####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS019_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 77 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 78 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 71 124 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 78 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 41 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 6 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 44 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 77 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 16 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 45 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 45 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 113 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 102 124 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 26 82 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 15 43 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 66 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 10 95 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 28 99 124 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 114 125 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 84.44 92.59 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.60 0.72 0.74 0.78 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.87 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.573 0 0.001 0.001 0.668 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.630 0 0.067 0.102 1.131 81.818 78.182 1.131 LGA W 167 W 167 0.466 0 0.036 0.095 0.714 86.364 89.610 0.623 LGA I 168 I 168 1.025 0 0.062 0.756 3.028 65.909 57.955 3.028 LGA S 169 S 169 1.594 0 0.224 0.291 3.444 61.818 48.788 3.444 LGA G 170 G 170 0.760 0 0.131 0.131 0.987 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.661 0 0.000 1.300 4.300 90.909 72.955 0.929 LGA A 172 A 172 0.406 0 0.049 0.067 0.582 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.283 0 0.025 0.347 1.494 100.000 92.468 1.494 LGA Y 174 Y 174 0.359 0 0.053 0.179 0.845 100.000 89.394 0.845 LGA G 175 G 175 0.232 0 0.043 0.043 0.244 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.207 0 0.057 0.162 0.369 100.000 100.000 0.161 LGA Q 177 Q 177 0.425 0 0.055 0.175 0.811 100.000 95.960 0.502 LGA L 178 L 178 0.351 0 0.099 0.130 0.816 90.909 90.909 0.816 LGA N 179 N 179 1.007 0 0.180 0.666 4.616 66.818 42.045 4.616 LGA K 180 K 180 4.038 0 0.279 0.959 13.642 19.091 8.485 13.642 LGA K 181 K 181 1.233 0 0.361 0.998 7.776 77.727 39.596 7.776 LGA T 182 T 182 0.600 0 0.073 1.108 3.411 77.727 68.052 3.411 LGA S 183 S 183 0.917 0 0.142 0.128 1.280 77.727 73.636 1.185 LGA K 184 K 184 0.955 0 0.061 0.902 3.246 73.636 65.657 3.246 LGA L 185 L 185 0.506 0 0.064 0.083 0.556 90.909 95.455 0.469 LGA D 186 D 186 0.028 0 0.055 0.150 0.801 100.000 97.727 0.386 LGA P 187 P 187 0.400 0 0.000 0.360 1.026 86.818 87.273 0.624 LGA V 188 V 188 0.611 0 0.000 0.031 0.653 81.818 81.818 0.645 LGA E 189 E 189 0.641 0 0.000 0.274 1.459 81.818 80.000 1.459 LGA D 190 D 190 0.559 0 0.041 0.051 0.972 90.909 86.364 0.972 LGA E 191 E 191 0.374 0 0.037 0.102 0.565 100.000 97.980 0.565 LGA A 192 A 192 0.210 0 0.015 0.000 0.274 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.232 0 0.030 0.610 2.399 100.000 87.677 1.905 LGA V 194 V 194 0.186 0 0.047 0.046 0.305 100.000 100.000 0.278 LGA V 195 V 195 0.008 0 0.000 0.009 0.140 100.000 100.000 0.064 LGA Q 196 Q 196 0.152 0 0.017 0.239 1.221 100.000 92.121 0.976 LGA L 197 L 197 0.144 0 0.024 0.052 0.281 100.000 100.000 0.223 LGA I 198 I 198 0.137 0 0.099 0.097 0.328 100.000 100.000 0.267 LGA F 199 F 199 0.219 0 0.056 0.078 0.344 100.000 100.000 0.135 LGA N 200 N 200 0.281 0 0.040 0.949 3.248 100.000 77.500 3.248 LGA I 201 I 201 0.177 0 0.038 0.051 0.368 100.000 100.000 0.101 LGA F 202 F 202 0.195 0 0.000 0.031 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA L 203 L 203 0.396 0 0.000 0.068 0.823 100.000 93.182 0.773 LGA N 204 N 204 0.189 0 0.051 0.147 1.039 100.000 91.136 0.709 LGA G 205 G 205 0.379 0 0.062 0.062 0.435 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.581 0 0.000 0.036 0.953 81.818 90.909 0.172 LGA N 207 N 207 1.289 0 0.059 0.305 2.180 65.455 58.409 1.597 LGA G 208 G 208 1.280 0 0.000 0.000 1.480 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.383 0 0.052 0.277 1.724 65.455 60.606 1.724 LGA D 210 D 210 1.297 0 0.080 0.669 1.456 69.545 69.545 1.385 LGA Y 211 Y 211 1.714 0 0.181 0.469 1.969 54.545 54.545 1.445 LGA S 212 S 212 2.158 0 0.676 0.758 5.948 39.545 28.182 5.948 LGA Y 213 Y 213 2.991 0 0.196 1.627 14.843 38.636 13.030 14.843 LGA A 215 A 215 0.929 0 0.228 0.243 1.998 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.329 0 0.039 0.201 0.537 100.000 95.455 0.537 LGA A 217 A 217 0.114 0 0.056 0.065 0.344 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.474 0 0.053 0.127 1.400 100.000 91.212 1.400 LGA H 219 H 219 0.150 0 0.026 0.046 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA L 220 L 220 0.221 0 0.015 0.072 0.309 100.000 100.000 0.286 LGA T 221 T 221 0.297 0 0.025 0.034 0.542 95.455 97.403 0.316 LGA N 222 N 222 0.366 0 0.035 0.038 0.602 95.455 97.727 0.385 LGA L 223 L 223 0.552 0 0.047 0.057 0.806 86.364 84.091 0.675 LGA Q 224 Q 224 0.684 0 0.054 0.762 3.898 77.727 58.182 3.898 LGA I 225 I 225 0.692 0 0.056 0.109 0.726 81.818 86.364 0.343 LGA P 226 P 226 0.809 0 0.067 0.072 0.961 81.818 81.818 0.896 LGA T 227 T 227 0.192 0 0.027 0.138 0.619 95.455 94.805 0.354 LGA P 228 P 228 0.645 0 0.167 0.179 0.916 90.909 89.610 0.916 LGA S 229 S 229 0.534 0 0.190 0.212 1.030 86.364 82.121 1.030 LGA G 230 G 230 0.514 0 0.093 0.093 1.161 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.790 0 0.116 0.661 3.068 78.182 73.131 3.068 LGA K 232 K 232 0.842 0 0.203 0.834 4.081 77.727 56.566 4.081 LGA R 233 R 233 0.418 0 0.039 1.344 7.939 95.455 50.248 7.939 LGA W 234 W 234 0.159 0 0.075 0.124 0.505 100.000 98.701 0.314 LGA N 235 N 235 0.608 0 0.017 0.814 2.108 86.364 76.591 2.108 LGA Q 236 Q 236 0.527 0 0.043 0.761 3.369 86.364 74.949 0.671 LGA Y 237 Y 237 0.586 0 0.047 0.438 1.806 86.364 75.455 1.806 LGA T 238 T 238 0.395 0 0.023 0.267 0.869 100.000 94.805 0.869 LGA I 239 I 239 0.269 0 0.000 0.080 0.362 100.000 100.000 0.246 LGA K 240 K 240 0.440 0 0.070 0.624 3.820 95.455 75.758 3.820 LGA A 241 A 241 0.511 0 0.099 0.105 0.847 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.277 0 0.051 0.069 0.845 100.000 90.909 0.845 LGA L 243 L 243 0.182 0 0.017 0.123 0.475 100.000 100.000 0.155 LGA Q 244 Q 244 0.285 0 0.070 0.414 1.702 95.455 83.232 1.542 LGA N 245 N 245 0.352 0 0.000 0.116 0.688 100.000 95.455 0.688 LGA E 246 E 246 0.325 0 0.000 0.491 1.490 100.000 90.303 1.253 LGA V 247 V 247 0.246 0 0.059 0.120 0.341 100.000 100.000 0.102 LGA Y 248 Y 248 0.350 0 0.026 0.094 1.004 100.000 88.030 1.004 LGA I 249 I 249 0.282 0 0.042 0.066 0.434 100.000 100.000 0.291 LGA G 250 G 250 0.268 0 0.077 0.077 0.298 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.114 0 0.054 0.071 0.262 100.000 100.000 0.262 LGA V 252 V 252 0.179 0 0.064 0.123 0.553 100.000 97.403 0.553 LGA K 253 K 253 0.525 0 0.040 0.112 0.942 81.818 81.818 0.942 LGA Y 254 Y 254 0.712 0 0.074 0.368 2.721 86.364 68.636 2.721 LGA K 255 K 255 0.829 0 0.216 0.291 1.629 77.727 76.566 1.629 LGA V 256 V 256 0.638 0 0.111 0.144 0.842 81.818 81.818 0.842 LGA R 257 R 257 1.070 0 0.084 1.102 6.017 65.455 45.785 3.866 LGA E 258 E 258 1.016 0 0.024 0.998 4.183 65.455 49.293 4.183 LGA K 259 K 259 1.554 0 0.027 0.093 2.651 61.818 48.889 2.651 LGA T 260 T 260 1.236 0 0.025 0.090 1.622 61.818 63.377 1.173 LGA K 261 K 261 1.783 0 0.030 0.841 6.965 54.545 34.545 6.965 LGA D 262 D 262 1.697 0 0.087 0.096 1.697 50.909 56.364 1.350 LGA G 263 G 263 1.916 0 0.134 0.134 2.364 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.515 0 0.012 0.326 1.761 58.182 62.828 0.338 LGA R 265 R 265 1.443 0 0.113 0.970 3.491 61.818 52.066 3.491 LGA T 266 T 266 1.122 0 0.000 0.178 1.225 65.455 67.792 1.225 LGA I 267 I 267 0.878 0 0.052 0.092 1.075 73.636 75.682 1.075 LGA R 268 R 268 0.330 0 0.000 1.005 2.274 95.455 76.033 2.274 LGA P 269 P 269 0.358 0 0.000 0.000 0.373 100.000 100.000 0.248 LGA E 270 E 270 0.502 0 0.018 0.878 3.191 95.455 72.525 2.032 LGA K 271 K 271 0.528 0 0.059 0.663 4.345 90.909 57.980 4.000 LGA E 272 E 272 0.304 0 0.070 0.234 1.069 100.000 90.101 0.853 LGA Q 273 Q 273 0.189 0 0.050 0.117 0.791 100.000 93.939 0.791 LGA I 274 I 274 0.225 0 0.036 0.079 0.549 100.000 97.727 0.549 LGA V 275 V 275 0.146 0 0.022 0.019 0.299 100.000 100.000 0.248 LGA V 276 V 276 0.100 0 0.000 0.037 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA Q 277 Q 277 0.121 0 0.058 0.632 3.006 100.000 75.960 3.006 LGA D 278 D 278 0.187 0 0.025 0.140 0.337 100.000 100.000 0.313 LGA A 279 A 279 0.178 0 0.031 0.049 0.187 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.201 0 0.037 0.233 0.641 100.000 94.545 0.641 LGA A 281 A 281 0.335 0 0.000 0.000 0.422 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.244 0 0.006 0.029 0.372 100.000 100.000 0.372 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.019 0.066 0.550 95.455 95.455 0.448 LGA I 284 I 284 0.360 0 0.010 0.063 0.375 100.000 100.000 0.218 LGA D 285 D 285 0.551 0 0.049 0.101 0.952 86.364 84.091 0.952 LGA K 286 K 286 0.568 0 0.022 0.261 1.385 81.818 80.000 1.385 LGA E 287 E 287 0.748 0 0.038 0.168 0.938 81.818 81.818 0.572 LGA Q 288 Q 288 0.468 0 0.000 0.480 1.313 95.455 84.242 0.920 LGA F 289 F 289 0.335 0 0.056 0.124 0.623 100.000 93.388 0.605 LGA Q 290 Q 290 0.562 0 0.000 1.150 3.396 86.364 73.131 3.396 LGA Q 291 Q 291 0.386 0 0.000 0.231 0.856 100.000 95.960 0.856 LGA S 292 S 292 0.216 0 0.059 0.059 0.432 100.000 100.000 0.156 LGA Q 293 Q 293 0.514 0 0.031 0.202 0.778 86.364 83.838 0.778 LGA V 294 V 294 0.676 0 0.010 0.030 0.778 81.818 81.818 0.656 LGA K 295 K 295 0.476 0 0.038 0.116 0.829 90.909 95.960 0.432 LGA I 296 I 296 0.752 0 0.023 0.077 1.020 77.727 82.045 0.687 LGA A 297 A 297 1.000 0 0.096 0.119 1.429 73.636 72.000 - LGA N 298 N 298 0.612 0 0.028 0.620 1.423 77.727 75.682 1.377 LGA K 299 K 299 1.620 0 0.000 0.460 4.752 51.364 34.747 4.752 LGA V 300 V 300 1.897 0 0.099 0.105 2.210 47.727 47.273 2.176 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.855 0.840 1.695 86.660 81.143 66.723 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.85 95.556 97.921 14.136 LGA_LOCAL RMSD: 0.855 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.855 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.855 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.071379 * X + 0.681300 * Y + -0.728515 * Z + 154.690552 Y_new = -0.996453 * X + -0.016070 * Y + 0.082604 * Z + 152.961044 Z_new = 0.044571 * X + 0.731827 * Y + 0.680031 * Z + 141.543396 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.642308 -0.044586 0.822069 [DEG: -94.0973 -2.5546 47.1011 ] ZXZ: -1.683700 0.822992 0.060829 [DEG: -96.4689 47.1539 3.4852 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS019_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.85 97.921 0.85 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS019_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT 4bqqA 1q2lA 4kisA 6vr4A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.148 187.013 153.748 1.00 86.69 ATOM 2719 CA GLY 165 152.419 187.731 154.796 1.00 86.69 ATOM 2722 C GLY 165 150.898 187.537 154.750 1.00 86.69 ATOM 2723 O GLY 165 150.162 188.343 155.313 1.00 86.69 ATOM 2724 N LYS 166 150.395 186.504 154.057 1.00 87.63 ATOM 2726 CA LYS 166 148.955 186.196 154.011 1.00 87.63 ATOM 2728 C LYS 166 148.531 185.411 155.252 1.00 87.63 ATOM 2729 CB LYS 166 148.579 185.460 152.715 1.00 87.63 ATOM 2732 O LYS 166 149.230 184.502 155.705 1.00 87.63 ATOM 2733 CG LYS 166 148.766 186.350 151.476 1.00 87.63 ATOM 2736 CD LYS 166 148.591 185.556 150.176 1.00 87.63 ATOM 2739 CE LYS 166 148.634 186.526 148.992 1.00 87.63 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.822 185.810 147.709 1.00 87.63 ATOM 2746 N TRP 167 147.347 185.713 155.772 1.00 89.63 ATOM 2748 CA TRP 167 146.758 185.020 156.911 1.00 89.63 ATOM 2750 C TRP 167 145.970 183.784 156.466 1.00 89.63 ATOM 2751 CB TRP 167 145.897 185.981 157.720 1.00 89.63 ATOM 2754 O TRP 167 145.056 183.852 155.649 1.00 89.63 ATOM 2755 CG TRP 167 145.387 185.382 158.992 1.00 89.63 ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.227 184.704 159.162 1.00 89.63 ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.053 185.373 160.289 1.00 89.63 ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.233 184.662 161.212 1.00 89.63 ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.273 185.891 160.773 1.00 89.63 ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.134 184.276 160.475 1.00 89.63 ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.813 185.022 163.009 1.00 89.63 ATOM 2766 CZ2 TRP 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PRO 173 144.573 188.247 165.930 1.00 88.12 ATOM 2843 O PRO 173 141.881 189.838 165.138 1.00 88.12 ATOM 2844 CG PRO 173 144.955 188.593 164.492 1.00 88.12 ATOM 2847 CD PRO 173 144.060 187.716 163.630 1.00 88.12 ATOM 2850 N TYR 174 141.761 189.275 167.313 1.00 90.44 ATOM 2852 CA TYR 174 140.962 190.433 167.724 1.00 90.44 ATOM 2854 C TYR 174 141.646 191.743 167.321 1.00 90.44 ATOM 2855 CB TYR 174 140.792 190.376 169.240 1.00 90.44 ATOM 2858 O TYR 174 142.865 191.824 167.408 1.00 90.44 ATOM 2859 CG TYR 174 139.828 191.406 169.783 1.00 90.44 ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.302 192.454 170.592 1.00 90.44 ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.458 191.319 169.469 1.00 90.44 ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.406 193.419 171.086 1.00 90.44 ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.555 192.256 169.998 1.00 90.44 ATOM 2868 OH TYR 174 137.153 194.242 171.265 1.00 90.44 ATOM 2870 CZ TYR 174 138.026 193.316 170.797 1.00 90.44 ATOM 2871 N GLY 175 140.901 192.745 166.874 1.00 89.11 ATOM 2873 CA GLY 175 141.466 193.959 166.276 1.00 89.11 ATOM 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