####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS033_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS033_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 66 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 72 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 53 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 109 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 66 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 66 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 40 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 76 102 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 111 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 73 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 73 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 39 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 32 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 87 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 76 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 24 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 67 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 76 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 72 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 4 121 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 47 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 113 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 83.70 91.85 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.62 0.74 0.78 0.82 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.688 0 0.026 0.026 0.825 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.759 0 0.057 0.198 1.699 81.818 74.747 1.699 LGA W 167 W 167 0.637 0 0.034 0.120 0.915 81.818 85.714 0.668 LGA I 168 I 168 1.085 0 0.085 0.666 2.781 65.909 59.091 2.781 LGA S 169 S 169 1.462 0 0.107 0.634 4.178 65.455 50.909 4.178 LGA G 170 G 170 0.981 0 0.111 0.111 1.114 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.884 0 0.000 1.326 4.494 86.364 66.591 1.099 LGA A 172 A 172 0.492 0 0.035 0.038 0.649 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.260 0 0.033 0.321 1.379 100.000 92.468 1.379 LGA Y 174 Y 174 0.418 0 0.046 0.180 0.899 95.455 86.364 0.899 LGA G 175 G 175 0.215 0 0.055 0.055 0.215 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.186 0 0.033 0.152 0.388 100.000 100.000 0.149 LGA Q 177 Q 177 0.477 0 0.058 0.261 0.958 100.000 95.960 0.693 LGA L 178 L 178 0.445 0 0.076 0.093 0.976 95.455 90.909 0.976 LGA N 179 N 179 0.981 0 0.169 0.630 4.464 66.364 42.273 4.464 LGA K 180 K 180 3.926 0 0.299 0.972 13.622 20.455 9.091 13.622 LGA K 181 K 181 1.319 0 0.375 1.012 8.129 82.273 41.616 8.129 LGA T 182 T 182 0.722 0 0.055 1.110 3.564 77.727 67.013 3.564 LGA S 183 S 183 1.051 0 0.131 0.117 1.428 69.545 68.182 1.335 LGA K 184 K 184 1.110 0 0.060 0.836 2.750 69.545 63.232 2.750 LGA L 185 L 185 0.611 0 0.056 0.071 0.660 81.818 81.818 0.556 LGA D 186 D 186 0.152 0 0.061 0.102 0.572 100.000 97.727 0.478 LGA P 187 P 187 0.498 0 0.000 0.361 1.210 86.818 87.273 0.522 LGA V 188 V 188 0.714 0 0.000 0.020 0.831 81.818 81.818 0.831 LGA E 189 E 189 0.749 0 0.014 0.318 1.596 81.818 78.384 1.596 LGA D 190 D 190 0.697 0 0.024 0.066 0.914 86.364 84.091 0.914 LGA E 191 E 191 0.489 0 0.041 0.078 0.923 95.455 87.879 0.923 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.000 0.000 0.411 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.327 0 0.015 0.658 2.850 100.000 83.838 2.598 LGA V 194 V 194 0.303 0 0.028 0.046 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA V 195 V 195 0.089 0 0.000 0.007 0.186 100.000 100.000 0.121 LGA Q 196 Q 196 0.212 0 0.014 0.263 1.400 100.000 90.303 1.156 LGA L 197 L 197 0.209 0 0.018 0.037 0.392 100.000 100.000 0.347 LGA I 198 I 198 0.240 0 0.081 0.090 0.416 100.000 100.000 0.303 LGA F 199 F 199 0.282 0 0.045 0.081 0.387 100.000 100.000 0.159 LGA N 200 N 200 0.281 0 0.040 0.836 1.841 100.000 87.727 1.841 LGA I 201 I 201 0.150 0 0.036 0.058 0.230 100.000 100.000 0.111 LGA F 202 F 202 0.208 0 0.000 0.054 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA L 203 L 203 0.450 0 0.000 0.064 0.860 95.455 90.909 0.772 LGA N 204 N 204 0.301 0 0.023 0.071 1.055 100.000 91.136 0.874 LGA G 205 G 205 0.465 0 0.048 0.048 0.478 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.574 0 0.000 0.016 0.911 81.818 90.909 0.297 LGA N 207 N 207 1.189 0 0.050 0.262 1.859 69.545 65.682 1.323 LGA G 208 G 208 1.358 0 0.021 0.021 1.635 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.491 0 0.043 0.719 2.147 65.455 64.848 2.147 LGA D 210 D 210 1.400 0 0.077 0.628 1.556 69.545 67.727 1.556 LGA Y 211 Y 211 1.846 0 0.129 0.424 2.089 50.909 48.788 1.669 LGA S 212 S 212 2.311 0 0.689 0.761 6.058 34.545 23.939 6.058 LGA Y 213 Y 213 2.898 0 0.161 1.628 14.779 41.818 14.091 14.779 LGA A 215 A 215 0.843 0 0.215 0.232 1.835 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.333 0 0.041 0.180 0.420 100.000 100.000 0.419 LGA A 217 A 217 0.145 0 0.042 0.053 0.283 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.298 0 0.057 0.121 1.157 100.000 91.212 1.157 LGA H 219 H 219 0.206 0 0.018 0.038 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA L 220 L 220 0.190 0 0.027 0.089 0.329 100.000 100.000 0.329 LGA T 221 T 221 0.224 0 0.015 0.037 0.413 100.000 100.000 0.235 LGA N 222 N 222 0.369 0 0.026 0.032 0.593 95.455 97.727 0.236 LGA L 223 L 223 0.569 0 0.047 0.054 0.896 86.364 84.091 0.772 LGA Q 224 Q 224 0.590 0 0.040 0.819 4.362 81.818 58.384 4.362 LGA I 225 I 225 0.570 0 0.059 0.140 0.622 86.364 93.182 0.309 LGA P 226 P 226 0.702 0 0.069 0.073 0.835 81.818 81.818 0.813 LGA T 227 T 227 0.221 0 0.042 0.163 0.490 100.000 100.000 0.336 LGA P 228 P 228 0.725 0 0.080 0.081 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA S 229 S 229 0.704 0 0.125 0.119 1.119 90.909 82.424 1.119 LGA G 230 G 230 0.300 0 0.069 0.069 0.943 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.721 0 0.104 0.678 3.112 82.273 73.131 3.112 LGA K 232 K 232 0.784 0 0.145 0.862 4.122 77.727 58.384 4.122 LGA R 233 R 233 0.466 0 0.030 1.338 7.925 95.455 50.248 7.925 LGA W 234 W 234 0.101 0 0.066 0.110 0.537 100.000 97.403 0.328 LGA N 235 N 235 0.638 0 0.019 0.873 2.415 86.364 76.591 2.415 LGA Q 236 Q 236 0.501 0 0.037 0.975 3.534 86.364 74.141 0.881 LGA Y 237 Y 237 0.653 0 0.029 0.361 1.923 86.364 74.091 1.923 LGA T 238 T 238 0.471 0 0.018 0.290 1.010 100.000 92.468 1.010 LGA I 239 I 239 0.298 0 0.014 0.076 0.405 100.000 100.000 0.320 LGA K 240 K 240 0.448 0 0.073 0.565 3.700 100.000 74.343 3.700 LGA A 241 A 241 0.493 0 0.062 0.066 0.610 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.330 0 0.052 0.067 0.917 100.000 90.909 0.917 LGA L 243 L 243 0.207 0 0.010 0.133 0.545 95.455 97.727 0.224 LGA Q 244 Q 244 0.286 0 0.010 0.305 1.342 95.455 88.283 1.342 LGA N 245 N 245 0.352 0 0.000 0.099 0.682 100.000 93.182 0.682 LGA E 246 E 246 0.354 0 0.000 0.636 2.034 100.000 87.273 1.414 LGA V 247 V 247 0.269 0 0.013 0.060 0.295 100.000 100.000 0.181 LGA Y 248 Y 248 0.329 0 0.000 0.100 1.050 100.000 89.545 1.050 LGA I 249 I 249 0.272 0 0.067 0.094 0.396 100.000 100.000 0.337 LGA G 250 G 250 0.219 0 0.040 0.040 0.272 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.204 0 0.042 0.052 0.395 100.000 100.000 0.308 LGA V 252 V 252 0.325 0 0.045 0.110 0.643 100.000 97.403 0.643 LGA K 253 K 253 0.510 0 0.013 0.147 0.661 81.818 81.818 0.648 LGA Y 254 Y 254 0.575 0 0.050 0.365 2.455 86.364 73.182 2.455 LGA K 255 K 255 0.694 0 0.073 0.131 1.007 81.818 80.000 1.007 LGA V 256 V 256 0.727 0 0.078 0.087 0.891 81.818 81.818 0.891 LGA R 257 R 257 1.135 0 0.085 1.103 6.360 65.455 43.471 3.967 LGA E 258 E 258 1.086 0 0.044 0.955 4.480 65.455 47.475 4.480 LGA K 259 K 259 1.608 0 0.000 0.181 2.224 58.182 49.899 2.224 LGA T 260 T 260 1.449 0 0.025 0.140 1.898 58.182 59.221 1.383 LGA K 261 K 261 2.168 0 0.031 0.890 8.191 41.364 25.657 8.191 LGA D 262 D 262 2.000 0 0.076 0.404 2.642 47.727 41.818 2.601 LGA G 263 G 263 2.133 0 0.112 0.112 2.424 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.654 0 0.000 0.476 1.856 54.545 57.576 0.831 LGA R 265 R 265 1.564 0 0.077 1.016 3.658 58.182 50.083 3.658 LGA T 266 T 266 1.259 0 0.000 0.110 1.356 65.455 65.455 1.271 LGA I 267 I 267 0.957 0 0.027 0.084 1.192 73.636 73.636 1.192 LGA R 268 R 268 0.453 0 0.006 0.970 2.451 90.909 77.355 2.451 LGA P 269 P 269 0.370 0 0.000 0.000 0.393 100.000 100.000 0.254 LGA E 270 E 270 0.542 0 0.007 0.899 3.277 90.909 70.505 2.446 LGA K 271 K 271 0.588 0 0.051 0.726 5.241 90.909 55.556 5.241 LGA E 272 E 272 0.308 0 0.053 0.088 1.222 100.000 86.465 1.222 LGA Q 273 Q 273 0.177 0 0.034 0.090 0.831 100.000 93.939 0.693 LGA I 274 I 274 0.147 0 0.049 0.068 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA V 275 V 275 0.151 0 0.022 0.027 0.337 100.000 100.000 0.308 LGA V 276 V 276 0.200 0 0.000 0.039 0.507 100.000 97.403 0.442 LGA Q 277 Q 277 0.135 0 0.051 0.643 3.093 100.000 78.586 3.093 LGA D 278 D 278 0.153 0 0.031 0.199 0.588 100.000 97.727 0.588 LGA A 279 A 279 0.249 0 0.021 0.047 0.284 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.160 0 0.037 0.269 0.685 100.000 92.727 0.685 LGA A 281 A 281 0.206 0 0.000 0.000 0.272 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.229 0 0.015 0.025 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA I 283 I 283 0.417 0 0.054 0.079 0.752 90.909 90.909 0.602 LGA I 284 I 284 0.434 0 0.013 0.090 0.468 100.000 100.000 0.355 LGA D 285 D 285 0.751 0 0.068 0.964 3.383 81.818 67.727 1.254 LGA K 286 K 286 0.608 0 0.019 0.282 1.321 81.818 80.000 1.321 LGA E 287 E 287 0.589 0 0.041 0.287 0.891 86.364 85.859 0.539 LGA Q 288 Q 288 0.466 0 0.000 0.474 1.342 95.455 86.061 0.915 LGA F 289 F 289 0.245 0 0.033 0.118 0.645 100.000 95.041 0.622 LGA Q 290 Q 290 0.346 0 0.000 0.376 2.035 100.000 87.273 0.586 LGA Q 291 Q 291 0.231 0 0.000 0.230 0.824 100.000 97.980 0.824 LGA S 292 S 292 0.174 0 0.068 0.686 2.236 100.000 89.697 2.236 LGA Q 293 Q 293 0.358 0 0.034 0.277 0.938 95.455 91.919 0.938 LGA V 294 V 294 0.425 0 0.000 0.011 0.471 100.000 100.000 0.361 LGA K 295 K 295 0.339 0 0.044 0.156 0.666 95.455 95.960 0.527 LGA I 296 I 296 0.629 0 0.031 0.072 0.910 86.364 86.364 0.620 LGA A 297 A 297 0.700 0 0.052 0.073 0.866 81.818 81.818 - LGA N 298 N 298 0.630 0 0.037 0.571 1.807 82.273 76.136 1.195 LGA K 299 K 299 1.722 0 0.023 0.507 3.254 51.364 40.606 3.254 LGA V 300 V 300 1.586 0 0.006 0.041 2.445 51.364 47.532 1.877 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.884 0.862 1.724 86.704 80.794 65.562 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.185 97.755 13.725 LGA_LOCAL RMSD: 0.884 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.884 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.884 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.071057 * X + 0.052745 * Y + -0.996077 * Z + 154.258118 Y_new = 0.722965 * X + -0.685275 * Y + -0.087861 * Z + 151.655151 Z_new = -0.687221 * X + -0.726372 * Y + 0.010560 * Z + 144.847992 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.668767 0.757656 -1.556259 [DEG: 95.6133 43.4105 -89.1671 ] ZXZ: -1.482817 1.560236 -2.383884 [DEG: -84.9591 89.3949 -136.5865 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS033_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS033_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.755 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS033_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.017 186.921 153.875 0.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.294 187.682 154.901 0.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 150.774 187.496 154.880 0.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 150.053 188.271 155.512 0.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 150.262 186.490 154.171 0.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.832 186.175 154.130 0.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.421 185.405 155.395 0.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 149.152 184.538 155.872 0.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.468 185.417 152.832 0.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.737 186.244 151.550 0.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.340 185.541 150.236 0.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.626 186.472 149.043 0.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.263 185.941 147.699 0.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 147.232 185.700 155.924 0.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.670 184.979 157.071 0.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 145.929 183.727 156.601 0.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 144.991 183.817 155.811 0.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.755 185.898 157.868 0.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.303 185.298 159.159 0.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.166 184.605 159.361 0.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.017 185.304 160.437 0.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.113 184.186 160.688 0.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.227 184.593 161.373 0.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.242 185.846 160.874 0.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.645 184.419 162.713 0.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4436 HIS A 545 END