####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS052_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 38 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 29 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 10 53 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 29 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 53 116 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 38 89 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 108 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 59 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 59 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 44 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 87 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 28 101 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 53 117 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 77 102 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 80.74 91.11 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.71 0.80 0.88 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.22 1.08 1.02 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.967 0 0.029 0.029 1.080 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.769 0 0.026 0.171 2.420 86.364 70.303 2.420 LGA W 167 W 167 0.465 0 0.064 0.152 1.084 86.364 80.909 1.018 LGA I 168 I 168 0.979 0 0.034 0.780 1.932 74.545 66.364 1.776 LGA S 169 S 169 2.211 0 0.513 0.498 5.001 55.000 38.485 5.001 LGA G 170 G 170 0.919 0 0.142 0.142 1.055 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.719 0 0.000 1.390 4.976 81.818 61.136 1.940 LGA A 172 A 172 0.769 0 0.035 0.027 0.860 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.374 0 0.044 0.078 0.878 95.455 89.610 0.878 LGA Y 174 Y 174 0.207 0 0.000 0.147 0.785 100.000 93.939 0.785 LGA G 175 G 175 0.445 0 0.074 0.074 0.445 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.525 0 0.010 0.137 0.707 86.364 89.394 0.534 LGA Q 177 Q 177 0.839 0 0.058 0.536 1.904 81.818 76.566 1.115 LGA L 178 L 178 0.815 0 0.036 0.094 1.006 77.727 77.727 1.004 LGA N 179 N 179 1.013 0 0.170 0.645 4.513 69.545 41.136 4.513 LGA K 180 K 180 3.380 0 0.303 0.976 13.269 29.545 13.131 13.269 LGA K 181 K 181 1.764 0 0.339 0.981 8.502 65.909 32.525 8.502 LGA T 182 T 182 0.490 0 0.047 1.130 3.161 90.909 73.247 3.161 LGA S 183 S 183 1.240 0 0.169 0.152 1.511 69.545 65.758 1.511 LGA K 184 K 184 0.984 0 0.057 0.766 2.086 77.727 71.515 2.086 LGA L 185 L 185 0.537 0 0.023 0.042 0.574 81.818 90.909 0.257 LGA D 186 D 186 0.338 0 0.076 0.098 0.767 95.455 97.727 0.180 LGA P 187 P 187 0.531 0 0.000 0.111 1.456 78.182 82.338 0.611 LGA V 188 V 188 0.966 0 0.022 0.028 1.214 81.818 74.805 1.214 LGA E 189 E 189 0.942 0 0.063 0.497 2.316 81.818 75.152 2.316 LGA D 190 D 190 0.880 0 0.000 0.072 1.086 81.818 75.682 1.086 LGA E 191 E 191 0.718 0 0.053 0.115 1.342 86.364 80.202 1.342 LGA A 192 A 192 0.296 0 0.018 0.027 0.437 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.352 0 0.056 0.676 3.122 100.000 75.758 3.122 LGA V 194 V 194 0.451 0 0.031 0.048 0.489 100.000 100.000 0.488 LGA V 195 V 195 0.144 0 0.000 0.032 0.315 100.000 100.000 0.170 LGA Q 196 Q 196 0.246 0 0.041 0.277 1.517 100.000 86.869 1.517 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.018 0.037 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA I 198 I 198 0.379 0 0.072 0.119 0.571 100.000 95.455 0.436 LGA F 199 F 199 0.260 0 0.037 0.044 0.346 100.000 100.000 0.283 LGA N 200 N 200 0.319 0 0.052 1.096 3.747 100.000 75.000 3.747 LGA I 201 I 201 0.199 0 0.030 0.068 0.298 100.000 100.000 0.237 LGA F 202 F 202 0.329 0 0.000 0.094 0.739 100.000 91.736 0.739 LGA L 203 L 203 0.456 0 0.022 0.113 1.162 100.000 88.864 0.954 LGA N 204 N 204 0.174 0 0.037 0.065 0.774 100.000 93.182 0.681 LGA G 205 G 205 0.458 0 0.046 0.046 0.500 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.416 0 0.016 0.662 2.276 90.909 83.182 0.714 LGA N 207 N 207 1.286 0 0.079 0.256 1.748 69.545 65.682 1.477 LGA G 208 G 208 1.307 0 0.026 0.026 1.625 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.356 0 0.085 0.139 1.945 65.455 58.990 1.937 LGA D 210 D 210 1.277 0 0.067 0.644 1.445 65.455 67.500 1.254 LGA Y 211 Y 211 1.796 0 0.080 0.393 2.025 50.909 52.273 1.476 LGA S 212 S 212 2.196 0 0.701 0.792 5.795 34.545 24.848 5.795 LGA Y 213 Y 213 2.938 0 0.117 1.616 14.721 38.636 13.030 14.721 LGA A 215 A 215 1.054 0 0.171 0.180 2.056 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.380 0 0.018 0.181 0.623 100.000 97.727 0.283 LGA A 217 A 217 0.352 0 0.014 0.042 0.431 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.549 0 0.041 0.069 1.198 90.909 85.152 1.198 LGA H 219 H 219 0.354 0 0.039 0.057 0.583 100.000 94.545 0.583 LGA L 220 L 220 0.357 0 0.020 0.145 0.546 100.000 97.727 0.546 LGA T 221 T 221 0.111 0 0.000 0.028 0.221 100.000 100.000 0.155 LGA N 222 N 222 0.201 0 0.024 0.098 0.437 100.000 100.000 0.412 LGA L 223 L 223 0.626 0 0.031 0.063 1.167 86.364 80.000 1.092 LGA Q 224 Q 224 0.406 0 0.086 0.813 4.372 100.000 68.485 4.372 LGA I 225 I 225 0.362 0 0.063 0.118 0.362 100.000 100.000 0.245 LGA P 226 P 226 0.609 0 0.074 0.087 1.024 86.364 82.078 1.024 LGA T 227 T 227 0.218 0 0.054 0.170 0.502 95.455 97.403 0.198 LGA P 228 P 228 0.845 0 0.047 0.068 0.894 81.818 81.818 0.869 LGA S 229 S 229 0.751 0 0.041 0.158 0.997 81.818 81.818 0.997 LGA G 230 G 230 0.601 0 0.000 0.000 0.604 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.292 0 0.090 0.709 2.699 90.909 85.859 2.699 LGA K 232 K 232 0.334 0 0.115 0.906 3.008 95.455 76.566 3.008 LGA R 233 R 233 0.310 0 0.060 1.171 5.923 95.455 57.686 5.923 LGA W 234 W 234 0.271 0 0.062 0.081 0.560 100.000 97.403 0.229 LGA N 235 N 235 0.844 0 0.120 0.899 2.777 81.818 65.455 2.059 LGA Q 236 Q 236 0.520 0 0.049 0.812 3.490 86.364 74.949 0.975 LGA Y 237 Y 237 0.699 0 0.020 0.334 2.506 86.364 65.606 2.506 LGA T 238 T 238 0.458 0 0.000 0.224 0.849 100.000 94.805 0.849 LGA I 239 I 239 0.354 0 0.031 0.088 0.397 100.000 100.000 0.276 LGA K 240 K 240 0.631 0 0.062 0.659 4.567 81.818 62.020 4.567 LGA A 241 A 241 0.632 0 0.039 0.045 0.822 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.273 0 0.022 0.065 1.036 100.000 88.864 1.036 LGA L 243 L 243 0.147 0 0.043 0.133 0.424 100.000 100.000 0.301 LGA Q 244 Q 244 0.259 0 0.000 0.243 0.935 95.455 91.919 0.935 LGA N 245 N 245 0.557 0 0.032 0.077 0.580 86.364 84.091 0.548 LGA E 246 E 246 0.503 0 0.035 0.731 2.481 90.909 81.010 0.558 LGA V 247 V 247 0.255 0 0.025 0.072 0.324 100.000 100.000 0.243 LGA Y 248 Y 248 0.353 0 0.037 0.171 1.308 100.000 91.061 1.308 LGA I 249 I 249 0.374 0 0.068 0.102 0.822 100.000 90.909 0.822 LGA G 250 G 250 0.282 0 0.036 0.036 0.409 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.496 0 0.093 0.115 0.752 90.909 87.013 0.610 LGA V 252 V 252 0.392 0 0.023 0.102 0.719 95.455 97.403 0.462 LGA K 253 K 253 0.490 0 0.015 0.227 0.723 90.909 93.939 0.353 LGA Y 254 Y 254 0.744 0 0.037 0.335 2.881 81.818 64.697 2.881 LGA K 255 K 255 0.847 0 0.057 0.552 3.631 77.727 56.768 3.218 LGA V 256 V 256 1.003 0 0.071 0.103 1.152 73.636 72.468 0.971 LGA R 257 R 257 0.938 0 0.029 1.109 5.369 73.636 52.066 3.953 LGA E 258 E 258 1.301 0 0.095 1.075 5.693 55.000 35.960 5.693 LGA K 259 K 259 1.552 0 0.008 0.523 1.987 54.545 58.990 1.166 LGA T 260 T 260 1.714 0 0.036 0.221 2.005 47.727 49.091 1.783 LGA K 261 K 261 2.575 0 0.032 0.766 8.372 32.727 19.596 8.372 LGA D 262 D 262 2.277 0 0.064 0.957 3.446 41.364 33.409 3.399 LGA G 263 G 263 1.650 0 0.052 0.052 1.772 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.170 0 0.007 0.518 2.202 61.818 72.121 2.202 LGA R 265 R 265 1.214 0 0.055 1.028 3.367 65.455 62.810 3.367 LGA T 266 T 266 0.989 0 0.045 0.116 1.472 69.545 74.805 0.996 LGA I 267 I 267 0.712 0 0.020 0.082 0.885 81.818 81.818 0.875 LGA R 268 R 268 0.652 0 0.000 0.989 2.662 81.818 69.917 2.662 LGA P 269 P 269 0.822 0 0.030 0.052 1.037 81.818 79.481 1.037 LGA E 270 E 270 0.831 0 0.000 0.875 3.585 81.818 63.030 2.914 LGA K 271 K 271 0.871 0 0.053 0.646 2.149 81.818 73.737 1.601 LGA E 272 E 272 0.684 0 0.081 0.081 1.523 81.818 74.747 1.523 LGA Q 273 Q 273 0.913 0 0.031 0.043 1.096 81.818 80.000 0.942 LGA I 274 I 274 0.669 0 0.074 0.073 0.859 81.818 81.818 0.859 LGA V 275 V 275 0.390 0 0.027 0.059 0.562 100.000 97.403 0.479 LGA V 276 V 276 0.402 0 0.000 0.022 0.504 100.000 97.403 0.467 LGA Q 277 Q 277 0.459 0 0.043 0.682 3.456 95.455 70.909 3.456 LGA D 278 D 278 0.365 0 0.110 0.181 0.763 95.455 93.182 0.763 LGA A 279 A 279 0.433 0 0.027 0.062 0.527 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.218 0 0.045 0.198 0.461 100.000 100.000 0.218 LGA A 281 A 281 0.204 0 0.000 0.000 0.400 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.270 0 0.031 0.058 0.687 95.455 92.208 0.687 LGA I 283 I 283 0.374 0 0.049 0.107 0.744 95.455 93.182 0.615 LGA I 284 I 284 0.443 0 0.000 0.055 0.556 90.909 95.455 0.338 LGA D 285 D 285 0.772 0 0.035 0.126 1.225 81.818 77.727 0.922 LGA K 286 K 286 0.877 0 0.013 0.235 1.220 81.818 76.364 1.220 LGA E 287 E 287 1.024 0 0.033 0.293 1.218 77.727 74.545 0.998 LGA Q 288 Q 288 0.743 0 0.000 0.221 1.389 81.818 76.364 1.318 LGA F 289 F 289 0.726 0 0.033 0.145 1.083 81.818 77.355 1.013 LGA Q 290 Q 290 1.085 0 0.051 0.830 1.840 73.636 67.677 1.840 LGA Q 291 Q 291 0.901 0 0.014 0.166 1.177 81.818 76.364 1.177 LGA S 292 S 292 0.674 0 0.073 0.690 2.768 81.818 72.727 2.768 LGA Q 293 Q 293 1.013 0 0.036 0.245 1.423 69.545 69.091 1.414 LGA V 294 V 294 1.188 0 0.032 0.059 1.304 65.455 65.455 1.261 LGA K 295 K 295 0.720 0 0.040 0.147 0.948 81.818 81.818 0.826 LGA I 296 I 296 1.122 0 0.029 0.095 1.562 65.909 69.773 0.971 LGA A 297 A 297 1.738 0 0.068 0.081 2.319 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.258 0 0.099 0.492 2.382 55.000 66.818 1.793 LGA K 299 K 299 3.287 0 0.447 0.818 13.998 47.273 21.010 13.998 LGA V 300 V 300 2.512 0 0.140 0.157 4.903 35.455 21.558 4.903 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.999 0.957 1.886 83.044 76.928 61.345 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.074 97.313 12.278 LGA_LOCAL RMSD: 0.999 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.000 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.008663 * X + -0.217618 * Y + -0.975996 * Z + 153.996994 Y_new = -0.003123 * X + 0.976022 * Y + -0.217652 * Z + 153.041580 Z_new = 0.999958 * X + 0.004934 * Y + 0.007775 * Z + 141.916580 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.346055 -1.561590 0.565450 [DEG: -19.8275 -89.4725 32.3979 ] ZXZ: -1.351382 1.563021 1.565862 [DEG: -77.4285 89.5545 89.7173 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS052_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.313 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS052_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.732 187.078 153.371 1.00 91.05 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.159 187.892 154.431 1.00 91.05 C ATOM 1347 C GLY 165 150.652 187.756 154.540 1.00 91.05 C ATOM 1348 O GLY 165 149.998 188.554 155.215 1.00 91.05 O ATOM 1349 N LYS 166 150.106 186.779 153.859 1.00 90.34 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.670 186.533 153.945 1.00 90.34 C ATOM 1351 C LYS 166 148.313 185.805 155.238 1.00 90.34 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.191 185.724 152.739 1.00 90.34 C ATOM 1353 O LYS 166 149.154 185.118 155.822 1.00 90.34 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.385 186.429 151.405 1.00 90.34 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.872 185.584 150.246 1.00 90.34 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.072 186.285 148.909 1.00 90.34 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.550 185.468 147.772 1.00 90.34 N ATOM 1358 N TRP 167 147.086 186.051 155.690 1.00 91.89 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.625 185.378 156.900 1.00 91.89 C ATOM 1360 C TRP 167 145.901 184.080 156.557 1.00 91.89 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.700 186.293 157.707 1.00 91.89 C ATOM 1362 O TRP 167 144.806 184.103 155.989 1.00 91.89 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.295 185.732 159.037 1.00 91.89 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.122 185.101 159.341 1.00 91.89 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.064 185.755 160.243 1.00 91.89 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.293 185.119 161.241 1.00 91.89 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.331 186.251 160.578 1.00 91.89 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.113 184.730 160.666 1.00 91.89 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.993 185.460 162.853 1.00 91.89 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.749 184.966 162.553 1.00 91.89 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.783 186.098 161.883 1.00 91.89 C ATOM 1372 N ILE 168 146.539 182.957 156.980 1.00 85.67 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.991 181.652 156.628 1.00 85.67 C ATOM 1374 C ILE 168 145.698 180.856 157.897 1.00 85.67 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.955 180.864 155.711 1.00 85.67 C ATOM 1376 O ILE 168 145.291 179.693 157.828 1.00 85.67 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.899 181.823 154.978 1.00 85.67 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.170 180.002 154.718 1.00 85.67 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.196 181.420 153.540 1.00 85.67 C ATOM 1380 N SER 169 145.872 181.368 159.069 1.00 77.85 N ATOM 1381 CA SER 169 145.801 180.656 160.341 1.00 77.85 C ATOM 1382 C SER 169 144.390 180.695 160.919 1.00 77.85 C ATOM 1383 CB SER 169 146.789 181.253 161.345 1.00 77.85 C ATOM 1384 O SER 169 144.214 180.751 162.138 1.00 77.85 O ATOM 1385 OG SER 169 148.116 181.159 160.860 1.00 77.85 O ATOM 1386 N GLY 170 143.357 180.631 160.153 1.00 78.85 N ATOM 1387 CA GLY 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