####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS033_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS033_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.98 1.06 LCS_AVERAGE: 98.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 57 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 57 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 67 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 53 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 7 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 67 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 67 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 49 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 47 57 104 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 22 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 64 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 28 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 25 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 67 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 69 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 63 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 29 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 29 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 11 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 11 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 25 83 119 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 23 60 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 6 15 40 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 49 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 71 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 42 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 59 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 48 106 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 10 78 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 4 73 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 4 6 59 91 109 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 0 3 67 123 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.39 ( 98.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 80.00 88.89 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.64 0.76 0.91 0.94 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 GDT RMS_ALL_AT 1.10 1.08 1.07 1.06 1.06 1.06 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.797 0 0.023 0.023 0.909 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.881 0 0.062 0.172 1.780 81.818 72.929 1.780 LGA W 167 W 167 0.636 0 0.049 0.092 0.917 81.818 85.714 0.645 LGA I 168 I 168 1.105 0 0.065 1.538 4.323 65.909 49.773 4.323 LGA S 169 S 169 1.425 0 0.171 0.249 2.971 65.455 54.545 2.971 LGA G 170 G 170 0.958 0 0.117 0.117 1.115 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.871 0 0.000 1.325 4.384 90.909 70.909 0.961 LGA A 172 A 172 0.466 0 0.042 0.052 0.628 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.445 0 0.026 0.087 0.890 100.000 92.208 0.890 LGA Y 174 Y 174 0.480 0 0.042 0.170 0.949 95.455 86.364 0.949 LGA G 175 G 175 0.246 0 0.057 0.057 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.211 0 0.030 0.151 0.359 100.000 100.000 0.183 LGA Q 177 Q 177 0.480 0 0.056 0.277 0.967 100.000 95.960 0.755 LGA L 178 L 178 0.483 0 0.075 0.098 0.917 95.455 88.636 0.917 LGA N 179 N 179 0.900 0 0.175 0.643 4.405 66.364 43.182 4.405 LGA K 180 K 180 4.067 0 0.294 0.972 13.759 19.091 8.485 13.759 LGA K 181 K 181 1.087 0 0.362 1.256 9.686 86.818 42.222 9.686 LGA T 182 T 182 0.535 0 0.058 1.108 3.419 82.273 68.312 3.419 LGA S 183 S 183 1.152 0 0.127 0.115 1.542 69.545 65.758 1.471 LGA K 184 K 184 1.105 0 0.059 0.833 2.515 69.545 63.232 2.515 LGA L 185 L 185 0.562 0 0.057 0.071 0.608 81.818 84.091 0.515 LGA D 186 D 186 0.139 0 0.058 0.095 0.521 100.000 97.727 0.521 LGA P 187 P 187 0.517 0 0.000 0.362 1.184 82.273 84.675 0.565 LGA V 188 V 188 0.712 0 0.000 0.024 0.788 81.818 81.818 0.788 LGA E 189 E 189 0.761 0 0.023 0.323 1.662 81.818 78.384 1.662 LGA D 190 D 190 0.748 0 0.031 0.053 1.003 86.364 82.045 1.003 LGA E 191 E 191 0.505 0 0.035 0.084 0.812 90.909 87.879 0.812 LGA A 192 A 192 0.356 0 0.000 0.000 0.442 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.394 0 0.022 0.652 2.897 100.000 81.818 2.626 LGA V 194 V 194 0.382 0 0.035 0.044 0.435 100.000 100.000 0.423 LGA V 195 V 195 0.141 0 0.000 0.000 0.216 100.000 100.000 0.167 LGA Q 196 Q 196 0.263 0 0.025 0.265 1.414 100.000 88.485 1.216 LGA L 197 L 197 0.287 0 0.000 0.038 0.508 100.000 97.727 0.481 LGA I 198 I 198 0.287 0 0.082 0.094 0.436 100.000 100.000 0.360 LGA F 199 F 199 0.277 0 0.044 0.070 0.376 100.000 100.000 0.179 LGA N 200 N 200 0.320 0 0.042 0.723 2.036 100.000 87.727 2.036 LGA I 201 I 201 0.150 0 0.036 0.045 0.223 100.000 100.000 0.144 LGA F 202 F 202 0.181 0 0.000 0.049 0.542 100.000 96.694 0.542 LGA L 203 L 203 0.403 0 0.000 0.061 0.873 100.000 90.909 0.846 LGA N 204 N 204 0.288 0 0.033 0.084 1.276 100.000 88.864 0.952 LGA G 205 G 205 0.531 0 0.046 0.046 0.623 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.821 0 0.045 0.050 1.280 73.636 82.273 0.194 LGA N 207 N 207 1.664 0 0.068 0.265 2.640 54.545 46.591 2.202 LGA G 208 G 208 1.472 0 0.000 0.000 1.602 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.563 0 0.034 0.200 2.159 61.818 52.929 1.995 LGA D 210 D 210 1.381 0 0.082 0.823 2.155 65.455 60.227 2.155 LGA Y 211 Y 211 1.852 0 0.135 0.421 2.141 50.909 48.788 1.621 LGA S 212 S 212 2.314 0 0.690 0.751 5.943 34.545 24.848 5.943 LGA Y 213 Y 213 2.964 0 0.162 1.626 14.874 41.818 14.091 14.874 LGA A 215 A 215 1.020 0 0.208 0.224 2.010 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.392 0 0.030 0.176 0.509 100.000 97.727 0.417 LGA A 217 A 217 0.243 0 0.032 0.048 0.347 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.482 0 0.052 0.089 1.251 100.000 91.212 1.251 LGA H 219 H 219 0.217 0 0.026 0.038 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA L 220 L 220 0.191 0 0.021 0.082 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA T 221 T 221 0.259 0 0.008 0.041 0.411 100.000 100.000 0.333 LGA N 222 N 222 0.297 0 0.029 0.041 0.498 100.000 100.000 0.343 LGA L 223 L 223 0.472 0 0.040 0.053 0.794 100.000 93.182 0.672 LGA Q 224 Q 224 0.571 0 0.032 0.811 4.159 86.364 63.434 4.159 LGA I 225 I 225 0.637 0 0.056 0.142 0.687 81.818 88.636 0.288 LGA P 226 P 226 0.756 0 0.067 0.074 0.926 81.818 81.818 0.894 LGA T 227 T 227 0.130 0 0.037 0.159 0.532 100.000 97.403 0.249 LGA P 228 P 228 0.671 0 0.081 0.083 0.891 90.909 87.013 0.891 LGA S 229 S 229 0.585 0 0.129 0.121 1.239 86.364 79.394 1.239 LGA G 230 G 230 0.421 0 0.076 0.076 1.068 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.780 0 0.114 0.682 3.382 78.182 67.677 3.382 LGA K 232 K 232 0.703 0 0.119 0.874 3.753 77.727 61.212 3.753 LGA R 233 R 233 0.468 0 0.031 0.956 4.631 95.455 59.008 4.631 LGA W 234 W 234 0.213 0 0.058 0.108 0.599 100.000 97.403 0.361 LGA N 235 N 235 0.682 0 0.018 0.776 2.309 81.818 76.364 2.309 LGA Q 236 Q 236 0.529 0 0.029 0.915 3.272 90.909 80.808 0.783 LGA Y 237 Y 237 0.444 0 0.044 0.377 1.649 95.455 81.061 1.649 LGA T 238 T 238 0.389 0 0.000 0.285 1.033 100.000 92.468 1.033 LGA I 239 I 239 0.314 0 0.018 0.082 0.393 100.000 100.000 0.385 LGA K 240 K 240 0.399 0 0.065 0.581 3.595 100.000 77.778 3.595 LGA A 241 A 241 0.434 0 0.066 0.069 0.575 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.321 0 0.048 0.069 0.887 100.000 90.909 0.887 LGA L 243 L 243 0.168 0 0.025 0.123 0.531 95.455 97.727 0.158 LGA Q 244 Q 244 0.273 0 0.016 0.311 1.298 95.455 88.283 1.298 LGA N 245 N 245 0.371 0 0.000 0.095 0.664 100.000 95.455 0.664 LGA E 246 E 246 0.430 0 0.017 0.593 1.815 100.000 88.687 1.301 LGA V 247 V 247 0.301 0 0.010 0.059 0.333 100.000 100.000 0.179 LGA Y 248 Y 248 0.405 0 0.000 0.101 1.112 100.000 86.515 1.112 LGA I 249 I 249 0.381 0 0.066 0.100 0.482 100.000 100.000 0.444 LGA G 250 G 250 0.291 0 0.041 0.041 0.366 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.251 0 0.041 0.050 0.460 100.000 100.000 0.425 LGA V 252 V 252 0.291 0 0.050 0.104 0.606 95.455 94.805 0.606 LGA K 253 K 253 0.326 0 0.000 0.154 0.483 100.000 100.000 0.385 LGA Y 254 Y 254 0.575 0 0.048 0.351 2.599 90.909 72.424 2.599 LGA K 255 K 255 0.944 0 0.061 0.113 0.974 81.818 81.818 0.827 LGA V 256 V 256 0.993 0 0.092 0.106 1.111 77.727 74.805 1.108 LGA R 257 R 257 1.382 0 0.085 1.109 6.512 61.818 40.496 4.143 LGA E 258 E 258 1.350 0 0.053 0.954 4.524 58.182 43.232 4.524 LGA K 259 K 259 2.042 0 0.000 0.630 2.675 44.545 38.586 2.397 LGA T 260 T 260 1.903 0 0.022 0.150 2.430 44.545 47.273 1.766 LGA K 261 K 261 2.791 0 0.017 0.939 8.950 27.727 17.374 8.950 LGA D 262 D 262 2.604 0 0.083 0.078 2.604 30.000 32.727 2.265 LGA G 263 G 263 2.549 0 0.102 0.102 2.693 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.848 0 0.000 0.329 2.007 47.727 54.545 0.797 LGA R 265 R 265 1.735 0 0.118 0.926 2.619 50.909 49.091 2.619 LGA T 266 T 266 1.332 0 0.000 0.104 1.477 65.455 65.455 1.251 LGA I 267 I 267 1.095 0 0.031 0.082 1.210 65.455 67.500 1.150 LGA R 268 R 268 0.731 0 0.000 0.972 2.675 81.818 68.430 2.675 LGA P 269 P 269 0.482 0 0.000 0.018 0.601 95.455 92.208 0.601 LGA E 270 E 270 0.364 0 0.013 0.893 3.262 100.000 76.566 2.404 LGA K 271 K 271 0.281 0 0.065 0.724 4.893 100.000 64.444 4.893 LGA E 272 E 272 0.313 0 0.050 0.105 1.686 100.000 82.828 1.686 LGA Q 273 Q 273 0.449 0 0.025 0.077 0.876 100.000 89.899 0.838 LGA I 274 I 274 0.385 0 0.055 0.071 0.557 100.000 97.727 0.557 LGA V 275 V 275 0.144 0 0.025 0.029 0.333 100.000 100.000 0.333 LGA V 276 V 276 0.364 0 0.000 0.040 0.632 100.000 94.805 0.569 LGA Q 277 Q 277 0.294 0 0.050 0.659 3.337 100.000 77.172 3.337 LGA D 278 D 278 0.251 0 0.030 0.183 0.686 100.000 97.727 0.686 LGA A 279 A 279 0.330 0 0.018 0.047 0.382 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.166 0 0.036 0.267 0.760 100.000 92.727 0.760 LGA A 281 A 281 0.259 0 0.000 0.000 0.347 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.357 0 0.016 0.032 0.531 95.455 94.805 0.531 LGA I 283 I 283 0.563 0 0.042 0.078 0.841 86.364 84.091 0.647 LGA I 284 I 284 0.550 0 0.000 0.064 0.579 86.364 93.182 0.390 LGA D 285 D 285 0.710 0 0.023 0.098 1.010 81.818 79.773 1.010 LGA K 286 K 286 0.678 0 0.000 0.268 1.252 81.818 80.000 1.252 LGA E 287 E 287 0.892 0 0.030 0.258 1.262 81.818 78.182 0.775 LGA Q 288 Q 288 0.644 0 0.000 0.430 1.069 90.909 82.222 1.003 LGA F 289 F 289 0.385 0 0.036 0.129 0.752 100.000 90.083 0.727 LGA Q 290 Q 290 0.631 0 0.000 0.440 2.848 81.818 70.505 1.318 LGA Q 291 Q 291 0.460 0 0.000 0.245 1.179 95.455 88.081 1.179 LGA S 292 S 292 0.272 0 0.065 0.688 2.246 100.000 89.697 2.246 LGA Q 293 Q 293 0.685 0 0.044 0.261 1.033 77.727 80.000 0.936 LGA V 294 V 294 0.925 0 0.014 0.057 1.032 77.727 77.143 0.919 LGA K 295 K 295 0.707 0 0.052 0.193 1.228 77.727 80.000 0.796 LGA I 296 I 296 1.099 0 0.015 0.071 1.735 65.909 71.818 0.584 LGA A 297 A 297 1.831 0 0.112 0.138 2.768 45.455 46.545 - LGA N 298 N 298 1.750 0 0.063 0.615 3.056 36.818 53.182 1.368 LGA K 299 K 299 3.859 0 0.371 0.990 14.515 29.091 12.929 14.515 LGA V 300 V 300 2.529 0 0.141 0.162 4.322 30.000 20.260 4.137 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.053 1.025 1.924 84.020 78.111 63.361 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.05 93.519 96.940 11.704 LGA_LOCAL RMSD: 1.053 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.053 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.053 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.431245 * X + -0.556266 * Y + -0.710349 * Z + 154.878448 Y_new = -0.163055 * X + 0.726307 * Y + -0.667751 * Z + 150.304077 Z_new = 0.887379 * X + 0.403791 * Y + 0.222514 * Z + 142.101852 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.361489 -1.091628 1.067138 [DEG: -20.7118 -62.5457 61.1425 ] ZXZ: -0.816299 1.346404 1.143761 [DEG: -46.7705 77.1433 65.5327 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS033_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS033_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.05 96.940 1.05 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS033_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.905 186.812 153.678 0.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.209 187.563 154.732 0.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 150.688 187.391 154.740 0.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 149.984 188.160 155.392 0.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 150.154 186.389 154.033 0.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.720 186.090 154.012 0.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.320 185.340 155.287 0.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 149.024 184.445 155.747 0.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.330 185.318 152.735 0.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.583 186.130 151.445 0.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.190 185.396 150.147 0.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.485 186.299 148.938 0.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.178 185.700 147.608 0.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 147.155 185.683 155.839 0.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.585 184.985 156.992 0.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 145.764 183.785 156.526 0.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 144.741 183.947 155.862 0.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.746 185.949 157.821 0.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.290 185.354 159.113 0.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.144 184.670 159.315 0.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.998 185.351 160.392 0.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.087 184.246 160.638 0.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.202 184.643 161.324 0.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.226 185.884 160.828 0.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.620 184.457 162.662 0.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4436 HIS A 545 END