####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS052_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 0.96 1.28 LCS_AVERAGE: 62.80 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 63 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 61 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 10 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 5 22 38 115 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 42 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 3 71 86 121 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 4 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 55 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 23 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 23 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 16 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 66 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 53 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 53 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 53 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 61 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 43 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 21 81 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 21 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 29 94 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 27 100 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 15 91 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 20 39 115 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 7 39 77 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 41 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 67 101 119 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E 272 E 272 64 135 135 24 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 273 Q 273 64 135 135 24 93 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 274 I 274 64 135 135 41 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 275 V 275 64 135 135 60 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 276 V 276 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 277 Q 277 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 278 D 278 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 279 A 279 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT H 280 H 280 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 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66 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 64 135 135 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 64 135 135 59 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 64 135 135 61 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 64 135 135 64 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 64 135 135 36 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 64 135 135 20 87 113 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 64 135 135 17 100 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 61 135 135 4 18 66 115 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 26 135 135 3 3 46 74 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.60 ( 62.80 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 101 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 74.81 88.15 93.33 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.53 0.77 0.95 1.03 1.19 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 GDT RMS_ALL_AT 1.59 1.45 1.29 1.22 1.22 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.946 0 0.000 0.000 1.068 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.995 0 0.026 0.171 2.557 81.818 65.253 2.557 LGA W 167 W 167 0.776 0 0.042 0.260 1.333 77.727 80.909 0.577 LGA I 168 I 168 1.512 0 0.059 1.542 5.642 52.727 41.591 5.642 LGA S 169 S 169 2.485 0 0.510 0.499 5.092 44.545 30.606 5.092 LGA G 170 G 170 1.475 0 0.189 0.189 1.475 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.312 0 0.000 0.816 4.448 65.455 46.364 3.681 LGA A 172 A 172 1.198 0 0.032 0.027 1.265 69.545 68.727 - LGA P 173 P 173 0.616 0 0.034 0.073 0.905 81.818 81.818 0.890 LGA Y 174 Y 174 0.600 0 0.000 0.153 0.997 81.818 81.818 0.997 LGA G 175 G 175 0.714 0 0.104 0.104 0.714 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.728 0 0.017 0.133 1.081 77.727 83.485 0.640 LGA Q 177 Q 177 1.118 0 0.050 0.459 1.651 69.545 65.657 1.387 LGA L 178 L 178 0.962 0 0.039 0.061 1.205 77.727 77.727 1.139 LGA N 179 N 179 0.831 0 0.179 0.688 4.412 73.636 46.818 4.412 LGA K 180 K 180 3.465 0 0.327 0.985 13.335 29.545 13.131 13.335 LGA K 181 K 181 1.506 0 0.341 0.966 8.204 78.636 38.182 8.204 LGA T 182 T 182 0.515 0 0.037 1.124 3.279 77.727 65.714 3.279 LGA S 183 S 183 1.510 0 0.200 0.177 1.772 62.273 58.485 1.772 LGA K 184 K 184 1.315 0 0.045 0.770 2.254 61.818 61.010 2.254 LGA L 185 L 185 0.848 0 0.050 0.053 0.910 81.818 84.091 0.394 LGA D 186 D 186 0.538 0 0.087 0.112 1.108 77.727 88.864 0.202 LGA P 187 P 187 0.656 0 0.000 0.350 1.629 70.000 77.662 0.792 LGA V 188 V 188 1.163 0 0.048 0.044 1.516 69.545 65.714 1.516 LGA E 189 E 189 1.298 0 0.030 0.937 3.961 65.455 49.091 3.961 LGA D 190 D 190 1.473 0 0.000 0.059 2.061 65.455 56.591 2.061 LGA E 191 E 191 1.162 0 0.049 0.118 2.117 73.636 62.828 2.117 LGA A 192 A 192 0.468 0 0.018 0.029 0.717 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.697 0 0.057 0.675 3.801 81.818 64.242 3.801 LGA V 194 V 194 0.736 0 0.033 0.045 0.933 86.364 84.416 0.819 LGA V 195 V 195 0.198 0 0.000 0.043 0.475 100.000 100.000 0.145 LGA Q 196 Q 196 0.320 0 0.044 0.301 1.545 100.000 86.869 1.456 LGA L 197 L 197 0.420 0 0.019 0.042 0.734 100.000 93.182 0.710 LGA I 198 I 198 0.272 0 0.074 0.117 0.469 100.000 100.000 0.321 LGA F 199 F 199 0.289 0 0.040 0.055 0.409 100.000 100.000 0.087 LGA N 200 N 200 0.447 0 0.043 0.917 1.990 100.000 83.182 1.927 LGA I 201 I 201 0.240 0 0.035 0.084 0.306 100.000 100.000 0.207 LGA F 202 F 202 0.279 0 0.000 0.086 0.846 100.000 93.388 0.846 LGA L 203 L 203 0.573 0 0.014 0.115 1.335 95.455 84.545 1.187 LGA N 204 N 204 0.446 0 0.040 0.102 1.298 100.000 84.773 1.131 LGA G 205 G 205 0.212 0 0.040 0.040 0.383 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.609 0 0.076 1.318 3.050 86.364 69.091 2.266 LGA N 207 N 207 1.652 0 0.069 0.158 1.877 54.545 52.727 1.877 LGA G 208 G 208 1.425 0 0.043 0.043 1.425 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.266 0 0.058 0.121 2.631 73.636 52.929 2.631 LGA D 210 D 210 1.025 0 0.068 0.188 1.356 65.455 67.500 0.746 LGA Y 211 Y 211 1.722 0 0.044 0.317 2.047 50.909 52.273 1.706 LGA S 212 S 212 2.402 0 0.701 0.796 6.253 34.545 23.939 6.253 LGA Y 213 Y 213 2.670 0 0.121 1.650 14.501 45.455 15.606 14.501 LGA A 215 A 215 0.888 0 0.168 0.175 1.752 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.370 0 0.014 0.181 0.504 100.000 97.727 0.439 LGA A 217 A 217 0.518 0 0.015 0.043 0.611 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.623 0 0.044 0.056 1.034 81.818 79.091 1.034 LGA H 219 H 219 0.473 0 0.041 0.066 0.548 95.455 89.091 0.548 LGA L 220 L 220 0.486 0 0.022 0.100 0.571 100.000 95.455 0.571 LGA T 221 T 221 0.410 0 0.000 0.034 0.479 100.000 100.000 0.357 LGA N 222 N 222 0.376 0 0.044 0.121 0.706 100.000 93.182 0.706 LGA L 223 L 223 0.603 0 0.035 0.060 1.002 86.364 82.045 1.002 LGA Q 224 Q 224 0.342 0 0.103 0.928 5.023 95.455 63.838 5.023 LGA I 225 I 225 0.305 0 0.054 0.112 0.402 100.000 100.000 0.257 LGA P 226 P 226 0.579 0 0.063 0.066 0.881 81.818 81.818 0.881 LGA T 227 T 227 0.637 0 0.061 0.183 0.877 81.818 81.818 0.710 LGA P 228 P 228 0.936 0 0.062 0.088 0.936 81.818 81.818 0.925 LGA S 229 S 229 1.050 0 0.040 0.072 1.050 77.727 79.091 0.609 LGA G 230 G 230 0.879 0 0.025 0.025 0.920 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.400 0 0.073 0.699 2.158 86.364 87.071 2.158 LGA K 232 K 232 0.433 0 0.174 0.902 3.195 90.909 70.505 3.195 LGA R 233 R 233 0.606 0 0.050 0.967 4.644 81.818 56.198 4.282 LGA W 234 W 234 0.754 0 0.054 0.117 0.809 81.818 81.818 0.583 LGA N 235 N 235 0.732 0 0.059 0.739 2.139 81.818 74.318 2.139 LGA Q 236 Q 236 0.361 0 0.048 0.998 3.700 95.455 80.202 0.926 LGA Y 237 Y 237 1.179 0 0.033 0.399 2.442 69.545 59.697 2.442 LGA T 238 T 238 0.981 0 0.000 0.212 1.388 81.818 77.143 1.388 LGA I 239 I 239 0.600 0 0.026 0.070 0.719 86.364 93.182 0.421 LGA K 240 K 240 1.013 0 0.050 0.627 5.132 77.727 54.141 5.132 LGA A 241 A 241 1.072 0 0.035 0.042 1.265 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.303 0 0.023 0.067 1.135 100.000 91.136 1.135 LGA L 243 L 243 0.321 0 0.046 0.131 0.707 90.909 95.455 0.330 LGA Q 244 Q 244 0.711 0 0.008 0.244 1.056 77.727 80.000 0.988 LGA N 245 N 245 0.812 0 0.043 0.096 0.865 81.818 81.818 0.624 LGA E 246 E 246 0.652 0 0.026 0.661 2.246 81.818 78.990 0.447 LGA V 247 V 247 0.480 0 0.036 0.843 2.045 90.909 78.961 1.954 LGA Y 248 Y 248 0.551 0 0.047 0.200 1.333 81.818 83.636 1.333 LGA I 249 I 249 0.553 0 0.044 0.100 0.977 90.909 86.364 0.977 LGA G 250 G 250 0.471 0 0.071 0.071 0.589 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.709 0 0.080 0.097 0.876 81.818 81.818 0.763 LGA V 252 V 252 0.714 0 0.019 0.123 0.898 81.818 81.818 0.898 LGA K 253 K 253 0.614 0 0.025 0.255 0.865 81.818 83.838 0.605 LGA Y 254 Y 254 0.874 0 0.038 0.332 2.689 81.818 63.030 2.689 LGA K 255 K 255 0.649 0 0.052 0.932 5.149 81.818 56.566 5.149 LGA V 256 V 256 0.688 0 0.072 0.092 0.876 86.364 84.416 0.700 LGA R 257 R 257 1.039 0 0.039 1.146 4.763 65.455 51.240 3.370 LGA E 258 E 258 1.594 0 0.083 0.851 5.627 45.455 32.323 5.627 LGA K 259 K 259 2.126 0 0.003 0.733 2.647 38.636 38.586 2.169 LGA T 260 T 260 2.581 0 0.039 0.112 3.080 25.455 27.792 2.503 LGA K 261 K 261 3.853 0 0.030 0.862 10.514 11.364 5.859 10.514 LGA D 262 D 262 3.369 0 0.042 1.009 4.501 18.182 13.636 4.501 LGA G 263 G 263 2.668 0 0.064 0.064 2.859 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.885 0 0.000 0.520 2.448 41.364 51.919 2.448 LGA R 265 R 265 1.571 0 0.056 1.024 3.110 58.182 57.521 3.110 LGA T 266 T 266 1.413 0 0.046 0.128 1.841 58.182 59.221 1.486 LGA I 267 I 267 0.955 0 0.023 0.077 1.312 73.636 71.591 1.312 LGA R 268 R 268 0.969 0 0.000 1.048 2.977 81.818 64.298 2.077 LGA P 269 P 269 0.993 0 0.024 0.047 1.218 77.727 72.468 1.218 LGA E 270 E 270 0.758 0 0.006 1.037 4.697 81.818 51.919 4.697 LGA K 271 K 271 1.050 0 0.042 0.660 2.715 77.727 62.020 2.121 LGA E 272 E 272 0.825 0 0.099 0.085 2.269 86.364 68.485 2.269 LGA Q 273 Q 273 0.778 0 0.020 0.179 0.901 81.818 81.818 0.901 LGA I 274 I 274 0.573 0 0.069 0.076 0.748 81.818 81.818 0.748 LGA V 275 V 275 0.226 0 0.052 0.079 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA V 276 V 276 0.543 0 0.000 0.009 0.686 90.909 87.013 0.680 LGA Q 277 Q 277 0.476 0 0.045 0.664 3.228 100.000 75.152 3.228 LGA D 278 D 278 0.462 0 0.099 0.206 0.829 100.000 93.182 0.829 LGA A 279 A 279 0.600 0 0.034 0.070 0.662 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.298 0 0.047 0.197 0.472 100.000 100.000 0.375 LGA A 281 A 281 0.177 0 0.000 0.000 0.364 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.254 0 0.013 0.054 0.630 95.455 92.208 0.630 LGA I 283 I 283 0.243 0 0.071 0.097 0.884 95.455 90.909 0.884 LGA I 284 I 284 0.526 0 0.000 0.035 0.770 86.364 93.182 0.493 LGA D 285 D 285 1.191 0 0.053 1.086 2.829 69.545 59.318 2.274 LGA K 286 K 286 1.325 0 0.014 0.221 1.587 65.455 63.838 1.417 LGA E 287 E 287 1.392 0 0.039 0.371 1.644 65.455 63.838 1.216 LGA Q 288 Q 288 0.997 0 0.000 0.266 1.869 77.727 69.495 1.869 LGA F 289 F 289 0.996 0 0.039 0.161 1.467 69.545 66.942 1.392 LGA Q 290 Q 290 1.384 0 0.042 1.192 2.624 65.455 59.798 2.624 LGA Q 291 Q 291 1.096 0 0.000 0.138 1.373 69.545 67.273 1.074 LGA S 292 S 292 0.901 0 0.075 0.678 2.970 73.636 67.273 2.970 LGA Q 293 Q 293 1.316 0 0.035 0.308 2.039 61.818 57.576 1.925 LGA V 294 V 294 1.401 0 0.034 0.065 1.552 65.455 63.377 1.469 LGA K 295 K 295 0.857 0 0.038 0.132 1.060 73.636 78.182 0.876 LGA I 296 I 296 1.308 0 0.024 0.091 1.777 58.182 62.045 1.339 LGA A 297 A 297 1.985 0 0.070 0.083 2.518 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 1.256 0 0.037 0.494 2.094 55.000 66.364 1.500 LGA K 299 K 299 3.008 0 0.427 0.912 13.956 55.455 24.848 13.956 LGA V 300 V 300 2.997 0 0.126 0.140 6.173 32.727 18.961 6.173 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.210 1.176 2.042 76.613 70.743 55.737 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.21 92.037 96.371 10.308 LGA_LOCAL RMSD: 1.210 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.210 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.210 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.634842 * X + 0.615482 * Y + 0.467074 * Z + 145.860214 Y_new = 0.557011 * X + -0.783517 * Y + 0.275389 * Z + 169.665070 Z_new = 0.535458 * X + 0.085337 * Y + -0.840240 * Z + 175.780228 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.720188 -0.565050 3.040377 [DEG: 41.2638 -32.3750 174.2008 ] ZXZ: 2.103538 2.568521 1.412754 [DEG: 120.5238 147.1654 80.9448 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS052_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.21 96.371 1.21 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS052_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.621 186.702 153.718 1.00 97.82 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.059 187.485 154.806 1.00 97.82 C ATOM 1347 C GLY 165 150.545 187.411 154.875 1.00 97.82 C ATOM 1348 O GLY 165 149.902 188.283 155.465 1.00 97.82 O ATOM 1349 N LYS 166 149.947 186.512 154.101 1.00 98.28 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.499 186.326 154.147 1.00 98.28 C ATOM 1351 C LYS 166 148.082 185.568 155.403 1.00 98.28 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.014 185.583 152.901 1.00 98.28 C ATOM 1353 O LYS 166 148.858 184.780 155.946 1.00 98.28 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.247 186.339 151.600 1.00 98.28 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.717 185.564 150.401 1.00 98.28 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.905 186.341 149.105 1.00 98.28 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.409 185.574 147.923 1.00 98.28 N ATOM 1358 N TRP 167 146.893 185.860 155.876 1.00 97.90 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.378 185.249 157.095 1.00 97.90 C ATOM 1360 C TRP 167 145.700 183.916 156.792 1.00 97.90 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.392 186.190 157.795 1.00 97.90 C ATOM 1362 O TRP 167 144.705 183.871 156.066 1.00 97.90 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.880 185.671 159.105 1.00 97.90 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.620 185.213 159.373 1.00 97.90 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.616 185.560 160.327 1.00 97.90 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.738 185.027 161.297 1.00 97.90 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.934 185.861 160.696 1.00 97.90 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.528 184.824 160.690 1.00 97.90 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.433 185.091 162.949 1.00 97.90 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.138 184.788 162.614 1.00 97.90 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.330 185.622 162.007 1.00 97.90 C ATOM 1372 N ILE 168 146.211 182.797 157.389 1.00 96.20 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.717 181.464 157.063 1.00 96.20 C ATOM 1374 C ILE 168 145.131 180.810 158.311 1.00 96.20 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.835 180.578 156.469 1.00 96.20 C ATOM 1376 O ILE 168 144.498 179.755 158.228 1.00 96.20 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.036 180.522 157.421 1.00 96.20 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.256 181.091 155.088 1.00 96.20 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.066 179.462 157.057 1.00 96.20 C ATOM 1380 N SER 169 145.258 181.454 159.495 1.00 91.95 N ATOM 1381 CA SER 169 144.970 180.814 160.774 1.00 91.95 C ATOM 1382 C SER 169 143.513 181.016 161.177 1.00 91.95 C ATOM 1383 CB SER 169 145.890 181.360 161.866 1.00 91.95 C ATOM 1384 O SER 169 143.206 181.160 162.362 1.00 91.95 O ATOM 1385 OG SER 169 147.232 180.965 161.639 1.00 91.95 O ATOM 1386 N GLY 170 142.478 180.523 160.457 1.00 93.13 N ATOM 1387 CA GLY 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