####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS051_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS051_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 65 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 72 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 101 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 60 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 49 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 83 124 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 112 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 21 112 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 27 101 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 29 106 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 101 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 106 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 89 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 65 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 15 40 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 112 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 73 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 85 121 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 15 59 117 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 113 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 83.70 90.37 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.60 0.77 0.82 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.95 0.95 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.621 0 0.015 0.015 0.729 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.661 0 0.058 0.167 1.483 81.818 76.364 1.483 LGA W 167 W 167 0.524 0 0.055 0.093 0.764 81.818 87.013 0.504 LGA I 168 I 168 0.878 0 0.062 1.551 4.465 78.182 57.727 4.465 LGA S 169 S 169 1.377 0 0.184 0.641 5.516 66.818 49.091 5.516 LGA G 170 G 170 0.963 0 0.203 0.203 1.257 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.938 0 0.000 1.331 4.422 86.364 66.591 1.127 LGA A 172 A 172 0.493 0 0.042 0.053 0.637 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.309 0 0.013 0.062 0.730 100.000 92.208 0.730 LGA Y 174 Y 174 0.340 0 0.039 0.183 0.842 100.000 89.394 0.842 LGA G 175 G 175 0.172 0 0.056 0.056 0.172 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.178 0 0.030 0.149 0.388 100.000 100.000 0.194 LGA Q 177 Q 177 0.502 0 0.057 0.271 1.030 95.455 86.061 0.795 LGA L 178 L 178 0.458 0 0.080 0.105 0.881 95.455 93.182 0.881 LGA N 179 N 179 0.915 0 0.181 0.605 4.364 70.909 45.455 4.364 LGA K 180 K 180 4.081 0 0.291 0.971 13.909 19.091 8.485 13.909 LGA K 181 K 181 1.214 0 0.372 0.999 7.801 77.727 39.596 7.801 LGA T 182 T 182 0.650 0 0.054 1.106 3.465 77.727 68.052 3.465 LGA S 183 S 183 1.020 0 0.137 0.123 1.373 69.545 68.182 1.279 LGA K 184 K 184 1.079 0 0.057 0.823 2.631 69.545 64.848 2.631 LGA L 185 L 185 0.623 0 0.062 0.077 0.694 81.818 81.818 0.548 LGA D 186 D 186 0.131 0 0.060 0.100 0.561 100.000 95.455 0.538 LGA P 187 P 187 0.451 0 0.000 0.365 1.152 86.818 87.273 0.503 LGA V 188 V 188 0.650 0 0.000 0.016 0.754 81.818 81.818 0.754 LGA E 189 E 189 0.687 0 0.016 0.316 1.634 81.818 78.384 1.634 LGA D 190 D 190 0.643 0 0.023 0.055 0.897 86.364 84.091 0.897 LGA E 191 E 191 0.403 0 0.038 0.065 0.714 95.455 93.939 0.714 LGA A 192 A 192 0.254 0 0.000 0.000 0.358 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.287 0 0.026 0.656 2.839 100.000 83.838 2.612 LGA V 194 V 194 0.256 0 0.031 0.052 0.338 100.000 100.000 0.338 LGA V 195 V 195 0.073 0 0.000 0.000 0.181 100.000 100.000 0.092 LGA Q 196 Q 196 0.224 0 0.025 0.262 1.309 100.000 90.303 1.092 LGA L 197 L 197 0.208 0 0.000 0.035 0.349 100.000 100.000 0.317 LGA I 198 I 198 0.212 0 0.084 0.094 0.459 100.000 100.000 0.345 LGA F 199 F 199 0.299 0 0.040 0.077 0.428 100.000 100.000 0.231 LGA N 200 N 200 0.284 0 0.038 0.716 1.939 100.000 89.318 1.939 LGA I 201 I 201 0.103 0 0.033 0.049 0.208 100.000 100.000 0.067 LGA F 202 F 202 0.209 0 0.000 0.045 0.541 100.000 96.694 0.541 LGA L 203 L 203 0.453 0 0.000 0.065 1.024 100.000 88.864 0.922 LGA N 204 N 204 0.170 0 0.035 0.081 1.121 100.000 91.136 0.894 LGA G 205 G 205 0.502 0 0.050 0.050 0.569 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.768 0 0.039 0.235 1.250 73.636 82.273 0.245 LGA N 207 N 207 1.685 0 0.062 0.286 2.512 54.545 46.591 2.085 LGA G 208 G 208 1.607 0 0.000 0.000 1.811 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.693 0 0.040 0.226 2.307 58.182 48.485 2.195 LGA D 210 D 210 1.521 0 0.072 0.587 1.662 58.182 62.045 1.217 LGA Y 211 Y 211 1.895 0 0.135 0.415 2.153 50.909 48.788 1.713 LGA S 212 S 212 2.296 0 0.690 0.763 5.978 34.545 24.848 5.978 LGA Y 213 Y 213 2.927 0 0.157 1.626 14.782 41.818 14.091 14.782 LGA A 215 A 215 0.987 0 0.215 0.231 1.972 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.366 0 0.035 0.180 0.463 100.000 100.000 0.421 LGA A 217 A 217 0.202 0 0.035 0.051 0.308 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.464 0 0.046 0.115 1.323 100.000 91.212 1.323 LGA H 219 H 219 0.254 0 0.028 0.041 0.475 100.000 100.000 0.474 LGA L 220 L 220 0.203 0 0.004 0.080 0.387 100.000 100.000 0.387 LGA T 221 T 221 0.192 0 0.018 0.037 0.351 100.000 100.000 0.241 LGA N 222 N 222 0.262 0 0.036 0.046 0.469 100.000 100.000 0.324 LGA L 223 L 223 0.489 0 0.041 0.055 0.817 100.000 90.909 0.730 LGA Q 224 Q 224 0.545 0 0.036 0.832 4.397 81.818 60.404 4.397 LGA I 225 I 225 0.620 0 0.058 0.134 0.692 81.818 88.636 0.269 LGA P 226 P 226 0.792 0 0.069 0.075 0.932 81.818 81.818 0.921 LGA T 227 T 227 0.161 0 0.039 0.149 0.495 100.000 100.000 0.270 LGA P 228 P 228 0.613 0 0.084 0.089 0.816 95.455 89.610 0.816 LGA S 229 S 229 0.503 0 0.129 0.120 1.142 90.909 85.152 1.142 LGA G 230 G 230 0.502 0 0.069 0.069 1.090 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.840 0 0.117 0.689 3.490 73.636 65.657 3.490 LGA K 232 K 232 0.763 0 0.172 0.865 4.255 77.727 56.566 4.255 LGA R 233 R 233 0.321 0 0.039 1.371 8.149 100.000 51.901 8.149 LGA W 234 W 234 0.223 0 0.050 0.104 0.569 100.000 97.403 0.357 LGA N 235 N 235 0.583 0 0.000 0.821 2.283 86.364 76.591 2.283 LGA Q 236 Q 236 0.420 0 0.038 0.828 3.372 95.455 83.030 0.492 LGA Y 237 Y 237 0.555 0 0.039 0.401 1.934 90.909 76.970 1.934 LGA T 238 T 238 0.422 0 0.018 0.285 1.023 100.000 92.468 1.023 LGA I 239 I 239 0.279 0 0.009 0.081 0.383 100.000 100.000 0.380 LGA K 240 K 240 0.436 0 0.067 0.585 3.820 100.000 76.364 3.820 LGA A 241 A 241 0.479 0 0.056 0.057 0.568 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.276 0 0.047 0.067 0.894 100.000 90.909 0.894 LGA L 243 L 243 0.208 0 0.036 0.132 0.656 95.455 97.727 0.253 LGA Q 244 Q 244 0.344 0 0.020 0.311 1.287 95.455 88.283 1.287 LGA N 245 N 245 0.434 0 0.000 0.085 0.683 100.000 93.182 0.683 LGA E 246 E 246 0.420 0 0.000 0.586 1.756 100.000 88.687 1.299 LGA V 247 V 247 0.270 0 0.021 0.066 0.318 100.000 100.000 0.148 LGA Y 248 Y 248 0.361 0 0.000 0.101 1.047 100.000 88.030 1.047 LGA I 249 I 249 0.342 0 0.067 0.094 0.511 100.000 97.727 0.448 LGA G 250 G 250 0.271 0 0.044 0.044 0.317 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.225 0 0.043 0.051 0.396 100.000 100.000 0.351 LGA V 252 V 252 0.280 0 0.055 0.118 0.599 100.000 97.403 0.599 LGA K 253 K 253 0.531 0 0.000 0.129 0.660 86.364 83.838 0.638 LGA Y 254 Y 254 0.717 0 0.051 0.359 2.451 81.818 71.515 2.451 LGA K 255 K 255 0.839 0 0.069 0.121 1.226 81.818 80.000 1.226 LGA V 256 V 256 0.713 0 0.083 0.098 0.852 81.818 81.818 0.852 LGA R 257 R 257 1.102 0 0.092 1.087 6.104 65.455 43.471 3.930 LGA E 258 E 258 1.165 0 0.055 0.949 4.475 61.818 45.253 4.475 LGA K 259 K 259 1.728 0 0.003 0.159 2.469 50.909 43.838 2.469 LGA T 260 T 260 1.523 0 0.019 0.094 1.959 50.909 57.143 1.416 LGA K 261 K 261 2.057 0 0.026 0.903 7.878 41.364 25.657 7.878 LGA D 262 D 262 1.802 0 0.067 0.765 3.150 50.909 41.136 3.066 LGA G 263 G 263 2.131 0 0.109 0.109 2.451 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.716 0 0.000 0.470 1.966 50.909 54.343 0.501 LGA R 265 R 265 1.571 0 0.084 0.991 3.311 58.182 53.388 3.311 LGA T 266 T 266 1.200 0 0.014 0.107 1.337 65.455 65.455 1.171 LGA I 267 I 267 0.864 0 0.034 0.086 1.081 77.727 77.727 1.081 LGA R 268 R 268 0.404 0 0.000 0.973 2.338 95.455 77.521 2.338 LGA P 269 P 269 0.205 0 0.000 0.014 0.242 100.000 100.000 0.197 LGA E 270 E 270 0.341 0 0.000 0.850 3.158 100.000 74.545 2.302 LGA K 271 K 271 0.505 0 0.037 0.672 4.253 90.909 58.586 3.921 LGA E 272 E 272 0.401 0 0.049 0.100 1.256 100.000 84.444 1.256 LGA Q 273 Q 273 0.312 0 0.026 0.078 0.670 100.000 93.939 0.602 LGA I 274 I 274 0.303 0 0.050 0.067 0.525 100.000 97.727 0.525 LGA V 275 V 275 0.109 0 0.004 0.009 0.341 100.000 100.000 0.252 LGA V 276 V 276 0.159 0 0.000 0.044 0.439 100.000 100.000 0.381 LGA Q 277 Q 277 0.107 0 0.045 0.624 2.930 100.000 78.384 2.930 LGA D 278 D 278 0.053 0 0.032 0.185 0.578 100.000 97.727 0.578 LGA A 279 A 279 0.210 0 0.017 0.047 0.243 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.202 0 0.038 0.249 0.644 100.000 94.545 0.632 LGA A 281 A 281 0.259 0 0.000 0.000 0.342 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.255 0 0.005 0.025 0.496 100.000 100.000 0.496 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.043 0.083 0.682 95.455 93.182 0.602 LGA I 284 I 284 0.435 0 0.007 0.089 0.488 100.000 100.000 0.282 LGA D 285 D 285 0.775 0 0.072 0.967 3.571 81.818 63.182 1.552 LGA K 286 K 286 0.732 0 0.025 0.274 1.139 81.818 80.000 1.139 LGA E 287 E 287 0.744 0 0.038 0.305 0.939 81.818 83.838 0.823 LGA Q 288 Q 288 0.496 0 0.000 0.463 1.612 95.455 80.808 0.973 LGA F 289 F 289 0.436 0 0.034 0.113 0.727 100.000 88.430 0.701 LGA Q 290 Q 290 0.681 0 0.000 1.165 3.297 81.818 69.293 3.297 LGA Q 291 Q 291 0.487 0 0.000 0.246 1.137 95.455 88.081 1.137 LGA S 292 S 292 0.362 0 0.066 0.682 2.391 95.455 86.667 2.391 LGA Q 293 Q 293 0.653 0 0.033 0.238 1.043 81.818 78.182 1.020 LGA V 294 V 294 0.755 0 0.023 0.044 0.846 81.818 81.818 0.740 LGA K 295 K 295 0.492 0 0.035 0.158 0.773 86.364 91.919 0.575 LGA I 296 I 296 0.800 0 0.022 0.064 1.078 77.727 77.727 0.823 LGA A 297 A 297 1.075 0 0.111 0.133 1.565 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.554 0 0.027 0.638 1.487 77.727 75.682 1.487 LGA K 299 K 299 1.816 0 0.000 0.531 5.842 45.455 29.293 5.842 LGA V 300 V 300 2.385 0 0.090 0.092 2.860 35.909 35.325 2.856 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.920 0.908 1.762 85.593 79.296 63.957 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.185 97.645 13.231 LGA_LOCAL RMSD: 0.920 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.705062 * X + -0.552579 * Y + -0.444458 * Z + 160.584808 Y_new = 0.576706 * X + -0.082069 * Y + -0.812819 * Z + 158.161133 Z_new = 0.412671 * X + -0.829410 * Y + 0.376540 * Z + 146.200043 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.456002 -0.425384 -1.144633 [DEG: 140.7186 -24.3727 -65.5827 ] ZXZ: -0.500391 1.184738 2.679909 [DEG: -28.6703 67.8805 153.5475 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS051_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS051_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.645 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS051_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.086 186.964 153.835 1.00 84.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.363 187.718 154.868 1.00 84.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.840 187.546 154.834 1.00 86.37 C ATOM 1348 O GLY 165 150.117 188.333 155.446 1.00 83.83 O ATOM 1349 N LYS 166 150.328 186.533 154.124 1.00 85.65 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.895 186.236 154.064 1.00 85.42 C ATOM 1351 C LYS 166 148.454 185.464 155.313 1.00 86.37 C ATOM 1352 O LYS 166 149.159 184.581 155.798 1.00 84.57 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.542 185.482 152.764 1.00 83.83 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.811 186.318 151.495 1.00 80.89 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.462 185.585 150.190 1.00 77.91 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.749 186.489 148.983 1.00 72.79 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.475 185.869 147.659 1.00 66.56 N ATOM 1358 N TRP 167 147.257 185.772 155.810 1.00 87.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.653 185.056 156.937 1.00 87.62 C ATOM 1360 C TRP 167 145.892 183.833 156.439 1.00 87.07 C ATOM 1361 O TRP 167 144.872 183.957 155.762 1.00 84.35 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.756 186.000 157.727 1.00 87.09 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.253 185.395 158.996 1.00 87.50 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.098 184.707 159.149 1.00 84.23 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.920 185.371 160.296 1.00 86.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.997 184.261 160.460 1.00 84.06 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.093 184.647 161.190 1.00 85.34 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.133 185.893 160.782 1.00 84.90 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.466 184.433 162.537 1.00 84.63 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.496 185.685 162.121 1.00 82.55 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.671 184.956 162.986 1.00 82.12 C ATOM 1372 N ILE 168 146.370 182.659 156.786 1.00 84.73 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.851 181.368 156.311 1.00 83.07 C ATOM 1374 C ILE 168 145.426 180.428 157.450 1.00 81.94 C ATOM 1375 O ILE 168 145.186 179.241 157.234 1.00 76.42 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.878 180.689 155.384 1.00 79.86 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.246 180.537 156.079 1.00 75.51 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.010 181.476 154.067 1.00 72.63 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.170 179.577 155.348 1.00 68.91 C ATOM 1380 N SER 169 145.350 180.949 158.661 1.00 82.21 N ATOM 1381 CA SER 169 144.878 180.216 159.833 1.00 80.66 C ATOM 1382 C SER 169 143.361 180.377 160.021 1.00 79.85 C ATOM 1383 O SER 169 142.651 180.747 159.083 1.00 73.94 O ATOM 1384 CB SER 169 145.717 180.613 161.051 1.00 77.17 C ATOM 1385 OG SER 169 145.518 181.945 161.423 1.00 72.63 O ATOM 1386 N GLY 170 142.845 180.053 161.200 1.00 77.98 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.413 180.116 161.491 1.00 77.52 C ATOM 1388 C GLY 170 140.874 181.542 161.650 1.00 80.09 C ATOM 1389 O GLY 170 141.000 182.374 160.761 1.00 77.08 O ATOM 1390 N LEU 171 140.265 181.811 162.808 1.00 81.15 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.747 183.142 163.133 1.00 81.08 C ATOM 1392 C LEU 171 140.878 184.176 163.127 1.00 82.32 C ATOM 1393 O LEU 171 141.963 183.916 163.655 1.00 80.15 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.049 183.107 164.503 1.00 77.97 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.700 182.364 164.493 1.00 73.68 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.279 182.012 165.914 1.00 68.16 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.593 183.215 163.861 1.00 66.98 C ATOM 1398 N ALA 172 140.587 185.340 162.560 1.00 84.53 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.478 186.484 162.660 1.00 84.91 C ATOM 1400 C ALA 172 141.683 186.880 164.135 1.00 85.88 C ATOM 1401 O ALA 172 140.766 186.695 164.946 1.00 84.03 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.898 187.635 161.830 1.00 82.88 C ATOM 1403 N PRO 173 142.854 187.403 164.506 1.00 87.05 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.076 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