####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS052_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 76 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 75 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 71 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 67 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 110 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 47 93 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 18 108 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 77 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 39 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 68 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 103 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 12 110 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 40 77 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 73 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 83.70 93.33 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.63 0.70 0.76 0.80 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.599 0 0.023 0.023 0.677 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.596 0 0.057 0.150 1.282 81.818 80.000 1.282 LGA W 167 W 167 0.396 0 0.060 0.102 0.795 95.455 90.909 0.777 LGA I 168 I 168 0.782 0 0.027 1.367 4.257 78.182 57.727 4.257 LGA S 169 S 169 1.505 0 0.130 0.224 4.575 63.182 45.455 4.575 LGA G 170 G 170 1.168 0 0.246 0.246 1.203 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.906 0 0.031 1.339 4.324 86.364 66.591 1.071 LGA A 172 A 172 0.511 0 0.050 0.059 0.655 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.414 0 0.000 0.080 0.981 100.000 92.208 0.981 LGA Y 174 Y 174 0.418 0 0.033 0.171 0.930 95.455 86.364 0.930 LGA G 175 G 175 0.316 0 0.064 0.064 0.316 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.265 0 0.024 0.142 0.449 100.000 100.000 0.255 LGA Q 177 Q 177 0.462 0 0.057 0.265 1.149 100.000 90.101 0.682 LGA L 178 L 178 0.333 0 0.076 0.094 0.829 90.909 93.182 0.829 LGA N 179 N 179 1.047 0 0.168 0.621 4.579 66.818 41.136 4.579 LGA K 180 K 180 4.113 0 0.297 0.972 13.818 15.909 7.071 13.818 LGA K 181 K 181 1.234 0 0.370 1.022 8.018 77.727 39.596 8.018 LGA T 182 T 182 0.596 0 0.057 1.107 3.272 77.727 68.052 3.272 LGA S 183 S 183 0.932 0 0.140 0.125 1.287 77.727 73.636 1.187 LGA K 184 K 184 0.979 0 0.054 0.826 2.535 73.636 68.485 2.535 LGA L 185 L 185 0.445 0 0.061 0.070 0.493 100.000 100.000 0.379 LGA D 186 D 186 0.087 0 0.060 0.096 0.588 100.000 95.455 0.552 LGA P 187 P 187 0.417 0 0.023 0.368 1.167 86.818 87.273 0.706 LGA V 188 V 188 0.691 0 0.000 0.030 0.813 81.818 81.818 0.813 LGA E 189 E 189 0.783 0 0.000 0.326 1.825 81.818 76.566 1.825 LGA D 190 D 190 0.753 0 0.031 0.057 0.930 81.818 81.818 0.930 LGA E 191 E 191 0.560 0 0.038 0.067 0.861 90.909 85.859 0.861 LGA A 192 A 192 0.335 0 0.000 0.000 0.403 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.352 0 0.024 0.656 2.890 100.000 83.838 2.647 LGA V 194 V 194 0.371 0 0.031 0.041 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA V 195 V 195 0.131 0 0.000 0.000 0.244 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.169 0 0.030 0.275 1.431 100.000 88.485 1.202 LGA L 197 L 197 0.190 0 0.000 0.052 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA I 198 I 198 0.268 0 0.088 0.099 0.437 100.000 100.000 0.345 LGA F 199 F 199 0.197 0 0.049 0.082 0.272 100.000 100.000 0.058 LGA N 200 N 200 0.263 0 0.046 1.007 3.509 100.000 76.591 3.509 LGA I 201 I 201 0.092 0 0.034 0.050 0.187 100.000 100.000 0.080 LGA F 202 F 202 0.126 0 0.000 0.042 0.515 100.000 98.347 0.515 LGA L 203 L 203 0.303 0 0.000 0.052 0.651 100.000 95.455 0.629 LGA N 204 N 204 0.229 0 0.020 0.111 1.123 100.000 91.136 0.732 LGA G 205 G 205 0.431 0 0.040 0.040 0.478 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.571 0 0.000 0.145 0.937 81.818 88.636 0.227 LGA N 207 N 207 1.296 0 0.074 0.317 2.126 65.455 58.409 1.599 LGA G 208 G 208 1.404 0 0.000 0.000 1.598 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.459 0 0.033 0.574 1.731 65.455 69.495 1.200 LGA D 210 D 210 1.311 0 0.093 0.658 1.447 69.545 69.545 1.216 LGA Y 211 Y 211 1.733 0 0.117 0.419 1.872 54.545 54.545 1.418 LGA S 212 S 212 2.211 0 0.693 0.756 5.796 36.364 26.061 5.796 LGA Y 213 Y 213 3.017 0 0.145 1.630 15.025 36.364 12.273 15.025 LGA A 215 A 215 0.937 0 0.206 0.221 1.977 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.295 0 0.028 0.183 0.506 100.000 97.727 0.468 LGA A 217 A 217 0.240 0 0.035 0.048 0.376 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.543 0 0.048 0.116 1.419 95.455 88.182 1.419 LGA H 219 H 219 0.230 0 0.020 0.064 0.373 100.000 100.000 0.332 LGA L 220 L 220 0.319 0 0.025 0.091 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA T 221 T 221 0.432 0 0.014 0.045 0.634 90.909 92.208 0.476 LGA N 222 N 222 0.511 0 0.035 0.049 0.707 86.364 90.909 0.541 LGA L 223 L 223 0.626 0 0.036 0.047 0.894 81.818 81.818 0.696 LGA Q 224 Q 224 0.752 0 0.028 0.749 3.649 77.727 58.990 3.649 LGA I 225 I 225 0.752 0 0.052 0.136 0.775 81.818 84.091 0.328 LGA P 226 P 226 0.800 0 0.068 0.072 0.990 81.818 81.818 0.933 LGA T 227 T 227 0.161 0 0.034 0.151 0.498 100.000 100.000 0.266 LGA P 228 P 228 0.705 0 0.085 0.087 0.919 86.364 84.416 0.919 LGA S 229 S 229 0.624 0 0.138 0.132 1.154 86.364 79.394 1.154 LGA G 230 G 230 0.423 0 0.047 0.047 1.011 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.833 0 0.120 0.683 3.249 78.182 67.677 3.249 LGA K 232 K 232 0.788 0 0.158 0.880 4.129 77.727 58.384 4.129 LGA R 233 R 233 0.466 0 0.026 1.408 8.747 90.909 46.281 8.747 LGA W 234 W 234 0.198 0 0.046 0.096 0.553 100.000 97.403 0.331 LGA N 235 N 235 0.534 0 0.024 0.845 2.135 86.364 76.591 2.135 LGA Q 236 Q 236 0.442 0 0.036 0.847 3.495 95.455 81.010 0.430 LGA Y 237 Y 237 0.494 0 0.043 0.376 2.099 95.455 76.061 2.099 LGA T 238 T 238 0.424 0 0.015 0.300 1.022 100.000 92.468 1.022 LGA I 239 I 239 0.303 0 0.000 0.083 0.397 100.000 100.000 0.378 LGA K 240 K 240 0.445 0 0.060 0.652 4.449 100.000 72.525 4.449 LGA A 241 A 241 0.520 0 0.052 0.055 0.623 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.383 0 0.041 0.058 0.928 100.000 90.909 0.928 LGA L 243 L 243 0.141 0 0.027 0.129 0.453 100.000 100.000 0.132 LGA Q 244 Q 244 0.138 0 0.010 0.310 1.318 100.000 90.303 1.318 LGA N 245 N 245 0.259 0 0.000 0.103 0.558 100.000 97.727 0.558 LGA E 246 E 246 0.266 0 0.000 0.621 1.849 100.000 88.687 1.411 LGA V 247 V 247 0.167 0 0.000 0.060 0.241 100.000 100.000 0.241 LGA Y 248 Y 248 0.216 0 0.000 0.102 1.001 100.000 91.061 1.001 LGA I 249 I 249 0.211 0 0.070 0.102 0.477 100.000 100.000 0.260 LGA G 250 G 250 0.200 0 0.043 0.043 0.247 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.113 0 0.041 0.051 0.309 100.000 100.000 0.250 LGA V 252 V 252 0.228 0 0.053 0.133 0.664 100.000 97.403 0.664 LGA K 253 K 253 0.446 0 0.011 0.153 0.635 95.455 91.919 0.572 LGA Y 254 Y 254 0.616 0 0.038 0.350 2.494 86.364 73.182 2.494 LGA K 255 K 255 0.642 0 0.058 0.130 0.890 81.818 83.838 0.890 LGA V 256 V 256 0.698 0 0.090 0.100 0.848 81.818 81.818 0.848 LGA R 257 R 257 1.023 0 0.087 1.080 6.116 65.455 43.471 3.818 LGA E 258 E 258 0.922 0 0.054 0.984 4.303 73.636 54.747 4.303 LGA K 259 K 259 1.402 0 0.013 0.188 2.011 65.455 54.545 2.011 LGA T 260 T 260 1.230 0 0.022 0.096 1.678 58.182 61.299 1.101 LGA K 261 K 261 1.952 0 0.014 0.700 6.462 47.727 28.687 6.462 LGA D 262 D 262 1.777 0 0.080 0.763 3.185 50.909 39.773 3.185 LGA G 263 G 263 1.839 0 0.118 0.118 2.081 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.356 0 0.005 0.492 1.623 65.455 65.657 0.968 LGA R 265 R 265 1.296 0 0.086 0.963 2.877 65.455 59.339 2.877 LGA T 266 T 266 0.959 0 0.000 0.098 1.079 77.727 79.481 0.884 LGA I 267 I 267 0.796 0 0.036 0.085 0.976 81.818 81.818 0.976 LGA R 268 R 268 0.414 0 0.002 0.978 2.664 95.455 80.661 2.664 LGA P 269 P 269 0.348 0 0.000 0.016 0.348 100.000 100.000 0.297 LGA E 270 E 270 0.411 0 0.000 0.852 3.275 100.000 74.545 2.368 LGA K 271 K 271 0.413 0 0.041 0.647 3.937 100.000 66.465 3.511 LGA E 272 E 272 0.189 0 0.040 0.071 1.024 100.000 90.101 1.024 LGA Q 273 Q 273 0.173 0 0.024 0.064 0.770 100.000 93.939 0.610 LGA I 274 I 274 0.214 0 0.051 0.071 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA V 275 V 275 0.087 0 0.025 0.027 0.340 100.000 100.000 0.339 LGA V 276 V 276 0.176 0 0.000 0.054 0.441 100.000 100.000 0.375 LGA Q 277 Q 277 0.208 0 0.042 0.634 3.119 100.000 75.960 3.119 LGA D 278 D 278 0.207 0 0.041 0.168 0.418 100.000 100.000 0.412 LGA A 279 A 279 0.256 0 0.021 0.048 0.289 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.283 0 0.043 0.265 0.597 100.000 92.727 0.571 LGA A 281 A 281 0.332 0 0.000 0.000 0.398 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.294 0 0.000 0.023 0.487 100.000 100.000 0.451 LGA I 283 I 283 0.467 0 0.037 0.075 0.757 90.909 93.182 0.467 LGA I 284 I 284 0.390 0 0.000 0.054 0.408 100.000 100.000 0.330 LGA D 285 D 285 0.518 0 0.035 0.821 2.609 95.455 81.818 2.609 LGA K 286 K 286 0.471 0 0.013 0.259 1.346 100.000 90.101 1.346 LGA E 287 E 287 0.565 0 0.031 0.239 0.826 86.364 87.879 0.422 LGA Q 288 Q 288 0.427 0 0.000 0.234 1.742 100.000 84.848 1.191 LGA F 289 F 289 0.313 0 0.038 0.111 0.553 100.000 96.694 0.514 LGA Q 290 Q 290 0.485 0 0.000 1.143 3.461 100.000 79.192 3.461 LGA Q 291 Q 291 0.290 0 0.000 0.228 1.044 100.000 92.121 1.044 LGA S 292 S 292 0.180 0 0.063 0.679 2.218 100.000 89.697 2.218 LGA Q 293 Q 293 0.521 0 0.044 0.247 0.885 86.364 85.859 0.885 LGA V 294 V 294 0.689 0 0.014 0.052 0.770 81.818 81.818 0.668 LGA K 295 K 295 0.511 0 0.064 0.140 1.061 82.273 84.040 0.619 LGA I 296 I 296 0.841 0 0.026 0.067 1.318 73.636 77.955 0.609 LGA A 297 A 297 1.332 0 0.105 0.129 2.061 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.175 0 0.040 0.582 2.131 55.000 64.318 1.089 LGA K 299 K 299 2.674 0 0.403 0.729 13.498 60.455 27.475 13.498 LGA V 300 V 300 3.217 0 0.075 0.075 6.506 23.182 13.247 6.506 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.916 0.881 1.858 86.704 80.381 64.461 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.000 97.719 13.285 LGA_LOCAL RMSD: 0.916 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.334074 * X + 0.768836 * Y + 0.545238 * Z + 148.976425 Y_new = 0.608579 * X + 0.265780 * Y + -0.747658 * Z + 143.859314 Z_new = -0.719740 * X + 0.581594 * Y + -0.379108 * Z + 142.403030 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.068766 0.803428 2.148466 [DEG: 61.2358 46.0330 123.0980 ] ZXZ: 0.630096 1.959628 -0.891159 [DEG: 36.1018 112.2784 -51.0597 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS052_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS052_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.719 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS052_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.147 187.023 153.739 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.404 187.768 154.764 1.00 87.67 C ATOM 1347 C GLY 165 150.886 187.581 154.716 1.00 88.96 C ATOM 1348 O GLY 165 150.150 188.352 155.333 1.00 86.46 O ATOM 1349 N LYS 166 150.381 186.576 153.993 1.00 88.79 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.953 186.251 153.930 1.00 88.62 C ATOM 1351 C LYS 166 148.527 185.499 155.197 1.00 89.39 C ATOM 1352 O LYS 166 149.248 184.640 155.700 1.00 87.43 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.623 185.459 152.648 1.00 87.22 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.884 186.271 151.358 1.00 84.24 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.576 185.498 150.071 1.00 80.93 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.847 186.391 148.846 1.00 75.99 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.688 185.714 147.532 1.00 68.94 N ATOM 1358 N TRP 167 147.327 185.805 155.705 1.00 89.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.739 185.103 156.850 1.00 90.22 C ATOM 1360 C TRP 167 145.978 183.867 156.373 1.00 89.66 C ATOM 1361 O TRP 167 144.951 183.978 155.711 1.00 86.94 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.839 186.049 157.634 1.00 89.47 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.373 185.471 158.930 1.00 89.55 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.240 184.765 159.122 1.00 86.96 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.063 185.512 160.219 1.00 88.25 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.173 184.369 160.456 1.00 86.67 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.267 184.809 161.152 1.00 87.69 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.271 186.083 160.663 1.00 87.53 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.666 184.664 162.500 1.00 87.16 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.664 185.943 162.000 1.00 85.89 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.868 185.234 162.907 1.00 85.32 C ATOM 1372 N ILE 168 146.472 182.698 156.723 1.00 87.53 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.943 181.407 156.276 1.00 85.87 C ATOM 1374 C ILE 168 145.406 180.547 157.427 1.00 84.84 C ATOM 1375 O ILE 168 145.002 179.406 157.233 1.00 78.80 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.975 180.630 155.438 1.00 82.57 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.430 180.873 155.873 1.00 77.84 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.785 180.891 153.970 1.00 75.08 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.424 179.948 155.182 1.00 71.23 C ATOM 1380 N SER 169 145.406 181.099 158.627 1.00 84.31 N ATOM 1381 CA SER 169 144.842 180.489 159.830 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 143.314 180.637 159.860 1.00 81.96 C ATOM 1383 O SER 169 142.716 181.162 158.926 1.00 75.74 O ATOM 1384 CB SER 169 145.500 181.103 161.065 1.00 79.34 C ATOM 1385 OG SER 169 146.899 180.978 160.995 1.00 74.10 O ATOM 1386 N GLY 170 142.668 180.156 160.922 1.00 79.67 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.216 180.244 161.093 1.00 79.32 C ATOM 1388 C GLY 170 140.731 181.662 161.395 1.00 81.96 C ATOM 1389 O GLY 170 140.799 182.550 160.553 1.00 78.45 O ATOM 1390 N LEU 171 140.238 181.878 162.624 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.756 183.189 163.060 1.00 83.15 C ATOM 1392 C LEU 171 140.888 184.220 163.036 1.00 84.32 C ATOM 1393 O LEU 171 141.986 183.952 163.528 1.00 82.10 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.151 183.071 164.469 1.00 80.10 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.802 182.336 164.501 1.00 76.21 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.492 181.846 165.910 1.00 70.09 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.654 183.255 164.054 1.00 68.90 C ATOM 1398 N ALA 172 140.579 185.394 162.493 1.00 86.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.470 186.541 162.582 1.00 86.81 C ATOM 1400 C ALA 172 141.695 186.941 164.058 1.00 87.87 C ATOM 1401 O ALA 172 140.800 186.740 164.887 1.00 85.89 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.876 187.685 161.759 1.00 84.74 C ATOM 1403 N PRO 173 142.858 187.497 164.408 1.00 88.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.088 188.055 165.735 1.00 88.81 C ATOM 1405 C PRO 173 142.101 189.186 166.033 1.00 89.54 C ATOM 1406 O PRO 173 141.649 189.885 165.125 1.00 87.98 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.528 188.575 165.730 1.00 87.35 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.168 187.927 164.510 1.00 84.12 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.008 187.709 163.554 1.00 86.94 C ATOM 1410 N TYR 174 141.787 189.390 167.303 1.00 90.36 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.966 190.520 167.727 1.00 90.60 C ATOM 1412 C TYR 174 141.613 191.843 167.305 1.00 90.60 C ATOM 1413 O TYR 174 142.818 192.003 167.447 1.00 88.68 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.774 190.447 169.240 1.00 90.29 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.819 191.485 169.778 1.00 91.00 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.296 192.571 170.533 1.00 84.99 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.440 191.377 169.505 1.00 85.38 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.400 193.532 171.031 1.00 84.20 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.542 192.336 169.992 1.00 84.39 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.026 193.410 170.759 1.00 88.64 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.146 194.346 171.235 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