####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS022_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS022_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 50 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 58 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 66 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 57 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 56 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 42 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 33 95 110 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 55 111 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 74 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 45 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 70 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 54 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 7 96 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 15 33 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 82.96 91.85 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.61 0.72 0.77 0.87 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.96 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.630 0 0.027 0.027 0.777 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.738 0 0.060 0.163 1.531 81.818 74.747 1.531 LGA W 167 W 167 0.520 0 0.043 0.108 0.761 81.818 88.312 0.641 LGA I 168 I 168 0.977 0 0.096 0.782 3.267 70.000 58.182 3.267 LGA S 169 S 169 1.556 0 0.028 0.122 3.824 62.273 47.879 3.824 LGA G 170 G 170 0.910 0 0.216 0.216 1.144 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.899 0 0.000 1.325 4.337 86.364 66.591 1.018 LGA A 172 A 172 0.508 0 0.044 0.052 0.666 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.400 0 0.022 0.075 0.857 100.000 92.208 0.857 LGA Y 174 Y 174 0.447 0 0.040 0.186 0.915 95.455 86.364 0.915 LGA G 175 G 175 0.257 0 0.066 0.066 0.264 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.210 0 0.028 0.148 0.379 100.000 100.000 0.149 LGA Q 177 Q 177 0.471 0 0.056 0.247 0.908 100.000 95.960 0.631 LGA L 178 L 178 0.445 0 0.080 0.105 0.910 90.909 88.636 0.910 LGA N 179 N 179 0.997 0 0.183 0.613 4.433 66.364 42.273 4.433 LGA K 180 K 180 4.102 0 0.291 0.972 13.836 19.091 8.485 13.836 LGA K 181 K 181 1.171 0 0.354 1.261 9.787 77.727 38.182 9.787 LGA T 182 T 182 0.598 0 0.048 1.102 3.381 77.727 68.052 3.381 LGA S 183 S 183 0.986 0 0.138 0.124 1.342 73.636 70.909 1.250 LGA K 184 K 184 1.037 0 0.055 0.845 2.705 69.545 66.667 2.705 LGA L 185 L 185 0.549 0 0.062 0.069 0.636 86.364 86.364 0.508 LGA D 186 D 186 0.132 0 0.054 0.084 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA P 187 P 187 0.523 0 0.000 0.362 1.203 82.273 84.675 0.608 LGA V 188 V 188 0.761 0 0.000 0.023 0.866 81.818 81.818 0.866 LGA E 189 E 189 0.787 0 0.011 0.313 1.706 81.818 76.566 1.706 LGA D 190 D 190 0.728 0 0.031 0.057 0.895 86.364 84.091 0.895 LGA E 191 E 191 0.529 0 0.037 0.073 0.841 90.909 85.859 0.841 LGA A 192 A 192 0.347 0 0.000 0.000 0.445 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.352 0 0.018 0.657 2.862 100.000 83.838 2.616 LGA V 194 V 194 0.332 0 0.032 0.049 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA V 195 V 195 0.093 0 0.000 0.000 0.199 100.000 100.000 0.111 LGA Q 196 Q 196 0.207 0 0.016 0.262 1.371 100.000 88.485 1.260 LGA L 197 L 197 0.206 0 0.026 0.041 0.372 100.000 100.000 0.331 LGA I 198 I 198 0.243 0 0.084 0.095 0.449 100.000 100.000 0.340 LGA F 199 F 199 0.259 0 0.045 0.079 0.401 100.000 100.000 0.168 LGA N 200 N 200 0.273 0 0.044 0.753 2.203 100.000 87.727 2.203 LGA I 201 I 201 0.128 0 0.017 0.048 0.235 100.000 100.000 0.061 LGA F 202 F 202 0.186 0 0.000 0.053 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA L 203 L 203 0.442 0 0.019 0.067 0.893 95.455 88.636 0.828 LGA N 204 N 204 0.244 0 0.034 0.093 1.002 100.000 91.136 0.781 LGA G 205 G 205 0.339 0 0.041 0.041 0.351 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.440 0 0.014 0.256 0.996 90.909 93.182 0.272 LGA N 207 N 207 1.120 0 0.062 0.270 1.904 69.545 65.682 1.430 LGA G 208 G 208 1.201 0 0.000 0.000 1.505 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.391 0 0.044 0.619 1.685 65.455 67.879 1.685 LGA D 210 D 210 1.317 0 0.089 0.696 1.504 69.545 67.727 1.504 LGA Y 211 Y 211 1.699 0 0.125 0.433 1.971 54.545 53.333 1.500 LGA S 212 S 212 2.219 0 0.690 0.759 5.915 36.364 26.061 5.915 LGA Y 213 Y 213 2.943 0 0.158 1.630 14.901 38.636 13.030 14.901 LGA A 215 A 215 0.817 0 0.206 0.221 1.857 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.302 0 0.031 0.183 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA A 217 A 217 0.149 0 0.026 0.045 0.275 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.375 0 0.052 0.093 1.144 100.000 91.212 1.144 LGA H 219 H 219 0.138 0 0.017 0.032 0.346 100.000 100.000 0.346 LGA L 220 L 220 0.204 0 0.000 0.085 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA T 221 T 221 0.252 0 0.024 0.042 0.420 100.000 100.000 0.288 LGA N 222 N 222 0.331 0 0.024 0.039 0.528 95.455 97.727 0.326 LGA L 223 L 223 0.502 0 0.046 0.054 0.788 95.455 88.636 0.666 LGA Q 224 Q 224 0.585 0 0.036 0.801 4.190 81.818 61.414 4.190 LGA I 225 I 225 0.616 0 0.051 0.141 0.668 81.818 88.636 0.296 LGA P 226 P 226 0.732 0 0.066 0.072 0.907 81.818 81.818 0.865 LGA T 227 T 227 0.238 0 0.033 0.154 0.493 100.000 100.000 0.308 LGA P 228 P 228 0.797 0 0.084 0.086 0.960 81.818 81.818 0.960 LGA S 229 S 229 0.720 0 0.131 0.124 1.102 90.909 82.424 1.102 LGA G 230 G 230 0.424 0 0.067 0.067 0.913 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.633 0 0.106 0.671 2.817 82.273 75.960 2.817 LGA K 232 K 232 0.661 0 0.142 0.862 3.891 81.818 61.818 3.891 LGA R 233 R 233 0.360 0 0.032 1.326 7.780 100.000 51.901 7.780 LGA W 234 W 234 0.156 0 0.055 0.107 0.516 100.000 97.403 0.302 LGA N 235 N 235 0.462 0 0.020 0.880 2.128 90.909 78.864 2.128 LGA Q 236 Q 236 0.342 0 0.037 0.879 3.698 95.455 78.182 0.543 LGA Y 237 Y 237 0.788 0 0.036 0.350 2.392 86.364 67.727 2.392 LGA T 238 T 238 0.550 0 0.021 0.299 0.973 90.909 87.013 0.973 LGA I 239 I 239 0.352 0 0.000 0.081 0.476 100.000 100.000 0.331 LGA K 240 K 240 0.520 0 0.061 0.608 4.242 90.909 66.465 4.242 LGA A 241 A 241 0.521 0 0.055 0.056 0.619 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.315 0 0.043 0.062 0.887 100.000 90.909 0.887 LGA L 243 L 243 0.177 0 0.025 0.126 0.587 95.455 97.727 0.223 LGA Q 244 Q 244 0.312 0 0.000 0.301 1.283 95.455 88.283 1.283 LGA N 245 N 245 0.399 0 0.000 0.097 0.687 100.000 93.182 0.687 LGA E 246 E 246 0.387 0 0.000 0.624 1.890 100.000 88.687 1.349 LGA V 247 V 247 0.262 0 0.017 0.056 0.297 100.000 100.000 0.188 LGA Y 248 Y 248 0.331 0 0.000 0.103 1.054 100.000 89.545 1.054 LGA I 249 I 249 0.299 0 0.076 0.097 0.455 100.000 100.000 0.401 LGA G 250 G 250 0.231 0 0.047 0.047 0.292 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.238 0 0.045 0.047 0.454 100.000 100.000 0.376 LGA V 252 V 252 0.274 0 0.054 0.119 0.611 100.000 97.403 0.611 LGA K 253 K 253 0.362 0 0.016 0.131 0.535 100.000 97.980 0.468 LGA Y 254 Y 254 0.555 0 0.048 0.372 2.636 90.909 73.788 2.636 LGA K 255 K 255 0.738 0 0.068 0.133 0.886 81.818 81.818 0.886 LGA V 256 V 256 0.763 0 0.091 0.103 0.875 81.818 81.818 0.875 LGA R 257 R 257 1.092 0 0.089 1.093 5.719 65.455 46.942 3.361 LGA E 258 E 258 1.137 0 0.058 0.966 4.539 61.818 44.848 4.539 LGA K 259 K 259 1.640 0 0.018 0.141 2.313 54.545 46.869 2.313 LGA T 260 T 260 1.545 0 0.016 0.150 1.836 50.909 50.909 1.513 LGA K 261 K 261 2.049 0 0.016 0.723 6.321 41.364 27.677 6.321 LGA D 262 D 262 2.105 0 0.074 0.073 2.113 38.182 42.955 1.903 LGA G 263 G 263 2.050 0 0.114 0.114 2.241 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.591 0 0.000 0.449 1.682 54.545 61.212 0.436 LGA R 265 R 265 1.483 0 0.125 0.925 2.365 61.818 57.851 2.365 LGA T 266 T 266 1.201 0 0.008 0.107 1.314 65.455 67.792 1.192 LGA I 267 I 267 0.940 0 0.038 0.090 1.112 73.636 75.682 1.104 LGA R 268 R 268 0.547 0 0.000 0.966 2.511 90.909 74.711 2.511 LGA P 269 P 269 0.355 0 0.000 0.000 0.424 100.000 100.000 0.424 LGA E 270 E 270 0.325 0 0.000 0.838 3.162 100.000 76.566 2.176 LGA K 271 K 271 0.197 0 0.041 0.651 3.646 100.000 68.687 3.231 LGA E 272 E 272 0.139 0 0.044 0.058 1.091 100.000 88.283 1.091 LGA Q 273 Q 273 0.257 0 0.024 0.076 0.743 100.000 93.939 0.651 LGA I 274 I 274 0.204 0 0.053 0.070 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA V 275 V 275 0.121 0 0.021 0.025 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA V 276 V 276 0.259 0 0.000 0.032 0.493 100.000 100.000 0.433 LGA Q 277 Q 277 0.162 0 0.048 0.634 3.017 100.000 78.586 3.017 LGA D 278 D 278 0.116 0 0.027 0.178 0.606 100.000 97.727 0.606 LGA A 279 A 279 0.217 0 0.015 0.045 0.287 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.120 0 0.038 0.267 0.727 100.000 92.727 0.727 LGA A 281 A 281 0.244 0 0.000 0.000 0.328 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.288 0 0.000 0.017 0.501 100.000 97.403 0.501 LGA I 283 I 283 0.434 0 0.049 0.084 0.758 90.909 90.909 0.555 LGA I 284 I 284 0.411 0 0.000 0.074 0.440 100.000 100.000 0.276 LGA D 285 D 285 0.610 0 0.031 0.528 1.680 81.818 77.955 0.926 LGA K 286 K 286 0.600 0 0.016 0.269 1.228 81.818 80.000 1.228 LGA E 287 E 287 0.687 0 0.037 0.203 1.049 81.818 82.020 0.329 LGA Q 288 Q 288 0.506 0 0.000 0.494 1.312 90.909 82.222 0.980 LGA F 289 F 289 0.366 0 0.035 0.110 0.695 100.000 93.388 0.670 LGA Q 290 Q 290 0.522 0 0.000 1.115 3.413 95.455 77.172 3.413 LGA Q 291 Q 291 0.295 0 0.000 0.251 0.978 100.000 93.939 0.978 LGA S 292 S 292 0.161 0 0.054 0.051 0.317 100.000 100.000 0.147 LGA Q 293 Q 293 0.469 0 0.043 0.237 0.936 90.909 85.859 0.936 LGA V 294 V 294 0.543 0 0.000 0.039 0.635 86.364 89.610 0.478 LGA K 295 K 295 0.411 0 0.063 0.191 0.963 90.909 93.939 0.503 LGA I 296 I 296 0.730 0 0.023 0.070 1.169 77.727 82.045 0.575 LGA A 297 A 297 1.157 0 0.163 0.189 1.972 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.973 0 0.106 0.598 2.958 57.273 61.591 1.685 LGA K 299 K 299 3.619 0 0.281 1.001 13.267 28.636 12.929 13.267 LGA V 300 V 300 2.476 0 0.082 0.111 3.949 30.455 22.078 3.736 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.938 0.910 1.842 85.892 80.303 66.096 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.815 97.596 13.008 LGA_LOCAL RMSD: 0.938 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.938 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.938 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.095570 * X + 0.042898 * Y + 0.994498 * Z + 160.949112 Y_new = -0.954499 * X + 0.279570 * Y + -0.103785 * Z + 157.492905 Z_new = -0.282484 * X + -0.959167 * Y + 0.014228 * Z + 144.016602 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.670589 0.286382 -1.555964 [DEG: -95.7177 16.4085 -89.1501 ] ZXZ: 1.466813 1.556568 -2.855180 [DEG: 84.0422 89.1848 -163.5898 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS022_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS022_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.596 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS022_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.099 186.807 153.752 1.00 85.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.372 187.558 154.786 1.00 85.89 C ATOM 1347 C GLY 165 150.849 187.393 154.746 1.00 87.37 C ATOM 1348 O GLY 165 150.132 188.164 155.381 1.00 84.81 O ATOM 1349 N LYS 166 150.333 186.397 154.015 1.00 86.86 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.900 186.092 153.966 1.00 86.72 C ATOM 1351 C LYS 166 148.477 185.344 155.235 1.00 87.47 C ATOM 1352 O LYS 166 149.187 184.465 155.726 1.00 85.26 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.547 185.311 152.685 1.00 85.10 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.790 186.129 151.395 1.00 82.07 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.438 185.363 150.108 1.00 78.98 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.680 186.259 148.879 1.00 73.77 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.440 185.591 147.568 1.00 67.09 N ATOM 1358 N TRP 167 147.293 185.664 155.751 1.00 88.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.708 184.972 156.904 1.00 88.64 C ATOM 1360 C TRP 167 145.978 183.709 156.450 1.00 88.17 C ATOM 1361 O TRP 167 145.001 183.779 155.710 1.00 85.36 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.785 185.914 157.663 1.00 87.94 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.312 185.350 158.963 1.00 88.19 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.170 184.654 159.159 1.00 84.74 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.996 185.388 160.257 1.00 86.55 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.093 184.264 160.492 1.00 84.60 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.194 184.690 161.191 1.00 85.88 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.209 185.942 160.705 1.00 85.32 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.586 184.537 162.541 1.00 85.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.596 185.797 162.047 1.00 83.02 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.791 185.094 162.952 1.00 82.64 C ATOM 1372 N ILE 168 146.448 182.561 156.909 1.00 85.40 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.976 181.244 156.463 1.00 83.67 C ATOM 1374 C ILE 168 145.323 180.452 157.605 1.00 82.62 C ATOM 1375 O ILE 168 144.583 179.495 157.373 1.00 76.40 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.148 180.457 155.834 1.00 80.36 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.903 181.311 154.786 1.00 75.87 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.665 179.158 155.171 1.00 73.07 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.230 180.686 154.370 1.00 69.42 C ATOM 1380 N SER 169 145.578 180.851 158.841 1.00 83.04 N ATOM 1381 CA SER 169 145.024 180.205 160.026 1.00 81.45 C ATOM 1382 C SER 169 143.635 180.742 160.364 1.00 80.47 C ATOM 1383 O SER 169 143.297 181.854 159.997 1.00 74.23 O ATOM 1384 CB SER 169 145.975 180.376 161.199 1.00 78.04 C ATOM 1385 OG SER 169 147.213 179.769 160.908 1.00 73.22 O ATOM 1386 N GLY 170 142.854 179.936 161.060 1.00 78.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.501 180.120 161.583 1.00 77.74 C ATOM 1388 C GLY 170 140.890 181.523 161.663 1.00 80.18 C ATOM 1389 O GLY 170 140.820 182.257 160.690 1.00 76.73 O ATOM 1390 N LEU 171 140.398 181.867 162.866 1.00 81.49 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.837 183.191 163.137 1.00 80.77 C ATOM 1392 C LEU 171 140.948 184.243 163.110 1.00 81.70 C ATOM 1393 O LEU 171 142.043 184.002 163.622 1.00 79.26 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.121 183.179 164.497 1.00 77.69 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.814 182.365 164.503 1.00 73.50 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.402 182.034 165.929 1.00 67.78 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.661 183.129 163.839 1.00 66.80 C ATOM 1398 N ALA 172 140.631 185.406 162.551 1.00 84.54 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.506 186.562 162.645 1.00 84.91 C ATOM 1400 C ALA 172 141.720 186.955 164.124 1.00 86.09 C ATOM 1401 O ALA 172 140.811 186.761 164.940 1.00 83.84 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.901 187.707 161.828 1.00 82.78 C ATOM 1403 N PRO 173 142.885 187.490 164.486 1.00 87.06 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.117 188.033 165.818 1.00 87.34 C ATOM 1405 C PRO 173 142.139 189.170 166.120 1.00 88.01 C ATOM 1406 O PRO 173 141.684 189.868 165.215 1.00 86.45 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.561 188.537 165.822 1.00 85.69 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.199 187.860 164.619 1.00 82.46 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.048 187.664 163.649 1.00 85.55 C ATOM 1410 N TYR 174 141.834 189.376 167.399 1.00 89.08 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.025 190.512 167.826 1.00 89.32 C ATOM 1412 C TYR 174 141.678 191.829 167.396 1.00 89.33 C ATOM 1413 O TYR 174 142.891 191.962 167.496 1.00 87.07 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.836 190.440 169.339 1.00 88.96 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.877 191.476 169.869 1.00 89.96 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.337 192.545 170.655 1.00 83.71 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.504 191.382 169.561 1.00 84.30 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.433 193.504 171.141 1.00 83.22 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.598 192.338 170.035 1.00 83.34 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.065 193.397 170.828 1.00 87.39 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.176 194.330 171.293 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