####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS051_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS051_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.24 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 60 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 39 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 58 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 6 93 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 3 15 53 121 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 43 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 63 96 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 4 105 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 56 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 22 108 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 23 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 49 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 68 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 55 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 55 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 68 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 65 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 62 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 41 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 41 108 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 7 104 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 7 105 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 11 85 121 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 14 53 105 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 22 37 113 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 41 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 71 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 68 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 51 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 65 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 65 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 32 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 21 84 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 28 105 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 53 115 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 130 135 135 3 8 23 37 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.75 ( 99.24 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 109 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 80.74 90.37 94.81 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.65 0.77 0.87 0.98 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.11 1.07 1.05 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.832 0 0.000 0.000 0.901 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.945 0 0.033 0.095 2.051 81.818 66.465 2.051 LGA W 167 W 167 0.733 0 0.062 0.193 1.244 77.727 82.078 0.572 LGA I 168 I 168 1.424 0 0.066 0.167 2.314 59.091 53.409 1.831 LGA S 169 S 169 2.433 0 0.636 0.558 5.159 41.818 29.697 5.159 LGA G 170 G 170 0.902 0 0.185 0.185 0.950 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.705 0 0.000 0.888 3.893 81.818 61.818 3.227 LGA A 172 A 172 0.820 0 0.040 0.052 0.972 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.439 0 0.020 0.087 1.032 95.455 87.273 1.032 LGA Y 174 Y 174 0.428 0 0.051 0.221 0.888 95.455 89.394 0.831 LGA G 175 G 175 0.542 0 0.078 0.078 0.542 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.503 0 0.050 0.135 0.564 90.909 93.939 0.389 LGA Q 177 Q 177 0.768 0 0.047 0.338 1.484 86.364 82.020 0.833 LGA L 178 L 178 0.597 0 0.077 0.090 0.852 81.818 81.818 0.852 LGA N 179 N 179 1.018 0 0.173 0.673 4.661 65.909 39.318 4.661 LGA K 180 K 180 3.376 0 0.305 0.971 12.999 29.545 13.131 12.999 LGA K 181 K 181 1.682 0 0.347 0.970 8.556 70.000 34.343 8.556 LGA T 182 T 182 0.568 0 0.068 1.098 3.242 77.727 68.052 3.242 LGA S 183 S 183 1.178 0 0.149 0.133 1.642 69.545 63.333 1.603 LGA K 184 K 184 1.033 0 0.054 0.882 3.034 69.545 65.657 3.034 LGA L 185 L 185 0.613 0 0.072 0.080 0.716 81.818 90.909 0.406 LGA D 186 D 186 0.233 0 0.060 0.103 0.662 95.455 97.727 0.067 LGA P 187 P 187 0.508 0 0.000 0.359 1.364 82.273 84.675 0.691 LGA V 188 V 188 0.942 0 0.020 0.047 1.106 81.818 77.143 1.106 LGA E 189 E 189 1.028 0 0.024 0.935 3.491 73.636 57.374 3.266 LGA D 190 D 190 1.051 0 0.015 0.033 1.516 73.636 67.727 1.516 LGA E 191 E 191 0.757 0 0.050 0.126 1.244 90.909 82.222 1.244 LGA A 192 A 192 0.276 0 0.000 0.000 0.432 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.420 0 0.041 0.655 3.210 100.000 75.758 3.076 LGA V 194 V 194 0.352 0 0.038 0.048 0.491 100.000 100.000 0.453 LGA V 195 V 195 0.070 0 0.000 0.000 0.208 100.000 100.000 0.055 LGA Q 196 Q 196 0.179 0 0.024 0.255 1.292 100.000 90.303 1.218 LGA L 197 L 197 0.190 0 0.025 0.038 0.419 100.000 100.000 0.353 LGA I 198 I 198 0.160 0 0.091 0.097 0.274 100.000 100.000 0.271 LGA F 199 F 199 0.198 0 0.047 0.081 0.347 100.000 100.000 0.091 LGA N 200 N 200 0.228 0 0.023 0.557 1.322 100.000 91.364 1.053 LGA I 201 I 201 0.137 0 0.040 0.044 0.282 100.000 100.000 0.087 LGA F 202 F 202 0.157 0 0.000 0.050 0.460 100.000 100.000 0.460 LGA L 203 L 203 0.338 0 0.000 0.106 0.966 100.000 93.182 0.788 LGA N 204 N 204 0.157 0 0.027 0.045 0.929 100.000 93.182 0.725 LGA G 205 G 205 0.309 0 0.046 0.046 0.339 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.440 0 0.033 0.208 0.948 90.909 93.182 0.437 LGA N 207 N 207 1.142 0 0.067 0.270 1.914 69.545 65.682 1.439 LGA G 208 G 208 1.161 0 0.000 0.000 1.260 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.293 0 0.040 0.198 2.749 65.455 51.919 2.749 LGA D 210 D 210 1.155 0 0.119 0.279 1.213 69.545 75.909 0.171 LGA Y 211 Y 211 1.861 0 0.115 0.439 2.052 50.909 48.788 1.598 LGA S 212 S 212 2.581 0 0.688 0.748 6.386 28.636 20.000 6.386 LGA Y 213 Y 213 2.610 0 0.171 1.653 14.516 48.636 16.667 14.516 LGA A 215 A 215 1.026 0 0.224 0.238 1.856 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.375 0 0.041 0.204 0.472 100.000 100.000 0.360 LGA A 217 A 217 0.300 0 0.045 0.055 0.351 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.481 0 0.054 0.124 1.177 100.000 91.212 1.177 LGA H 219 H 219 0.412 0 0.025 0.053 0.570 100.000 94.545 0.570 LGA L 220 L 220 0.298 0 0.018 0.086 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA T 221 T 221 0.094 0 0.026 0.038 0.317 100.000 100.000 0.101 LGA N 222 N 222 0.329 0 0.032 0.035 0.571 95.455 97.727 0.248 LGA L 223 L 223 0.592 0 0.039 0.068 1.020 81.818 79.773 0.953 LGA Q 224 Q 224 0.525 0 0.019 0.843 4.282 81.818 60.202 4.282 LGA I 225 I 225 0.422 0 0.056 0.110 0.422 100.000 100.000 0.183 LGA P 226 P 226 0.395 0 0.049 0.057 0.644 100.000 94.805 0.573 LGA T 227 T 227 0.333 0 0.027 0.228 0.744 100.000 97.403 0.261 LGA P 228 P 228 0.700 0 0.128 0.141 0.917 81.818 81.818 0.917 LGA S 229 S 229 0.526 0 0.108 0.109 0.992 86.364 84.848 0.992 LGA G 230 G 230 0.203 0 0.000 0.000 0.556 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.522 0 0.143 0.678 3.125 82.273 74.949 3.125 LGA K 232 K 232 0.369 0 0.198 0.870 3.873 95.455 70.101 3.873 LGA R 233 R 233 0.309 0 0.034 0.941 4.181 100.000 66.942 4.000 LGA W 234 W 234 0.384 0 0.044 0.106 0.642 100.000 97.403 0.439 LGA N 235 N 235 0.653 0 0.014 0.855 2.337 81.818 74.318 2.337 LGA Q 236 Q 236 0.470 0 0.040 0.983 3.341 95.455 81.010 1.030 LGA Y 237 Y 237 0.641 0 0.040 0.409 2.051 86.364 72.879 2.051 LGA T 238 T 238 0.552 0 0.026 0.260 1.025 90.909 84.675 1.025 LGA I 239 I 239 0.364 0 0.014 0.084 0.476 100.000 100.000 0.323 LGA K 240 K 240 0.578 0 0.058 0.607 4.440 86.364 64.444 4.440 LGA A 241 A 241 0.666 0 0.075 0.080 0.840 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.224 0 0.042 0.045 0.926 100.000 93.182 0.926 LGA L 243 L 243 0.222 0 0.022 0.137 0.499 100.000 100.000 0.201 LGA Q 244 Q 244 0.394 0 0.040 0.343 1.290 90.909 86.263 1.157 LGA N 245 N 245 0.467 0 0.000 0.085 0.589 95.455 90.909 0.589 LGA E 246 E 246 0.289 0 0.000 0.683 1.985 100.000 87.071 1.644 LGA V 247 V 247 0.209 0 0.062 0.167 0.470 100.000 100.000 0.396 LGA Y 248 Y 248 0.328 0 0.008 0.118 1.041 100.000 92.576 1.041 LGA I 249 I 249 0.267 0 0.056 0.068 0.584 100.000 95.455 0.518 LGA G 250 G 250 0.154 0 0.042 0.042 0.295 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.311 0 0.044 0.053 0.433 100.000 100.000 0.334 LGA V 252 V 252 0.443 0 0.037 0.117 1.005 95.455 87.273 1.005 LGA K 253 K 253 0.359 0 0.037 0.229 0.691 95.455 93.939 0.491 LGA Y 254 Y 254 0.537 0 0.043 0.324 2.442 90.909 73.333 2.442 LGA K 255 K 255 0.752 0 0.033 0.210 0.829 81.818 83.838 0.394 LGA V 256 V 256 0.798 0 0.109 0.128 0.997 81.818 81.818 0.878 LGA R 257 R 257 1.003 0 0.065 1.236 5.979 65.455 50.083 3.782 LGA E 258 E 258 1.096 0 0.035 0.956 4.992 61.818 44.040 4.992 LGA K 259 K 259 1.719 0 0.000 0.739 2.409 54.545 48.283 2.149 LGA T 260 T 260 1.859 0 0.019 0.062 2.300 44.545 49.351 1.746 LGA K 261 K 261 2.767 0 0.034 0.879 9.112 30.000 16.566 9.112 LGA D 262 D 262 2.268 0 0.063 0.912 3.650 38.182 30.000 3.556 LGA G 263 G 263 2.048 0 0.089 0.089 2.051 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.374 0 0.000 0.467 1.549 61.818 63.838 1.291 LGA R 265 R 265 1.110 0 0.104 1.038 4.086 73.636 57.851 4.086 LGA T 266 T 266 1.016 0 0.045 0.181 1.193 69.545 70.130 1.053 LGA I 267 I 267 0.746 0 0.037 0.076 1.003 77.727 79.773 0.790 LGA R 268 R 268 0.729 0 0.000 0.941 2.899 81.818 68.430 2.244 LGA P 269 P 269 0.751 0 0.000 0.011 0.959 81.818 81.818 0.959 LGA E 270 E 270 0.630 0 0.013 0.861 3.130 81.818 66.465 2.274 LGA K 271 K 271 0.766 0 0.043 0.675 2.816 81.818 69.091 2.300 LGA E 272 E 272 0.678 0 0.070 0.174 1.507 81.818 74.747 1.110 LGA Q 273 Q 273 0.729 0 0.015 0.047 0.889 81.818 81.818 0.885 LGA I 274 I 274 0.686 0 0.076 0.105 0.949 81.818 81.818 0.949 LGA V 275 V 275 0.254 0 0.043 0.056 0.395 100.000 100.000 0.385 LGA V 276 V 276 0.472 0 0.000 0.047 0.594 100.000 92.208 0.590 LGA Q 277 Q 277 0.317 0 0.048 0.672 3.421 100.000 73.939 3.421 LGA D 278 D 278 0.181 0 0.049 0.164 0.687 100.000 97.727 0.687 LGA A 279 A 279 0.355 0 0.024 0.046 0.413 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.185 0 0.037 0.155 0.330 100.000 100.000 0.258 LGA A 281 A 281 0.230 0 0.000 0.000 0.324 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.136 0 0.011 0.018 0.496 100.000 100.000 0.429 LGA I 283 I 283 0.330 0 0.019 0.084 0.597 95.455 93.182 0.594 LGA I 284 I 284 0.409 0 0.000 0.074 0.536 90.909 95.455 0.358 LGA D 285 D 285 0.957 0 0.036 0.970 2.676 81.818 67.045 2.676 LGA K 286 K 286 1.026 0 0.011 0.298 1.211 69.545 72.727 0.972 LGA E 287 E 287 0.986 0 0.030 0.373 1.220 77.727 76.364 1.220 LGA Q 288 Q 288 0.657 0 0.000 0.272 1.972 81.818 73.131 1.586 LGA F 289 F 289 0.723 0 0.044 0.128 1.139 81.818 77.355 1.103 LGA Q 290 Q 290 0.964 0 0.000 1.197 3.015 81.818 64.242 3.015 LGA Q 291 Q 291 0.658 0 0.000 0.185 0.873 81.818 81.818 0.873 LGA S 292 S 292 0.598 0 0.047 0.675 2.652 81.818 72.727 2.652 LGA Q 293 Q 293 0.972 0 0.037 0.263 1.541 73.636 65.859 1.539 LGA V 294 V 294 1.027 0 0.011 0.052 1.126 73.636 74.805 0.930 LGA K 295 K 295 0.673 0 0.063 0.146 1.139 77.727 80.000 0.557 LGA I 296 I 296 1.063 0 0.023 0.083 1.551 65.909 69.773 0.949 LGA A 297 A 297 1.714 0 0.127 0.152 2.452 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.221 0 0.126 0.583 2.843 49.091 65.682 1.421 LGA K 299 K 299 3.582 0 0.301 1.041 13.571 28.636 12.929 13.571 LGA V 300 V 300 2.928 0 0.146 0.185 4.671 22.727 14.286 4.568 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.015 0.984 1.870 82.815 77.243 61.925 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.889 97.157 12.106 LGA_LOCAL RMSD: 1.015 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.328126 * X + 0.938505 * Y + -0.107433 * Z + 143.462189 Y_new = -0.826831 * X + -0.340342 * Y + -0.447793 * Z + 174.615356 Z_new = -0.456820 * X + -0.058103 * Y + 0.887660 * Z + 175.086792 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.948582 0.474417 -0.065363 [DEG: -111.6455 27.1821 -3.7451 ] ZXZ: -0.235467 0.478558 -1.697308 [DEG: -13.4912 27.4194 -97.2486 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS051_6-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS051_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.157 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS051_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 6 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.799 186.798 153.634 1.00 92.03 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.179 187.508 154.755 1.00 92.03 C ATOM 2722 C GLY 165 150.650 187.403 154.795 1.00 92.03 C ATOM 2723 O GLY 165 149.998 188.204 155.459 1.00 92.03 O ATOM 2724 N LYS 166 150.049 186.445 154.075 1.00 94.00 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.599 186.199 154.131 1.00 94.00 C ATOM 2728 C LYS 166 148.228 185.435 155.400 1.00 94.00 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.109 185.450 152.888 1.00 94.00 C ATOM 2732 O LYS 166 148.994 184.614 155.908 1.00 94.00 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.278 186.274 151.606 1.00 94.00 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.956 185.421 150.377 1.00 94.00 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.904 186.304 149.131 1.00 94.00 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.925 185.492 147.895 1.00 94.00 N ATOM 2746 N TRP 167 147.013 185.655 155.889 1.00 93.90 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.516 184.999 157.092 1.00 93.90 C ATOM 2750 C TRP 167 145.905 183.627 156.780 1.00 93.90 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.524 185.913 157.794 1.00 93.90 C ATOM 2754 O TRP 167 144.875 183.521 156.119 1.00 93.90 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.039 185.367 159.096 1.00 93.90 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.847 184.769 159.321 1.00 93.90 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.750 185.340 160.368 1.00 93.90 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.913 184.712 161.336 1.00 93.90 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.016 185.789 160.797 1.00 93.90 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.766 184.389 160.646 1.00 93.90 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.575 185.007 163.068 1.00 93.90 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.308 184.544 162.670 1.00 93.90 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.423 185.628 162.135 1.00 93.90 C ATOM 2770 N ILE 168 146.539 182.564 157.285 1.00 90.09 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.163 181.159 157.019 1.00 90.09 C ATOM 2774 C ILE 168 145.684 180.425 158.287 1.00 90.09 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.349 180.451 156.311 1.00 90.09 C ATOM 2777 O ILE 168 145.130 179.328 158.215 1.00 90.09 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.785 181.172 155.011 1.00 90.09 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.071 178.973 155.980 1.00 90.09 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 146.710 181.213 153.913 1.00 90.09 C ATOM 2789 N SER 169 145.860 181.026 159.465 1.00 85.08 N ATOM 2791 CA SER 169 145.680 180.369 160.771 1.00 85.08 C ATOM 2793 C SER 169 144.220 180.229 161.243 1.00 85.08 C ATOM 2794 CB SER 169 146.555 181.066 161.819 1.00 85.08 C ATOM 2797 O SER 169 143.987 179.838 162.386 1.00 85.08 O ATOM 2798 OG SER 169 147.925 180.914 161.477 1.00 85.08 O ATOM 2800 N GLY 170 143.234 180.494 160.381 1.00 85.59 N ATOM 2802 CA GLY 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