####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS019_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 79 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 77 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 77 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 35 111 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 6 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 26 110 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 16 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 35 111 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 35 111 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 111 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 111 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 98 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 24 55 130 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 15 43 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 64 112 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 71 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 10 93 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 6 101 121 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 113 124 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 83.70 91.85 97.78 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.63 0.74 0.80 0.80 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.551 0 0.000 0.000 0.645 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.619 0 0.063 0.099 1.080 81.818 78.182 1.080 LGA W 167 W 167 0.438 0 0.035 0.096 0.658 90.909 90.909 0.619 LGA I 168 I 168 0.981 0 0.063 0.747 3.011 70.000 60.000 3.011 LGA S 169 S 169 1.533 0 0.216 0.284 3.331 61.818 48.788 3.331 LGA G 170 G 170 0.693 0 0.123 0.123 0.928 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.621 0 0.000 1.306 4.226 90.909 72.955 0.895 LGA A 172 A 172 0.362 0 0.051 0.069 0.540 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.303 0 0.019 0.333 1.447 100.000 92.468 1.447 LGA Y 174 Y 174 0.369 0 0.052 0.202 0.830 100.000 89.394 0.768 LGA G 175 G 175 0.218 0 0.046 0.046 0.230 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.180 0 0.057 0.159 0.332 100.000 100.000 0.180 LGA Q 177 Q 177 0.364 0 0.055 0.175 0.847 100.000 97.980 0.483 LGA L 178 L 178 0.282 0 0.097 0.131 0.770 95.455 95.455 0.770 LGA N 179 N 179 1.068 0 0.179 0.671 4.689 66.818 42.045 4.689 LGA K 180 K 180 4.064 0 0.279 0.959 13.639 19.091 8.485 13.639 LGA K 181 K 181 1.262 0 0.362 0.996 7.783 77.727 39.596 7.783 LGA T 182 T 182 0.611 0 0.074 1.106 3.379 77.727 68.052 3.379 LGA S 183 S 183 0.875 0 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0 0.049 0.080 0.351 100.000 100.000 0.136 LGA N 200 N 200 0.292 0 0.044 0.941 3.199 100.000 77.500 3.199 LGA I 201 I 201 0.183 0 0.044 0.051 0.358 100.000 100.000 0.125 LGA F 202 F 202 0.212 0 0.000 0.043 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA L 203 L 203 0.424 0 0.000 0.068 0.825 100.000 93.182 0.777 LGA N 204 N 204 0.235 0 0.047 0.141 1.049 95.455 88.864 0.681 LGA G 205 G 205 0.444 0 0.063 0.063 0.467 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.640 0 0.028 0.052 1.036 77.727 88.864 0.186 LGA N 207 N 207 1.356 0 0.051 0.308 2.276 61.818 54.773 1.651 LGA G 208 G 208 1.373 0 0.000 0.000 1.610 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.500 0 0.055 0.270 1.699 61.818 55.758 1.635 LGA D 210 D 210 1.418 0 0.071 0.668 1.575 69.545 67.727 1.357 LGA Y 211 Y 211 1.791 0 0.183 0.463 1.993 50.909 50.909 1.504 LGA S 212 S 212 2.251 0 0.676 0.765 6.061 36.364 26.061 6.061 LGA Y 213 Y 213 2.951 0 0.194 1.626 14.823 38.636 13.030 14.823 LGA A 215 A 215 0.978 0 0.235 0.251 2.011 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.302 0 0.035 0.201 0.485 100.000 100.000 0.480 LGA A 217 A 217 0.141 0 0.054 0.067 0.397 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.510 0 0.052 0.127 1.413 95.455 88.182 1.413 LGA H 219 H 219 0.210 0 0.032 0.070 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA L 220 L 220 0.270 0 0.025 0.072 0.360 100.000 100.000 0.345 LGA T 221 T 221 0.349 0 0.023 0.033 0.606 95.455 97.403 0.363 LGA N 222 N 222 0.420 0 0.032 0.033 0.666 90.909 95.455 0.435 LGA L 223 L 223 0.605 0 0.044 0.058 0.870 81.818 81.818 0.724 LGA Q 224 Q 224 0.743 0 0.051 0.762 3.859 77.727 58.182 3.859 LGA I 225 I 225 0.757 0 0.057 0.109 0.787 81.818 84.091 0.376 LGA P 226 P 226 0.855 0 0.061 0.067 1.023 81.818 79.481 0.960 LGA T 227 T 227 0.185 0 0.032 0.136 0.651 95.455 94.805 0.394 LGA P 228 P 228 0.579 0 0.186 0.198 0.901 90.909 89.610 0.901 LGA S 229 S 229 0.446 0 0.155 0.141 1.211 90.909 85.152 1.211 LGA G 230 G 230 0.576 0 0.071 0.071 1.208 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.875 0 0.130 0.652 3.156 73.636 69.293 3.156 LGA K 232 K 232 0.905 0 0.201 0.841 4.239 73.636 54.747 4.239 LGA R 233 R 233 0.445 0 0.049 1.347 7.951 95.455 50.248 7.951 LGA W 234 W 234 0.193 0 0.078 0.126 0.528 100.000 98.701 0.334 LGA N 235 N 235 0.679 0 0.011 0.808 2.242 81.818 76.364 2.242 LGA Q 236 Q 236 0.577 0 0.038 0.791 3.438 86.364 74.949 0.536 LGA Y 237 Y 237 0.474 0 0.048 0.422 1.703 95.455 80.000 1.703 LGA T 238 T 238 0.321 0 0.013 0.269 0.926 100.000 94.805 0.926 LGA I 239 I 239 0.218 0 0.000 0.082 0.304 100.000 100.000 0.285 LGA K 240 K 240 0.367 0 0.069 0.635 3.751 95.455 77.172 3.751 LGA A 241 A 241 0.441 0 0.099 0.104 0.790 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.289 0 0.056 0.072 0.852 100.000 90.909 0.852 LGA L 243 L 243 0.192 0 0.020 0.125 0.481 100.000 100.000 0.147 LGA Q 244 Q 244 0.280 0 0.071 0.417 1.723 95.455 83.232 1.563 LGA N 245 N 245 0.362 0 0.000 0.109 0.697 100.000 95.455 0.697 LGA E 246 E 246 0.352 0 0.000 0.483 1.495 100.000 90.303 1.240 LGA V 247 V 247 0.267 0 0.061 0.116 0.361 100.000 100.000 0.080 LGA Y 248 Y 248 0.367 0 0.024 0.093 1.019 100.000 86.515 1.019 LGA I 249 I 249 0.301 0 0.042 0.065 0.433 100.000 100.000 0.309 LGA G 250 G 250 0.288 0 0.071 0.071 0.318 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.113 0 0.052 0.072 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA V 252 V 252 0.138 0 0.064 0.123 0.500 100.000 97.403 0.500 LGA K 253 K 253 0.504 0 0.039 0.122 0.919 86.364 83.838 0.919 LGA Y 254 Y 254 0.736 0 0.072 0.367 2.801 86.364 67.273 2.801 LGA K 255 K 255 0.887 0 0.214 0.285 1.548 73.636 74.747 1.548 LGA V 256 V 256 0.714 0 0.113 0.145 0.903 81.818 81.818 0.903 LGA R 257 R 257 1.150 0 0.085 1.105 6.012 65.455 45.785 3.786 LGA E 258 E 258 1.108 0 0.027 1.000 4.227 65.455 46.869 4.227 LGA K 259 K 259 1.639 0 0.017 0.087 2.753 61.818 47.475 2.753 LGA T 260 T 260 1.266 0 0.018 0.092 1.699 61.818 63.377 1.162 LGA K 261 K 261 1.764 0 0.052 0.831 6.742 54.545 34.949 6.742 LGA D 262 D 262 1.716 0 0.076 0.290 2.257 50.909 46.136 2.213 LGA G 263 G 263 1.998 0 0.129 0.129 2.433 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.617 0 0.000 0.438 1.835 54.545 59.596 0.365 LGA R 265 R 265 1.548 0 0.109 0.973 3.589 54.545 48.760 3.589 LGA T 266 T 266 1.232 0 0.014 0.180 1.346 65.455 67.792 1.346 LGA I 267 I 267 0.962 0 0.049 0.093 1.132 73.636 73.636 1.132 LGA R 268 R 268 0.411 0 0.000 0.999 2.338 95.455 76.033 2.338 LGA P 269 P 269 0.353 0 0.000 0.000 0.353 100.000 100.000 0.270 LGA E 270 E 270 0.464 0 0.021 0.879 3.171 100.000 75.960 1.989 LGA K 271 K 271 0.448 0 0.059 0.663 4.251 100.000 62.626 3.868 LGA E 272 E 272 0.228 0 0.068 0.230 1.122 100.000 90.101 0.784 LGA Q 273 Q 273 0.248 0 0.044 0.112 0.820 100.000 93.939 0.820 LGA I 274 I 274 0.272 0 0.041 0.079 0.616 100.000 97.727 0.616 LGA V 275 V 275 0.113 0 0.018 0.019 0.279 100.000 100.000 0.203 LGA V 276 V 276 0.105 0 0.000 0.038 0.268 100.000 100.000 0.268 LGA Q 277 Q 277 0.132 0 0.056 0.634 3.071 100.000 75.960 3.071 LGA D 278 D 278 0.202 0 0.037 0.139 0.317 100.000 100.000 0.317 LGA A 279 A 279 0.162 0 0.035 0.051 0.179 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.182 0 0.040 0.231 0.681 100.000 94.545 0.681 LGA A 281 A 281 0.334 0 0.000 0.000 0.417 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.249 0 0.027 0.041 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.000 0.064 0.549 95.455 95.455 0.451 LGA I 284 I 284 0.370 0 0.000 0.063 0.386 100.000 100.000 0.223 LGA D 285 D 285 0.556 0 0.042 0.100 0.942 86.364 84.091 0.942 LGA K 286 K 286 0.567 0 0.014 0.261 1.390 81.818 80.000 1.390 LGA E 287 E 287 0.729 0 0.037 0.178 0.922 81.818 81.818 0.533 LGA Q 288 Q 288 0.467 0 0.007 0.481 1.289 95.455 84.242 0.913 LGA F 289 F 289 0.333 0 0.062 0.127 0.642 100.000 93.388 0.623 LGA Q 290 Q 290 0.550 0 0.000 1.152 3.435 90.909 75.152 3.435 LGA Q 291 Q 291 0.362 0 0.000 0.230 0.852 100.000 97.980 0.852 LGA S 292 S 292 0.191 0 0.057 0.059 0.398 100.000 100.000 0.165 LGA Q 293 Q 293 0.505 0 0.032 0.202 0.754 86.364 83.838 0.745 LGA V 294 V 294 0.673 0 0.026 0.039 0.754 81.818 81.818 0.639 LGA K 295 K 295 0.505 0 0.045 0.126 0.863 86.364 89.899 0.513 LGA I 296 I 296 0.784 0 0.025 0.077 1.066 77.727 80.000 0.668 LGA A 297 A 297 1.031 0 0.094 0.116 1.480 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.729 0 0.036 0.608 1.538 73.636 71.818 1.251 LGA K 299 K 299 1.744 0 0.000 0.455 4.725 51.364 33.535 4.725 LGA V 300 V 300 1.986 0 0.098 0.104 2.286 44.545 45.455 2.224 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.877 0.863 1.703 86.508 80.851 66.769 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.370 97.856 13.820 LGA_LOCAL RMSD: 0.877 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.877 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.877 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.018626 * X + -0.851362 * Y + 0.524248 * Z + 157.334763 Y_new = 0.945005 * X + -0.156248 * Y + -0.287318 * Z + 151.243683 Z_new = 0.326524 * X + 0.500769 * Y + 0.801631 * Z + 141.447357 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.551088 -0.332624 0.558375 [DEG: 88.8708 -19.0579 31.9925 ] ZXZ: 1.069446 0.640778 0.577812 [DEG: 61.2748 36.7139 33.1062 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS019_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.856 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS019_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT 4bqqA 1q2lA 4kisA 6vr4A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.185 186.995 153.682 1.00 87.89 ATOM 2719 CA GLY 165 152.455 187.708 154.733 1.00 87.89 ATOM 2722 C GLY 165 150.934 187.512 154.686 1.00 87.89 ATOM 2723 O GLY 165 150.196 188.319 155.247 1.00 87.89 ATOM 2724 N LYS 166 150.432 186.477 153.995 1.00 88.92 ATOM 2726 CA LYS 166 148.994 186.166 153.949 1.00 88.92 ATOM 2728 C LYS 166 148.571 185.379 155.189 1.00 88.92 ATOM 2729 CB LYS 166 148.619 185.431 152.651 1.00 88.92 ATOM 2732 O LYS 166 149.275 184.475 155.645 1.00 88.92 ATOM 2733 CG LYS 166 148.818 186.317 151.413 1.00 88.92 ATOM 2736 CD LYS 166 148.638 185.525 150.113 1.00 88.92 ATOM 2739 CE LYS 166 148.693 186.495 148.929 1.00 88.92 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.876 185.778 147.646 1.00 88.92 ATOM 2746 N TRP 167 147.384 185.675 155.708 1.00 90.73 ATOM 2748 CA TRP 167 146.799 184.983 156.849 1.00 90.73 ATOM 2750 C TRP 167 146.014 183.743 156.408 1.00 90.73 ATOM 2751 CB TRP 167 145.937 185.946 157.657 1.00 90.73 ATOM 2754 O TRP 167 145.099 183.810 155.590 1.00 90.73 ATOM 2755 CG TRP 167 145.428 185.352 158.932 1.00 90.73 ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.271 184.670 159.104 1.00 90.73 ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.092 185.354 160.230 1.00 90.73 ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.271 184.648 161.157 1.00 90.73 ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.309 185.883 160.713 1.00 90.73 ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.176 184.251 160.420 1.00 90.73 ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.846 185.027 162.955 1.00 90.73 ATOM 2766 CZ2 TRP 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PRO 173 144.599 188.237 165.932 1.00 89.34 ATOM 2843 O PRO 173 141.899 189.822 165.131 1.00 89.34 ATOM 2844 CG PRO 173 145.011 188.542 164.493 1.00 89.34 ATOM 2847 CD PRO 173 144.085 187.704 163.622 1.00 89.34 ATOM 2850 N TYR 174 141.789 189.265 167.309 1.00 91.01 ATOM 2852 CA TYR 174 140.983 190.418 167.718 1.00 91.01 ATOM 2854 C TYR 174 141.659 191.730 167.312 1.00 91.01 ATOM 2855 CB TYR 174 140.814 190.361 169.236 1.00 91.01 ATOM 2858 O TYR 174 142.877 191.821 167.404 1.00 91.01 ATOM 2859 CG TYR 174 139.841 191.382 169.780 1.00 91.01 ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.293 192.398 170.640 1.00 91.01 ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.480 191.310 169.425 1.00 91.01 ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.381 193.338 171.151 1.00 91.01 ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.564 192.238 169.947 1.00 91.01 ATOM 2868 OH TYR 174 137.137 194.167 171.306 1.00 91.01 ATOM 2870 CZ TYR 174 138.014 193.259 170.810 1.00 91.01 ATOM 2871 N GLY 175 140.908 192.724 166.852 1.00 89.62 ATOM 2873 CA GLY 175 141.471 193.936 166.251 1.00 89.62 ATOM 2876 C GLY 175 141.615 193.856 164.732 1.00 89.62 ATOM 2877 O GLY 175 141.783 194.893 164.098 1.00 89.62 ATOM 2878 N TYR 176 141.523 192.665 164.130 1.00 92.00 ATOM 2880 CA TYR 176 141.712 192.454 162.696 1.00 92.00 ATOM 2882 C TYR 176 140.616 191.589 162.068 1.00 92.00 ATOM 2883 CB TYR 176 143.072 191.796 162.436 1.00 92.00 ATOM 2886 O TYR 176 140.107 190.639 162.660 1.00 92.00 ATOM 2887 CG TYR 176 144.290 192.637 162.760 1.00 92.00 ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.732 193.608 161.844 1.00 92.00 ATOM 2890 CD2 TYR 176 145.010 192.419 163.951 1.00 92.00 ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.898 194.348 162.104 1.00 92.00 ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.214 193.109 164.183 1.00 92.00 ATOM 2896 OH TYR 176 147.836 194.720 163.479 1.00 92.00 ATOM 2898 CZ TYR 176 146.661 194.078 163.260 1.00 92.00 ATOM 2899 N GLN 177 140.343 191.844 160.789 1.00 90.86 ATOM 2901 CA GLN 177 139.517 191.005 159.924 1.00 90.86 ATOM 2903 C GLN 177 140.327 190.480 158.734 1.00 90.86 ATOM 2904 CB GLN 177 138.253 191.758 159.483 1.00 90.86 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OD1 ASN 298 162.271 192.864 183.230 1.00 70.64 ATOM 4912 N LYS 299 158.442 189.821 185.145 1.00 59.43 ATOM 4914 CA LYS 299 157.616 189.084 186.117 1.00 59.43 ATOM 4916 C LYS 299 157.190 189.965 187.297 1.00 59.43 ATOM 4917 CB LYS 299 158.332 187.805 186.608 1.00 59.43 ATOM 4920 O LYS 299 157.123 189.461 188.422 1.00 59.43 ATOM 4921 CG LYS 299 158.683 186.767 185.537 1.00 59.43 ATOM 4924 CD LYS 299 159.517 185.655 186.191 1.00 59.43 ATOM 4927 CE LYS 299 160.007 184.645 185.152 1.00 59.43 ATOM 4930 NZ LYS 299 161.043 183.748 185.726 1.00 59.43 ATOM 4934 N VAL 300 156.967 191.264 187.069 1.00 53.65 ATOM 4936 CA VAL 300 156.446 192.174 188.097 1.00 53.65 ATOM 4938 C VAL 300 155.089 191.608 188.525 1.00 53.65 ATOM 4939 CB VAL 300 156.318 193.627 187.595 1.00 53.65 ATOM 4941 O VAL 300 154.215 191.425 187.669 1.00 53.65 ATOM 4942 CG1 VAL 300 155.838 194.544 188.726 1.00 53.65 ATOM 4946 CG2 VAL 300 157.670 194.153 187.097 1.00 53.65 TER END