####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS052_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.97 1.02 LCS_AVERAGE: 98.42 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 39 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 27 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 10 47 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 67 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 32 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 53 113 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 40 88 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 64 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 37 106 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 38 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 68 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 64 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 68 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 67 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 64 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 64 107 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 64 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 46 108 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 25 88 119 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 28 97 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 129 135 135 3 3 8 115 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 73 124 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.42 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 109 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 80.74 89.63 94.81 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.53 0.67 0.81 0.91 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.24 1.10 1.05 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.045 0 0.029 0.029 1.152 73.636 73.636 - LGA K 166 K 166 0.808 0 0.020 0.165 2.454 81.818 68.283 2.454 LGA W 167 W 167 0.487 0 0.059 0.165 1.116 86.364 79.610 1.032 LGA I 168 I 168 1.009 0 0.047 1.470 4.522 70.455 54.773 4.522 LGA S 169 S 169 2.245 0 0.517 0.499 5.024 55.000 38.485 5.024 LGA G 170 G 170 0.932 0 0.140 0.140 1.110 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.754 0 0.000 1.349 4.980 81.818 61.136 1.833 LGA A 172 A 172 0.831 0 0.038 0.031 0.930 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.418 0 0.043 0.077 0.927 95.455 89.610 0.927 LGA Y 174 Y 174 0.259 0 0.009 0.151 0.844 100.000 92.424 0.844 LGA G 175 G 175 0.440 0 0.073 0.073 0.451 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.566 0 0.013 0.135 0.759 86.364 87.879 0.521 LGA Q 177 Q 177 0.901 0 0.051 0.505 1.847 81.818 76.566 1.113 LGA L 178 L 178 0.873 0 0.034 0.096 1.062 77.727 77.727 1.062 LGA N 179 N 179 1.010 0 0.171 0.652 4.510 69.545 41.136 4.510 LGA K 180 K 180 3.314 0 0.303 0.976 13.200 29.545 13.131 13.200 LGA K 181 K 181 1.806 0 0.340 0.983 8.581 65.909 32.525 8.581 LGA T 182 T 182 0.461 0 0.048 1.132 3.133 90.909 73.247 3.133 LGA S 183 S 183 1.289 0 0.166 0.149 1.556 69.545 63.333 1.556 LGA K 184 K 184 1.009 0 0.057 0.768 2.051 73.636 69.697 2.051 LGA L 185 L 185 0.545 0 0.024 0.040 0.570 81.818 90.909 0.213 LGA D 186 D 186 0.351 0 0.079 0.106 0.792 95.455 97.727 0.176 LGA P 187 P 187 0.564 0 0.000 0.108 1.506 74.545 80.260 0.631 LGA V 188 V 188 1.024 0 0.034 0.037 1.280 69.545 67.792 1.280 LGA E 189 E 189 1.004 0 0.061 0.498 2.422 73.636 71.515 2.422 LGA D 190 D 190 0.935 0 0.000 0.067 1.169 81.818 73.636 1.169 LGA E 191 E 191 0.747 0 0.054 0.114 1.380 86.364 80.202 1.380 LGA A 192 A 192 0.320 0 0.007 0.025 0.466 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.389 0 0.050 0.673 3.170 100.000 75.758 3.170 LGA V 194 V 194 0.477 0 0.037 0.053 0.525 100.000 94.805 0.523 LGA V 195 V 195 0.134 0 0.000 0.031 0.319 100.000 100.000 0.162 LGA Q 196 Q 196 0.266 0 0.038 0.273 1.528 100.000 86.869 1.528 LGA L 197 L 197 0.278 0 0.020 0.035 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA I 198 I 198 0.368 0 0.073 0.116 0.568 100.000 95.455 0.431 LGA F 199 F 199 0.237 0 0.039 0.046 0.329 100.000 100.000 0.203 LGA N 200 N 200 0.310 0 0.051 1.094 3.775 100.000 76.591 3.775 LGA I 201 I 201 0.158 0 0.039 0.070 0.247 100.000 100.000 0.192 LGA F 202 F 202 0.301 0 0.000 0.095 0.761 100.000 91.736 0.761 LGA L 203 L 203 0.450 0 0.042 0.118 1.200 100.000 88.864 0.988 LGA N 204 N 204 0.109 0 0.040 0.068 0.803 100.000 93.182 0.716 LGA G 205 G 205 0.385 0 0.038 0.038 0.411 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.365 0 0.000 0.638 2.258 90.909 83.182 0.746 LGA N 207 N 207 1.272 0 0.076 0.249 1.591 69.545 65.682 1.430 LGA G 208 G 208 1.295 0 0.021 0.021 1.580 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.285 0 0.083 0.136 2.016 65.455 57.576 2.016 LGA D 210 D 210 1.181 0 0.071 0.280 1.204 69.545 75.909 0.311 LGA Y 211 Y 211 1.719 0 0.078 0.387 1.962 54.545 55.758 1.425 LGA S 212 S 212 2.149 0 0.701 0.794 5.811 36.364 26.061 5.811 LGA Y 213 Y 213 2.911 0 0.120 1.618 14.686 41.818 14.091 14.686 LGA A 215 A 215 1.002 0 0.171 0.179 2.011 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.345 0 0.006 0.181 0.600 100.000 97.727 0.290 LGA A 217 A 217 0.343 0 0.023 0.043 0.422 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.534 0 0.043 0.070 1.158 90.909 85.152 1.158 LGA H 219 H 219 0.347 0 0.039 0.056 0.557 100.000 96.364 0.557 LGA L 220 L 220 0.390 0 0.031 0.144 0.579 100.000 97.727 0.579 LGA T 221 T 221 0.137 0 0.010 0.036 0.250 100.000 100.000 0.166 LGA N 222 N 222 0.202 0 0.033 0.099 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA L 223 L 223 0.607 0 0.036 0.062 1.113 86.364 80.000 1.052 LGA Q 224 Q 224 0.357 0 0.088 0.830 4.477 100.000 68.485 4.477 LGA I 225 I 225 0.372 0 0.069 0.119 0.382 100.000 100.000 0.196 LGA P 226 P 226 0.626 0 0.075 0.086 1.011 86.364 82.078 1.011 LGA T 227 T 227 0.250 0 0.051 0.171 0.573 95.455 97.403 0.224 LGA P 228 P 228 0.898 0 0.048 0.068 0.933 81.818 81.818 0.899 LGA S 229 S 229 0.844 0 0.034 0.143 0.950 81.818 81.818 0.950 LGA G 230 G 230 0.679 0 0.000 0.000 0.689 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.240 0 0.086 0.708 2.651 90.909 87.879 2.651 LGA K 232 K 232 0.283 0 0.115 0.906 2.926 95.455 76.970 2.926 LGA R 233 R 233 0.256 0 0.058 1.145 5.713 95.455 60.496 5.713 LGA W 234 W 234 0.293 0 0.061 0.084 0.590 100.000 97.403 0.272 LGA N 235 N 235 0.878 0 0.121 0.902 2.750 81.818 65.455 2.046 LGA Q 236 Q 236 0.496 0 0.046 0.824 3.609 95.455 74.747 1.355 LGA Y 237 Y 237 0.759 0 0.026 0.338 2.561 86.364 65.606 2.561 LGA T 238 T 238 0.505 0 0.000 0.237 0.915 95.455 92.208 0.915 LGA I 239 I 239 0.385 0 0.028 0.089 0.432 100.000 100.000 0.295 LGA K 240 K 240 0.688 0 0.063 0.660 4.638 81.818 62.020 4.638 LGA A 241 A 241 0.688 0 0.042 0.047 0.879 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.263 0 0.014 0.061 1.041 100.000 88.864 1.041 LGA L 243 L 243 0.161 0 0.040 0.134 0.430 100.000 100.000 0.325 LGA Q 244 Q 244 0.326 0 0.008 0.249 0.921 90.909 89.899 0.921 LGA N 245 N 245 0.586 0 0.031 0.076 0.605 81.818 81.818 0.573 LGA E 246 E 246 0.539 0 0.027 0.722 2.444 90.909 81.010 0.534 LGA V 247 V 247 0.263 0 0.025 0.069 0.339 100.000 100.000 0.276 LGA Y 248 Y 248 0.341 0 0.044 0.170 1.297 100.000 91.061 1.297 LGA I 249 I 249 0.382 0 0.066 0.103 0.858 100.000 90.909 0.858 LGA G 250 G 250 0.295 0 0.035 0.035 0.421 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.552 0 0.092 0.115 0.820 86.364 84.416 0.661 LGA V 252 V 252 0.458 0 0.018 0.097 0.763 90.909 94.805 0.487 LGA K 253 K 253 0.525 0 0.017 0.224 0.739 86.364 91.919 0.427 LGA Y 254 Y 254 0.805 0 0.038 0.329 2.959 81.818 61.970 2.959 LGA K 255 K 255 0.838 0 0.054 0.615 3.758 77.727 56.768 3.468 LGA V 256 V 256 0.980 0 0.079 0.112 1.206 77.727 74.805 0.944 LGA R 257 R 257 0.954 0 0.033 1.131 5.459 69.545 51.570 3.847 LGA E 258 E 258 1.422 0 0.098 1.075 5.747 55.000 35.960 5.747 LGA K 259 K 259 1.710 0 0.000 0.341 2.212 47.727 49.697 1.655 LGA T 260 T 260 1.933 0 0.027 0.222 2.248 44.545 45.455 1.954 LGA K 261 K 261 2.882 0 0.030 0.776 8.907 30.000 16.566 8.907 LGA D 262 D 262 2.493 0 0.073 0.950 3.469 35.455 30.455 3.452 LGA G 263 G 263 1.806 0 0.055 0.055 1.945 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.184 0 0.002 0.519 2.413 61.818 74.141 2.413 LGA R 265 R 265 1.260 0 0.059 1.025 3.354 65.455 64.298 3.354 LGA T 266 T 266 0.975 0 0.048 0.126 1.485 69.545 74.805 0.996 LGA I 267 I 267 0.639 0 0.016 0.082 0.786 81.818 81.818 0.778 LGA R 268 R 268 0.565 0 0.000 0.989 2.527 81.818 69.917 2.527 LGA P 269 P 269 0.700 0 0.030 0.051 0.904 81.818 81.818 0.904 LGA E 270 E 270 0.709 0 0.000 0.878 3.355 81.818 63.838 2.752 LGA K 271 K 271 0.741 0 0.051 0.645 2.420 81.818 71.717 1.843 LGA E 272 E 272 0.552 0 0.082 0.078 1.538 81.818 74.747 1.538 LGA Q 273 Q 273 0.853 0 0.029 0.040 1.063 81.818 80.000 0.950 LGA I 274 I 274 0.619 0 0.067 0.068 0.831 81.818 81.818 0.831 LGA V 275 V 275 0.343 0 0.032 0.058 0.506 100.000 97.403 0.455 LGA V 276 V 276 0.410 0 0.000 0.019 0.506 100.000 94.805 0.505 LGA Q 277 Q 277 0.478 0 0.047 0.675 3.378 95.455 71.919 3.378 LGA D 278 D 278 0.372 0 0.106 0.183 0.757 95.455 88.636 0.757 LGA A 279 A 279 0.445 0 0.027 0.061 0.540 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.219 0 0.044 0.202 0.498 100.000 100.000 0.208 LGA A 281 A 281 0.207 0 0.000 0.000 0.410 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.290 0 0.022 0.052 0.712 95.455 92.208 0.712 LGA I 283 I 283 0.385 0 0.047 0.109 0.755 95.455 93.182 0.594 LGA I 284 I 284 0.470 0 0.000 0.049 0.586 90.909 95.455 0.367 LGA D 285 D 285 0.791 0 0.046 0.133 1.301 81.818 77.727 0.944 LGA K 286 K 286 0.906 0 0.022 0.239 1.260 81.818 76.364 1.260 LGA E 287 E 287 1.067 0 0.037 0.313 1.272 73.636 70.909 1.094 LGA Q 288 Q 288 0.809 0 0.000 0.224 1.446 81.818 76.364 1.298 LGA F 289 F 289 0.781 0 0.031 0.145 1.099 81.818 77.355 1.027 LGA Q 290 Q 290 1.145 0 0.049 0.733 1.599 65.455 64.040 1.423 LGA Q 291 Q 291 0.978 0 0.000 0.159 1.197 77.727 72.727 1.197 LGA S 292 S 292 0.745 0 0.068 0.690 2.851 81.818 72.727 2.851 LGA Q 293 Q 293 1.087 0 0.035 0.242 1.452 69.545 69.091 1.451 LGA V 294 V 294 1.286 0 0.020 0.058 1.406 65.455 65.455 1.377 LGA K 295 K 295 0.808 0 0.042 0.144 1.012 77.727 80.000 0.890 LGA I 296 I 296 1.167 0 0.030 0.096 1.611 65.909 67.727 1.033 LGA A 297 A 297 1.815 0 0.074 0.086 2.408 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 1.312 0 0.110 0.529 2.366 51.364 63.409 2.076 LGA K 299 K 299 3.227 0 0.441 0.836 13.942 43.182 19.192 13.942 LGA V 300 V 300 2.413 0 0.154 0.177 4.643 44.545 28.052 4.643 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.020 0.979 1.904 82.306 76.277 60.504 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.889 97.196 12.053 LGA_LOCAL RMSD: 1.020 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.020 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.020 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.597979 * X + -0.319799 * Y + -0.734949 * Z + 153.684235 Y_new = -0.492903 * X + 0.869791 * Y + 0.022570 * Z + 152.905792 Z_new = 0.632035 * X + 0.375755 * Y + -0.677746 * Z + 142.991211 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.452220 -0.684176 2.635364 [DEG: -140.5018 -39.2004 150.9952 ] ZXZ: -1.601496 2.315490 1.034419 [DEG: -91.7589 132.6678 59.2678 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS052_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.196 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS052_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.676 187.113 153.335 1.00 90.51 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.101 187.933 154.390 1.00 90.51 C ATOM 1347 C GLY 165 150.596 187.782 154.510 1.00 90.51 C ATOM 1348 O GLY 165 149.938 188.583 155.179 1.00 90.51 O ATOM 1349 N LYS 166 150.064 186.794 153.845 1.00 89.85 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.630 186.538 153.942 1.00 89.85 C ATOM 1351 C LYS 166 148.287 185.818 155.242 1.00 89.85 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.150 185.717 152.744 1.00 89.85 C ATOM 1353 O LYS 166 149.133 185.135 155.822 1.00 89.85 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.338 186.410 151.403 1.00 89.85 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.829 185.551 150.254 1.00 89.85 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.033 186.236 148.909 1.00 89.85 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.526 185.400 147.779 1.00 89.85 N ATOM 1358 N TRP 167 147.062 186.056 155.703 1.00 91.41 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.610 185.382 156.917 1.00 91.41 C ATOM 1360 C TRP 167 145.899 184.076 156.583 1.00 91.41 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.679 186.293 157.722 1.00 91.41 C ATOM 1362 O TRP 167 144.811 184.084 156.003 1.00 91.41 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.287 185.736 159.058 1.00 91.41 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.112 185.116 159.381 1.00 91.41 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.074 185.753 160.254 1.00 91.41 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.311 185.124 161.263 1.00 91.41 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.350 186.237 160.569 1.00 91.41 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.120 184.746 160.705 1.00 91.41 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.037 185.452 162.850 1.00 91.41 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.785 184.968 162.568 1.00 91.41 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.820 186.081 161.868 1.00 91.41 C ATOM 1372 N ILE 168 146.535 182.973 157.016 1.00 85.13 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.001 181.661 156.666 1.00 85.13 C ATOM 1374 C ILE 168 145.734 180.857 157.936 1.00 85.13 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.962 180.889 155.735 1.00 85.13 C ATOM 1376 O ILE 168 145.401 179.672 157.870 1.00 85.13 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.401 181.387 155.921 1.00 85.13 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.521 181.021 154.274 1.00 85.13 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.447 180.282 155.896 1.00 85.13 C ATOM 1380 N SER 169 145.871 181.389 159.098 1.00 77.65 N ATOM 1381 CA SER 169 145.815 180.672 160.368 1.00 77.65 C ATOM 1382 C SER 169 144.410 180.704 160.960 1.00 77.65 C ATOM 1383 CB SER 169 146.811 181.269 161.364 1.00 77.65 C ATOM 1384 O SER 169 144.246 180.738 162.181 1.00 77.65 O ATOM 1385 OG SER 169 148.135 181.171 160.871 1.00 77.65 O ATOM 1386 N GLY 170 143.363 180.684 160.172 1.00 78.71 N ATOM 1387 CA GLY 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1629 ND2 ASN 200 146.595 203.948 174.911 1.00 91.63 N ATOM 1630 OD1 ASN 200 148.659 203.155 175.312 1.00 91.63 O ATOM 1631 N ILE 201 146.578 200.628 179.238 1.00 92.12 N ATOM 1632 CA ILE 201 146.292 200.371 180.644 1.00 92.12 C ATOM 1633 C ILE 201 147.388 199.491 181.242 1.00 92.12 C ATOM 1634 CB ILE 201 144.910 199.704 180.828 1.00 92.12 C ATOM 1635 O ILE 201 147.862 199.747 182.351 1.00 92.12 O ATOM 1636 CG1 ILE 201 143.795 200.651 180.372 1.00 92.12 C ATOM 1637 CG2 ILE 201 144.705 199.278 182.284 1.00 92.12 C ATOM 1638 CD1 ILE 201 142.410 200.019 180.366 1.00 92.12 C ATOM 1639 N PHE 202 147.825 198.517 180.492 1.00 92.48 N ATOM 1640 CA PHE 202 148.834 197.586 180.984 1.00 92.48 C ATOM 1641 C PHE 202 150.162 198.299 181.212 1.00 92.48 C ATOM 1642 CB PHE 202 149.023 196.427 180.002 1.00 92.48 C ATOM 1643 O PHE 202 150.812 198.097 182.240 1.00 92.48 O ATOM 1644 CG PHE 202 150.019 195.397 180.463 1.00 92.48 C ATOM 1645 CD1 PHE 202 151.234 195.243 179.807 1.00 92.48 C ATOM 1646 CD2 PHE 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