####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS022_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS022_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 42 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 57 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 61 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 23 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 10 41 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 57 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 40 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 120 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 25 101 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 13 94 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 61 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 57 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 57 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 36 96 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 39 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 5 120 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 80 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 82.96 91.11 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.56 0.68 0.83 0.86 0.94 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.18 1.04 1.00 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.981 0 0.043 0.043 1.106 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.855 0 0.020 0.176 2.568 81.818 65.253 2.568 LGA W 167 W 167 0.617 0 0.063 0.151 1.219 77.727 78.442 0.973 LGA I 168 I 168 1.142 0 0.030 1.356 4.326 59.091 49.545 4.326 LGA S 169 S 169 2.279 0 0.528 0.505 5.044 48.182 33.939 5.044 LGA G 170 G 170 0.931 0 0.138 0.138 1.145 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.798 0 0.000 1.358 4.954 81.818 62.500 1.733 LGA A 172 A 172 0.913 0 0.036 0.029 1.039 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.419 0 0.035 0.074 0.960 95.455 89.610 0.960 LGA Y 174 Y 174 0.264 0 0.000 0.147 0.840 100.000 92.424 0.840 LGA G 175 G 175 0.450 0 0.068 0.068 0.493 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.589 0 0.027 0.139 0.799 86.364 89.394 0.520 LGA Q 177 Q 177 0.940 0 0.051 0.476 1.582 81.818 76.566 1.250 LGA L 178 L 178 0.920 0 0.029 0.101 1.153 77.727 77.727 1.153 LGA N 179 N 179 0.912 0 0.164 0.629 4.290 77.727 48.864 4.290 LGA K 180 K 180 3.204 0 0.301 0.972 13.067 29.545 13.131 13.067 LGA K 181 K 181 1.870 0 0.327 0.971 8.585 65.909 31.111 8.585 LGA T 182 T 182 0.537 0 0.045 1.128 3.269 81.818 68.052 3.269 LGA S 183 S 183 1.389 0 0.157 0.140 1.661 69.545 63.333 1.661 LGA K 184 K 184 1.074 0 0.050 0.774 2.120 69.545 67.879 2.120 LGA L 185 L 185 0.601 0 0.030 0.043 0.630 81.818 88.636 0.298 LGA D 186 D 186 0.367 0 0.083 0.098 0.810 90.909 95.455 0.209 LGA P 187 P 187 0.612 0 0.000 0.102 1.535 74.545 77.662 0.682 LGA V 188 V 188 1.156 0 0.030 0.037 1.383 65.455 65.455 1.383 LGA E 189 E 189 1.127 0 0.053 0.546 2.754 69.545 63.232 2.754 LGA D 190 D 190 1.092 0 0.000 0.088 1.419 73.636 69.545 1.419 LGA E 191 E 191 0.852 0 0.051 0.105 1.528 86.364 74.949 1.528 LGA A 192 A 192 0.324 0 0.017 0.030 0.488 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.440 0 0.048 0.674 3.283 100.000 75.758 3.283 LGA V 194 V 194 0.472 0 0.028 0.044 0.549 100.000 97.403 0.496 LGA V 195 V 195 0.094 0 0.000 0.034 0.310 100.000 100.000 0.130 LGA Q 196 Q 196 0.307 0 0.043 0.284 1.481 100.000 88.485 1.481 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.020 0.042 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA I 198 I 198 0.247 0 0.077 0.118 0.437 100.000 100.000 0.253 LGA F 199 F 199 0.268 0 0.042 0.078 0.396 100.000 100.000 0.138 LGA N 200 N 200 0.292 0 0.052 1.083 3.750 100.000 76.591 3.750 LGA I 201 I 201 0.058 0 0.025 0.065 0.169 100.000 100.000 0.094 LGA F 202 F 202 0.260 0 0.000 0.078 0.635 100.000 95.041 0.635 LGA L 203 L 203 0.514 0 0.034 0.113 1.184 95.455 86.591 0.997 LGA N 204 N 204 0.172 0 0.035 0.065 0.715 100.000 93.182 0.715 LGA G 205 G 205 0.279 0 0.034 0.034 0.281 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.289 0 0.013 0.324 1.507 100.000 89.318 0.810 LGA N 207 N 207 0.998 0 0.074 0.235 1.362 73.636 71.591 1.053 LGA G 208 G 208 1.234 0 0.028 0.028 1.462 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.173 0 0.081 0.133 2.226 73.636 59.798 2.226 LGA D 210 D 210 0.987 0 0.075 0.238 1.038 77.727 82.045 0.492 LGA Y 211 Y 211 1.687 0 0.066 0.429 2.064 58.182 54.848 1.433 LGA S 212 S 212 2.122 0 0.701 0.783 5.839 39.545 28.182 5.839 LGA Y 213 Y 213 2.941 0 0.122 1.628 14.758 38.636 13.030 14.758 LGA A 215 A 215 0.913 0 0.167 0.174 1.953 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.325 0 0.025 0.182 0.513 100.000 97.727 0.442 LGA A 217 A 217 0.326 0 0.025 0.045 0.384 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.441 0 0.043 0.056 0.992 100.000 93.939 0.992 LGA H 219 H 219 0.261 0 0.042 0.057 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA L 220 L 220 0.238 0 0.025 0.140 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA T 221 T 221 0.092 0 0.019 0.037 0.248 100.000 100.000 0.118 LGA N 222 N 222 0.141 0 0.050 0.101 0.309 100.000 100.000 0.305 LGA L 223 L 223 0.490 0 0.040 0.062 0.924 100.000 90.909 0.863 LGA Q 224 Q 224 0.319 0 0.081 0.864 4.645 100.000 68.081 4.645 LGA I 225 I 225 0.328 0 0.063 0.117 0.335 100.000 100.000 0.228 LGA P 226 P 226 0.596 0 0.079 0.091 0.988 86.364 84.416 0.988 LGA T 227 T 227 0.227 0 0.047 0.155 0.490 100.000 100.000 0.284 LGA P 228 P 228 0.831 0 0.050 0.071 0.877 81.818 81.818 0.804 LGA S 229 S 229 0.745 0 0.024 0.169 1.018 81.818 79.091 1.018 LGA G 230 G 230 0.567 0 0.016 0.016 0.702 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.430 0 0.091 0.706 3.041 90.909 80.808 3.041 LGA K 232 K 232 0.438 0 0.130 0.896 3.732 95.455 71.111 3.732 LGA R 233 R 233 0.305 0 0.065 1.380 7.969 95.455 51.901 7.969 LGA W 234 W 234 0.285 0 0.063 0.082 0.406 100.000 100.000 0.134 LGA N 235 N 235 0.711 0 0.103 0.880 2.985 86.364 69.773 2.178 LGA Q 236 Q 236 0.477 0 0.050 0.824 3.554 95.455 78.182 0.688 LGA Y 237 Y 237 0.938 0 0.004 0.341 2.729 81.818 63.030 2.729 LGA T 238 T 238 0.576 0 0.012 0.235 0.845 81.818 81.818 0.845 LGA I 239 I 239 0.439 0 0.028 0.093 0.500 100.000 100.000 0.233 LGA K 240 K 240 0.800 0 0.060 0.655 4.844 81.818 60.808 4.844 LGA A 241 A 241 0.732 0 0.048 0.054 0.905 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.230 0 0.008 0.063 0.931 100.000 93.182 0.931 LGA L 243 L 243 0.285 0 0.033 0.127 0.490 100.000 100.000 0.404 LGA Q 244 Q 244 0.421 0 0.007 0.251 1.014 90.909 88.081 1.014 LGA N 245 N 245 0.645 0 0.037 0.077 0.676 81.818 81.818 0.650 LGA E 246 E 246 0.548 0 0.036 0.748 2.522 86.364 77.778 0.620 LGA V 247 V 247 0.263 0 0.012 0.093 0.348 100.000 100.000 0.239 LGA Y 248 Y 248 0.360 0 0.046 0.165 1.244 95.455 89.545 1.244 LGA I 249 I 249 0.395 0 0.063 0.098 0.820 100.000 90.909 0.820 LGA G 250 G 250 0.306 0 0.031 0.031 0.435 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.501 0 0.090 0.110 0.717 86.364 84.416 0.583 LGA V 252 V 252 0.443 0 0.021 0.107 0.685 95.455 94.805 0.518 LGA K 253 K 253 0.512 0 0.022 0.212 0.752 86.364 89.899 0.179 LGA Y 254 Y 254 0.595 0 0.040 0.312 2.566 81.818 69.394 2.566 LGA K 255 K 255 0.655 0 0.056 0.602 3.848 81.818 57.778 3.574 LGA V 256 V 256 0.816 0 0.090 0.138 1.065 86.364 82.078 0.769 LGA R 257 R 257 0.898 0 0.030 1.065 4.438 73.636 56.364 3.288 LGA E 258 E 258 1.298 0 0.100 1.083 5.750 55.000 35.960 5.750 LGA K 259 K 259 1.513 0 0.000 0.632 1.954 54.545 55.758 1.623 LGA T 260 T 260 1.747 0 0.018 0.198 2.023 44.545 43.636 2.013 LGA K 261 K 261 2.474 0 0.030 0.798 8.221 35.455 20.808 8.221 LGA D 262 D 262 2.409 0 0.072 0.888 3.431 38.182 31.818 3.431 LGA G 263 G 263 1.585 0 0.062 0.062 1.747 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.142 0 0.032 0.531 2.708 61.818 66.869 2.708 LGA R 265 R 265 1.171 0 0.064 0.995 2.921 65.455 66.777 2.921 LGA T 266 T 266 1.075 0 0.067 0.145 1.577 61.818 63.377 1.081 LGA I 267 I 267 0.659 0 0.013 0.095 0.953 81.818 81.818 0.953 LGA R 268 R 268 0.597 0 0.000 0.986 2.627 81.818 71.405 2.627 LGA P 269 P 269 0.771 0 0.015 0.050 0.990 81.818 81.818 0.990 LGA E 270 E 270 0.736 0 0.013 0.868 3.431 81.818 63.838 2.766 LGA K 271 K 271 0.780 0 0.050 0.680 2.488 81.818 70.303 2.034 LGA E 272 E 272 0.597 0 0.074 0.086 1.476 81.818 76.364 1.476 LGA Q 273 Q 273 0.802 0 0.020 0.049 1.048 81.818 80.000 0.839 LGA I 274 I 274 0.558 0 0.068 0.066 0.656 81.818 81.818 0.656 LGA V 275 V 275 0.332 0 0.038 0.068 0.487 100.000 100.000 0.415 LGA V 276 V 276 0.426 0 0.000 0.025 0.574 100.000 94.805 0.561 LGA Q 277 Q 277 0.484 0 0.054 0.685 3.488 90.909 69.899 3.488 LGA D 278 D 278 0.379 0 0.098 0.164 0.812 95.455 88.636 0.812 LGA A 279 A 279 0.453 0 0.031 0.061 0.543 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.290 0 0.041 0.212 0.528 100.000 96.364 0.320 LGA A 281 A 281 0.332 0 0.000 0.000 0.552 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.313 0 0.019 0.052 0.718 95.455 92.208 0.718 LGA I 283 I 283 0.446 0 0.049 0.100 0.752 90.909 90.909 0.741 LGA I 284 I 284 0.508 0 0.000 0.045 0.605 86.364 93.182 0.398 LGA D 285 D 285 0.789 0 0.038 0.107 1.059 81.818 77.727 1.059 LGA K 286 K 286 0.837 0 0.013 0.236 1.367 81.818 76.364 1.367 LGA E 287 E 287 0.949 0 0.044 0.274 1.215 81.818 78.182 0.822 LGA Q 288 Q 288 0.696 0 0.000 0.240 1.488 81.818 76.364 1.150 LGA F 289 F 289 0.666 0 0.041 0.135 0.985 81.818 81.818 0.923 LGA Q 290 Q 290 1.020 0 0.042 0.385 2.759 77.727 65.051 1.112 LGA Q 291 Q 291 0.840 0 0.000 0.140 1.181 81.818 76.364 1.066 LGA S 292 S 292 0.564 0 0.070 0.682 2.679 81.818 72.727 2.679 LGA Q 293 Q 293 0.909 0 0.034 0.224 1.223 73.636 72.727 1.223 LGA V 294 V 294 1.158 0 0.040 0.065 1.274 65.455 65.455 1.274 LGA K 295 K 295 0.688 0 0.044 0.149 0.902 81.818 81.818 0.889 LGA I 296 I 296 1.021 0 0.024 0.095 1.478 69.545 73.636 0.826 LGA A 297 A 297 1.682 0 0.070 0.083 2.298 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.105 0 0.095 0.539 2.341 55.000 65.227 2.132 LGA K 299 K 299 3.295 0 0.442 0.891 13.902 40.000 17.778 13.902 LGA V 300 V 300 1.678 0 0.145 0.165 3.739 58.182 38.961 3.572 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.976 0.940 1.897 82.815 76.679 61.100 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.815 97.541 12.547 LGA_LOCAL RMSD: 0.976 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.976 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.976 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.793937 * X + 0.559475 * Y + 0.238017 * Z + 152.761093 Y_new = -0.596932 * X + -0.642916 * Y + -0.479928 * Z + 152.355148 Z_new = -0.115483 * X + -0.523113 * Y + 0.844403 * Z + 142.574020 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.496900 0.115741 -0.554639 [DEG: -143.0618 6.6315 -31.7785 ] ZXZ: 0.460397 0.565346 -2.924317 [DEG: 26.3788 32.3919 -167.5510 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS022_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS022_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.541 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS022_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.646 187.030 153.471 1.00 89.16 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.095 187.873 154.520 1.00 89.16 C ATOM 1347 C GLY 165 150.591 187.737 154.668 1.00 89.16 C ATOM 1348 O GLY 165 149.958 188.520 155.379 1.00 89.16 O ATOM 1349 N LYS 166 150.029 186.777 153.975 1.00 88.92 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.593 186.536 154.080 1.00 88.92 C ATOM 1351 C LYS 166 148.251 185.808 155.377 1.00 88.92 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.095 185.729 152.879 1.00 88.92 C ATOM 1353 O LYS 166 149.089 185.098 155.937 1.00 88.92 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.306 186.419 151.540 1.00 88.92 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.765 185.582 150.389 1.00 88.92 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.973 186.272 149.048 1.00 88.92 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.407 185.473 147.920 1.00 88.92 N ATOM 1358 N TRP 167 147.053 186.046 155.892 1.00 91.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.597 185.368 157.102 1.00 91.13 C ATOM 1360 C TRP 167 145.867 184.074 156.759 1.00 91.13 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.681 186.284 157.919 1.00 91.13 C ATOM 1362 O TRP 167 144.769 184.103 156.199 1.00 91.13 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.264 185.708 159.238 1.00 91.13 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.083 185.085 159.530 1.00 91.13 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.028 185.708 160.449 1.00 91.13 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.246 185.066 161.435 1.00 91.13 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.298 186.188 160.795 1.00 91.13 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.066 184.697 160.849 1.00 91.13 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.941 185.371 163.059 1.00 91.13 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.695 184.892 162.746 1.00 91.13 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.743 186.013 162.100 1.00 91.13 C ATOM 1372 N ILE 168 146.481 182.963 157.148 1.00 86.20 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.934 181.661 156.783 1.00 86.20 C ATOM 1374 C ILE 168 145.631 180.856 158.045 1.00 86.20 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.901 180.879 155.866 1.00 86.20 C ATOM 1376 O ILE 168 145.182 179.710 157.965 1.00 86.20 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.259 181.585 155.796 1.00 86.20 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.299 180.706 154.469 1.00 86.20 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.452 180.641 155.862 1.00 86.20 C ATOM 1380 N SER 169 145.867 181.314 159.194 1.00 78.89 N ATOM 1381 CA SER 169 145.799 180.590 160.460 1.00 78.89 C ATOM 1382 C SER 169 144.387 180.614 161.035 1.00 78.89 C ATOM 1383 CB SER 169 146.780 181.184 161.471 1.00 78.89 C ATOM 1384 O SER 169 144.207 180.594 162.255 1.00 78.89 O ATOM 1385 OG SER 169 148.107 181.125 160.977 1.00 78.89 O ATOM 1386 N GLY 170 143.334 180.714 160.261 1.00 78.38 N ATOM 1387 CA GLY 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