####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS028_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 55 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 55 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 21 95 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 67 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 37 48 114 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 60 113 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 15 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 51 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 51 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 11 102 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 29 50 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 41 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 67 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 45 110 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 36 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 9 119 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 85.19 94.07 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.63 0.69 0.71 0.81 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.706 0 0.018 0.018 0.791 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.742 0 0.057 0.154 1.571 81.818 74.747 1.571 LGA W 167 W 167 0.587 0 0.040 0.121 0.860 81.818 84.416 0.729 LGA I 168 I 168 1.035 0 0.104 0.760 3.197 65.909 57.955 3.197 LGA S 169 S 169 1.443 0 0.174 0.229 2.780 65.455 54.545 2.780 LGA G 170 G 170 0.874 0 0.109 0.109 1.012 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.829 0 0.000 1.354 4.400 90.909 70.909 0.953 LGA A 172 A 172 0.462 0 0.037 0.039 0.621 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.377 0 0.035 0.331 1.547 100.000 87.792 1.547 LGA Y 174 Y 174 0.499 0 0.042 0.181 0.864 90.909 84.848 0.864 LGA G 175 G 175 0.227 0 0.061 0.061 0.229 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.225 0 0.027 0.149 0.396 100.000 100.000 0.194 LGA Q 177 Q 177 0.480 0 0.051 0.267 1.082 100.000 90.101 0.727 LGA L 178 L 178 0.416 0 0.080 0.102 0.882 95.455 90.909 0.882 LGA N 179 N 179 0.921 0 0.180 0.609 4.379 70.909 45.455 4.379 LGA K 180 K 180 4.233 0 0.290 0.968 14.023 13.182 5.859 14.023 LGA K 181 K 181 1.006 0 0.366 1.002 7.519 82.273 42.626 7.519 LGA T 182 T 182 0.516 0 0.052 1.106 3.278 82.273 68.312 3.278 LGA S 183 S 183 1.085 0 0.133 0.120 1.445 69.545 68.182 1.368 LGA K 184 K 184 1.064 0 0.053 0.833 2.473 69.545 66.263 2.473 LGA L 185 L 185 0.505 0 0.064 0.070 0.536 86.364 93.182 0.417 LGA D 186 D 186 0.061 0 0.063 0.101 0.625 100.000 95.455 0.625 LGA P 187 P 187 0.403 0 0.000 0.360 1.120 86.818 87.273 0.661 LGA V 188 V 188 0.646 0 0.000 0.024 0.746 81.818 81.818 0.746 LGA E 189 E 189 0.708 0 0.016 0.317 1.694 81.818 76.566 1.694 LGA D 190 D 190 0.664 0 0.033 0.050 0.935 86.364 84.091 0.935 LGA E 191 E 191 0.471 0 0.034 0.069 0.751 95.455 91.919 0.751 LGA A 192 A 192 0.275 0 0.000 0.000 0.359 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.274 0 0.029 0.652 2.760 100.000 85.051 2.484 LGA V 194 V 194 0.256 0 0.033 0.048 0.304 100.000 100.000 0.301 LGA V 195 V 195 0.076 0 0.000 0.000 0.201 100.000 100.000 0.119 LGA Q 196 Q 196 0.184 0 0.027 0.266 1.361 100.000 90.303 1.181 LGA L 197 L 197 0.181 0 0.017 0.057 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA I 198 I 198 0.153 0 0.086 0.094 0.333 100.000 100.000 0.214 LGA F 199 F 199 0.240 0 0.045 0.073 0.336 100.000 100.000 0.126 LGA N 200 N 200 0.250 0 0.041 0.697 1.857 100.000 89.318 1.857 LGA I 201 I 201 0.075 0 0.030 0.049 0.200 100.000 100.000 0.050 LGA F 202 F 202 0.129 0 0.000 0.034 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA L 203 L 203 0.373 0 0.000 0.066 0.825 100.000 93.182 0.772 LGA N 204 N 204 0.199 0 0.028 0.077 1.050 100.000 91.136 0.818 LGA G 205 G 205 0.362 0 0.052 0.052 0.390 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.493 0 0.013 0.098 0.851 90.909 93.182 0.154 LGA N 207 N 207 1.143 0 0.065 0.280 2.026 69.545 64.091 1.487 LGA G 208 G 208 1.167 0 0.000 0.000 1.347 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.240 0 0.038 0.220 1.848 65.455 58.990 1.848 LGA D 210 D 210 1.151 0 0.081 0.754 1.857 69.545 63.864 1.857 LGA Y 211 Y 211 1.624 0 0.129 0.438 1.941 58.182 59.394 1.376 LGA S 212 S 212 2.132 0 0.690 0.757 5.770 39.545 28.182 5.770 LGA Y 213 Y 213 3.052 0 0.155 1.626 15.009 36.364 12.273 15.009 LGA A 215 A 215 0.921 0 0.213 0.229 2.018 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.413 0 0.031 0.185 0.601 100.000 95.455 0.601 LGA A 217 A 217 0.296 0 0.037 0.050 0.422 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.455 0 0.047 0.112 1.328 100.000 91.212 1.328 LGA H 219 H 219 0.062 0 0.029 0.036 0.321 100.000 100.000 0.321 LGA L 220 L 220 0.153 0 0.018 0.088 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA T 221 T 221 0.330 0 0.015 0.040 0.506 95.455 97.403 0.387 LGA N 222 N 222 0.402 0 0.027 0.044 0.600 95.455 97.727 0.380 LGA L 223 L 223 0.510 0 0.044 0.050 0.820 95.455 90.909 0.642 LGA Q 224 Q 224 0.613 0 0.030 0.810 4.131 81.818 61.414 4.131 LGA I 225 I 225 0.671 0 0.056 0.139 0.713 81.818 86.364 0.342 LGA P 226 P 226 0.762 0 0.071 0.077 0.921 81.818 81.818 0.880 LGA T 227 T 227 0.161 0 0.031 0.151 0.588 100.000 97.403 0.318 LGA P 228 P 228 0.680 0 0.086 0.089 0.889 86.364 84.416 0.889 LGA S 229 S 229 0.635 0 0.131 0.121 1.294 86.364 79.394 1.294 LGA G 230 G 230 0.370 0 0.067 0.067 1.089 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.877 0 0.119 0.687 3.427 73.636 65.657 3.427 LGA K 232 K 232 0.852 0 0.155 0.866 4.263 77.727 56.566 4.263 LGA R 233 R 233 0.550 0 0.031 1.179 6.106 90.909 55.207 6.106 LGA W 234 W 234 0.187 0 0.050 0.117 0.598 100.000 97.403 0.440 LGA N 235 N 235 0.539 0 0.022 0.841 2.002 86.364 76.591 2.002 LGA Q 236 Q 236 0.481 0 0.037 0.779 3.392 90.909 76.970 0.651 LGA Y 237 Y 237 0.628 0 0.038 0.383 2.128 86.364 71.818 2.128 LGA T 238 T 238 0.399 0 0.024 0.275 0.725 100.000 94.805 0.725 LGA I 239 I 239 0.321 0 0.008 0.087 0.418 100.000 100.000 0.267 LGA K 240 K 240 0.430 0 0.061 0.626 4.109 100.000 73.737 4.109 LGA A 241 A 241 0.428 0 0.058 0.061 0.559 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.373 0 0.046 0.063 0.799 95.455 88.636 0.799 LGA L 243 L 243 0.238 0 0.026 0.127 0.526 95.455 97.727 0.154 LGA Q 244 Q 244 0.260 0 0.003 0.306 1.368 100.000 90.303 1.368 LGA N 245 N 245 0.348 0 0.000 0.096 0.643 100.000 93.182 0.643 LGA E 246 E 246 0.329 0 0.000 0.579 1.870 100.000 88.687 1.390 LGA V 247 V 247 0.251 0 0.021 0.066 0.261 100.000 100.000 0.170 LGA Y 248 Y 248 0.303 0 0.000 0.102 0.976 100.000 92.424 0.976 LGA I 249 I 249 0.276 0 0.076 0.108 0.556 95.455 97.727 0.278 LGA G 250 G 250 0.236 0 0.056 0.056 0.296 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.091 0 0.040 0.045 0.240 100.000 100.000 0.240 LGA V 252 V 252 0.236 0 0.057 0.127 0.651 100.000 97.403 0.651 LGA K 253 K 253 0.547 0 0.000 0.125 0.738 81.818 81.818 0.738 LGA Y 254 Y 254 0.630 0 0.048 0.367 2.577 86.364 69.697 2.577 LGA K 255 K 255 0.675 0 0.063 0.139 1.095 86.364 82.020 1.095 LGA V 256 V 256 0.669 0 0.079 0.096 0.810 81.818 81.818 0.810 LGA R 257 R 257 1.044 0 0.094 1.091 6.091 65.455 45.785 3.770 LGA E 258 E 258 0.978 0 0.046 0.986 4.397 73.636 52.323 4.397 LGA K 259 K 259 1.474 0 0.000 0.168 2.093 65.455 54.545 2.093 LGA T 260 T 260 1.162 0 0.025 0.160 1.542 61.818 63.377 1.086 LGA K 261 K 261 1.652 0 0.026 0.720 6.115 54.545 34.343 6.115 LGA D 262 D 262 1.416 0 0.080 0.157 1.553 65.455 63.636 1.409 LGA G 263 G 263 1.815 0 0.105 0.105 2.188 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.507 0 0.000 0.401 2.016 58.182 57.778 0.751 LGA R 265 R 265 1.395 0 0.077 0.959 2.947 65.455 58.182 2.947 LGA T 266 T 266 1.097 0 0.000 0.108 1.195 65.455 67.792 1.104 LGA I 267 I 267 0.847 0 0.036 0.090 1.094 81.818 79.773 1.094 LGA R 268 R 268 0.376 0 0.000 1.083 2.777 95.455 75.041 2.777 LGA P 269 P 269 0.359 0 0.000 0.016 0.390 100.000 100.000 0.242 LGA E 270 E 270 0.519 0 0.003 0.849 3.114 95.455 72.525 2.211 LGA K 271 K 271 0.555 0 0.042 0.660 4.144 90.909 58.586 3.803 LGA E 272 E 272 0.272 0 0.045 0.059 1.010 100.000 90.101 1.010 LGA Q 273 Q 273 0.190 0 0.029 0.083 0.720 100.000 93.939 0.671 LGA I 274 I 274 0.188 0 0.049 0.066 0.321 100.000 100.000 0.321 LGA V 275 V 275 0.191 0 0.013 0.018 0.353 100.000 100.000 0.293 LGA V 276 V 276 0.183 0 0.000 0.032 0.484 100.000 100.000 0.431 LGA Q 277 Q 277 0.196 0 0.047 0.627 3.053 100.000 75.960 3.053 LGA D 278 D 278 0.188 0 0.031 0.157 0.457 100.000 100.000 0.297 LGA A 279 A 279 0.263 0 0.019 0.045 0.293 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.244 0 0.039 0.271 0.653 100.000 92.727 0.653 LGA A 281 A 281 0.306 0 0.000 0.000 0.376 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.311 0 0.000 0.025 0.481 100.000 100.000 0.438 LGA I 283 I 283 0.469 0 0.048 0.087 0.755 90.909 90.909 0.520 LGA I 284 I 284 0.396 0 0.013 0.067 0.408 100.000 100.000 0.269 LGA D 285 D 285 0.484 0 0.028 0.172 0.790 100.000 93.182 0.790 LGA K 286 K 286 0.437 0 0.025 0.254 1.385 100.000 90.101 1.385 LGA E 287 E 287 0.579 0 0.027 0.186 0.790 86.364 87.879 0.340 LGA Q 288 Q 288 0.452 0 0.000 0.328 0.906 95.455 91.919 0.906 LGA F 289 F 289 0.326 0 0.032 0.126 0.674 100.000 93.388 0.632 LGA Q 290 Q 290 0.455 0 0.000 1.150 3.563 100.000 76.566 3.563 LGA Q 291 Q 291 0.283 0 0.000 0.220 0.966 100.000 95.960 0.966 LGA S 292 S 292 0.182 0 0.069 0.685 2.281 100.000 89.697 2.281 LGA Q 293 Q 293 0.436 0 0.038 0.249 0.936 90.909 87.879 0.936 LGA V 294 V 294 0.573 0 0.006 0.054 0.648 81.818 81.818 0.561 LGA K 295 K 295 0.402 0 0.045 0.194 0.823 90.909 93.939 0.517 LGA I 296 I 296 0.707 0 0.020 0.068 1.150 77.727 82.045 0.547 LGA A 297 A 297 1.175 0 0.108 0.132 1.895 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.027 0 0.038 0.554 2.268 59.091 70.682 1.308 LGA K 299 K 299 3.273 0 0.356 0.995 13.898 43.182 19.192 13.898 LGA V 300 V 300 2.015 0 0.185 0.897 4.623 41.364 26.234 4.623 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.886 0.845 1.810 87.003 80.952 65.623 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.556 97.989 13.692 LGA_LOCAL RMSD: 0.886 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.886 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.886 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.561649 * X + -0.771934 * Y + 0.297773 * Z + 161.692413 Y_new = 0.824486 * X + 0.492130 * Y + -0.279340 * Z + 159.464111 Z_new = 0.069089 * X + 0.402400 * Y + 0.912853 * Z + 145.789810 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.972792 -0.069144 0.415190 [DEG: 55.7369 -3.9617 23.7887 ] ZXZ: 0.817327 0.420578 0.170034 [DEG: 46.8294 24.0973 9.7422 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS028_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS028_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.989 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS028_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.011 186.978 153.800 1.00 87.34 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.284 187.751 154.817 1.00 87.29 C ATOM 1347 C GLY 165 150.763 187.561 154.800 1.00 88.67 C ATOM 1348 O GLY 165 150.035 188.355 155.395 1.00 86.23 O ATOM 1349 N LYS 166 150.257 186.518 154.128 1.00 88.36 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.826 186.201 154.095 1.00 88.21 C ATOM 1351 C LYS 166 148.412 185.455 155.365 1.00 88.97 C ATOM 1352 O LYS 166 149.139 184.601 155.869 1.00 86.91 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.464 185.413 152.821 1.00 86.65 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.705 186.229 151.532 1.00 83.68 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.352 185.457 150.253 1.00 80.44 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.596 186.355 149.032 1.00 75.44 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.384 185.675 147.729 1.00 68.37 N ATOM 1358 N TRP 167 147.215 185.747 155.864 1.00 90.03 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.633 185.039 157.007 1.00 90.53 C ATOM 1360 C TRP 167 145.905 183.779 156.538 1.00 90.17 C ATOM 1361 O TRP 167 144.970 183.859 155.743 1.00 87.23 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.703 185.966 157.775 1.00 89.69 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.257 185.389 159.079 1.00 89.84 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.130 184.673 159.287 1.00 86.49 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.962 185.433 160.360 1.00 88.22 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.085 184.273 160.618 1.00 86.30 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.188 184.715 161.303 1.00 87.55 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.173 186.013 160.793 1.00 87.03 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.608 184.564 162.643 1.00 86.73 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.583 185.867 162.127 1.00 84.72 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.810 185.146 163.041 1.00 84.39 C ATOM 1372 N ILE 168 146.326 182.626 157.039 1.00 87.31 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.888 181.317 156.532 1.00 85.47 C ATOM 1374 C ILE 168 145.192 180.472 157.610 1.00 84.54 C ATOM 1375 O ILE 168 144.456 179.537 157.294 1.00 78.11 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.107 180.580 155.930 1.00 82.18 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.806 181.447 154.853 1.00 77.33 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.720 179.230 155.304 1.00 74.91 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.213 180.955 154.549 1.00 71.07 C ATOM 1380 N SER 169 145.413 180.785 158.881 1.00 84.52 N ATOM 1381 CA SER 169 144.985 179.932 159.984 1.00 82.85 C ATOM 1382 C SER 169 143.843 180.518 160.812 1.00 81.97 C ATOM 1383 O SER 169 144.040 181.468 161.561 1.00 75.35 O ATOM 1384 CB SER 169 146.170 179.625 160.896 1.00 79.31 C ATOM 1385 OG SER 169 147.100 178.813 160.225 1.00 74.14 O ATOM 1386 N GLY 170 142.680 179.870 160.743 1.00 79.97 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.579 180.080 161.680 1.00 79.31 C ATOM 1388 C GLY 170 140.975 181.484 161.681 1.00 81.78 C ATOM 1389 O GLY 170 140.944 182.173 160.665 1.00 78.44 O ATOM 1390 N LEU 171 140.454 181.873 162.856 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.894 183.206 163.073 1.00 82.87 C ATOM 1392 C LEU 171 141.007 184.253 163.022 1.00 84.04 C ATOM 1393 O LEU 171 142.108 184.018 163.524 1.00 81.63 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.167 183.244 164.430 1.00 79.83 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.822 182.493 164.427 1.00 75.47 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.412 182.112 165.843 1.00 69.19 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.706 183.343 163.813 1.00 68.40 C ATOM 1398 N ALA 172 140.684 185.403 162.450 1.00 85.84 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.551 186.568 162.547 1.00 86.20 C ATOM 1400 C ALA 172 141.756 186.953 164.029 1.00 87.29 C ATOM 1401 O ALA 172 140.828 186.792 164.831 1.00 85.02 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.927 187.711 161.741 1.00 84.12 C ATOM 1403 N PRO 173 142.945 187.426 164.414 1.00 88.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.172 187.918 165.767 1.00 88.60 C ATOM 1405 C PRO 173 142.272 189.123 166.058 1.00 89.10 C ATOM 1406 O PRO 173 141.873 189.851 165.148 1.00 87.48 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.659 188.265 165.828 1.00 87.07 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.011 188.584 164.377 1.00 83.88 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.113 187.645 163.576 1.00 86.89 C ATOM 1410 N TYR 174 141.954 189.328 167.324 1.00 89.98 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.124 190.450 167.752 1.00 90.22 C ATOM 1412 C TYR 174 141.740 191.785 167.323 1.00 90.22 C ATOM 1413 O TYR 174 142.952 191.949 167.401 1.00 87.98 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.941 190.376 169.266 1.00 89.68 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.963 191.392 169.803 1.00 90.59 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.410 192.480 170.575 1.00 84.45 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.588 191.261 169.520 1.00 84.96 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.493 193.422 171.068 1.00 83.81 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.667 192.201 170.004 1.00 83.86 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.123 193.279 170.779 1.00 87.87 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.220 194.197 171.247 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1439 CA GLN 177 139.442 191.074 159.999 1.00 89.98 C ATOM 1440 C GLN 177 140.220 190.564 158.783 1.00 90.30 C ATOM 1441 O GLN 177 141.139 191.219 158.287 1.00 88.37 O ATOM 1442 CB GLN 177 138.162 191.827 159.605 1.00 88.00 C ATOM 1443 CG GLN 177 138.434 193.030 158.683 1.00 80.26 C ATOM 1444 CD GLN 177 137.169 193.810 158.310 1.00 79.52 C ATOM 1445 OE1 GLN 177 136.049 193.380 158.526 1.00 70.34 O ATOM 1446 NE2 GLN 177 137.317 194.970 157.716 1.00 69.26 N ATOM 1447 N LEU 178 139.857 189.388 158.276 1.00 88.95 N ATOM 1448 CA LEU 178 140.485 188.826 157.087 1.00 88.67 C ATOM 1449 C LEU 178 139.867 189.432 155.820 1.00 88.62 C ATOM 1450 O LEU 178 138.696 189.187 155.508 1.00 86.42 O ATOM 1451 CB LEU 178 140.356 187.295 157.116 1.00 86.84 C ATOM 1452 CG LEU 178 141.074 186.598 155.943 1.00 84.10 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.587 186.763 156.019 1.00 75.46 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.757 185.106 155.960 1.00 76.49 C ATOM 1455 N ASN 179 140.670 190.143 155.049 1.00 87.15 N ATOM 1456 CA ASN 179 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