####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS028_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 73 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 78 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 4 71 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 76 111 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 77 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 41 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 17 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 55 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 51 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 109 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 96 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 25 69 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 17 38 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 65 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 17 104 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 107 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 7 9 94 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 117 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 112 125 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 82.96 92.59 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.64 0.71 0.78 0.82 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.647 0 0.024 0.024 0.732 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.666 0 0.057 0.172 1.486 81.818 76.364 1.486 LGA W 167 W 167 0.423 0 0.048 0.113 0.671 95.455 93.506 0.651 LGA I 168 I 168 0.798 0 0.093 0.776 3.000 74.545 62.273 3.000 LGA S 169 S 169 1.405 0 0.107 0.566 5.012 66.818 49.091 5.012 LGA G 170 G 170 0.914 0 0.246 0.246 1.098 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.812 0 0.000 1.343 4.375 90.909 68.864 1.015 LGA A 172 A 172 0.490 0 0.045 0.054 0.635 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.429 0 0.011 0.068 0.916 100.000 92.208 0.916 LGA Y 174 Y 174 0.433 0 0.043 0.175 0.893 95.455 86.364 0.893 LGA G 175 G 175 0.276 0 0.057 0.057 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.238 0 0.031 0.146 0.387 100.000 100.000 0.161 LGA Q 177 Q 177 0.487 0 0.053 0.260 1.056 95.455 90.101 0.648 LGA L 178 L 178 0.418 0 0.083 0.113 0.851 90.909 88.636 0.851 LGA N 179 N 179 0.947 0 0.189 0.615 4.411 70.909 45.455 4.411 LGA K 180 K 180 4.300 0 0.290 0.971 14.040 13.182 5.859 14.040 LGA K 181 K 181 0.999 0 0.355 1.205 9.032 81.818 41.818 9.032 LGA T 182 T 182 0.462 0 0.055 1.107 3.296 90.909 73.247 3.296 LGA S 183 S 183 0.965 0 0.140 0.126 1.270 77.727 73.636 1.194 LGA K 184 K 184 1.026 0 0.053 0.838 2.536 69.545 66.667 2.536 LGA L 185 L 185 0.480 0 0.058 0.069 0.509 95.455 97.727 0.419 LGA D 186 D 186 0.028 0 0.057 0.098 0.577 100.000 95.455 0.577 LGA P 187 P 187 0.468 0 0.007 0.364 1.180 86.818 87.273 0.669 LGA V 188 V 188 0.737 0 0.000 0.029 0.844 81.818 81.818 0.844 LGA E 189 E 189 0.783 0 0.024 0.318 1.644 81.818 78.384 1.644 LGA D 190 D 190 0.734 0 0.030 0.052 1.009 86.364 82.045 1.009 LGA E 191 E 191 0.529 0 0.028 0.066 0.912 90.909 85.859 0.912 LGA A 192 A 192 0.312 0 0.000 0.000 0.389 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.330 0 0.028 0.651 2.818 100.000 83.838 2.554 LGA V 194 V 194 0.340 0 0.033 0.046 0.435 100.000 100.000 0.435 LGA V 195 V 195 0.091 0 0.000 0.000 0.205 100.000 100.000 0.101 LGA Q 196 Q 196 0.149 0 0.018 0.264 1.381 100.000 88.485 1.222 LGA L 197 L 197 0.159 0 0.030 0.056 0.377 100.000 100.000 0.353 LGA I 198 I 198 0.229 0 0.081 0.094 0.439 100.000 100.000 0.303 LGA F 199 F 199 0.213 0 0.044 0.080 0.318 100.000 100.000 0.121 LGA N 200 N 200 0.215 0 0.038 0.728 2.297 100.000 87.727 2.297 LGA I 201 I 201 0.110 0 0.031 0.055 0.218 100.000 100.000 0.122 LGA F 202 F 202 0.168 0 0.000 0.036 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA L 203 L 203 0.334 0 0.006 0.073 0.784 100.000 95.455 0.679 LGA N 204 N 204 0.185 0 0.030 0.083 1.028 100.000 91.136 0.768 LGA G 205 G 205 0.398 0 0.056 0.056 0.450 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.559 0 0.023 0.096 0.979 81.818 88.636 0.293 LGA N 207 N 207 1.271 0 0.067 0.314 2.406 69.545 60.455 1.618 LGA G 208 G 208 1.323 0 0.000 0.000 1.392 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.379 0 0.037 0.660 1.704 65.455 66.263 1.704 LGA D 210 D 210 1.188 0 0.072 0.809 2.089 69.545 62.273 2.089 LGA Y 211 Y 211 1.671 0 0.129 0.418 1.923 54.545 55.758 1.369 LGA S 212 S 212 2.171 0 0.690 0.757 5.785 39.545 28.182 5.785 LGA Y 213 Y 213 3.011 0 0.151 1.615 14.897 36.364 12.273 14.897 LGA A 215 A 215 0.970 0 0.210 0.225 2.035 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.357 0 0.036 0.181 0.530 100.000 95.455 0.520 LGA A 217 A 217 0.250 0 0.036 0.050 0.354 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.525 0 0.044 0.100 1.347 95.455 88.182 1.347 LGA H 219 H 219 0.199 0 0.017 0.036 0.300 100.000 100.000 0.300 LGA L 220 L 220 0.235 0 0.023 0.087 0.451 100.000 100.000 0.451 LGA T 221 T 221 0.318 0 0.013 0.044 0.490 100.000 100.000 0.366 LGA N 222 N 222 0.391 0 0.036 0.044 0.575 95.455 97.727 0.469 LGA L 223 L 223 0.514 0 0.047 0.054 0.850 95.455 88.636 0.697 LGA Q 224 Q 224 0.622 0 0.029 0.808 4.080 81.818 62.222 4.080 LGA I 225 I 225 0.676 0 0.049 0.140 0.717 81.818 86.364 0.271 LGA P 226 P 226 0.768 0 0.062 0.067 0.965 81.818 81.818 0.922 LGA T 227 T 227 0.148 0 0.031 0.166 0.467 100.000 100.000 0.242 LGA P 228 P 228 0.752 0 0.082 0.084 0.924 81.818 81.818 0.924 LGA S 229 S 229 0.648 0 0.132 0.124 1.110 86.364 82.121 1.110 LGA G 230 G 230 0.485 0 0.068 0.068 1.025 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.787 0 0.110 0.683 3.226 78.182 71.313 3.226 LGA K 232 K 232 0.841 0 0.145 0.873 4.304 77.727 56.566 4.304 LGA R 233 R 233 0.484 0 0.042 1.347 7.656 95.455 51.074 7.656 LGA W 234 W 234 0.224 0 0.050 0.102 0.615 100.000 97.403 0.392 LGA N 235 N 235 0.558 0 0.004 0.845 2.080 86.364 76.591 2.080 LGA Q 236 Q 236 0.494 0 0.034 0.652 3.007 90.909 75.152 1.119 LGA Y 237 Y 237 0.563 0 0.030 1.691 10.381 90.909 40.152 10.381 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.004 0.281 0.795 100.000 94.805 0.795 LGA I 239 I 239 0.284 0 0.014 0.085 0.386 100.000 100.000 0.317 LGA K 240 K 240 0.403 0 0.066 0.609 3.930 100.000 76.364 3.930 LGA A 241 A 241 0.417 0 0.054 0.056 0.542 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.333 0 0.049 0.060 0.841 100.000 90.909 0.841 LGA L 243 L 243 0.193 0 0.015 0.127 0.520 95.455 97.727 0.181 LGA Q 244 Q 244 0.277 0 0.011 0.307 1.286 95.455 88.283 1.286 LGA N 245 N 245 0.359 0 0.000 0.099 0.645 100.000 95.455 0.645 LGA E 246 E 246 0.349 0 0.000 0.616 1.865 100.000 88.687 1.400 LGA V 247 V 247 0.241 0 0.023 0.062 0.267 100.000 100.000 0.177 LGA Y 248 Y 248 0.298 0 0.000 0.100 1.013 100.000 91.061 1.013 LGA I 249 I 249 0.276 0 0.079 0.104 0.459 100.000 100.000 0.358 LGA G 250 G 250 0.214 0 0.046 0.046 0.281 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.163 0 0.043 0.053 0.369 100.000 100.000 0.310 LGA V 252 V 252 0.218 0 0.061 0.128 0.545 100.000 97.403 0.545 LGA K 253 K 253 0.434 0 0.018 0.125 0.539 95.455 91.919 0.533 LGA Y 254 Y 254 0.606 0 0.053 0.380 2.735 86.364 69.697 2.735 LGA K 255 K 255 0.797 0 0.065 0.132 1.046 81.818 80.000 1.046 LGA V 256 V 256 0.818 0 0.102 0.113 0.964 81.818 81.818 0.964 LGA R 257 R 257 1.219 0 0.088 1.092 6.247 65.455 42.314 3.803 LGA E 258 E 258 1.251 0 0.045 0.973 4.547 58.182 43.232 4.547 LGA K 259 K 259 1.863 0 0.000 0.136 3.207 50.909 39.192 3.207 LGA T 260 T 260 1.449 0 0.028 0.114 1.997 58.182 61.299 1.175 LGA K 261 K 261 2.217 0 0.028 0.727 6.983 41.364 24.646 6.983 LGA D 262 D 262 1.680 0 0.067 0.330 2.059 50.909 51.136 1.821 LGA G 263 G 263 2.162 0 0.101 0.101 2.525 38.636 38.636 - LGA K 264 K 264 1.654 0 0.000 0.419 1.934 54.545 57.576 0.595 LGA R 265 R 265 1.562 0 0.093 1.018 3.625 58.182 51.405 3.625 LGA T 266 T 266 1.143 0 0.000 0.105 1.292 65.455 67.792 1.063 LGA I 267 I 267 0.898 0 0.038 0.089 1.068 73.636 75.682 1.068 LGA R 268 R 268 0.472 0 0.000 0.971 2.502 95.455 78.017 2.502 LGA P 269 P 269 0.298 0 0.000 0.007 0.323 100.000 100.000 0.294 LGA E 270 E 270 0.377 0 0.011 0.848 3.210 100.000 74.545 2.201 LGA K 271 K 271 0.397 0 0.047 0.650 3.957 100.000 66.465 3.578 LGA E 272 E 272 0.218 0 0.041 0.067 1.035 100.000 90.101 1.035 LGA Q 273 Q 273 0.227 0 0.027 0.081 0.747 100.000 93.939 0.687 LGA I 274 I 274 0.199 0 0.049 0.069 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA V 275 V 275 0.097 0 0.012 0.018 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA V 276 V 276 0.208 0 0.000 0.033 0.497 100.000 100.000 0.416 LGA Q 277 Q 277 0.147 0 0.041 0.645 3.145 100.000 75.960 3.145 LGA D 278 D 278 0.106 0 0.034 0.151 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA A 279 A 279 0.250 0 0.021 0.048 0.308 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.212 0 0.038 0.267 0.652 100.000 92.727 0.652 LGA A 281 A 281 0.263 0 0.000 0.000 0.349 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.258 0 0.008 0.026 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA I 283 I 283 0.439 0 0.055 0.084 0.758 90.909 90.909 0.557 LGA I 284 I 284 0.406 0 0.011 0.092 0.419 100.000 100.000 0.314 LGA D 285 D 285 0.678 0 0.074 0.896 3.291 81.818 67.955 1.546 LGA K 286 K 286 0.577 0 0.026 0.267 1.251 81.818 80.000 1.251 LGA E 287 E 287 0.537 0 0.035 0.283 0.768 90.909 89.899 0.689 LGA Q 288 Q 288 0.380 0 0.000 0.316 1.927 100.000 86.667 0.989 LGA F 289 F 289 0.351 0 0.028 0.121 0.658 100.000 93.388 0.622 LGA Q 290 Q 290 0.544 0 0.000 1.089 3.335 95.455 77.172 3.335 LGA Q 291 Q 291 0.335 0 0.000 0.226 0.975 100.000 93.939 0.975 LGA S 292 S 292 0.212 0 0.063 0.684 2.303 100.000 89.697 2.303 LGA Q 293 Q 293 0.551 0 0.043 0.245 0.915 86.364 83.838 0.915 LGA V 294 V 294 0.722 0 0.006 0.047 0.819 81.818 81.818 0.709 LGA K 295 K 295 0.519 0 0.042 0.152 1.006 82.273 88.081 0.552 LGA I 296 I 296 0.886 0 0.026 0.070 1.405 73.636 75.682 0.597 LGA A 297 A 297 1.459 0 0.106 0.132 2.281 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.327 0 0.049 0.601 2.638 49.091 65.682 1.452 LGA K 299 K 299 3.591 0 0.373 1.121 14.115 34.545 15.354 14.115 LGA V 300 V 300 2.140 0 0.171 0.199 4.185 41.364 26.753 4.102 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.947 0.913 1.953 86.199 79.893 63.652 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.630 97.554 12.899 LGA_LOCAL RMSD: 0.947 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.947 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.947 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.850680 * X + 0.306333 * Y + -0.427204 * Z + 164.508362 Y_new = -0.383125 * X + 0.195156 * Y + 0.902845 * Z + 158.571487 Z_new = 0.359943 * X + 0.931705 * Y + -0.048652 * Z + 145.688705 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.718427 -0.368207 1.622967 [DEG: -155.7544 -21.0967 92.9892 ] ZXZ: -2.699634 1.619467 0.368664 [DEG: -154.6776 92.7887 21.1229 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS028_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.554 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS028_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.099 186.935 153.688 1.00 87.23 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.362 187.696 154.706 1.00 87.27 C ATOM 1347 C GLY 165 150.841 187.522 154.656 1.00 88.66 C ATOM 1348 O GLY 165 150.112 188.290 155.280 1.00 86.20 O ATOM 1349 N LYS 166 150.335 186.521 153.927 1.00 88.39 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.906 186.207 153.865 1.00 88.21 C ATOM 1351 C LYS 166 148.478 185.448 155.127 1.00 88.99 C ATOM 1352 O LYS 166 149.190 184.576 155.618 1.00 86.92 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.566 185.429 152.574 1.00 86.62 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.831 186.246 151.287 1.00 83.62 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.489 185.497 149.990 1.00 80.35 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.759 186.396 148.771 1.00 75.31 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.494 185.761 147.448 1.00 68.25 N ATOM 1358 N TRP 167 147.287 185.758 155.633 1.00 89.90 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.699 185.050 156.772 1.00 90.40 C ATOM 1360 C TRP 167 145.962 183.799 156.299 1.00 89.96 C ATOM 1361 O TRP 167 144.973 183.885 155.577 1.00 87.04 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.785 185.990 157.546 1.00 89.60 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.316 185.413 158.840 1.00 89.77 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.170 184.721 159.042 1.00 86.41 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.010 185.441 160.129 1.00 88.16 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.099 184.327 160.371 1.00 86.23 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.205 184.747 161.068 1.00 87.50 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.230 185.990 160.574 1.00 86.95 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.605 184.592 162.416 1.00 86.68 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.620 185.836 161.912 1.00 84.63 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.816 185.139 162.821 1.00 84.29 C ATOM 1372 N ILE 168 146.437 182.637 156.716 1.00 87.24 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.954 181.324 156.249 1.00 85.37 C ATOM 1374 C ILE 168 145.322 180.508 157.384 1.00 84.22 C ATOM 1375 O ILE 168 144.586 179.550 157.158 1.00 77.79 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.129 180.562 155.591 1.00 81.90 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.804 181.426 154.495 1.00 77.06 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.672 179.233 154.967 1.00 74.61 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.179 180.887 154.119 1.00 70.79 C ATOM 1380 N SER 169 145.590 180.899 158.609 1.00 84.30 N ATOM 1381 CA SER 169 145.025 180.305 159.819 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 143.536 180.647 159.989 1.00 82.16 C ATOM 1383 O SER 169 142.967 181.393 159.202 1.00 75.71 O ATOM 1384 CB SER 169 145.894 180.766 160.986 1.00 79.20 C ATOM 1385 OG SER 169 145.443 180.270 162.196 1.00 74.21 O ATOM 1386 N GLY 170 142.894 180.080 161.024 1.00 79.97 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.453 180.188 161.244 1.00 79.30 C ATOM 1388 C GLY 170 140.913 181.607 161.458 1.00 81.96 C ATOM 1389 O GLY 170 140.937 182.440 160.566 1.00 78.54 O ATOM 1390 N LEU 171 140.395 181.878 162.673 1.00 83.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.858 183.195 163.015 1.00 82.65 C ATOM 1392 C LEU 171 140.971 184.247 163.005 1.00 83.83 C ATOM 1393 O LEU 171 142.064 184.001 163.516 1.00 81.44 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.172 183.137 164.390 1.00 79.67 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.824 182.394 164.373 1.00 75.34 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.432 181.971 165.782 1.00 69.12 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.701 183.271 163.806 1.00 68.35 C ATOM 1398 N ALA 172 140.651 185.420 162.456 1.00 85.80 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.523 186.578 162.561 1.00 86.14 C ATOM 1400 C ALA 172 141.727 186.968 164.042 1.00 87.17 C ATOM 1401 O ALA 172 140.819 186.763 164.855 1.00 84.90 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.920 187.724 161.746 1.00 84.04 C ATOM 1403 N PRO 173 142.891 187.512 164.412 1.00 88.66 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.115 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