####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS059_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 130 165 - 295 1.00 1.08 LCS_AVERAGE: 95.25 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 130 135 135 54 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 130 135 135 49 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 130 135 135 17 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 130 135 135 19 46 63 107 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 130 135 135 25 76 95 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 130 135 135 49 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 130 135 135 45 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 130 135 135 42 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 130 135 135 66 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 130 135 135 58 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 130 135 135 12 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 130 135 135 4 43 107 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 130 135 135 4 36 107 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 130 135 135 4 73 112 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 130 135 135 4 61 112 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 130 135 135 3 77 112 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 130 135 135 3 29 65 118 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 130 135 135 3 4 8 55 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 130 135 135 40 100 118 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 130 135 135 59 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 H 280 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 130 135 135 60 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 130 135 135 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 130 135 135 66 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 116 135 135 26 100 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 116 135 135 26 98 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 116 135 135 43 100 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 85 135 135 5 28 41 78 114 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 0 3 25 107 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.42 ( 95.25 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 103 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 76.30 88.15 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.54 0.73 0.88 0.96 0.99 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.19 1.09 1.10 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.470 0 0.000 0.000 0.608 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.519 0 0.030 0.170 1.557 90.909 80.606 1.557 LGA W 167 W 167 0.522 0 0.077 0.260 0.971 81.818 81.818 0.826 LGA I 168 I 168 0.757 0 0.223 0.240 2.617 77.727 58.409 2.617 LGA S 169 S 169 0.639 0 0.000 0.606 2.663 81.818 70.000 2.663 LGA G 170 G 170 0.797 0 0.050 0.050 0.797 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.578 0 0.030 1.192 4.174 81.818 66.364 1.395 LGA A 172 A 172 0.660 0 0.034 0.029 0.776 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.388 0 0.055 0.325 1.209 95.455 89.870 1.209 LGA Y 174 Y 174 0.454 0 0.029 0.119 0.925 95.455 86.364 0.925 LGA G 175 G 175 0.272 0 0.041 0.041 0.272 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.241 0 0.020 0.167 0.445 100.000 100.000 0.189 LGA Q 177 Q 177 0.490 0 0.078 0.472 1.869 95.455 84.444 1.869 LGA L 178 L 178 0.683 0 0.066 0.117 1.047 81.818 79.773 1.047 LGA N 179 N 179 0.916 0 0.201 0.617 4.155 73.636 46.818 4.155 LGA K 180 K 180 3.439 0 0.278 0.949 13.302 29.545 13.131 13.302 LGA K 181 K 181 2.030 0 0.132 0.960 7.798 52.273 25.657 7.798 LGA T 182 T 182 0.734 0 0.063 1.158 3.674 86.364 69.610 3.674 LGA S 183 S 183 0.813 0 0.129 0.119 1.016 86.364 82.121 0.938 LGA K 184 K 184 1.001 0 0.028 0.806 3.258 73.636 64.040 3.258 LGA L 185 L 185 0.568 0 0.040 0.075 0.837 81.818 81.818 0.774 LGA D 186 D 186 0.366 0 0.044 0.114 0.518 100.000 97.727 0.518 LGA P 187 P 187 0.559 0 0.000 0.351 1.003 82.273 84.675 0.520 LGA V 188 V 188 0.801 0 0.000 0.037 1.041 81.818 79.481 0.870 LGA E 189 E 189 0.640 0 0.016 0.389 1.075 81.818 76.364 1.075 LGA D 190 D 190 0.465 0 0.038 0.236 0.996 100.000 90.909 0.882 LGA E 191 E 191 0.295 0 0.053 0.101 0.527 100.000 97.980 0.400 LGA A 192 A 192 0.328 0 0.000 0.020 0.402 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.312 0 0.033 0.683 3.082 100.000 80.808 3.082 LGA V 194 V 194 0.356 0 0.041 0.057 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA V 195 V 195 0.259 0 0.000 0.048 0.323 100.000 100.000 0.271 LGA Q 196 Q 196 0.333 0 0.027 0.260 1.194 100.000 92.121 0.880 LGA L 197 L 197 0.326 0 0.016 0.075 0.371 100.000 100.000 0.309 LGA I 198 I 198 0.340 0 0.094 0.119 0.531 100.000 95.455 0.531 LGA F 199 F 199 0.366 0 0.039 0.152 0.555 100.000 98.347 0.272 LGA N 200 N 200 0.178 0 0.027 0.955 2.125 100.000 86.136 1.839 LGA I 201 I 201 0.284 0 0.047 0.058 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA F 202 F 202 0.345 0 0.005 0.095 0.672 100.000 93.388 0.672 LGA L 203 L 203 0.194 0 0.081 0.174 0.851 95.455 90.909 0.597 LGA N 204 N 204 0.478 0 0.034 0.351 1.584 90.909 78.409 1.234 LGA G 205 G 205 0.721 0 0.058 0.058 0.721 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.854 0 0.035 1.387 2.671 73.636 61.364 2.671 LGA N 207 N 207 2.036 0 0.049 0.168 2.533 38.636 38.409 2.411 LGA G 208 G 208 2.312 0 0.000 0.000 2.695 38.636 38.636 - LGA K 209 K 209 1.923 0 0.103 0.203 2.379 54.545 46.869 2.079 LGA D 210 D 210 1.819 0 0.137 0.917 2.550 54.545 51.818 2.550 LGA Y 211 Y 211 1.915 0 0.125 0.329 1.955 50.909 53.333 1.453 LGA S 212 S 212 2.391 0 0.718 0.799 6.105 31.364 21.818 6.105 LGA Y 213 Y 213 3.098 0 0.141 1.631 14.777 36.364 12.273 14.777 LGA A 215 A 215 1.207 0 0.167 0.175 2.173 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.612 0 0.022 0.155 0.797 81.818 84.091 0.533 LGA A 217 A 217 0.562 0 0.012 0.036 0.647 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.806 0 0.046 0.065 1.478 86.364 79.394 1.478 LGA H 219 H 219 0.593 0 0.034 0.055 0.863 90.909 85.455 0.863 LGA L 220 L 220 0.414 0 0.016 0.107 0.609 100.000 97.727 0.609 LGA T 221 T 221 0.171 0 0.027 0.047 0.372 100.000 100.000 0.372 LGA N 222 N 222 0.208 0 0.044 0.127 0.544 100.000 97.727 0.544 LGA L 223 L 223 0.619 0 0.043 0.091 0.945 81.818 81.818 0.945 LGA Q 224 Q 224 0.377 0 0.070 0.815 4.669 95.455 60.808 4.397 LGA I 225 I 225 0.535 0 0.047 0.087 0.562 86.364 86.364 0.376 LGA P 226 P 226 0.463 0 0.064 0.067 0.557 95.455 94.805 0.474 LGA T 227 T 227 0.437 0 0.051 0.216 0.783 100.000 97.403 0.160 LGA P 228 P 228 0.533 0 0.455 0.490 2.794 64.091 71.688 0.689 LGA S 229 S 229 0.447 0 0.052 0.049 0.719 100.000 93.939 0.681 LGA G 230 G 230 0.299 0 0.042 0.042 0.457 100.000 100.000 - LGA K 231 K 231 0.603 0 0.119 0.716 2.873 82.273 75.960 2.873 LGA K 232 K 232 0.417 0 0.283 0.901 3.716 90.909 69.495 3.716 LGA R 233 R 233 0.374 0 0.058 0.914 4.260 100.000 66.116 4.124 LGA W 234 W 234 0.477 0 0.051 0.090 1.119 95.455 87.273 0.889 LGA N 235 N 235 1.043 0 0.054 0.647 2.073 69.545 62.273 2.073 LGA Q 236 Q 236 0.741 0 0.070 1.029 3.167 86.364 74.949 1.490 LGA Y 237 Y 237 0.607 0 0.123 0.460 2.699 82.273 63.636 2.699 LGA T 238 T 238 0.974 0 0.070 0.236 1.841 81.818 75.065 1.841 LGA I 239 I 239 0.480 0 0.027 0.101 0.750 95.455 95.455 0.750 LGA K 240 K 240 0.507 0 0.038 0.653 4.548 90.909 68.081 4.548 LGA A 241 A 241 0.761 0 0.034 0.047 0.971 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.706 0 0.007 0.051 1.353 86.364 80.000 1.353 LGA L 243 L 243 0.360 0 0.026 0.136 0.483 100.000 100.000 0.398 LGA Q 244 Q 244 0.394 0 0.085 0.371 1.865 90.909 82.828 1.450 LGA N 245 N 245 0.526 0 0.000 0.124 0.545 90.909 95.455 0.394 LGA E 246 E 246 0.460 0 0.000 0.571 1.540 95.455 86.465 0.857 LGA V 247 V 247 0.334 0 0.037 0.105 0.676 100.000 94.805 0.676 LGA Y 248 Y 248 0.185 0 0.029 0.134 1.412 100.000 86.667 1.412 LGA I 249 I 249 0.182 0 0.075 0.104 0.523 100.000 95.455 0.507 LGA G 250 G 250 0.155 0 0.031 0.031 0.226 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.569 0 0.085 0.120 0.880 86.364 84.416 0.633 LGA V 252 V 252 0.529 0 0.000 0.134 1.040 77.727 82.078 0.814 LGA K 253 K 253 0.977 0 0.038 0.212 1.251 73.636 74.545 0.722 LGA Y 254 Y 254 1.320 0 0.033 0.328 2.884 61.818 54.091 2.884 LGA K 255 K 255 1.859 0 0.081 0.108 2.122 50.909 49.495 2.122 LGA V 256 V 256 1.835 0 0.105 0.117 1.953 54.545 52.987 1.921 LGA R 257 R 257 1.823 0 0.032 1.066 4.635 47.727 36.529 3.829 LGA E 258 E 258 1.704 0 0.174 0.999 5.220 47.727 29.697 5.220 LGA K 259 K 259 1.712 0 0.021 0.076 2.049 50.909 48.081 1.976 LGA T 260 T 260 1.961 0 0.033 0.079 2.467 50.909 45.455 2.305 LGA K 261 K 261 1.495 0 0.164 0.877 4.267 51.364 43.636 4.267 LGA D 262 D 262 1.984 0 0.063 0.943 4.881 51.364 35.227 4.881 LGA G 263 G 263 1.790 0 0.099 0.099 1.790 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.886 0 0.000 0.503 2.903 50.909 40.202 2.867 LGA R 265 R 265 1.827 0 0.027 1.074 4.656 54.545 46.942 4.656 LGA T 266 T 266 1.384 0 0.021 0.073 1.540 61.818 63.377 1.385 LGA I 267 I 267 1.238 0 0.025 0.095 1.543 69.545 65.682 1.543 LGA R 268 R 268 0.894 0 0.023 1.067 2.764 81.818 64.628 2.764 LGA P 269 P 269 0.525 0 0.051 0.333 1.438 81.818 82.078 1.438 LGA E 270 E 270 0.852 0 0.027 0.871 3.366 81.818 62.020 2.841 LGA K 271 K 271 0.806 0 0.070 0.694 4.544 77.727 55.758 4.544 LGA E 272 E 272 1.004 0 0.130 0.168 2.240 77.727 61.616 2.131 LGA Q 273 Q 273 1.278 0 0.030 0.432 1.616 65.455 62.222 1.616 LGA I 274 I 274 1.002 0 0.051 0.059 1.109 69.545 71.591 1.012 LGA V 275 V 275 0.649 0 0.029 0.091 0.841 90.909 87.013 0.684 LGA V 276 V 276 0.391 0 0.000 0.052 0.512 95.455 94.805 0.456 LGA Q 277 Q 277 0.304 0 0.063 0.686 3.180 100.000 73.939 2.624 LGA D 278 D 278 0.368 0 0.084 0.113 0.753 95.455 93.182 0.617 LGA A 279 A 279 0.190 0 0.088 0.089 0.382 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.309 0 0.042 0.187 0.538 100.000 98.182 0.493 LGA A 281 A 281 0.356 0 0.000 0.000 0.476 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.176 0 0.030 0.035 0.224 100.000 100.000 0.203 LGA I 283 I 283 0.407 0 0.080 0.108 0.734 95.455 88.636 0.734 LGA I 284 I 284 0.437 0 0.015 0.086 0.498 100.000 100.000 0.312 LGA D 285 D 285 0.437 0 0.058 0.236 1.067 95.455 88.864 1.067 LGA K 286 K 286 0.569 0 0.033 0.279 1.265 86.364 84.040 1.265 LGA E 287 E 287 0.679 0 0.041 0.370 1.830 81.818 76.566 1.830 LGA Q 288 Q 288 0.619 0 0.000 0.336 2.055 81.818 71.717 2.055 LGA F 289 F 289 0.654 0 0.036 0.106 0.920 81.818 81.818 0.875 LGA Q 290 Q 290 0.840 0 0.033 1.207 2.995 81.818 65.657 2.995 LGA Q 291 Q 291 0.611 0 0.014 0.148 0.929 81.818 81.818 0.929 LGA S 292 S 292 0.729 0 0.116 0.682 2.604 81.818 72.727 2.604 LGA Q 293 Q 293 0.966 0 0.058 0.401 2.452 81.818 66.465 1.801 LGA V 294 V 294 0.747 0 0.021 0.062 0.834 81.818 81.818 0.614 LGA K 295 K 295 0.545 0 0.033 0.218 1.038 81.818 80.000 1.038 LGA I 296 I 296 1.261 0 0.028 0.075 1.874 65.909 62.045 1.540 LGA A 297 A 297 1.449 0 0.085 0.097 1.942 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.160 0 0.109 0.497 2.806 49.091 65.682 1.033 LGA K 299 K 299 3.613 0 0.380 1.047 13.097 28.636 12.929 13.097 LGA V 300 V 300 2.744 0 0.110 0.101 4.477 22.727 15.325 4.266 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.076 1.052 1.896 80.980 74.686 57.678 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 92.963 96.696 11.479 LGA_LOCAL RMSD: 1.076 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.076 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.076 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.786484 * X + -0.217934 * Y + -0.577881 * Z + 157.695206 Y_new = 0.617247 * X + -0.245270 * Y + -0.747562 * Z + 152.964462 Z_new = 0.021183 * X + -0.944641 * Y + 0.327420 * Z + 140.867645 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.476178 -0.021184 -1.237147 [DEG: 141.8746 -1.2138 -70.8833 ] ZXZ: -0.658072 1.237224 3.119172 [DEG: -37.7048 70.8877 178.7154 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS059_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 96.696 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS059_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT 4kis_A 4kis_A 4kis_A 4kis_A ATOM 1345 N GLY 165 153.233 186.999 153.656 1.00 87.62 ATOM 1346 CA GLY 165 152.536 187.680 154.741 1.00 87.62 ATOM 1347 C GLY 165 151.031 187.454 154.767 1.00 87.62 ATOM 1348 O GLY 165 150.308 188.218 155.409 1.00 87.62 ATOM 1349 N LYS 166 150.540 186.452 154.034 1.00 88.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.102 186.203 153.992 1.00 88.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.622 185.419 155.198 1.00 88.00 ATOM 1352 O LYS 166 149.371 184.660 155.817 1.00 88.00 ATOM 1353 CB LYS 166 148.713 185.467 152.714 1.00 88.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.943 186.279 151.435 1.00 88.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.551 185.501 150.176 1.00 88.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.778 186.335 148.919 1.00 88.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.406 185.593 147.672 1.00 88.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.358 185.618 155.533 1.00 90.81 ATOM 1359 CA TRP 167 146.715 184.880 156.601 1.00 90.81 ATOM 1360 C TRP 167 146.349 183.521 156.027 1.00 90.81 ATOM 1361 O TRP 167 145.734 183.451 154.963 1.00 90.81 ATOM 1362 CB TRP 167 145.471 185.620 157.077 1.00 90.81 ATOM 1363 CG TRP 167 144.853 185.031 158.281 1.00 90.81 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.709 184.302 158.368 1.00 90.81 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.378 185.118 159.615 1.00 90.81 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.487 183.933 159.667 1.00 90.81 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.498 184.425 160.444 1.00 90.81 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.520 185.721 160.167 1.00 90.81 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 144.714 184.312 161.796 1.00 90.81 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 146.738 185.609 161.530 1.00 90.81 ATOM 1371 CH2 TRP 167 145.856 184.922 162.322 1.00 90.81 ATOM 1372 N ILE 168 146.761 182.447 156.692 1.00 82.56 ATOM 1373 CA ILE 168 146.532 181.116 156.138 1.00 82.56 ATOM 1374 C ILE 168 145.378 180.347 156.772 1.00 82.56 ATOM 1375 O ILE 168 144.573 179.735 156.070 1.00 82.56 ATOM 1376 CB ILE 168 147.779 180.248 156.287 1.00 82.56 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.957 180.915 155.649 1.00 82.56 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.530 178.917 155.601 1.00 82.56 ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.784 181.192 154.226 1.00 82.56 ATOM 1380 N SER 169 145.334 180.317 158.099 1.00 75.88 ATOM 1381 CA SER 169 144.347 179.502 158.793 1.00 75.88 ATOM 1382 C SER 169 144.063 180.021 160.196 1.00 75.88 ATOM 1383 O SER 169 144.959 180.511 160.884 1.00 75.88 ATOM 1384 CB SER 169 144.839 178.065 158.862 1.00 75.88 ATOM 1385 OG SER 169 143.920 177.238 159.520 1.00 75.88 ATOM 1386 N GLY 170 142.811 179.882 160.620 1.00 77.69 ATOM 1387 CA GLY 170 142.383 180.311 161.943 1.00 77.69 ATOM 1388 C GLY 170 141.584 181.596 161.824 1.00 77.69 ATOM 1389 O GLY 170 141.491 182.178 160.741 1.00 77.69 ATOM 1390 N LEU 171 140.963 182.009 162.914 1.00 86.56 ATOM 1391 CA LEU 171 140.146 183.209 162.885 1.00 86.56 ATOM 1392 C LEU 171 141.030 184.416 163.088 1.00 86.56 ATOM 1393 O LEU 171 142.041 184.330 163.787 1.00 86.56 ATOM 1394 CB LEU 171 139.080 183.155 163.975 1.00 86.56 ATOM 1395 CG LEU 171 138.094 181.995 163.863 1.00 86.56 ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.149 182.022 165.054 1.00 86.56 ATOM 1397 CD2 LEU 171 137.338 182.107 162.554 1.00 86.56 ATOM 1398 N ALA 172 140.670 185.543 162.490 1.00 91.50 ATOM 1399 CA ALA 172 141.476 186.736 162.690 1.00 91.50 ATOM 1400 C ALA 172 141.465 187.076 164.191 1.00 91.50 ATOM 1401 O ALA 172 140.432 186.910 164.836 1.00 91.50 ATOM 1402 CB ALA 172 140.938 187.905 161.882 1.00 91.50 ATOM 1403 N PRO 173 142.583 187.551 164.752 1.00 92.81 ATOM 1404 CA PRO 173 142.722 187.961 166.135 1.00 92.81 ATOM 1405 C PRO 173 141.948 189.228 166.381 1.00 92.81 ATOM 1406 O PRO 173 141.738 190.010 165.461 1.00 92.81 ATOM 1407 CB PRO 173 144.231 188.123 166.271 1.00 92.81 ATOM 1408 CG PRO 173 144.715 188.410 164.883 1.00 92.81 ATOM 1409 CD PRO 173 143.809 187.656 163.974 1.00 92.81 ATOM 1410 N TYR 174 141.569 189.443 167.637 1.00 94.25 ATOM 1411 CA TYR 174 140.782 190.604 168.038 1.00 94.25 ATOM 1412 C TYR 174 141.500 191.859 167.583 1.00 94.25 ATOM 1413 O TYR 174 142.705 191.991 167.767 1.00 94.25 ATOM 1414 CB TYR 174 140.625 190.551 169.551 1.00 94.25 ATOM 1415 CG TYR 174 139.705 191.521 170.239 1.00 94.25 ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.194 192.592 170.925 1.00 94.25 ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.335 191.249 170.242 1.00 94.25 ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.334 193.404 171.608 1.00 94.25 ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.475 192.052 170.941 1.00 94.25 ATOM 1420 CZ TYR 174 137.951 193.127 171.620 1.00 94.25 ATOM 1421 OH TYR 174 137.073 193.920 172.342 1.00 94.25 ATOM 1422 N GLY 175 140.768 192.769 166.964 1.00 94.19 ATOM 1423 CA GLY 175 141.374 193.979 166.424 1.00 94.19 ATOM 1424 C GLY 175 141.611 193.849 164.926 1.00 94.19 ATOM 1425 O GLY 175 141.805 194.850 164.245 1.00 94.19 ATOM 1426 N TYR 176 141.544 192.623 164.402 1.00 95.19 ATOM 1427 CA TYR 176 141.719 192.367 162.978 1.00 95.19 ATOM 1428 C TYR 176 140.589 191.609 162.295 1.00 95.19 ATOM 1429 O TYR 176 139.854 190.829 162.901 1.00 95.19 ATOM 1430 CB TYR 176 143.029 191.654 162.683 1.00 95.19 ATOM 1431 CG TYR 176 144.243 192.480 162.945 1.00 95.19 ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.657 193.302 161.932 1.00 95.19 ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.957 192.425 164.116 1.00 95.19 ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.731 194.096 162.053 1.00 95.19 ATOM 1435 CE2 TYR 176 146.082 193.226 164.233 1.00 95.19 ATOM 1436 CZ TYR 176 146.458 194.070 163.200 1.00 95.19 ATOM 1437 OH TYR 176 147.565 194.883 163.311 1.00 95.19 ATOM 1438 N GLN 177 140.497 191.817 160.988 1.00 93.81 ATOM 1439 CA GLN 177 139.554 191.108 160.142 1.00 93.81 ATOM 1440 C GLN 177 140.241 190.726 158.840 1.00 93.81 ATOM 1441 O GLN 177 141.202 191.372 158.429 1.00 93.81 ATOM 1442 CB GLN 177 138.309 191.974 159.913 1.00 93.81 ATOM 1443 CG GLN 177 138.576 193.328 159.240 1.00 93.81 ATOM 1444 CD GLN 177 137.306 194.174 159.150 1.00 93.81 ATOM 1445 OE1 GLN 177 136.332 193.908 159.863 1.00 93.81 ATOM 1446 NE2 GLN 177 137.306 195.189 158.294 1.00 93.81 ATOM 1447 N LEU 178 139.772 189.668 158.190 1.00 92.56 ATOM 1448 CA LEU 178 140.445 189.222 156.974 1.00 92.56 ATOM 1449 C LEU 178 139.867 189.815 155.701 1.00 92.56 ATOM 1450 O LEU 178 138.675 189.676 155.414 1.00 92.56 ATOM 1451 CB LEU 178 140.410 187.696 156.888 1.00 92.56 ATOM 1452 CG LEU 178 141.100 187.112 155.667 1.00 92.56 ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.560 187.441 155.770 1.00 92.56 ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.891 185.622 155.622 1.00 92.56 ATOM 1455 N ASN 179 140.720 190.490 154.938 1.00 90.31 ATOM 1456 CA ASN 179 140.323 191.099 153.684 1.00 90.31 ATOM 1457 C ASN 179 140.403 190.067 152.570 1.00 90.31 ATOM 1458 O ASN 179 141.488 189.699 152.110 1.00 90.31 ATOM 1459 CB ASN 179 141.160 192.318 153.394 1.00 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