####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS059_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.31 1.31 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.31 1.31 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 0.97 1.37 LCS_AVERAGE: 60.19 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 66 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 23 95 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 3 11 44 114 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 39 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 9 32 70 115 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 4 79 114 123 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 47 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 50 100 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 40 100 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 59 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 54 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 45 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 28 91 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 21 91 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 28 98 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 26 100 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 5 74 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 15 70 116 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 11 46 80 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 39 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 71 102 119 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E 272 E 272 54 135 135 24 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 273 Q 273 54 135 135 24 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 274 I 274 54 135 135 35 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 275 V 275 54 135 135 68 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 276 V 276 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 277 Q 277 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 278 D 278 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 279 A 279 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT H 280 H 280 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 54 135 135 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 54 135 135 47 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 36 135 135 19 95 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 36 135 135 37 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 35 135 135 4 11 91 116 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 3 135 135 3 3 42 54 97 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.73 ( 60.19 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 102 119 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 75.56 88.15 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.78 0.91 1.11 1.26 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 GDT RMS_ALL_AT 1.80 1.53 1.40 1.35 1.32 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 1.31 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 176 Y 176 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 248 Y 248 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.893 0 0.000 0.000 1.009 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.926 0 0.015 0.117 1.791 81.818 71.111 1.791 LGA W 167 W 167 0.784 0 0.042 0.182 1.188 81.818 77.143 0.933 LGA I 168 I 168 1.406 0 0.057 1.532 4.689 56.364 43.409 4.689 LGA S 169 S 169 2.409 0 0.427 0.456 4.845 44.545 31.818 4.845 LGA G 170 G 170 1.449 0 0.180 0.180 1.449 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.293 0 0.070 0.805 4.400 65.455 46.364 3.849 LGA A 172 A 172 1.257 0 0.032 0.027 1.355 65.455 65.455 - LGA P 173 P 173 0.810 0 0.053 0.323 2.033 77.727 70.909 2.033 LGA Y 174 Y 174 0.755 0 0.000 0.193 1.242 81.818 76.364 1.227 LGA G 175 G 175 0.848 0 0.063 0.063 0.848 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.824 0 0.022 0.159 0.959 81.818 87.879 0.419 LGA Q 177 Q 177 1.196 0 0.093 0.117 1.254 69.545 67.273 1.195 LGA L 178 L 178 1.170 0 0.055 0.110 1.453 69.545 67.500 1.290 LGA N 179 N 179 1.064 0 0.215 0.641 4.431 77.727 48.864 4.431 LGA K 180 K 180 3.197 0 0.270 0.958 13.145 29.545 13.131 13.145 LGA K 181 K 181 2.063 0 0.151 0.962 8.204 52.273 25.051 8.204 LGA T 182 T 182 0.620 0 0.058 1.161 3.302 86.364 70.649 3.302 LGA S 183 S 183 1.226 0 0.144 0.125 1.494 69.545 68.182 1.420 LGA K 184 K 184 1.143 0 0.041 0.715 2.083 65.455 66.061 2.083 LGA L 185 L 185 0.841 0 0.108 0.117 1.248 77.727 79.773 0.669 LGA D 186 D 186 0.641 0 0.084 0.138 1.134 77.727 84.318 0.596 LGA P 187 P 187 0.770 0 0.000 0.061 1.677 70.000 75.065 0.704 LGA V 188 V 188 1.343 0 0.016 0.036 1.591 65.455 63.377 1.591 LGA E 189 E 189 1.342 0 0.024 0.377 2.301 65.455 60.808 2.301 LGA D 190 D 190 1.392 0 0.049 0.141 1.884 65.455 58.182 1.884 LGA E 191 E 191 1.120 0 0.053 0.122 1.756 73.636 67.475 1.756 LGA A 192 A 192 0.521 0 0.006 0.000 0.767 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.662 0 0.027 0.706 4.139 81.818 61.818 4.139 LGA V 194 V 194 0.650 0 0.031 0.058 0.796 90.909 87.013 0.702 LGA V 195 V 195 0.209 0 0.000 0.044 0.382 100.000 100.000 0.220 LGA Q 196 Q 196 0.321 0 0.026 0.254 1.472 100.000 88.485 1.254 LGA L 197 L 197 0.389 0 0.005 0.037 0.692 100.000 93.182 0.692 LGA I 198 I 198 0.253 0 0.102 0.131 0.474 100.000 100.000 0.392 LGA F 199 F 199 0.312 0 0.042 0.140 0.620 100.000 96.694 0.382 LGA N 200 N 200 0.447 0 0.061 1.154 3.961 100.000 72.727 3.961 LGA I 201 I 201 0.217 0 0.073 0.068 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA F 202 F 202 0.327 0 0.000 0.092 0.795 100.000 93.388 0.795 LGA L 203 L 203 0.638 0 0.075 0.188 1.494 95.455 82.500 1.239 LGA N 204 N 204 0.506 0 0.070 0.100 1.365 95.455 82.500 1.260 LGA G 205 G 205 0.386 0 0.040 0.040 0.587 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.636 0 0.000 0.111 0.884 86.364 88.636 0.344 LGA N 207 N 207 1.309 0 0.049 0.156 1.515 61.818 63.636 1.340 LGA G 208 G 208 1.409 0 0.000 0.000 1.507 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.273 0 0.067 0.157 2.362 73.636 59.798 2.362 LGA D 210 D 210 1.068 0 0.342 1.042 2.092 73.636 64.318 1.812 LGA Y 211 Y 211 1.957 0 0.081 0.464 2.306 50.909 48.788 1.725 LGA S 212 S 212 2.403 0 0.718 0.797 6.255 34.545 23.939 6.255 LGA Y 213 Y 213 2.740 0 0.144 1.684 14.562 45.455 15.606 14.562 LGA A 215 A 215 0.973 0 0.169 0.175 1.838 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.453 0 0.012 0.152 0.549 95.455 95.455 0.478 LGA A 217 A 217 0.547 0 0.027 0.046 0.605 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.637 0 0.049 0.086 1.112 86.364 82.121 1.112 LGA H 219 H 219 0.597 0 0.027 0.067 0.711 81.818 81.818 0.645 LGA L 220 L 220 0.554 0 0.000 0.116 0.568 81.818 84.091 0.567 LGA T 221 T 221 0.438 0 0.017 0.041 0.506 95.455 97.403 0.368 LGA N 222 N 222 0.465 0 0.049 0.128 0.794 90.909 86.364 0.794 LGA L 223 L 223 0.760 0 0.040 0.086 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA Q 224 Q 224 0.511 0 0.108 0.547 2.389 86.364 73.535 2.389 LGA I 225 I 225 0.276 0 0.052 0.099 0.441 100.000 100.000 0.239 LGA P 226 P 226 0.472 0 0.062 0.349 1.828 90.909 80.260 1.828 LGA T 227 T 227 0.584 0 0.098 0.133 0.779 86.364 84.416 0.580 LGA P 228 P 228 1.011 0 0.145 0.158 1.048 77.727 74.805 1.046 LGA S 229 S 229 1.019 0 0.058 0.650 2.603 73.636 67.273 2.603 LGA G 230 G 230 0.858 0 0.098 0.098 0.894 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.306 0 0.086 0.690 2.609 86.364 81.818 2.609 LGA K 232 K 232 0.424 0 0.294 0.873 3.106 82.273 67.071 3.106 LGA R 233 R 233 0.608 0 0.052 0.947 4.691 81.818 55.041 4.315 LGA W 234 W 234 0.670 0 0.065 0.079 0.788 81.818 81.818 0.627 LGA N 235 N 235 0.868 0 0.053 0.480 1.827 81.818 73.864 1.827 LGA Q 236 Q 236 0.382 0 0.056 1.059 4.552 95.455 65.455 4.346 LGA Y 237 Y 237 1.125 0 0.071 0.436 2.010 69.545 66.061 2.010 LGA T 238 T 238 0.976 0 0.039 0.195 1.334 81.818 77.143 1.334 LGA I 239 I 239 0.610 0 0.037 0.095 0.720 86.364 90.909 0.584 LGA K 240 K 240 0.908 0 0.024 0.879 5.827 81.818 54.141 5.827 LGA A 241 A 241 0.997 0 0.040 0.046 1.204 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.298 0 0.025 0.065 1.158 100.000 88.864 1.158 LGA L 243 L 243 0.260 0 0.000 0.139 0.520 95.455 97.727 0.289 LGA Q 244 Q 244 0.622 0 0.047 0.285 1.114 77.727 80.000 0.900 LGA N 245 N 245 0.663 0 0.000 0.075 0.712 81.818 84.091 0.449 LGA E 246 E 246 0.618 0 0.000 0.740 1.717 81.818 74.949 1.717 LGA V 247 V 247 0.341 0 0.033 0.124 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA Y 248 Y 248 0.435 0 0.041 0.182 1.072 100.000 92.576 1.072 LGA I 249 I 249 0.437 0 0.085 0.095 0.777 100.000 93.182 0.633 LGA G 250 G 250 0.452 0 0.027 0.027 0.569 90.909 90.909 - LGA T 251 T 251 0.703 0 0.061 0.092 0.796 81.818 81.818 0.574 LGA V 252 V 252 0.860 0 0.070 1.219 2.645 81.818 67.273 2.645 LGA K 253 K 253 0.607 0 0.024 0.321 1.039 77.727 82.020 0.748 LGA Y 254 Y 254 0.722 0 0.044 1.521 8.943 81.818 41.364 8.943 LGA K 255 K 255 0.837 0 0.055 1.050 5.451 81.818 52.929 5.451 LGA V 256 V 256 0.954 0 0.068 0.093 1.053 81.818 74.805 1.014 LGA R 257 R 257 1.064 0 0.032 0.847 2.889 65.455 59.504 2.889 LGA E 258 E 258 1.481 0 0.048 0.887 5.492 51.818 36.768 5.492 LGA K 259 K 259 2.373 0 0.000 0.128 4.015 32.727 22.626 4.015 LGA T 260 T 260 3.094 0 0.051 0.056 3.680 16.818 18.701 3.147 LGA K 261 K 261 4.637 0 0.098 1.053 13.240 2.273 1.010 13.240 LGA D 262 D 262 4.401 0 0.059 0.941 5.262 6.818 4.545 5.262 LGA G 263 G 263 3.245 0 0.068 0.068 3.501 20.909 20.909 - LGA K 264 K 264 2.196 0 0.000 0.857 2.832 32.727 44.242 2.832 LGA R 265 R 265 1.655 0 0.031 1.149 5.353 50.909 37.355 5.353 LGA T 266 T 266 1.315 0 0.068 1.050 3.156 61.818 51.169 2.968 LGA I 267 I 267 1.125 0 0.027 0.613 2.262 65.455 62.045 2.262 LGA R 268 R 268 1.043 0 0.000 0.763 2.726 65.455 55.041 2.670 LGA P 269 P 269 1.352 0 0.039 0.046 1.504 65.455 63.377 1.489 LGA E 270 E 270 1.303 0 0.000 0.139 1.423 65.455 67.273 1.307 LGA K 271 K 271 1.458 0 0.049 0.609 1.748 65.455 65.859 1.582 LGA E 272 E 272 1.039 0 0.096 0.104 1.753 69.545 62.424 1.753 LGA Q 273 Q 273 1.050 0 0.040 0.082 1.160 69.545 70.909 1.160 LGA I 274 I 274 0.836 0 0.064 0.111 0.933 81.818 81.818 0.930 LGA V 275 V 275 0.607 0 0.000 0.060 0.921 90.909 87.013 0.872 LGA V 276 V 276 0.666 0 0.000 0.046 0.816 81.818 81.818 0.816 LGA Q 277 Q 277 0.554 0 0.060 0.436 2.733 90.909 71.515 2.192 LGA D 278 D 278 0.424 0 0.090 0.181 0.980 95.455 93.182 0.980 LGA A 279 A 279 0.657 0 0.058 0.085 0.800 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.291 0 0.033 1.115 2.342 100.000 80.182 1.305 LGA A 281 A 281 0.303 0 0.030 0.038 0.511 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.208 0 0.050 0.064 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA I 283 I 283 0.424 0 0.067 0.097 0.840 90.909 90.909 0.733 LGA I 284 I 284 0.487 0 0.012 0.106 0.615 90.909 95.455 0.349 LGA D 285 D 285 0.976 0 0.103 0.702 2.334 73.636 66.136 1.500 LGA K 286 K 286 1.116 0 0.035 0.352 1.188 65.455 74.949 0.981 LGA E 287 E 287 1.311 0 0.055 0.640 2.674 65.455 53.535 2.674 LGA Q 288 Q 288 1.045 0 0.000 0.377 2.434 69.545 62.828 2.434 LGA F 289 F 289 1.059 0 0.041 0.147 1.187 65.455 65.455 1.091 LGA Q 290 Q 290 1.356 0 0.032 1.228 2.766 65.455 57.980 2.766 LGA Q 291 Q 291 1.148 0 0.008 0.140 1.220 65.455 65.455 1.208 LGA S 292 S 292 1.031 0 0.042 0.071 1.117 65.455 65.455 1.072 LGA Q 293 Q 293 1.289 0 0.030 1.257 4.525 65.455 47.475 4.084 LGA V 294 V 294 1.461 0 0.026 0.082 1.676 65.455 61.299 1.676 LGA K 295 K 295 0.971 0 0.037 0.191 1.418 69.545 72.727 1.418 LGA I 296 I 296 1.307 0 0.031 0.068 1.688 58.182 60.000 1.353 LGA A 297 A 297 1.893 0 0.096 0.110 2.502 45.000 43.636 - LGA N 298 N 298 1.189 0 0.116 0.524 1.487 65.455 69.545 1.355 LGA K 299 K 299 2.672 0 0.114 1.064 13.775 48.636 21.818 13.775 LGA V 300 V 300 4.058 0 0.044 0.061 8.476 14.091 8.052 8.476 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.311 1.284 2.192 74.818 68.950 53.048 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.31 91.852 96.280 9.566 LGA_LOCAL RMSD: 1.311 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.311 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.311 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.869412 * X + 0.491231 * Y + -0.053062 * Z + 119.078011 Y_new = -0.472602 * X + 0.795469 * Y + -0.379309 * Z + 145.027283 Z_new = -0.144119 * X + 0.354853 * Y + 0.923747 * Z + 128.862274 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.497907 0.144623 0.366765 [DEG: -28.5280 8.2863 21.0141 ] ZXZ: -0.138990 0.393045 -0.385785 [DEG: -7.9635 22.5198 -22.1039 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS059_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS059_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.31 96.280 1.31 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS059_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 4kis_A 4kis_A 4kis_A 4kis_A ATOM 1345 N GLY 165 152.695 186.630 153.732 1.00 98.26 ATOM 1346 CA GLY 165 152.138 187.390 154.843 1.00 98.26 ATOM 1347 C GLY 165 150.617 187.385 154.905 1.00 98.26 ATOM 1348 O GLY 165 150.016 188.179 155.633 1.00 98.26 ATOM 1349 N LYS 166 149.984 186.516 154.128 1.00 98.45 ATOM 1350 CA LYS 166 148.534 186.455 154.104 1.00 98.45 ATOM 1351 C LYS 166 148.042 185.768 155.360 1.00 98.45 ATOM 1352 O LYS 166 148.736 184.931 155.953 1.00 98.45 ATOM 1353 CB LYS 166 148.075 185.762 152.829 1.00 98.45 ATOM 1354 CG LYS 166 148.381 186.603 151.596 1.00 98.45 ATOM 1355 CD LYS 166 148.073 185.905 150.291 1.00 98.45 ATOM 1356 CE LYS 166 148.296 186.864 149.123 1.00 98.45 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.215 186.188 147.820 1.00 98.45 ATOM 1358 N TRP 167 146.866 186.149 155.811 1.00 98.09 ATOM 1359 CA TRP 167 146.322 185.498 156.975 1.00 98.09 ATOM 1360 C TRP 167 145.655 184.180 156.622 1.00 98.09 ATOM 1361 O TRP 167 144.668 184.160 155.887 1.00 98.09 ATOM 1362 CB TRP 167 145.349 186.396 157.678 1.00 98.09 ATOM 1363 CG TRP 167 144.753 185.795 158.864 1.00 98.09 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.526 185.235 158.936 1.00 98.09 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.321 185.690 160.176 1.00 98.09 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.294 184.772 160.176 1.00 98.09 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.376 185.048 160.966 1.00 98.09 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.546 186.085 160.738 1.00 98.09 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 144.597 184.783 162.291 1.00 98.09 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 146.772 185.830 162.078 1.00 98.09 ATOM 1371 CH2 TRP 167 145.822 185.194 162.839 1.00 98.09 ATOM 1372 N ILE 168 146.183 183.085 157.163 1.00 96.05 ATOM 1373 CA ILE 168 145.584 181.772 156.887 1.00 96.05 ATOM 1374 C ILE 168 145.136 181.050 158.174 1.00 96.05 ATOM 1375 O ILE 168 144.445 180.030 158.117 1.00 96.05 ATOM 1376 CB ILE 168 146.509 180.851 156.011 1.00 96.05 ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.774 180.529 156.663 1.00 96.05 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.836 181.545 154.694 1.00 96.05 ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.550 179.458 155.960 1.00 96.05 ATOM 1380 N SER 169 145.460 181.601 159.348 1.00 91.25 ATOM 1381 CA SER 169 145.137 180.924 160.615 1.00 91.25 ATOM 1382 C SER 169 143.731 181.172 161.165 1.00 91.25 ATOM 1383 O SER 169 143.552 181.629 162.293 1.00 91.25 ATOM 1384 CB SER 169 146.143 181.289 161.684 1.00 91.25 ATOM 1385 OG SER 169 147.410 180.791 161.385 1.00 91.25 ATOM 1386 N GLY 170 142.744 180.753 160.396 1.00 93.34 ATOM 1387 CA GLY 170 141.330 180.845 160.760 1.00 93.34 ATOM 1388 C 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