y 248 0.394 0 0.000 0.106 0.880 100.000 95.455 0.880 LGA I 249 I 249 0.460 0 0.067 0.099 0.889 100.000 90.909 0.889 LGA G 250 G 250 0.319 0 0.023 0.023 0.480 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.586 0 0.047 0.061 0.779 86.364 84.416 0.651 LGA V 252 V 252 0.546 0 0.051 0.120 0.783 86.364 87.013 0.656 LGA K 253 K 253 0.425 0 0.014 0.082 0.682 90.909 93.939 0.477 LGA Y 254 Y 254 0.774 0 0.030 0.342 2.367 81.818 70.303 2.367 LGA K 255 K 255 0.642 0 0.078 0.592 2.838 81.818 65.657 2.276 LGA V 256 V 256 0.724 0 0.077 0.088 0.967 81.818 81.818 0.967 LGA R 257 R 257 0.480 0 0.088 1.102 5.707 90.909 52.231 5.591 LGA E 258 E 258 1.100 0 0.085 1.173 4.974 65.909 47.273 4.974 LGA K 259 K 259 1.513 0 0.000 0.724 3.081 51.364 44.848 2.619 LGA T 260 T 260 2.589 0 0.019 0.109 2.995 30.000 28.831 2.995 LGA K 261 K 261 3.696 0 0.023 0.875 10.398 12.727 6.263 10.398 LGA D 262 D 262 3.779 0 0.086 0.905 4.077 12.727 12.045 3.507 LGA G 263 G 263 2.347 0 0.104 0.104 2.663 38.636 38.636 - LGA K 264 K 264 2.205 0 0.000 0.517 4.993 38.182 29.495 4.993 LGA R 265 R 265 1.618 0 0.083 1.023 3.687 47.727 42.149 2.540 LGA T 266 T 266 1.426 0 0.020 0.150 1.949 65.455 65.714 0.903 LGA I 267 I 267 1.290 0 0.049 0.093 2.230 65.455 56.591 2.230 LGA R 268 R 268 0.920 0 0.000 0.962 2.513 73.636 68.430 2.513 LGA P 269 P 269 1.608 0 0.000 0.019 1.771 58.182 57.143 1.624 LGA E 270 E 270 1.775 0 0.008 1.092 6.389 50.909 28.889 6.389 LGA K 271 K 271 1.946 0 0.057 0.633 2.307 50.909 57.980 1.119 LGA E 272 E 272 1.195 0 0.065 0.066 1.552 69.545 65.657 1.552 LGA Q 273 Q 273 0.925 0 0.000 0.060 1.169 73.636 69.091 1.123 LGA I 274 I 274 0.618 0 0.047 0.106 0.734 81.818 81.818 0.561 LGA V 275 V 275 0.234 0 0.029 0.035 0.329 100.000 100.000 0.328 LGA V 276 V 276 0.467 0 0.000 0.036 0.607 100.000 92.208 0.607 LGA Q 277 Q 277 0.457 0 0.052 0.604 2.574 95.455 75.556 2.574 LGA D 278 D 278 0.416 0 0.018 0.168 0.771 100.000 97.727 0.771 LGA A 279 A 279 0.520 0 0.033 0.050 0.583 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.291 0 0.042 0.251 0.874 100.000 94.545 0.605 LGA A 281 A 281 0.129 0 0.000 0.000 0.249 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.255 0 0.000 0.022 0.504 100.000 97.403 0.504 LGA I 283 I 283 0.289 0 0.044 0.079 0.575 95.455 97.727 0.380 LGA I 284 I 284 0.524 0 0.000 0.056 0.692 86.364 93.182 0.323 LGA D 285 D 285 0.966 0 0.021 0.732 2.535 73.636 66.818 0.623 LGA K 286 K 286 1.205 0 0.000 0.278 1.295 65.455 70.909 0.904 LGA E 287 E 287 1.331 0 0.026 0.151 1.694 65.455 63.838 1.291 LGA Q 288 Q 288 0.973 0 0.000 0.175 1.109 77.727 78.182 0.993 LGA F 289 F 289 0.949 0 0.030 0.099 1.062 73.636 72.893 1.018 LGA Q 290 Q 290 1.305 0 0.000 1.059 2.457 65.455 64.444 2.457 LGA Q 291 Q 291 1.130 0 0.000 0.217 1.372 69.545 67.273 1.335 LGA S 292 S 292 0.864 0 0.066 0.688 2.890 73.636 67.273 2.890 LGA Q 293 Q 293 1.295 0 0.046 0.249 1.612 61.818 62.222 1.612 LGA V 294 V 294 1.552 0 0.014 0.059 1.750 61.818 57.143 1.649 LGA K 295 K 295 1.054 0 0.067 0.163 1.365 65.455 76.566 0.423 LGA I 296 I 296 1.322 0 0.027 0.067 1.787 58.182 60.000 1.246 LGA A 297 A 297 2.042 0 0.158 0.186 2.935 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.254 0 0.044 0.533 2.362 58.182 62.500 2.362 LGA K 299 K 299 2.908 0 0.281 0.951 14.185 45.000 20.000 14.185 LGA V 300 V 300 2.395 0 0.087 0.074 5.022 51.364 31.169 4.578 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.159 1.111 2.019 78.623 73.156 58.426 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.16 92.963 96.598 10.720 LGA_LOCAL RMSD: 1.159 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.159 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.159 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.700263 * X + -0.084583 * Y + 0.708857 * Z + 150.501236 Y_new = -0.681877 * X + 0.214746 * Y + 0.699234 * Z + 151.956650 Z_new = -0.211367 * X + -0.973000 * Y + 0.092704 * Z + 145.868698 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.772096 0.212974 -1.475807 [DEG: -44.2379 12.2025 -84.5575 ] ZXZ: 2.349361 1.477959 -2.927684 [DEG: 134.6085 84.6808 -167.7439 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS075_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS075_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.16 96.598 1.16 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS075_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.855 187.468 153.254 1.00 70.72 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.194 188.195 154.338 1.00 71.16 C ATOM 1347 C GLY 165 150.669 188.055 154.365 1.00 74.75 C ATOM 1348 O GLY 165 149.981 188.851 155.011 1.00 71.96 O ATOM 1349 N LYS 166 150.108 187.068 153.671 1.00 70.19 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.674 186.804 153.666 1.00 69.50 C ATOM 1351 C LYS 166 148.264 186.025 154.914 1.00 69.28 C ATOM 1352 O LYS 166 149.010 185.184 155.419 1.00 67.61 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.262 186.069 152.385 1.00 68.51 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.482 186.917 151.110 1.00 67.92 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.151 186.126 149.847 1.00 66.52 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.366 186.992 148.596 1.00 60.87 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.276 186.200 147.344 1.00 55.88 N ATOM 1358 N TRP 167 147.058 186.278 155.404 1.00 75.44 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.511 185.566 156.556 1.00 75.01 C ATOM 1360 C TRP 167 145.966 184.199 156.150 1.00 72.97 C ATOM 1361 O TRP 167 145.067 184.102 155.314 1.00 68.55 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.437 186.419 157.226 1.00 74.77 C ATOM 1363 CG TRP 167 144.912 185.798 158.475 1.00 76.64 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.746 185.126 158.599 1.00 70.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.557 185.736 159.788 1.00 76.51 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.702 185.015 160.656 1.00 76.22 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.768 186.230 160.303 1.00 78.32 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.614 184.666 159.896 1.00 72.58 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.052 184.775 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PRO 173 142.377 187.856 165.215 1.00 82.94 C ATOM 1405 C PRO 173 141.557 189.100 165.571 1.00 84.84 C ATOM 1406 O PRO 173 141.244 189.931 164.711 1.00 82.87 O ATOM 1407 CB PRO 173 143.876 188.045 165.448 1.00 80.26 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.370 188.565 164.099 1.00 77.92 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.485 187.844 163.086 1.00 81.24 C ATOM 1410 N TYR 174 141.223 189.241 166.839 1.00 85.45 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.498 190.406 167.346 1.00 86.71 C ATOM 1412 C TYR 174 141.247 191.699 167.013 1.00 87.53 C ATOM 1413 O TYR 174 142.458 191.753 167.166 1.00 84.60 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.304 190.247 168.853 1.00 85.61 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.480 191.353 169.475 1.00 86.75 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.095 192.345 170.253 1.00 77.28 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.092 191.397 169.262 1.00 77.33 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.326 193.370 170.829 1.00 76.51 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.320 192.413 169.826 1.00 76.41 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.931 193.404 170.617 1.00 85.13 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.176 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ASN 204 151.367 203.798 180.055 1.00 74.44 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 150.802 204.300 178.982 1.00 66.82 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 152.547 203.532 180.053 1.00 67.35 O ATOM 1666 N GLY 205 149.275 201.266 183.508 1.00 76.63 N ATOM 1667 CA GLY 205 148.280 201.146 184.561 1.00 75.00 C ATOM 1668 C GLY 205 147.152 202.177 184.427 1.00 76.26 C ATOM 1669 O GLY 205 147.018 202.873 183.421 1.00 70.53 O ATOM 1670 N LEU 206 146.337 202.265 185.484 1.00 74.10 N ATOM 1671 CA LEU 206 145.307 203.289 185.637 1.00 72.41 C ATOM 1672 C LEU 206 145.443 203.927 187.021 1.00 72.33 C ATOM 1673 O LEU 206 145.598 203.223 188.009 1.00 65.37 O ATOM 1674 CB LEU 206 143.908 202.686 185.438 1.00 67.24 C ATOM 1675 CG LEU 206 143.545 202.331 183.983 1.00 61.25 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 142.279 201.489 183.953 1.00 56.75 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 143.292 203.581 183.144 1.00 57.29 C ATOM 1678 N ASN 207 145.364 205.244 187.076 1.00 68.55 N ATOM 1679 CA ASN 207 145.455 206.008 188.335 1.00 67.97 C ATOM 1680 C ASN 207 146.673 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VAL 300 155.527 188.882 191.835 1.00 38.92 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 157.658 189.614 190.761 1.00 39.49 C TER END