####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS019_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 20 95 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 42 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 41 110 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 16 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 27 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 15 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 65 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 56 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 20 102 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 58 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 17 46 129 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 58 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 64 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 65 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 43 108 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 12 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 46 82 125 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 118 125 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 115 127 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 85.19 94.07 96.30 97.78 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.52 0.62 0.69 0.74 0.83 0.83 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.693 0 0.015 0.015 0.777 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.757 0 0.060 0.101 1.296 81.818 76.364 1.296 LGA W 167 W 167 0.576 0 0.032 0.111 0.820 81.818 85.714 0.754 LGA I 168 I 168 1.042 0 0.088 0.749 3.080 65.909 57.955 3.080 LGA S 169 S 169 1.367 0 0.157 0.768 4.413 65.455 50.909 4.413 LGA G 170 G 170 0.850 0 0.087 0.087 0.994 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.749 0 0.000 1.294 4.303 90.909 70.909 0.972 LGA A 172 A 172 0.496 0 0.048 0.065 0.666 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.308 0 0.016 0.325 1.505 100.000 90.390 1.505 LGA Y 174 Y 174 0.417 0 0.048 0.206 0.992 95.455 86.364 0.981 LGA G 175 G 175 0.362 0 0.050 0.050 0.362 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.345 0 0.051 0.168 0.466 100.000 100.000 0.060 LGA Q 177 Q 177 0.549 0 0.057 0.189 0.987 86.364 83.838 0.600 LGA L 178 L 178 0.416 0 0.093 0.119 0.881 90.909 93.182 0.881 LGA N 179 N 179 0.981 0 0.178 0.676 4.680 67.727 41.591 4.680 LGA K 180 K 180 4.197 0 0.298 0.970 13.821 13.182 5.859 13.821 LGA K 181 K 181 1.018 0 0.343 1.004 7.653 86.818 45.859 7.653 LGA T 182 T 182 0.575 0 0.060 1.107 3.277 82.273 68.312 3.277 LGA S 183 S 183 1.142 0 0.155 0.146 1.560 69.545 65.758 1.427 LGA K 184 K 184 1.105 0 0.054 0.901 2.960 69.545 63.232 2.960 LGA L 185 L 185 0.477 0 0.076 0.093 0.543 95.455 97.727 0.387 LGA D 186 D 186 0.184 0 0.052 0.131 0.878 100.000 93.182 0.576 LGA P 187 P 187 0.404 0 0.000 0.363 1.089 86.818 87.273 0.756 LGA V 188 V 188 0.704 0 0.000 0.035 0.772 81.818 81.818 0.772 LGA E 189 E 189 0.845 0 0.020 0.227 1.709 81.818 76.566 1.709 LGA D 190 D 190 0.901 0 0.049 0.067 1.596 81.818 71.818 1.596 LGA E 191 E 191 0.591 0 0.038 0.102 0.725 90.909 87.879 0.606 LGA A 192 A 192 0.368 0 0.000 0.000 0.425 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.409 0 0.030 0.579 2.520 100.000 86.465 1.979 LGA V 194 V 194 0.366 0 0.039 0.048 0.487 100.000 100.000 0.453 LGA V 195 V 195 0.135 0 0.000 0.000 0.236 100.000 100.000 0.173 LGA Q 196 Q 196 0.199 0 0.030 0.239 1.378 100.000 90.303 1.167 LGA L 197 L 197 0.192 0 0.016 0.061 0.408 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.151 0 0.093 0.095 0.302 100.000 100.000 0.298 LGA F 199 F 199 0.221 0 0.044 0.080 0.347 100.000 100.000 0.132 LGA N 200 N 200 0.279 0 0.023 0.650 1.990 100.000 89.318 1.990 LGA I 201 I 201 0.085 0 0.045 0.060 0.253 100.000 100.000 0.226 LGA F 202 F 202 0.138 0 0.000 0.024 0.565 100.000 96.694 0.565 LGA L 203 L 203 0.460 0 0.024 0.068 0.974 95.455 88.636 0.923 LGA N 204 N 204 0.236 0 0.020 0.083 1.247 100.000 89.091 1.008 LGA G 205 G 205 0.247 0 0.059 0.059 0.274 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.393 0 0.000 0.169 0.711 90.909 93.182 0.175 LGA N 207 N 207 0.957 0 0.089 0.354 2.232 81.818 70.227 1.284 LGA G 208 G 208 1.072 0 0.000 0.000 1.194 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.211 0 0.036 0.623 1.768 69.545 68.081 1.768 LGA D 210 D 210 1.076 0 0.074 0.809 2.220 69.545 62.273 2.220 LGA Y 211 Y 211 1.533 0 0.125 0.448 1.883 61.818 60.606 1.312 LGA S 212 S 212 2.111 0 0.690 0.752 5.855 39.545 28.182 5.855 LGA Y 213 Y 213 3.005 0 0.179 1.625 14.900 36.364 12.273 14.900 LGA A 215 A 215 0.883 0 0.203 0.216 1.976 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.351 0 0.037 0.203 0.574 100.000 95.455 0.567 LGA A 217 A 217 0.145 0 0.033 0.045 0.311 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.416 0 0.045 0.077 1.143 100.000 91.212 1.143 LGA H 219 H 219 0.130 0 0.023 0.047 0.225 100.000 100.000 0.225 LGA L 220 L 220 0.157 0 0.031 0.086 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA T 221 T 221 0.187 0 0.037 0.044 0.438 100.000 100.000 0.222 LGA N 222 N 222 0.263 0 0.039 0.049 0.435 100.000 100.000 0.393 LGA L 223 L 223 0.402 0 0.052 0.057 0.652 100.000 95.455 0.559 LGA Q 224 Q 224 0.518 0 0.062 0.773 4.142 86.364 62.424 4.142 LGA I 225 I 225 0.559 0 0.055 0.114 0.603 86.364 93.182 0.220 LGA P 226 P 226 0.708 0 0.070 0.076 0.884 81.818 81.818 0.849 LGA T 227 T 227 0.199 0 0.036 0.184 0.557 100.000 97.403 0.274 LGA P 228 P 228 0.816 0 0.195 0.202 1.069 81.818 77.143 1.069 LGA S 229 S 229 0.750 0 0.163 0.154 1.208 86.364 82.121 1.208 LGA G 230 G 230 0.557 0 0.031 0.031 0.834 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.585 0 0.139 0.637 2.356 82.273 77.172 2.356 LGA K 232 K 232 0.487 0 0.210 0.871 3.739 90.909 69.091 3.739 LGA R 233 R 233 0.188 0 0.020 1.411 8.881 100.000 51.074 8.881 LGA W 234 W 234 0.137 0 0.067 0.132 0.519 100.000 98.701 0.350 LGA N 235 N 235 0.505 0 0.017 0.929 1.922 86.364 78.636 1.861 LGA Q 236 Q 236 0.358 0 0.039 0.763 3.469 100.000 83.030 0.862 LGA Y 237 Y 237 0.656 0 0.041 0.372 2.014 86.364 74.242 2.014 LGA T 238 T 238 0.525 0 0.017 0.263 0.831 95.455 92.208 0.831 LGA I 239 I 239 0.341 0 0.008 0.086 0.461 100.000 100.000 0.264 LGA K 240 K 240 0.515 0 0.059 0.625 4.190 86.364 66.465 4.190 LGA A 241 A 241 0.595 0 0.066 0.070 0.752 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.305 0 0.049 0.061 0.891 100.000 90.909 0.891 LGA L 243 L 243 0.123 0 0.032 0.130 0.492 100.000 100.000 0.161 LGA Q 244 Q 244 0.239 0 0.047 0.381 1.569 95.455 86.667 1.329 LGA N 245 N 245 0.286 0 0.000 0.100 0.573 100.000 97.727 0.573 LGA E 246 E 246 0.199 0 0.000 0.482 1.407 100.000 90.303 1.276 LGA V 247 V 247 0.159 0 0.055 0.104 0.224 100.000 100.000 0.224 LGA Y 248 Y 248 0.251 0 0.021 0.085 0.971 100.000 92.424 0.971 LGA I 249 I 249 0.194 0 0.047 0.062 0.406 100.000 100.000 0.280 LGA G 250 G 250 0.187 0 0.062 0.062 0.296 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.088 0 0.053 0.063 0.221 100.000 100.000 0.120 LGA V 252 V 252 0.180 0 0.057 0.123 0.543 100.000 97.403 0.543 LGA K 253 K 253 0.494 0 0.036 0.095 0.890 90.909 85.859 0.890 LGA Y 254 Y 254 0.665 0 0.071 0.369 2.461 81.818 71.515 2.461 LGA K 255 K 255 0.736 0 0.118 0.246 1.753 86.364 80.404 1.753 LGA V 256 V 256 0.490 0 0.115 0.131 0.711 90.909 87.013 0.711 LGA R 257 R 257 0.866 0 0.076 1.070 5.766 77.727 50.909 3.987 LGA E 258 E 258 0.864 0 0.028 1.007 4.553 73.636 53.737 4.553 LGA K 259 K 259 1.435 0 0.026 0.143 3.535 61.818 43.232 3.535 LGA T 260 T 260 1.250 0 0.036 0.119 1.756 58.182 61.299 1.098 LGA K 261 K 261 2.202 0 0.078 1.054 9.118 41.364 23.434 9.118 LGA D 262 D 262 1.746 0 0.087 0.449 2.330 50.909 47.727 2.250 LGA G 263 G 263 1.790 0 0.140 0.140 2.264 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.121 0 0.019 0.478 1.708 65.455 65.657 1.302 LGA R 265 R 265 1.142 0 0.126 1.023 3.473 65.455 57.190 3.473 LGA T 266 T 266 0.800 0 0.014 0.184 0.918 81.818 81.818 0.845 LGA I 267 I 267 0.613 0 0.037 0.078 0.807 81.818 81.818 0.807 LGA R 268 R 268 0.254 0 0.000 0.972 2.750 100.000 79.339 1.826 LGA P 269 P 269 0.369 0 0.000 0.008 0.412 100.000 100.000 0.316 LGA E 270 E 270 0.511 0 0.004 0.870 3.313 90.909 70.505 2.445 LGA K 271 K 271 0.679 0 0.049 0.648 4.149 81.818 54.545 3.704 LGA E 272 E 272 0.463 0 0.050 0.189 0.985 95.455 87.879 0.916 LGA Q 273 Q 273 0.260 0 0.025 0.081 0.691 100.000 93.939 0.691 LGA I 274 I 274 0.234 0 0.043 0.083 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA V 275 V 275 0.231 0 0.017 0.025 0.448 100.000 100.000 0.358 LGA V 276 V 276 0.248 0 0.000 0.030 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA Q 277 Q 277 0.248 0 0.043 0.623 2.748 100.000 78.384 2.748 LGA D 278 D 278 0.248 0 0.031 0.200 0.612 100.000 95.455 0.529 LGA A 279 A 279 0.324 0 0.022 0.044 0.333 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.329 0 0.040 0.241 0.605 100.000 92.727 0.555 LGA A 281 A 281 0.368 0 0.000 0.000 0.471 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.250 0 0.000 0.018 0.417 100.000 100.000 0.363 LGA I 283 I 283 0.445 0 0.025 0.067 0.631 95.455 95.455 0.438 LGA I 284 I 284 0.402 0 0.024 0.081 0.428 100.000 100.000 0.319 LGA D 285 D 285 0.791 0 0.086 0.955 3.310 81.818 67.727 1.179 LGA K 286 K 286 0.717 0 0.042 0.264 1.289 81.818 80.000 1.289 LGA E 287 E 287 0.836 0 0.039 0.284 1.398 81.818 80.000 0.751 LGA Q 288 Q 288 0.542 0 0.000 0.466 1.480 90.909 84.040 0.819 LGA F 289 F 289 0.387 0 0.050 0.115 0.536 100.000 96.694 0.519 LGA Q 290 Q 290 0.661 0 0.000 1.162 3.262 81.818 69.293 3.262 LGA Q 291 Q 291 0.504 0 0.000 0.293 1.146 90.909 84.040 1.146 LGA S 292 S 292 0.301 0 0.050 0.060 0.491 100.000 100.000 0.202 LGA Q 293 Q 293 0.628 0 0.047 0.190 0.919 86.364 83.838 0.849 LGA V 294 V 294 0.860 0 0.029 0.053 1.015 81.818 79.481 0.909 LGA K 295 K 295 0.573 0 0.098 0.206 1.221 77.727 90.101 0.458 LGA I 296 I 296 0.816 0 0.025 0.061 1.305 73.636 80.000 0.603 LGA A 297 A 297 1.416 0 0.131 0.157 2.270 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.158 0 0.055 0.621 2.136 55.000 66.364 1.465 LGA K 299 K 299 2.561 0 0.364 0.849 13.682 60.455 27.475 13.682 LGA V 300 V 300 3.183 0 0.048 0.058 6.336 23.182 13.506 6.336 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.901 0.866 1.864 86.539 80.446 65.317 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.370 97.895 13.486 LGA_LOCAL RMSD: 0.901 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.901 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.901 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.749916 * X + -0.346606 * Y + 0.563462 * Z + 151.244461 Y_new = 0.567226 * X + -0.101396 * Y + -0.817297 * Z + 144.042450 Z_new = 0.340413 * X + 0.932514 * Y + 0.120565 * Z + 142.950089 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.647575 -0.347356 1.442219 [DEG: 37.1033 -19.9020 82.6331 ] ZXZ: 0.603591 1.449937 0.350017 [DEG: 34.5832 83.0753 20.0545 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS019_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.895 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS019_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT 4bqqA 1q2lA 4kisA 6vr4A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.026 186.958 153.742 1.00 88.58 ATOM 2719 CA GLY 165 152.299 187.701 154.776 1.00 88.58 ATOM 2722 C GLY 165 150.778 187.516 154.725 1.00 88.58 ATOM 2723 O GLY 165 150.044 188.355 155.242 1.00 88.58 ATOM 2724 N LYS 166 150.279 186.455 154.077 1.00 89.44 ATOM 2726 CA LYS 166 148.842 186.138 154.039 1.00 89.44 ATOM 2728 C LYS 166 148.425 185.378 155.299 1.00 89.44 ATOM 2729 CB LYS 166 148.475 185.368 152.762 1.00 89.44 ATOM 2732 O LYS 166 149.146 184.507 155.785 1.00 89.44 ATOM 2733 CG LYS 166 148.669 186.226 151.504 1.00 89.44 ATOM 2736 CD LYS 166 148.465 185.408 150.225 1.00 89.44 ATOM 2739 CE LYS 166 148.526 186.349 149.018 1.00 89.44 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.667 185.595 147.752 1.00 89.44 ATOM 2746 N TRP 167 147.230 185.668 155.801 1.00 91.31 ATOM 2748 CA TRP 167 146.635 184.987 156.943 1.00 91.31 ATOM 2750 C TRP 167 145.845 183.753 156.497 1.00 91.31 ATOM 2751 CB TRP 167 145.770 185.961 157.733 1.00 91.31 ATOM 2754 O TRP 167 144.927 183.834 155.684 1.00 91.31 ATOM 2755 CG TRP 167 145.297 185.396 159.033 1.00 91.31 ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.161 184.693 159.248 1.00 91.31 ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.992 185.441 160.313 1.00 91.31 ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.211 184.737 161.275 1.00 91.31 ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.213 185.999 160.750 1.00 91.31 ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.107 184.304 160.574 1.00 91.31 ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.831 185.179 163.019 1.00 91.31 ATOM 2766 CZ2 TRP 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GLY 170 141.021 181.359 161.719 1.00 80.14 ATOM 2806 O GLY 170 140.974 181.977 160.658 1.00 80.14 ATOM 2807 N LEU 171 140.478 181.804 162.851 1.00 84.37 ATOM 2809 CA LEU 171 139.900 183.135 163.002 1.00 84.37 ATOM 2811 C LEU 171 141.000 184.203 162.946 1.00 84.37 ATOM 2812 CB LEU 171 139.118 183.203 164.329 1.00 84.37 ATOM 2815 O LEU 171 142.126 183.963 163.391 1.00 84.37 ATOM 2816 CG LEU 171 137.870 182.301 164.367 1.00 84.37 ATOM 2818 CD1 LEU 171 137.349 182.177 165.798 1.00 84.37 ATOM 2822 CD2 LEU 171 136.743 182.850 163.490 1.00 84.37 ATOM 2826 N ALA 172 140.656 185.378 162.421 1.00 87.91 ATOM 2828 CA ALA 172 141.498 186.559 162.552 1.00 87.91 ATOM 2830 C ALA 172 141.677 186.914 164.047 1.00 87.91 ATOM 2831 CB ALA 172 140.871 187.705 161.748 1.00 87.91 ATOM 2835 O ALA 172 140.788 186.633 164.859 1.00 87.91 ATOM 2836 N PRO 173 142.827 187.481 164.443 1.00 90.04 ATOM 2837 CA PRO 173 143.004 187.996 165.792 1.00 90.04 ATOM 2839 C PRO 173 142.103 189.213 166.017 1.00 90.04 ATOM 2840 CB 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2876 C GLY 175 141.542 193.969 164.647 1.00 90.52 ATOM 2877 O GLY 175 141.755 194.996 164.012 1.00 90.52 ATOM 2878 N TYR 176 141.424 192.778 164.051 1.00 92.73 ATOM 2880 CA TYR 176 141.601 192.556 162.617 1.00 92.73 ATOM 2882 C TYR 176 140.494 191.689 162.009 1.00 92.73 ATOM 2883 CB TYR 176 142.955 191.892 162.347 1.00 92.73 ATOM 2886 O TYR 176 139.993 190.747 162.619 1.00 92.73 ATOM 2887 CG TYR 176 144.179 192.725 162.671 1.00 92.73 ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.635 193.689 161.754 1.00 92.73 ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.889 192.504 163.867 1.00 92.73 ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.806 194.420 162.020 1.00 92.73 ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.094 193.189 164.107 1.00 92.73 ATOM 2896 OH TYR 176 147.740 194.775 163.408 1.00 92.73 ATOM 2898 CZ TYR 176 146.556 194.149 163.183 1.00 92.73 ATOM 2899 N GLN 177 140.202 191.940 160.736 1.00 91.69 ATOM 2901 CA GLN 177 139.355 191.106 159.887 1.00 91.69 ATOM 2903 C GLN 177 140.152 190.546 158.705 1.00 91.69 ATOM 2904 CB GLN 177 138.106 191.880 159.440 1.00 91.69 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