####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS059_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.28 1.28 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.28 1.28 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 0.98 1.34 LCS_AVERAGE: 60.88 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 66 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 61 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 20 99 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 3 14 44 114 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 44 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 3 62 111 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 4 94 117 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 48 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 37 99 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 25 99 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 26 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 68 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 67 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 55 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 36 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 13 76 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 19 76 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 23 95 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 7 95 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 20 91 118 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 5 15 48 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 10 38 69 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 38 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 69 102 119 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E 272 E 272 56 135 135 25 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 273 Q 273 56 135 135 25 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 274 I 274 56 135 135 37 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 275 V 275 56 135 135 67 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 276 V 276 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 277 Q 277 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 278 D 278 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 279 A 279 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT H 280 H 280 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 56 135 135 42 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 56 135 135 69 102 118 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 56 135 135 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 56 135 135 48 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 55 135 135 25 97 116 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 37 135 135 39 101 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 37 135 135 4 7 108 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 36 135 135 3 3 42 54 119 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.96 ( 60.88 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 75.56 88.15 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.54 0.80 0.87 1.05 1.18 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 GDT RMS_ALL_AT 1.75 1.51 1.34 1.34 1.30 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.909 0 0.000 0.000 1.011 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.960 0 0.018 0.105 1.810 81.818 69.495 1.810 LGA W 167 W 167 0.763 0 0.054 0.166 1.149 77.727 78.312 0.748 LGA I 168 I 168 1.394 0 0.140 1.555 4.275 59.091 43.636 4.275 LGA S 169 S 169 2.419 0 0.499 0.495 4.886 44.545 31.818 4.886 LGA G 170 G 170 1.304 0 0.128 0.128 1.332 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.301 0 0.051 0.807 4.520 65.455 45.909 3.822 LGA A 172 A 172 1.288 0 0.032 0.034 1.387 65.455 65.455 - LGA P 173 P 173 0.791 0 0.043 0.064 1.116 81.818 77.143 1.039 LGA Y 174 Y 174 0.769 0 0.031 0.188 1.322 81.818 76.364 1.322 LGA G 175 G 175 0.862 0 0.060 0.060 0.862 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.854 0 0.007 0.166 0.992 81.818 84.848 0.772 LGA Q 177 Q 177 1.206 0 0.097 0.507 1.692 69.545 64.040 1.692 LGA L 178 L 178 1.149 0 0.053 0.096 1.445 69.545 67.500 1.310 LGA N 179 N 179 0.971 0 0.218 0.631 4.335 81.818 50.909 4.335 LGA K 180 K 180 3.333 0 0.271 0.958 13.273 29.545 13.131 13.273 LGA K 181 K 181 1.929 0 0.153 0.963 8.059 55.455 27.879 8.059 LGA T 182 T 182 0.534 0 0.050 1.151 3.282 86.364 70.649 3.282 LGA S 183 S 183 1.260 0 0.147 0.127 1.555 69.545 65.758 1.497 LGA K 184 K 184 1.192 0 0.043 0.713 2.028 65.455 66.061 2.028 LGA L 185 L 185 0.859 0 0.077 0.086 1.087 77.727 79.773 0.635 LGA D 186 D 186 0.664 0 0.095 0.142 1.216 77.727 82.045 0.417 LGA P 187 P 187 0.777 0 0.000 0.071 1.745 70.000 75.065 0.702 LGA V 188 V 188 1.360 0 0.018 0.036 1.595 65.455 63.377 1.595 LGA E 189 E 189 1.386 0 0.000 0.909 3.789 65.455 49.091 3.789 LGA D 190 D 190 1.421 0 0.057 0.144 1.912 65.455 58.182 1.912 LGA E 191 E 191 1.138 0 0.060 0.121 1.817 73.636 67.475 1.817 LGA A 192 A 192 0.556 0 0.007 0.008 0.793 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.720 0 0.029 0.675 3.948 81.818 60.606 3.948 LGA V 194 V 194 0.691 0 0.031 0.055 0.864 90.909 87.013 0.737 LGA V 195 V 195 0.210 0 0.000 0.046 0.392 100.000 100.000 0.212 LGA Q 196 Q 196 0.379 0 0.035 0.256 1.498 100.000 86.465 1.316 LGA L 197 L 197 0.452 0 0.013 0.036 0.713 100.000 90.909 0.713 LGA I 198 I 198 0.243 0 0.098 0.129 0.431 100.000 100.000 0.375 LGA F 199 F 199 0.346 0 0.043 0.129 0.618 100.000 96.694 0.355 LGA N 200 N 200 0.491 0 0.028 0.957 2.263 100.000 81.591 1.940 LGA I 201 I 201 0.311 0 0.048 0.052 0.366 100.000 100.000 0.325 LGA F 202 F 202 0.407 0 0.000 0.112 0.915 90.909 88.430 0.915 LGA L 203 L 203 0.756 0 0.069 0.180 1.729 81.818 70.000 1.504 LGA N 204 N 204 0.551 0 0.037 0.111 1.660 90.909 78.409 1.473 LGA G 205 G 205 0.254 0 0.056 0.056 0.524 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.725 0 0.019 1.378 2.651 77.727 64.091 2.576 LGA N 207 N 207 1.560 0 0.043 0.168 1.831 54.545 52.727 1.767 LGA G 208 G 208 1.567 0 0.000 0.000 1.768 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.435 0 0.096 0.156 2.279 65.455 54.545 2.158 LGA D 210 D 210 1.306 0 0.065 0.220 1.882 65.455 63.636 1.073 LGA Y 211 Y 211 1.623 0 0.089 0.297 1.728 54.545 56.970 1.386 LGA S 212 S 212 2.239 0 0.718 0.803 6.177 36.364 25.152 6.177 LGA Y 213 Y 213 2.780 0 0.146 1.641 14.561 45.455 15.303 14.561 LGA A 215 A 215 0.849 0 0.169 0.175 1.794 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.391 0 0.024 0.149 0.548 100.000 95.455 0.548 LGA A 217 A 217 0.493 0 0.026 0.048 0.541 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.564 0 0.051 0.084 1.068 90.909 85.152 1.068 LGA H 219 H 219 0.503 0 0.026 0.053 0.641 95.455 87.273 0.600 LGA L 220 L 220 0.509 0 0.020 0.117 0.560 86.364 90.909 0.522 LGA T 221 T 221 0.395 0 0.019 0.041 0.463 100.000 100.000 0.328 LGA N 222 N 222 0.402 0 0.039 0.123 0.733 95.455 90.909 0.733 LGA L 223 L 223 0.707 0 0.038 0.087 0.896 81.818 81.818 0.896 LGA Q 224 Q 224 0.472 0 0.068 0.947 5.175 95.455 62.020 5.175 LGA I 225 I 225 0.302 0 0.036 0.085 0.425 100.000 100.000 0.221 LGA P 226 P 226 0.469 0 0.076 0.080 0.805 95.455 89.610 0.805 LGA T 227 T 227 0.607 0 0.099 0.125 0.823 81.818 81.818 0.735 LGA P 228 P 228 1.045 0 0.144 0.160 1.073 77.727 74.805 1.048 LGA S 229 S 229 1.068 0 0.077 0.075 1.084 73.636 76.364 0.611 LGA G 230 G 230 0.904 0 0.093 0.093 0.941 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.392 0 0.083 0.687 2.404 86.364 87.071 2.404 LGA K 232 K 232 0.467 0 0.293 0.891 3.227 82.273 67.071 3.227 LGA R 233 R 233 0.620 0 0.047 0.939 4.662 81.818 56.198 4.247 LGA W 234 W 234 0.670 0 0.065 0.083 0.784 81.818 81.818 0.628 LGA N 235 N 235 0.812 0 0.036 0.567 1.896 81.818 73.864 1.896 LGA Q 236 Q 236 0.414 0 0.052 1.005 3.494 95.455 79.192 1.130 LGA Y 237 Y 237 1.191 0 0.061 0.433 2.006 69.545 63.333 2.006 LGA T 238 T 238 1.007 0 0.042 0.195 1.325 73.636 72.468 1.325 LGA I 239 I 239 0.655 0 0.038 0.098 0.756 86.364 88.636 0.537 LGA K 240 K 240 0.974 0 0.033 0.642 5.276 81.818 55.960 5.276 LGA A 241 A 241 1.054 0 0.039 0.049 1.263 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.318 0 0.023 0.068 1.167 100.000 88.864 1.167 LGA L 243 L 243 0.322 0 0.003 0.136 0.607 95.455 97.727 0.344 LGA Q 244 Q 244 0.686 0 0.054 0.322 1.240 77.727 76.364 1.137 LGA N 245 N 245 0.660 0 0.006 0.094 0.723 81.818 84.091 0.451 LGA E 246 E 246 0.574 0 0.000 0.766 1.887 90.909 78.990 1.887 LGA V 247 V 247 0.333 0 0.046 0.122 0.467 100.000 100.000 0.450 LGA Y 248 Y 248 0.425 0 0.024 0.162 0.918 100.000 93.939 0.918 LGA I 249 I 249 0.434 0 0.064 0.079 0.742 100.000 90.909 0.676 LGA G 250 G 250 0.397 0 0.028 0.028 0.530 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.651 0 0.064 0.099 0.789 81.818 81.818 0.570 LGA V 252 V 252 0.704 0 0.023 0.147 1.206 81.818 79.481 1.206 LGA K 253 K 253 0.582 0 0.050 0.274 0.924 81.818 87.879 0.448 LGA Y 254 Y 254 0.785 0 0.053 0.377 3.050 81.818 65.303 3.050 LGA K 255 K 255 0.685 0 0.075 1.132 6.943 81.818 51.717 6.943 LGA V 256 V 256 0.799 0 0.060 0.080 0.888 81.818 81.818 0.855 LGA R 257 R 257 1.028 0 0.023 1.087 3.596 65.455 53.884 3.218 LGA E 258 E 258 1.484 0 0.070 0.866 5.407 51.818 37.778 5.407 LGA K 259 K 259 2.288 0 0.000 0.104 3.864 32.727 24.040 3.864 LGA T 260 T 260 2.914 0 0.019 0.098 3.525 20.909 23.636 2.885 LGA K 261 K 261 4.621 0 0.060 0.883 11.664 3.636 1.616 11.664 LGA D 262 D 262 4.211 0 0.052 1.024 4.961 8.182 5.909 4.961 LGA G 263 G 263 3.064 0 0.077 0.077 3.336 25.455 25.455 - LGA K 264 K 264 1.889 0 0.000 0.502 3.420 41.364 43.030 3.420 LGA R 265 R 265 1.454 0 0.034 1.044 3.591 61.818 58.017 3.591 LGA T 266 T 266 1.111 0 0.018 0.072 1.453 65.455 65.455 1.375 LGA I 267 I 267 0.982 0 0.030 0.081 1.115 69.545 69.545 1.012 LGA R 268 R 268 0.891 0 0.000 0.967 2.750 73.636 68.430 2.096 LGA P 269 P 269 1.117 0 0.031 0.038 1.207 69.545 70.130 1.166 LGA E 270 E 270 1.140 0 0.007 0.876 3.853 65.455 49.899 3.416 LGA K 271 K 271 1.217 0 0.061 0.719 4.743 65.455 47.071 4.743 LGA E 272 E 272 0.881 0 0.102 0.115 1.272 81.818 76.364 1.272 LGA Q 273 Q 273 1.010 0 0.026 0.075 1.077 73.636 76.364 1.077 LGA I 274 I 274 0.732 0 0.032 0.088 1.151 81.818 79.773 1.151 LGA V 275 V 275 0.479 0 0.034 0.084 0.676 100.000 92.208 0.627 LGA V 276 V 276 0.625 0 0.000 0.054 0.805 90.909 87.013 0.805 LGA Q 277 Q 277 0.524 0 0.043 0.667 2.973 90.909 71.515 2.237 LGA D 278 D 278 0.440 0 0.087 0.147 0.714 95.455 90.909 0.554 LGA A 279 A 279 0.693 0 0.048 0.075 0.839 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.370 0 0.038 0.215 0.565 100.000 96.364 0.282 LGA A 281 A 281 0.329 0 0.000 0.000 0.522 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.145 0 0.037 0.052 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA I 283 I 283 0.400 0 0.072 0.113 0.839 90.909 90.909 0.669 LGA I 284 I 284 0.484 0 0.008 0.111 0.600 90.909 95.455 0.406 LGA D 285 D 285 1.092 0 0.133 0.822 2.891 69.545 57.500 2.470 LGA K 286 K 286 1.113 0 0.018 0.231 1.421 65.455 65.455 1.242 LGA E 287 E 287 1.282 0 0.029 0.405 1.713 65.455 62.222 1.713 LGA Q 288 Q 288 1.068 0 0.000 0.330 2.019 69.545 62.828 1.676 LGA F 289 F 289 0.997 0 0.036 0.126 1.218 73.636 68.430 1.155 LGA Q 290 Q 290 1.326 0 0.029 1.198 2.741 65.455 61.414 2.741 LGA Q 291 Q 291 1.191 0 0.008 0.113 1.279 65.455 65.455 1.265 LGA S 292 S 292 1.104 0 0.124 0.665 2.918 65.455 59.091 2.918 LGA Q 293 Q 293 1.300 0 0.057 0.340 1.766 65.455 62.222 1.766 LGA V 294 V 294 1.535 0 0.028 0.076 1.741 61.818 57.143 1.741 LGA K 295 K 295 1.022 0 0.037 0.156 1.191 65.455 70.909 1.131 LGA I 296 I 296 1.280 0 0.026 0.081 1.694 58.182 60.000 1.467 LGA A 297 A 297 1.882 0 0.083 0.092 2.464 47.727 45.818 - LGA N 298 N 298 1.296 0 0.028 0.533 1.912 58.182 64.091 1.912 LGA K 299 K 299 2.390 0 0.196 0.693 13.634 51.364 23.030 13.634 LGA V 300 V 300 3.876 0 0.152 0.146 7.422 21.364 12.208 7.422 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.280 1.246 2.098 75.532 69.705 54.393 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.28 91.852 96.280 9.782 LGA_LOCAL RMSD: 1.280 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.280 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.280 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.006940 * X + 0.829619 * Y + 0.558287 * Z + 147.620117 Y_new = -0.964555 * X + 0.141724 * Y + -0.222594 * Z + 174.061325 Z_new = -0.263791 * X + -0.540043 * Y + 0.799230 * Z + 170.937790 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.577992 0.266950 -0.594233 [DEG: -90.4123 15.2951 -34.0471 ] ZXZ: 1.191403 0.644784 -2.687217 [DEG: 68.2624 36.9434 -153.9662 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS059_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.28 96.280 1.28 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS059_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT 4kis_A 4kis_A 4kis_A 4kis_A ATOM 1345 N GLY 165 152.688 186.662 153.710 1.00 98.33 ATOM 1346 CA GLY 165 152.116 187.408 154.827 1.00 98.33 ATOM 1347 C GLY 165 150.592 187.371 154.889 1.00 98.33 ATOM 1348 O GLY 165 149.976 188.181 155.583 1.00 98.33 ATOM 1349 N LYS 166 149.973 186.462 154.145 1.00 98.49 ATOM 1350 CA LYS 166 148.521 186.372 154.136 1.00 98.49 ATOM 1351 C LYS 166 148.058 185.661 155.395 1.00 98.49 ATOM 1352 O LYS 166 148.761 184.805 155.941 1.00 98.49 ATOM 1353 CB LYS 166 148.067 185.684 152.855 1.00 98.49 ATOM 1354 CG LYS 166 148.356 186.537 151.627 1.00 98.49 ATOM 1355 CD LYS 166 148.053 185.836 150.322 1.00 98.49 ATOM 1356 CE LYS 166 148.261 186.796 149.153 1.00 98.49 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.180 186.116 147.851 1.00 98.49 ATOM 1358 N TRP 167 146.893 186.032 155.886 1.00 98.14 ATOM 1359 CA TRP 167 146.384 185.390 157.078 1.00 98.14 ATOM 1360 C TRP 167 145.660 184.087 156.759 1.00 98.14 ATOM 1361 O TRP 167 144.608 184.090 156.121 1.00 98.14 ATOM 1362 CB TRP 167 145.461 186.345 157.818 1.00 98.14 ATOM 1363 CG TRP 167 144.915 185.764 159.030 1.00 98.14 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.704 185.183 159.151 1.00 98.14 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.537 185.675 160.320 1.00 98.14 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.527 184.728 160.407 1.00 98.14 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.635 185.018 161.149 1.00 98.14 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.777 186.093 160.829 1.00 98.14 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 144.917 184.753 162.468 1.00 98.14 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.066 185.840 162.158 1.00 98.14 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.160 185.184 162.960 1.00 98.14 ATOM 1372 N ILE 168 146.242 182.972 157.205 1.00 96.03 ATOM 1373 CA ILE 168 145.695 181.641 156.942 1.00 96.03 ATOM 1374 C ILE 168 145.525 180.829 158.227 1.00 96.03 ATOM 1375 O ILE 168 145.578 179.600 158.200 1.00 96.03 ATOM 1376 CB ILE 168 146.551 180.845 155.934 1.00 96.03 ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.952 180.673 156.390 1.00 96.03 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.565 181.562 154.576 1.00 96.03 ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.669 179.698 155.515 1.00 96.03 ATOM 1380 N SER 169 145.349 181.514 159.353 1.00 92.01 ATOM 1381 CA SER 169 145.254 180.851 160.654 1.00 92.01 ATOM 1382 C SER 169 143.888 180.971 161.322 1.00 92.01 ATOM 1383 O SER 169 143.790 181.151 162.535 1.00 92.01 ATOM 1384 CB SER 169 146.326 181.360 161.592 1.00 92.01 ATOM 1385 OG SER 169 147.598 181.057 161.102 1.00 92.01 ATOM 1386 N GLY 170 142.831 180.852 160.527 1.00 93.65 ATOM 1387 CA GLY 170 141.477 180.887 161.063 1.00 93.65 ATOM 1388 C GLY 170 140.958 182.301 161.307 1.00 93.65 ATOM 1389 O GLY 170 141.219 183.216 160.529 1.00 93.65 ATOM 1390 N LEU 171 140.142 182.449 162.341 1.00 96.41 ATOM 1391 CA LEU 171 139.458 183.703 162.648 1.00 96.41 ATOM 1392 C LEU 171 140.413 184.869 162.893 1.00 96.41 ATOM 1393 O LEU 171 141.381 184.747 163.644 1.00 96.41 ATOM 1394 CB LEU 171 138.554 183.513 163.869 1.00 96.41 ATOM 1395 CG LEU 171 137.690 184.722 164.252 1.00 96.41 ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.672 184.981 163.153 1.00 96.41 ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.998 184.442 165.582 1.00 96.41 ATOM 1398 N ALA 172 140.142 186.001 162.242 1.00 97.86 ATOM 1399 CA ALA 172 140.992 187.174 162.395 1.00 97.86 ATOM 1400 C ALA 172 141.069 187.557 163.884 1.00 97.86 ATOM 1401 O ALA 172 140.047 187.502 164.566 1.00 97.86 ATOM 1402 CB ALA 172 140.441 188.352 161.609 1.00 97.86 ATOM 1403 N PRO 173 142.242 187.959 164.412 1.00 98.24 ATOM 1404 CA PRO 173 142.457 188.414 165.772 1.00 98.24 ATOM 1405 C PRO 173 141.604 189.637 166.055 1.00 98.24 ATOM 1406 O PRO 173 141.297 190.401 165.140 1.00 98.24 ATOM 1407 CB PRO 173 143.949 188.749 165.792 1.00 98.24 ATOM 1408 CG PRO 173 144.523 187.951 164.685 1.00 98.24 ATOM 1409 CD PRO 173 143.472 187.908 163.627 1.00 98.24 ATOM 1410 N TYR 174 141.247 189.820 167.319 1.00 98.57 ATOM 1411 CA TYR 174 140.435 190.950 167.764 1.00 98.57 ATOM 1412 C TYR 174 141.058 192.245 167.277 1.00 98.57 ATOM 1413 O TYR 174 142.265 192.419 167.378 1.00 98.57 ATOM 1414 CB TYR 174 140.336 190.898 169.290 1.00 98.57 ATOM 1415 CG TYR 174 139.490 191.981 169.918 1.00 98.57 ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.077 193.000 170.611 1.00 98.57 ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.124 191.942 169.775 1.00 98.57 ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.301 193.976 171.177 1.00 98.57 ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.335 192.903 170.340 1.00 98.57 ATOM 1420 CZ TYR 174 137.907 193.920 171.042 1.00 98.57 ATOM 1421 OH TYR 174 137.102 194.875 171.604 1.00 98.57 ATOM 1422 N GLY 175 140.259 193.144 166.700 1.00 98.71 ATOM 1423 CA GLY 175 140.837 194.367 166.170 1.00 98.71 ATOM 1424 C GLY 175 141.099 194.300 164.690 1.00 98.71 ATOM 1425 O GLY 175 141.358 195.328 164.072 1.00 98.71 ATOM 1426 N TYR 176 141.026 193.111 164.111 1.00 98.74 ATOM 1427 CA TYR 176 141.245 192.957 162.689 1.00 98.74 ATOM 1428 C TYR 176 140.103 192.244 161.968 1.00 98.74 ATOM 1429 O TYR 176 139.392 191.423 162.547 1.00 98.74 ATOM 1430 CB TYR 176 142.529 192.190 162.401 1.00 98.74 ATOM 1431 CG TYR 176 143.783 192.793 162.840 1.00 98.74 ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.387 193.726 162.038 1.00 98.74 ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.393 192.351 163.978 1.00 98.74 ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.582 194.239 162.382 1.00 98.74 ATOM 1435 CE2 TYR 176 145.617 192.844 164.322 1.00 98.74 ATOM 1436 CZ TYR 176 146.214 193.791 163.527 1.00 98.74 ATOM 1437 OH TYR 176 147.447 194.282 163.847 1.00 98.74 ATOM 1438 N GLN 177 139.993 192.492 160.669 1.00 98.30 ATOM 1439 CA GLN 177 139.061 191.746 159.836 1.00 98.30 ATOM 1440 C GLN 177 139.840 191.242 158.634 1.00 98.30 ATOM 1441 O GLN 177 140.879 191.803 158.277 1.00 98.30 ATOM 1442 CB GLN 177 137.841 192.611 159.429 1.00 98.30 ATOM 1443 CG GLN 177 138.142 193.846 158.600 1.00 98.30 ATOM 1444 CD GLN 177 136.870 194.652 158.340 1.00 98.30 ATOM 1445 OE1 GLN 177 135.876 194.489 159.055 1.00 98.30 ATOM 1446 NE2 GLN 177 136.879 195.514 157.327 1.00 98.30 ATOM 1447 N LEU 178 139.367 190.166 158.020 1.00 98.49 ATOM 1448 CA LEU 178 140.104 189.595 156.899 1.00 98.49 ATOM 1449 C LEU 178 139.618 190.136 155.564 1.00 98.49 ATOM 1450 O LEU 178 138.437 190.029 155.221 1.00 98.49 ATOM 1451 CB LEU 178 140.000 188.064 156.932 1.00 98.49 ATOM 1452 CG LEU 178 140.739 187.340 155.813 1.00 98.49 ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.217 187.597 155.981 1.00 98.49 ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.444 185.855 155.885 1.00 98.49 ATOM 1455 N ASN 179 140.533 190.739 154.816 1.00 98.33 ATOM 1456 CA ASN 179 140.208 191.311 153.524 1.00 98.33 ATOM 1457 C ASN 179 140.253 190.223 152.477 1.00 98.33 ATOM 1458 O ASN 179 141.328 189.827 152.023 1.00 98.33 ATOM 1459 CB ASN 179 141.143 192.450 153.187 1.00 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