####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS028_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 77 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 64 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 56 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 85 104 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 21 101 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 43 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 76 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 73 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 65 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 31 106 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 33 106 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 106 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 106 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 89 117 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 54 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 16 25 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 58 108 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 58 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 23 92 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 103 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 7 64 99 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 104 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 110 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 81.48 88.15 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.60 0.78 0.84 0.92 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.99 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.644 0 0.019 0.019 0.769 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.678 0 0.058 0.224 1.914 81.818 74.747 1.914 LGA W 167 W 167 0.496 0 0.043 0.096 0.733 86.364 90.909 0.424 LGA I 168 I 168 0.899 0 0.005 1.003 3.508 74.545 59.545 3.508 LGA S 169 S 169 1.458 0 0.148 0.234 4.021 66.818 50.000 4.021 LGA G 170 G 170 0.848 0 0.193 0.193 1.297 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.877 0 0.000 1.381 4.590 86.364 64.545 1.236 LGA A 172 A 172 0.389 0 0.041 0.053 0.539 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.375 0 0.012 0.067 0.800 100.000 92.208 0.800 LGA Y 174 Y 174 0.390 0 0.033 0.176 0.807 95.455 87.879 0.807 LGA G 175 G 175 0.101 0 0.064 0.064 0.147 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.071 0 0.030 0.147 0.312 100.000 100.000 0.120 LGA Q 177 Q 177 0.369 0 0.052 0.268 1.068 100.000 92.121 0.657 LGA L 178 L 178 0.335 0 0.082 0.104 0.839 95.455 93.182 0.839 LGA N 179 N 179 0.959 0 0.180 0.595 4.267 66.364 43.182 4.267 LGA K 180 K 180 4.028 0 0.290 0.965 13.889 19.091 8.485 13.889 LGA K 181 K 181 1.390 0 0.349 0.986 7.743 82.273 40.606 7.743 LGA T 182 T 182 0.634 0 0.050 1.104 3.485 86.364 70.649 3.485 LGA S 183 S 183 0.871 0 0.128 0.118 1.133 82.273 79.394 0.975 LGA K 184 K 184 1.010 0 0.054 0.814 2.563 69.545 66.667 2.563 LGA L 185 L 185 0.571 0 0.058 0.071 0.661 81.818 81.818 0.584 LGA D 186 D 186 0.166 0 0.057 0.084 0.527 100.000 95.455 0.515 LGA P 187 P 187 0.430 0 0.016 0.061 0.954 90.909 89.610 0.674 LGA V 188 V 188 0.530 0 0.000 0.026 0.602 86.364 84.416 0.602 LGA E 189 E 189 0.575 0 0.006 0.328 1.522 81.818 80.404 1.522 LGA D 190 D 190 0.519 0 0.019 0.046 0.628 90.909 86.364 0.628 LGA E 191 E 191 0.371 0 0.030 0.057 0.611 100.000 97.980 0.611 LGA A 192 A 192 0.188 0 0.000 0.000 0.278 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.197 0 0.027 0.659 2.692 100.000 85.051 2.436 LGA V 194 V 194 0.217 0 0.040 0.053 0.303 100.000 100.000 0.303 LGA V 195 V 195 0.030 0 0.000 0.000 0.107 100.000 100.000 0.075 LGA Q 196 Q 196 0.146 0 0.026 0.271 1.282 100.000 90.303 1.048 LGA L 197 L 197 0.126 0 0.011 0.053 0.355 100.000 100.000 0.355 LGA I 198 I 198 0.250 0 0.086 0.097 0.454 100.000 100.000 0.321 LGA F 199 F 199 0.225 0 0.048 0.076 0.321 100.000 100.000 0.178 LGA N 200 N 200 0.225 0 0.043 1.077 3.769 100.000 75.000 3.769 LGA I 201 I 201 0.126 0 0.036 0.048 0.212 100.000 100.000 0.121 LGA F 202 F 202 0.189 0 0.000 0.055 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA L 203 L 203 0.309 0 0.000 0.072 0.748 100.000 95.455 0.699 LGA N 204 N 204 0.297 0 0.029 0.100 1.007 95.455 88.864 0.590 LGA G 205 G 205 0.629 0 0.049 0.049 0.702 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.876 0 0.000 0.072 1.316 73.636 82.273 0.202 LGA N 207 N 207 1.702 0 0.061 0.294 2.480 54.545 49.545 1.992 LGA G 208 G 208 1.794 0 0.027 0.027 1.976 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.751 0 0.036 0.232 2.281 54.545 46.869 2.281 LGA D 210 D 210 1.530 0 0.094 0.581 1.651 54.545 62.273 1.197 LGA Y 211 Y 211 1.993 0 0.119 0.407 2.159 50.909 48.788 1.680 LGA S 212 S 212 2.455 0 0.692 0.761 6.030 31.364 21.818 6.030 LGA Y 213 Y 213 2.957 0 0.157 1.636 14.939 41.818 14.091 14.939 LGA A 215 A 215 1.138 0 0.211 0.226 2.105 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.430 0 0.025 0.176 0.546 95.455 95.455 0.411 LGA A 217 A 217 0.329 0 0.029 0.046 0.400 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.592 0 0.044 0.099 1.419 90.909 85.152 1.419 LGA H 219 H 219 0.279 0 0.027 0.042 0.427 100.000 100.000 0.427 LGA L 220 L 220 0.235 0 0.026 0.087 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA T 221 T 221 0.297 0 0.023 0.043 0.454 100.000 100.000 0.374 LGA N 222 N 222 0.310 0 0.032 0.044 0.517 95.455 97.727 0.431 LGA L 223 L 223 0.506 0 0.039 0.049 0.832 95.455 88.636 0.729 LGA Q 224 Q 224 0.611 0 0.030 0.791 3.995 81.818 62.828 3.995 LGA I 225 I 225 0.680 0 0.053 0.137 0.738 81.818 86.364 0.286 LGA P 226 P 226 0.804 0 0.066 0.074 0.967 81.818 81.818 0.933 LGA T 227 T 227 0.142 0 0.037 0.156 0.522 100.000 97.403 0.255 LGA P 228 P 228 0.642 0 0.085 0.087 0.807 90.909 87.013 0.807 LGA S 229 S 229 0.574 0 0.137 0.127 1.180 86.364 82.121 1.180 LGA G 230 G 230 0.522 0 0.076 0.076 1.096 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.846 0 0.112 0.684 3.532 73.636 64.848 3.532 LGA K 232 K 232 0.832 0 0.157 0.863 4.283 77.727 56.566 4.283 LGA R 233 R 233 0.420 0 0.040 1.336 7.684 95.455 51.240 7.684 LGA W 234 W 234 0.345 0 0.058 0.111 0.682 100.000 97.403 0.479 LGA N 235 N 235 0.791 0 0.029 0.819 2.472 81.818 74.318 2.472 LGA Q 236 Q 236 0.615 0 0.039 0.886 3.236 86.364 78.788 0.638 LGA Y 237 Y 237 0.331 0 0.039 0.361 1.398 95.455 88.182 1.398 LGA T 238 T 238 0.306 0 0.011 0.281 1.087 100.000 92.468 1.087 LGA I 239 I 239 0.215 0 0.023 0.086 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA K 240 K 240 0.318 0 0.057 0.603 3.795 100.000 77.778 3.795 LGA A 241 A 241 0.360 0 0.058 0.061 0.498 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.271 0 0.045 0.063 0.842 100.000 90.909 0.842 LGA L 243 L 243 0.177 0 0.022 0.123 0.536 95.455 97.727 0.184 LGA Q 244 Q 244 0.323 0 0.000 0.314 1.231 95.455 88.283 1.231 LGA N 245 N 245 0.420 0 0.000 0.107 0.782 100.000 93.182 0.782 LGA E 246 E 246 0.435 0 0.000 0.611 1.903 100.000 88.687 1.309 LGA V 247 V 247 0.340 0 0.017 0.062 0.375 100.000 100.000 0.171 LGA Y 248 Y 248 0.350 0 0.000 0.102 1.063 100.000 88.030 1.063 LGA I 249 I 249 0.293 0 0.073 0.099 0.402 100.000 100.000 0.337 LGA G 250 G 250 0.257 0 0.039 0.039 0.303 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.233 0 0.041 0.049 0.406 100.000 100.000 0.342 LGA V 252 V 252 0.305 0 0.049 0.113 0.654 100.000 97.403 0.654 LGA K 253 K 253 0.482 0 0.000 0.160 0.654 90.909 87.879 0.522 LGA Y 254 Y 254 0.738 0 0.041 0.352 2.650 81.818 66.818 2.650 LGA K 255 K 255 0.909 0 0.066 0.124 1.011 81.818 80.000 1.011 LGA V 256 V 256 0.819 0 0.086 0.101 0.908 81.818 81.818 0.906 LGA R 257 R 257 1.175 0 0.087 1.083 5.486 65.455 45.455 3.316 LGA E 258 E 258 1.316 0 0.048 0.974 4.770 58.182 42.424 4.770 LGA K 259 K 259 1.856 0 0.000 0.182 2.441 50.909 43.838 2.428 LGA T 260 T 260 1.669 0 0.026 0.101 2.091 47.727 49.091 1.583 LGA K 261 K 261 2.178 0 0.025 1.060 8.224 41.364 25.657 8.224 LGA D 262 D 262 1.998 0 0.066 0.629 3.096 44.545 36.591 3.096 LGA G 263 G 263 2.286 0 0.096 0.096 2.565 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.825 0 0.000 0.464 2.066 50.909 54.949 0.448 LGA R 265 R 265 1.647 0 0.088 0.997 3.099 58.182 54.711 3.099 LGA T 266 T 266 1.362 0 0.020 0.114 1.471 65.455 65.455 1.399 LGA I 267 I 267 1.025 0 0.046 0.094 1.301 65.455 67.500 1.138 LGA R 268 R 268 0.706 0 0.000 0.967 2.598 81.818 68.430 2.598 LGA P 269 P 269 0.544 0 0.000 0.012 0.739 90.909 87.013 0.739 LGA E 270 E 270 0.343 0 0.016 1.113 3.665 100.000 71.919 3.665 LGA K 271 K 271 0.217 0 0.048 0.674 3.558 100.000 68.687 3.166 LGA E 272 E 272 0.275 0 0.049 0.061 1.197 100.000 84.444 1.197 LGA Q 273 Q 273 0.401 0 0.024 0.084 0.716 100.000 93.939 0.681 LGA I 274 I 274 0.360 0 0.051 0.069 0.649 100.000 97.727 0.649 LGA V 275 V 275 0.061 0 0.017 0.014 0.322 100.000 100.000 0.306 LGA V 276 V 276 0.172 0 0.000 0.046 0.425 100.000 100.000 0.389 LGA Q 277 Q 277 0.162 0 0.048 0.629 2.856 100.000 78.384 2.856 LGA D 278 D 278 0.155 0 0.027 0.142 0.413 100.000 100.000 0.305 LGA A 279 A 279 0.288 0 0.023 0.047 0.306 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.174 0 0.040 0.252 0.699 100.000 94.545 0.699 LGA A 281 A 281 0.177 0 0.000 0.000 0.256 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.267 0 0.022 0.028 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA I 283 I 283 0.377 0 0.039 0.080 0.640 95.455 93.182 0.528 LGA I 284 I 284 0.343 0 0.012 0.070 0.363 100.000 100.000 0.192 LGA D 285 D 285 0.452 0 0.028 0.391 0.969 100.000 93.182 0.963 LGA K 286 K 286 0.438 0 0.016 0.259 1.277 100.000 90.101 1.277 LGA E 287 E 287 0.521 0 0.028 0.147 0.801 90.909 87.879 0.391 LGA Q 288 Q 288 0.358 0 0.000 0.149 1.010 100.000 92.121 0.922 LGA F 289 F 289 0.348 0 0.027 0.119 0.742 100.000 93.388 0.703 LGA Q 290 Q 290 0.485 0 0.000 0.430 1.119 100.000 94.141 1.119 LGA Q 291 Q 291 0.354 0 0.000 0.230 1.048 100.000 92.121 1.048 LGA S 292 S 292 0.237 0 0.066 0.684 2.273 100.000 89.697 2.273 LGA Q 293 Q 293 0.596 0 0.033 0.237 0.909 86.364 83.838 0.848 LGA V 294 V 294 0.810 0 0.020 0.060 0.907 81.818 81.818 0.816 LGA K 295 K 295 0.630 0 0.057 0.171 1.144 77.727 80.000 0.688 LGA I 296 I 296 0.938 0 0.026 0.071 1.458 73.636 75.682 0.584 LGA A 297 A 297 1.527 0 0.102 0.127 2.341 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.418 0 0.036 0.594 2.543 49.091 63.636 1.324 LGA K 299 K 299 3.360 0 0.389 0.949 14.238 43.182 19.192 14.238 LGA V 300 V 300 2.260 0 0.186 0.428 4.824 38.182 25.195 4.824 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.986 0.949 1.872 85.300 79.339 64.629 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.259 97.151 12.436 LGA_LOCAL RMSD: 0.986 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.986 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.986 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.622625 * X + -0.780285 * Y + 0.059102 * Z + 164.070847 Y_new = 0.782159 * X + -0.622856 * Y + 0.016696 * Z + 157.298935 Z_new = 0.023785 * X + 0.056623 * Y + 0.998112 * Z + 144.467621 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.243115 -0.023787 0.056669 [DEG: 128.5210 -1.3629 3.2469 ] ZXZ: 1.846115 0.061454 0.397674 [DEG: 105.7746 3.5210 22.7850 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS028_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.151 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS028_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.089 186.976 153.712 1.00 86.63 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.352 187.699 154.757 1.00 86.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.833 187.496 154.722 1.00 88.27 C ATOM 1348 O GLY 165 150.096 188.244 155.365 1.00 85.75 O ATOM 1349 N LYS 166 150.336 186.499 153.983 1.00 88.05 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.911 186.171 153.936 1.00 87.81 C ATOM 1351 C LYS 166 148.503 185.395 155.196 1.00 88.67 C ATOM 1352 O LYS 166 149.235 184.533 155.679 1.00 86.77 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.553 185.400 152.646 1.00 86.11 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.806 186.200 151.347 1.00 82.91 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.346 185.449 150.086 1.00 79.58 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.568 186.293 148.819 1.00 74.40 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.048 185.670 147.567 1.00 67.76 N ATOM 1358 N TRP 167 147.306 185.671 155.710 1.00 89.10 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.740 184.948 156.854 1.00 89.50 C ATOM 1360 C TRP 167 146.021 183.682 156.387 1.00 88.97 C ATOM 1361 O TRP 167 145.036 183.753 155.655 1.00 86.11 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.809 185.866 157.633 1.00 88.86 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.312 185.258 158.901 1.00 89.08 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.165 184.560 159.051 1.00 85.94 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.974 185.254 160.206 1.00 87.59 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.062 184.128 160.369 1.00 85.71 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.148 184.528 161.105 1.00 86.93 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.179 185.791 160.702 1.00 86.56 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.511 184.338 162.457 1.00 86.38 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.533 185.607 162.046 1.00 84.34 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.707 184.883 162.912 1.00 83.97 C ATOM 1372 N ILE 168 146.492 182.534 156.827 1.00 86.94 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.036 181.213 156.367 1.00 85.27 C ATOM 1374 C ILE 168 145.511 180.340 157.518 1.00 84.12 C ATOM 1375 O ILE 168 145.116 179.193 157.320 1.00 77.85 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.156 180.478 155.599 1.00 81.75 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.238 181.414 155.015 1.00 77.05 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.531 179.674 154.441 1.00 74.24 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.455 180.644 154.515 1.00 70.60 C ATOM 1380 N SER 169 145.520 180.873 158.723 1.00 84.80 N ATOM 1381 CA SER 169 145.033 180.194 159.925 1.00 83.46 C ATOM 1382 C SER 169 143.540 180.470 160.157 1.00 82.45 C ATOM 1383 O SER 169 142.885 181.073 159.310 1.00 76.13 O ATOM 1384 CB SER 169 145.913 180.578 161.109 1.00 80.01 C ATOM 1385 OG SER 169 147.230 180.130 160.888 1.00 75.01 O ATOM 1386 N GLY 170 142.990 179.996 161.275 1.00 80.78 N ATOM 1387 CA 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