####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS028_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 64 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 97 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 59 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 60 104 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 24 104 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 26 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 69 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 58 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 30 102 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 20 104 119 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 102 119 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 104 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 8 76 118 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 61 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 34 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 62 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 23 96 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 102 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 66 95 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 80.00 90.37 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.64 0.77 0.82 0.90 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.98 0.99 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.648 0 0.023 0.023 0.727 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.659 0 0.061 0.199 1.839 81.818 74.747 1.839 LGA W 167 W 167 0.443 0 0.062 0.092 0.760 90.909 90.909 0.587 LGA I 168 I 168 0.784 0 0.055 1.550 4.476 82.273 59.773 4.476 LGA S 169 S 169 1.399 0 0.169 0.256 4.027 66.818 50.000 4.027 LGA G 170 G 170 0.736 0 0.187 0.187 1.331 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.849 0 0.000 1.323 4.099 90.909 70.909 0.991 LGA A 172 A 172 0.369 0 0.041 0.050 0.546 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.465 0 0.007 0.075 0.902 100.000 92.208 0.902 LGA Y 174 Y 174 0.487 0 0.034 0.171 0.857 95.455 86.364 0.857 LGA G 175 G 175 0.138 0 0.054 0.054 0.246 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.107 0 0.032 0.147 0.311 100.000 100.000 0.152 LGA Q 177 Q 177 0.354 0 0.051 0.250 0.911 100.000 95.960 0.707 LGA L 178 L 178 0.365 0 0.081 0.101 0.872 95.455 93.182 0.872 LGA N 179 N 179 0.988 0 0.176 0.622 4.393 66.364 43.182 4.393 LGA K 180 K 180 4.047 0 0.294 0.965 13.790 19.091 8.485 13.790 LGA K 181 K 181 1.294 0 0.349 0.997 7.765 82.273 41.616 7.765 LGA T 182 T 182 0.633 0 0.053 1.106 3.477 81.818 68.052 3.477 LGA S 183 S 183 0.917 0 0.131 0.118 1.224 77.727 73.636 1.102 LGA K 184 K 184 1.003 0 0.059 0.835 2.668 69.545 66.667 2.668 LGA L 185 L 185 0.563 0 0.061 0.068 0.647 81.818 84.091 0.564 LGA D 186 D 186 0.136 0 0.061 0.104 0.656 100.000 95.455 0.533 LGA P 187 P 187 0.499 0 0.000 0.362 1.117 86.818 87.273 0.534 LGA V 188 V 188 0.617 0 0.000 0.026 0.666 81.818 81.818 0.666 LGA E 189 E 189 0.626 0 0.000 0.324 1.561 81.818 78.384 1.561 LGA D 190 D 190 0.571 0 0.033 0.055 0.712 90.909 86.364 0.712 LGA E 191 E 191 0.381 0 0.037 0.065 0.553 95.455 95.960 0.553 LGA A 192 A 192 0.263 0 0.000 0.000 0.359 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.256 0 0.029 0.654 2.739 100.000 85.051 2.478 LGA V 194 V 194 0.250 0 0.031 0.046 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA V 195 V 195 0.101 0 0.000 0.000 0.164 100.000 100.000 0.155 LGA Q 196 Q 196 0.211 0 0.030 0.266 1.340 100.000 90.303 1.118 LGA L 197 L 197 0.189 0 0.021 0.043 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA I 198 I 198 0.256 0 0.084 0.095 0.445 100.000 100.000 0.334 LGA F 199 F 199 0.268 0 0.044 0.074 0.357 100.000 100.000 0.175 LGA N 200 N 200 0.248 0 0.032 0.692 1.854 100.000 89.318 1.854 LGA I 201 I 201 0.143 0 0.031 0.048 0.231 100.000 100.000 0.133 LGA F 202 F 202 0.207 0 0.000 0.043 0.435 100.000 100.000 0.435 LGA L 203 L 203 0.405 0 0.011 0.065 0.860 100.000 93.182 0.805 LGA N 204 N 204 0.251 0 0.028 0.093 1.124 95.455 88.864 0.776 LGA G 205 G 205 0.630 0 0.050 0.050 0.688 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.857 0 0.024 0.192 1.294 73.636 80.000 0.250 LGA N 207 N 207 1.688 0 0.073 0.301 2.508 54.545 48.182 1.995 LGA G 208 G 208 1.731 0 0.000 0.000 1.880 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.746 0 0.031 0.657 1.987 54.545 64.646 1.124 LGA D 210 D 210 1.538 0 0.079 0.762 1.764 58.182 56.364 1.604 LGA Y 211 Y 211 1.954 0 0.131 0.412 2.109 50.909 48.788 1.698 LGA S 212 S 212 2.423 0 0.691 0.760 6.037 34.545 23.939 6.037 LGA Y 213 Y 213 2.945 0 0.156 1.633 14.939 41.818 14.091 14.939 LGA A 215 A 215 0.992 0 0.210 0.225 1.971 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.338 0 0.035 0.183 0.469 100.000 100.000 0.396 LGA A 217 A 217 0.238 0 0.031 0.047 0.317 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.476 0 0.051 0.103 1.333 100.000 91.212 1.333 LGA H 219 H 219 0.153 0 0.018 0.042 0.485 100.000 100.000 0.473 LGA L 220 L 220 0.238 0 0.020 0.084 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA T 221 T 221 0.388 0 0.020 0.041 0.605 95.455 94.805 0.439 LGA N 222 N 222 0.460 0 0.028 0.049 0.734 90.909 95.455 0.382 LGA L 223 L 223 0.660 0 0.052 0.058 0.998 81.818 81.818 0.795 LGA Q 224 Q 224 0.785 0 0.034 0.803 3.896 77.727 58.990 3.896 LGA I 225 I 225 0.820 0 0.055 0.136 0.861 81.818 84.091 0.467 LGA P 226 P 226 0.905 0 0.067 0.072 1.049 81.818 79.481 1.000 LGA T 227 T 227 0.305 0 0.033 0.158 0.751 95.455 92.208 0.460 LGA P 228 P 228 0.538 0 0.081 0.085 0.788 95.455 92.208 0.788 LGA S 229 S 229 0.538 0 0.133 0.129 1.390 90.909 82.424 1.390 LGA G 230 G 230 0.536 0 0.067 0.067 1.334 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 1.129 0 0.113 0.684 3.751 69.545 61.212 3.751 LGA K 232 K 232 1.107 0 0.173 0.875 4.860 73.636 50.707 4.860 LGA R 233 R 233 0.608 0 0.029 1.363 7.983 86.364 46.942 7.983 LGA W 234 W 234 0.272 0 0.067 0.100 0.658 100.000 97.403 0.486 LGA N 235 N 235 0.985 0 0.088 0.870 2.225 81.818 70.455 1.572 LGA Q 236 Q 236 0.741 0 0.043 0.877 3.200 86.364 76.768 0.771 LGA Y 237 Y 237 0.398 0 0.034 0.334 1.846 100.000 82.576 1.846 LGA T 238 T 238 0.252 0 0.012 0.269 0.922 100.000 97.403 0.922 LGA I 239 I 239 0.149 0 0.005 0.084 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA K 240 K 240 0.234 0 0.058 0.614 3.847 100.000 77.778 3.847 LGA A 241 A 241 0.267 0 0.058 0.060 0.403 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.410 0 0.051 0.062 0.927 95.455 88.636 0.927 LGA L 243 L 243 0.281 0 0.022 0.126 0.583 95.455 97.727 0.204 LGA Q 244 Q 244 0.301 0 0.012 0.315 1.406 100.000 88.485 1.386 LGA N 245 N 245 0.404 0 0.000 0.101 0.737 100.000 93.182 0.737 LGA E 246 E 246 0.422 0 0.000 0.618 2.015 100.000 87.273 1.375 LGA V 247 V 247 0.349 0 0.013 0.060 0.368 100.000 100.000 0.210 LGA Y 248 Y 248 0.388 0 0.000 0.097 1.120 100.000 86.515 1.120 LGA I 249 I 249 0.354 0 0.072 0.100 0.478 100.000 100.000 0.354 LGA G 250 G 250 0.308 0 0.047 0.047 0.369 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.180 0 0.045 0.048 0.332 100.000 100.000 0.331 LGA V 252 V 252 0.237 0 0.053 0.114 0.589 100.000 97.403 0.589 LGA K 253 K 253 0.447 0 0.012 0.159 0.595 95.455 91.919 0.595 LGA Y 254 Y 254 0.604 0 0.043 0.327 2.529 86.364 70.909 2.529 LGA K 255 K 255 0.804 0 0.066 0.137 0.884 81.818 81.818 0.820 LGA V 256 V 256 0.848 0 0.091 0.105 0.969 81.818 81.818 0.948 LGA R 257 R 257 1.238 0 0.090 1.081 6.022 65.455 43.471 3.805 LGA E 258 E 258 1.235 0 0.049 0.968 4.569 61.818 44.848 4.569 LGA K 259 K 259 1.730 0 0.000 0.144 2.543 50.909 42.626 2.543 LGA T 260 T 260 1.357 0 0.029 0.139 1.735 58.182 61.299 1.252 LGA K 261 K 261 1.745 0 0.021 1.063 7.799 54.545 34.343 7.799 LGA D 262 D 262 1.591 0 0.074 0.058 1.632 50.909 58.182 1.248 LGA G 263 G 263 2.039 0 0.106 0.106 2.426 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.723 0 0.000 0.374 1.998 50.909 54.343 0.574 LGA R 265 R 265 1.679 0 0.085 0.956 3.159 50.909 46.777 3.159 LGA T 266 T 266 1.344 0 0.002 0.109 1.458 65.455 65.455 1.329 LGA I 267 I 267 1.069 0 0.039 0.087 1.329 65.455 67.500 1.112 LGA R 268 R 268 0.756 0 0.000 0.967 2.801 81.818 71.074 2.801 LGA P 269 P 269 0.596 0 0.000 0.012 0.722 86.364 84.416 0.722 LGA E 270 E 270 0.469 0 0.010 0.854 3.121 100.000 74.545 2.048 LGA K 271 K 271 0.243 0 0.041 0.646 3.480 100.000 69.495 3.024 LGA E 272 E 272 0.253 0 0.040 0.060 1.075 100.000 88.283 1.075 LGA Q 273 Q 273 0.399 0 0.024 0.070 0.877 100.000 91.919 0.664 LGA I 274 I 274 0.320 0 0.053 0.068 0.534 100.000 97.727 0.534 LGA V 275 V 275 0.033 0 0.009 0.013 0.303 100.000 100.000 0.303 LGA V 276 V 276 0.204 0 0.000 0.044 0.483 100.000 100.000 0.407 LGA Q 277 Q 277 0.183 0 0.050 0.622 2.868 100.000 76.970 2.840 LGA D 278 D 278 0.162 0 0.021 0.161 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA A 279 A 279 0.229 0 0.024 0.049 0.258 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.165 0 0.037 0.251 0.720 100.000 94.545 0.718 LGA A 281 A 281 0.249 0 0.000 0.000 0.319 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.308 0 0.008 0.025 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA I 283 I 283 0.465 0 0.045 0.078 0.744 90.909 90.909 0.583 LGA I 284 I 284 0.461 0 0.000 0.089 0.476 100.000 100.000 0.363 LGA D 285 D 285 0.720 0 0.070 0.954 3.393 81.818 67.727 1.207 LGA K 286 K 286 0.586 0 0.000 0.279 1.339 86.364 82.020 1.339 LGA E 287 E 287 0.581 0 0.024 0.300 0.865 86.364 85.859 0.679 LGA Q 288 Q 288 0.452 0 0.000 0.463 1.318 95.455 86.061 0.860 LGA F 289 F 289 0.309 0 0.037 0.113 0.693 100.000 93.388 0.680 LGA Q 290 Q 290 0.409 0 0.000 0.420 1.234 100.000 92.121 1.234 LGA Q 291 Q 291 0.279 0 0.000 0.257 1.095 100.000 94.141 1.095 LGA S 292 S 292 0.199 0 0.067 0.691 2.246 100.000 89.697 2.246 LGA Q 293 Q 293 0.487 0 0.040 0.261 0.914 90.909 85.859 0.914 LGA V 294 V 294 0.648 0 0.008 0.051 0.780 81.818 81.818 0.613 LGA K 295 K 295 0.559 0 0.047 0.182 1.059 82.273 82.020 0.693 LGA I 296 I 296 0.872 0 0.026 0.069 1.401 73.636 82.273 0.464 LGA A 297 A 297 1.406 0 0.102 0.127 2.208 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.416 0 0.030 0.609 2.660 49.091 63.636 1.183 LGA K 299 K 299 3.444 0 0.356 0.801 14.337 43.182 19.192 14.337 LGA V 300 V 300 2.171 0 0.150 0.180 5.025 44.545 26.494 5.025 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.968 0.928 1.872 85.293 79.460 65.393 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.074 97.251 12.641 LGA_LOCAL RMSD: 0.968 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.968 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.968 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.454546 * X + -0.570821 * Y + 0.683777 * Z + 161.599243 Y_new = 0.860003 * X + 0.081378 * Y + -0.503758 * Z + 157.419479 Z_new = 0.231911 * X + 0.817032 * Y + 0.527898 * Z + 146.700012 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.084579 -0.234042 0.997156 [DEG: 62.1418 -13.4096 57.1328 ] ZXZ: 0.935843 1.014673 0.276571 [DEG: 53.6199 58.1365 15.8464 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS028_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.251 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS028_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.083 186.977 153.692 1.00 87.20 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.356 187.727 154.727 1.00 87.35 C ATOM 1347 C GLY 165 150.837 187.539 154.704 1.00 88.75 C ATOM 1348 O GLY 165 150.112 188.306 155.336 1.00 86.20 O ATOM 1349 N LYS 166 150.331 186.534 153.987 1.00 88.47 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.902 186.213 153.953 1.00 88.12 C ATOM 1351 C LYS 166 148.497 185.453 155.221 1.00 88.87 C ATOM 1352 O LYS 166 149.219 184.577 155.696 1.00 87.09 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.538 185.426 152.678 1.00 86.55 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.779 186.218 151.373 1.00 83.42 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.356 185.436 150.121 1.00 80.13 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.569 186.268 148.847 1.00 74.99 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.127 185.579 147.601 1.00 68.30 N ATOM 1358 N TRP 167 147.315 185.764 155.743 1.00 89.43 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.743 185.047 156.885 1.00 89.94 C ATOM 1360 C TRP 167 145.982 183.814 156.409 1.00 89.46 C ATOM 1361 O TRP 167 144.931 183.925 155.785 1.00 86.57 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.855 185.980 157.695 1.00 89.20 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.383 185.369 158.973 1.00 89.40 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.237 184.674 159.149 1.00 86.39 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.077 185.352 160.262 1.00 87.94 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.163 184.235 160.466 1.00 86.10 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.269 184.629 161.175 1.00 87.30 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.294 185.883 160.725 1.00 87.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.667 184.429 162.519 1.00 86.79 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.686 185.685 162.057 1.00 84.88 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.879 184.962 162.942 1.00 84.48 C ATOM 1372 N ILE 168 146.496 182.651 156.721 1.00 87.20 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.967 181.358 156.266 1.00 85.56 C ATOM 1374 C ILE 168 145.554 180.428 157.416 1.00 84.42 C ATOM 1375 O ILE 168 145.281 179.246 157.212 1.00 78.22 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.973 180.672 155.323 1.00 82.19 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.350 180.517 156.000 1.00 77.48 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.088 181.452 154.002 1.00 74.67 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.255 179.547 155.258 1.00 70.98 C ATOM 1380 N SER 169 145.526 180.953 158.622 1.00 85.24 N ATOM 1381 CA SER 169 145.112 180.240 159.832 1.00 83.79 C ATOM 1382 C SER 169 143.611 180.417 160.104 1.00 82.77 C ATOM 1383 O SER 169 142.869 180.857 159.233 1.00 76.32 O ATOM 1384 CB SER 169 145.992 180.671 161.000 1.00 80.33 C ATOM 1385 OG SER 169 147.296 180.185 160.822 1.00 75.44 O ATOM 1386 N GLY 170 143.155 180.032 161.295 1.00 80.89 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.739 180.078 161.668 1.00 80.34 C ATOM 1388 C GLY 170 141.153 181.488 161.790 1.00 82.75 C ATOM 1389 O GLY 170 141.266 182.307 160.886 1.00 79.45 O ATOM 1390 N LEU 171 140.525 181.755 162.933 1.00 83.89 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.971 183.078 163.231 1.00 83.65 C ATOM 1392 C LEU 171 141.075 184.137 163.192 1.00 84.90 C ATOM 1393 O LEU 171 142.170 183.909 163.709 1.00 82.76 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.292 183.055 164.612 1.00 80.96 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.983 182.250 164.649 1.00 76.73 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.599 181.924 166.086 1.00 70.37 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.826 183.032 164.011 1.00 69.44 C ATOM 1398 N ALA 172 140.754 185.285 162.605 1.00 87.04 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.621 186.450 162.673 1.00 87.31 C ATOM 1400 C ALA 172 141.848 186.860 164.145 1.00 88.26 C ATOM 1401 O ALA 172 140.951 186.667 164.972 1.00 86.20 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.996 187.581 161.852 1.00 85.18 C ATOM 1403 N PRO 173 143.020 187.403 164.487 1.00 89.25 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.263 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