####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS023_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS023_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.98 1.17 LCS_AVERAGE: 66.08 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 48 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 55 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 13 90 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 3 17 41 120 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 27 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 3 78 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 47 95 117 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 55 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 35 103 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 35 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 41 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 54 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 32 102 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 11 81 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 22 75 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 25 91 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 8 93 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 21 85 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 28 64 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 2 11 31 92 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 43 103 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 67 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 68 104 120 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281 A 281 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 79 135 135 47 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 79 135 135 54 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 79 135 135 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 79 135 135 35 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 66 135 135 48 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 66 135 135 54 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 66 135 135 33 102 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 63 135 135 22 90 117 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 63 135 135 32 102 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 57 135 135 4 28 92 123 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 29 135 135 11 44 94 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 88.69 ( 66.08 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 104 120 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 77.04 88.89 92.59 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.75 0.83 1.00 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 GDT RMS_ALL_AT 1.54 1.32 1.21 1.20 1.17 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.903 0 0.000 0.000 0.992 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.993 0 0.046 0.095 2.126 81.818 66.465 2.126 LGA W 167 W 167 0.798 0 0.048 0.188 1.200 77.727 80.909 0.770 LGA I 168 I 168 1.426 0 0.016 1.558 5.112 59.091 43.636 5.112 LGA S 169 S 169 2.466 0 0.547 0.506 5.033 44.545 31.515 5.033 LGA G 170 G 170 1.235 0 0.172 0.172 1.235 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.160 0 0.000 1.302 5.143 65.455 52.727 1.682 LGA A 172 A 172 1.114 0 0.035 0.048 1.243 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.567 0 0.035 0.085 1.032 81.818 79.481 0.963 LGA Y 174 Y 174 0.563 0 0.057 0.158 0.944 81.818 81.818 0.944 LGA G 175 G 175 0.636 0 0.068 0.068 0.636 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.679 0 0.049 0.107 0.786 81.818 89.394 0.281 LGA Q 177 Q 177 1.027 0 0.049 0.449 1.642 73.636 71.111 1.292 LGA L 178 L 178 0.916 0 0.082 0.102 1.127 77.727 79.773 0.986 LGA N 179 N 179 0.936 0 0.180 0.696 4.496 77.727 48.864 4.496 LGA K 180 K 180 3.106 0 0.303 0.971 13.051 29.545 13.131 13.051 LGA K 181 K 181 1.967 0 0.338 0.970 8.730 65.909 31.111 8.730 LGA T 182 T 182 0.596 0 0.067 1.120 3.272 86.364 70.649 3.272 LGA S 183 S 183 1.293 0 0.136 0.123 1.662 69.545 63.333 1.638 LGA K 184 K 184 1.082 0 0.057 0.885 3.223 69.545 63.838 3.223 LGA L 185 L 185 0.793 0 0.060 0.071 0.816 81.818 84.091 0.413 LGA D 186 D 186 0.523 0 0.065 0.115 0.927 81.818 90.909 0.343 LGA P 187 P 187 0.746 0 0.000 0.043 1.471 73.636 77.143 0.664 LGA V 188 V 188 1.097 0 0.030 0.056 1.227 65.455 65.455 1.215 LGA E 189 E 189 1.200 0 0.036 0.927 3.443 65.455 51.919 3.173 LGA D 190 D 190 1.253 0 0.030 0.051 1.757 69.545 62.045 1.757 LGA E 191 E 191 0.876 0 0.048 0.142 1.472 82.273 76.566 1.472 LGA A 192 A 192 0.457 0 0.000 0.000 0.601 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.686 0 0.047 0.672 3.561 81.818 63.232 3.439 LGA V 194 V 194 0.542 0 0.033 0.038 0.758 90.909 87.013 0.561 LGA V 195 V 195 0.139 0 0.000 0.000 0.256 100.000 100.000 0.102 LGA Q 196 Q 196 0.415 0 0.017 0.242 1.493 100.000 88.485 1.485 LGA L 197 L 197 0.437 0 0.026 0.043 0.637 100.000 93.182 0.631 LGA I 198 I 198 0.160 0 0.089 0.093 0.448 100.000 100.000 0.236 LGA F 199 F 199 0.390 0 0.052 0.074 0.545 95.455 98.347 0.232 LGA N 200 N 200 0.517 0 0.025 0.867 2.029 95.455 79.318 1.745 LGA I 201 I 201 0.303 0 0.036 0.062 0.478 100.000 100.000 0.214 LGA F 202 F 202 0.370 0 0.000 0.066 0.803 90.909 90.083 0.786 LGA L 203 L 203 0.694 0 0.000 0.107 1.416 81.818 77.727 1.173 LGA N 204 N 204 0.525 0 0.057 0.054 1.501 90.909 78.409 1.338 LGA G 205 G 205 0.156 0 0.051 0.051 0.535 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.699 0 0.011 1.322 2.621 86.364 68.409 2.568 LGA N 207 N 207 1.458 0 0.068 0.198 1.802 61.818 56.364 1.802 LGA G 208 G 208 1.564 0 0.030 0.030 1.858 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.443 0 0.047 0.180 2.362 65.455 51.717 2.313 LGA D 210 D 210 1.216 0 0.064 0.356 1.302 65.455 73.864 0.493 LGA Y 211 Y 211 1.708 0 0.112 0.462 2.122 58.182 51.212 1.602 LGA S 212 S 212 2.230 0 0.669 0.773 6.268 36.364 25.152 6.268 LGA Y 213 Y 213 2.865 0 0.172 1.642 14.544 41.818 14.091 14.544 LGA A 215 A 215 0.907 0 0.229 0.240 1.914 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.498 0 0.047 0.199 0.577 95.455 93.182 0.577 LGA A 217 A 217 0.349 0 0.025 0.041 0.435 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.417 0 0.049 0.120 1.106 100.000 91.212 1.106 LGA H 219 H 219 0.378 0 0.027 0.071 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA L 220 L 220 0.360 0 0.000 0.083 0.424 100.000 100.000 0.424 LGA T 221 T 221 0.196 0 0.031 0.035 0.262 100.000 100.000 0.133 LGA N 222 N 222 0.278 0 0.031 0.044 0.409 100.000 100.000 0.367 LGA L 223 L 223 0.525 0 0.039 0.080 0.921 90.909 86.364 0.921 LGA Q 224 Q 224 0.421 0 0.030 0.871 4.778 95.455 66.061 4.778 LGA I 225 I 225 0.329 0 0.055 0.106 0.377 100.000 100.000 0.185 LGA P 226 P 226 0.523 0 0.052 0.059 0.805 81.818 81.818 0.805 LGA T 227 T 227 0.542 0 0.029 0.220 0.719 86.364 84.416 0.595 LGA P 228 P 228 1.025 0 0.140 0.154 1.143 77.727 74.805 1.116 LGA S 229 S 229 0.922 0 0.106 0.105 0.957 81.818 81.818 0.656 LGA G 230 G 230 0.717 0 0.000 0.000 0.768 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.282 0 0.149 0.698 2.736 90.909 85.859 2.736 LGA K 232 K 232 0.206 0 0.219 0.874 3.499 90.909 73.333 3.499 LGA R 233 R 233 0.304 0 0.039 1.396 8.586 95.455 50.248 8.586 LGA W 234 W 234 0.508 0 0.059 0.107 0.686 95.455 90.909 0.478 LGA N 235 N 235 0.711 0 0.016 0.889 2.287 81.818 74.318 2.287 LGA Q 236 Q 236 0.388 0 0.041 0.911 3.499 90.909 78.990 0.932 LGA Y 237 Y 237 0.987 0 0.042 0.402 2.374 77.727 64.848 2.374 LGA T 238 T 238 0.777 0 0.037 0.246 1.087 81.818 79.481 1.087 LGA I 239 I 239 0.491 0 0.021 0.080 0.642 90.909 95.455 0.347 LGA K 240 K 240 0.805 0 0.065 0.602 4.538 81.818 60.808 4.538 LGA A 241 A 241 0.902 0 0.082 0.087 1.046 77.727 75.273 - LGA I 242 I 242 0.221 0 0.049 0.050 0.946 100.000 93.182 0.946 LGA L 243 L 243 0.307 0 0.035 0.123 0.664 95.455 97.727 0.316 LGA Q 244 Q 244 0.591 0 0.040 0.354 1.231 77.727 76.364 1.187 LGA N 245 N 245 0.654 0 0.000 0.079 0.784 81.818 81.818 0.784 LGA E 246 E 246 0.473 0 0.000 0.706 1.914 95.455 85.051 1.689 LGA V 247 V 247 0.268 0 0.034 0.102 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA Y 248 Y 248 0.384 0 0.000 0.122 0.974 100.000 93.939 0.974 LGA I 249 I 249 0.403 0 0.062 0.073 0.777 100.000 90.909 0.732 LGA G 250 G 250 0.269 0 0.017 0.017 0.385 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.571 0 0.046 0.064 0.724 86.364 84.416 0.614 LGA V 252 V 252 0.594 0 0.043 0.107 0.939 81.818 81.818 0.939 LGA K 253 K 253 0.474 0 0.017 0.207 0.774 90.909 91.919 0.257 LGA Y 254 Y 254 0.705 0 0.044 0.434 2.883 81.818 65.909 2.883 LGA K 255 K 255 0.636 0 0.106 0.602 3.385 77.727 58.586 2.932 LGA V 256 V 256 0.618 0 0.138 0.158 0.826 86.364 84.416 0.610 LGA R 257 R 257 0.882 0 0.063 1.159 5.391 73.636 54.545 3.863 LGA E 258 E 258 1.207 0 0.031 0.926 5.143 62.273 44.040 5.143 LGA K 259 K 259 1.983 0 0.000 0.699 2.550 44.545 47.071 1.491 LGA T 260 T 260 2.637 0 0.019 0.066 3.055 25.455 27.792 2.675 LGA K 261 K 261 3.845 0 0.025 0.892 10.485 11.364 5.859 10.485 LGA D 262 D 262 3.461 0 0.068 0.947 4.446 16.364 13.182 4.446 LGA G 263 G 263 2.605 0 0.091 0.091 2.785 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.718 0 0.018 0.484 2.721 44.545 50.303 2.721 LGA R 265 R 265 1.118 0 0.102 1.017 3.438 73.636 60.331 3.438 LGA T 266 T 266 1.011 0 0.036 0.184 1.479 69.545 70.130 0.917 LGA I 267 I 267 0.688 0 0.045 0.089 1.073 81.818 79.773 1.073 LGA R 268 R 268 0.745 0 0.000 0.992 2.518 81.818 67.107 2.456 LGA P 269 P 269 1.014 0 0.000 0.017 1.180 77.727 74.805 1.180 LGA E 270 E 270 0.979 0 0.000 0.810 3.060 73.636 57.980 2.514 LGA K 271 K 271 1.179 0 0.045 0.663 2.395 65.455 61.212 2.044 LGA E 272 E 272 0.916 0 0.096 0.157 1.539 81.818 72.929 1.367 LGA Q 273 Q 273 0.916 0 0.020 0.061 0.955 81.818 81.818 0.955 LGA I 274 I 274 0.746 0 0.056 0.082 1.065 81.818 79.773 1.065 LGA V 275 V 275 0.309 0 0.051 0.067 0.490 100.000 100.000 0.482 LGA V 276 V 276 0.618 0 0.000 0.032 0.762 81.818 81.818 0.762 LGA Q 277 Q 277 0.507 0 0.061 0.645 2.890 90.909 68.889 2.890 LGA D 278 D 278 0.329 0 0.047 0.122 0.875 100.000 97.727 0.875 LGA A 279 A 279 0.571 0 0.035 0.051 0.657 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.290 0 0.038 0.139 0.449 100.000 100.000 0.144 LGA A 281 A 281 0.262 0 0.000 0.000 0.387 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.268 0 0.015 0.024 0.568 95.455 94.805 0.517 LGA I 283 I 283 0.444 0 0.026 0.063 0.703 90.909 88.636 0.675 LGA I 284 I 284 0.579 0 0.000 0.092 0.724 86.364 93.182 0.455 LGA D 285 D 285 1.272 0 0.101 0.879 3.028 65.455 52.500 2.028 LGA K 286 K 286 1.339 0 0.037 0.276 1.500 65.455 63.838 1.006 LGA E 287 E 287 1.412 0 0.045 0.438 1.607 65.455 62.222 1.574 LGA Q 288 Q 288 1.065 0 0.000 0.278 1.821 69.545 64.040 1.585 LGA F 289 F 289 1.054 0 0.046 0.130 1.291 65.455 65.455 1.275 LGA Q 290 Q 290 1.402 0 0.000 1.198 2.737 65.455 59.798 2.737 LGA Q 291 Q 291 1.139 0 0.000 0.193 1.288 65.455 65.455 1.288 LGA S 292 S 292 0.995 0 0.042 0.673 3.006 69.545 63.030 3.006 LGA Q 293 Q 293 1.368 0 0.032 0.261 1.849 61.818 58.990 1.849 LGA V 294 V 294 1.482 0 0.020 0.045 1.667 65.455 63.377 1.456 LGA K 295 K 295 1.015 0 0.038 0.112 1.219 65.455 74.545 0.604 LGA I 296 I 296 1.303 0 0.013 0.096 1.664 58.182 62.045 1.343 LGA A 297 A 297 1.861 0 0.129 0.154 2.515 45.000 46.182 - LGA N 298 N 298 1.117 0 0.059 0.493 1.735 61.818 69.773 1.397 LGA K 299 K 299 2.385 0 0.000 0.553 7.472 33.636 18.182 7.472 LGA V 300 V 300 2.518 0 0.125 0.143 3.071 30.455 32.727 3.032 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.151 1.134 1.930 77.798 72.460 58.472 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.15 92.407 96.644 10.787 LGA_LOCAL RMSD: 1.151 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.152 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.151 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.482215 * X + -0.651874 * Y + 0.585260 * Z + 167.596741 Y_new = 0.266623 * X + 0.745577 * Y + 0.610759 * Z + 145.410263 Z_new = -0.834495 * X + -0.138474 * Y + 0.533333 * Z + 170.481995 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.505077 0.987215 -0.254029 [DEG: 28.9388 56.5632 -14.5548 ] ZXZ: 2.377512 1.008261 -1.735235 [DEG: 136.2214 57.7691 -99.4216 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS023_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS023_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.15 96.644 1.15 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS023_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.690 186.952 153.699 1.00 92.60 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.081 187.672 154.821 1.00 92.60 C ATOM 1347 C GLY 165 150.550 187.602 154.848 1.00 92.60 C ATOM 1348 O GLY 165 149.905 188.424 155.491 1.00 92.60 O ATOM 1349 N LYS 166 149.933 186.651 154.133 1.00 93.73 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.477 186.454 154.167 1.00 93.73 C ATOM 1351 C LYS 166 148.069 185.669 155.409 1.00 93.73 C ATOM 1352 CB LYS 166 147.968 185.774 152.890 1.00 93.73 C ATOM 1353 O LYS 166 148.774 184.765 155.863 1.00 93.73 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.186 186.645 151.648 1.00 93.73 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.844 185.849 150.387 1.00 93.73 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.848 186.760 149.164 1.00 93.73 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.844 185.962 147.919 1.00 93.73 N ATOM 1358 N TRP 167 146.887 185.971 155.932 1.00 94.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.356 185.295 157.106 1.00 94.11 C ATOM 1360 C TRP 167 145.714 183.958 156.732 1.00 94.11 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.371 186.207 157.826 1.00 94.11 C ATOM 1362 O TRP 167 144.736 183.903 155.990 1.00 94.11 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.881 185.643 159.122 1.00 94.11 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.684 185.053 159.346 1.00 94.11 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.596 185.599 160.391 1.00 94.11 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.758 184.968 161.355 1.00 94.11 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.867 186.038 160.818 1.00 94.11 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.606 184.661 160.669 1.00 94.11 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.429 185.237 163.084 1.00 94.11 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.159 184.783 162.685 1.00 94.11 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.278 185.864 162.154 1.00 94.11 C ATOM 1372 N ILE 168 146.257 182.866 157.274 1.00 88.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.788 181.494 157.006 1.00 88.83 C ATOM 1374 C ILE 168 145.351 180.736 158.269 1.00 88.83 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.847 180.713 156.206 1.00 88.83 C ATOM 1376 O ILE 168 144.986 179.561 158.199 1.00 88.83 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.172 180.594 156.985 1.00 88.83 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.068 181.358 154.824 1.00 88.83 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.046 179.506 156.372 1.00 88.83 C ATOM 1380 N SER 169 145.387 181.393 159.430 1.00 79.14 N ATOM 1381 CA SER 169 145.259 180.765 160.753 1.00 79.14 C ATOM 1382 C SER 169 143.822 180.737 161.295 1.00 79.14 C ATOM 1383 CB SER 169 146.264 181.390 161.727 1.00 79.14 C ATOM 1384 O SER 169 143.610 180.755 162.506 1.00 79.14 O ATOM 1385 OG SER 169 147.584 181.081 161.307 1.00 79.14 O ATOM 1386 N GLY 170 142.823 180.635 160.412 1.00 84.78 N ATOM 1387 CA GLY 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