####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS019_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 70 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 14 99 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 66 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 6 111 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 24 112 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 16 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 63 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 61 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 105 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 64 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 15 44 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 46 107 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 76 121 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 56 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 114 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 84.44 91.85 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.52 0.62 0.75 0.77 0.85 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.626 0 0.000 0.000 0.730 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.697 0 0.060 0.097 1.197 81.818 78.182 1.197 LGA W 167 W 167 0.576 0 0.037 0.103 0.906 81.818 84.416 0.819 LGA I 168 I 168 1.037 0 0.074 0.745 3.119 65.909 57.955 3.119 LGA S 169 S 169 1.462 0 0.116 0.673 4.485 65.455 50.909 4.485 LGA G 170 G 170 0.831 0 0.114 0.114 1.180 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.673 0 0.015 1.293 4.133 90.909 70.909 0.961 LGA A 172 A 172 0.369 0 0.053 0.071 0.569 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.260 0 0.029 0.352 1.491 100.000 92.468 1.491 LGA Y 174 Y 174 0.345 0 0.062 0.210 0.901 100.000 89.394 0.881 LGA G 175 G 175 0.241 0 0.051 0.051 0.241 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.226 0 0.060 0.172 0.417 100.000 100.000 0.148 LGA Q 177 Q 177 0.465 0 0.053 0.177 0.874 100.000 93.939 0.584 LGA L 178 L 178 0.379 0 0.097 0.121 0.930 90.909 90.909 0.930 LGA N 179 N 179 1.003 0 0.180 0.678 4.661 63.636 40.455 4.661 LGA K 180 K 180 4.166 0 0.286 0.960 13.695 13.182 5.859 13.695 LGA K 181 K 181 1.039 0 0.357 1.004 7.729 82.273 42.626 7.729 LGA T 182 T 182 0.639 0 0.070 1.105 3.402 82.273 70.649 3.402 LGA S 183 S 183 1.086 0 0.147 0.133 1.492 69.545 68.182 1.415 LGA K 184 K 184 1.071 0 0.059 0.901 3.122 69.545 62.020 3.122 LGA L 185 L 185 0.547 0 0.069 0.088 0.570 86.364 88.636 0.495 LGA D 186 D 186 0.110 0 0.055 0.153 0.949 100.000 93.182 0.590 LGA P 187 P 187 0.361 0 0.000 0.360 0.999 90.909 89.610 0.642 LGA V 188 V 188 0.604 0 0.000 0.027 0.649 81.818 81.818 0.649 LGA E 189 E 189 0.743 0 0.000 0.241 1.637 81.818 76.566 1.637 LGA D 190 D 190 0.768 0 0.054 0.063 1.325 86.364 77.955 1.325 LGA E 191 E 191 0.498 0 0.046 0.100 0.626 95.455 93.939 0.510 LGA A 192 A 192 0.305 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.341 0 0.034 0.589 2.496 100.000 87.677 1.985 LGA V 194 V 194 0.307 0 0.044 0.049 0.414 100.000 100.000 0.396 LGA V 195 V 195 0.098 0 0.000 0.008 0.158 100.000 100.000 0.144 LGA Q 196 Q 196 0.163 0 0.022 0.241 1.340 100.000 90.303 1.061 LGA L 197 L 197 0.154 0 0.032 0.063 0.398 100.000 100.000 0.357 LGA I 198 I 198 0.165 0 0.095 0.097 0.295 100.000 100.000 0.295 LGA F 199 F 199 0.200 0 0.052 0.081 0.316 100.000 100.000 0.128 LGA N 200 N 200 0.230 0 0.031 0.660 1.940 100.000 89.318 1.940 LGA I 201 I 201 0.090 0 0.043 0.058 0.235 100.000 100.000 0.235 LGA F 202 F 202 0.093 0 0.000 0.022 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA L 203 L 203 0.374 0 0.023 0.064 0.845 100.000 93.182 0.821 LGA N 204 N 204 0.206 0 0.033 0.086 1.204 100.000 91.136 0.877 LGA G 205 G 205 0.323 0 0.063 0.063 0.342 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.450 0 0.000 0.172 0.805 90.909 93.182 0.143 LGA N 207 N 207 1.068 0 0.065 0.326 2.132 69.545 64.091 1.275 LGA G 208 G 208 1.214 0 0.000 0.000 1.356 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.280 0 0.044 0.659 2.665 65.455 58.384 2.665 LGA D 210 D 210 1.088 0 0.076 0.870 2.832 69.545 62.955 2.832 LGA Y 211 Y 211 1.624 0 0.131 0.475 2.017 58.182 57.121 1.354 LGA S 212 S 212 2.153 0 0.689 0.747 5.856 39.545 28.182 5.856 LGA Y 213 Y 213 3.032 0 0.185 1.623 14.905 36.364 12.273 14.905 LGA A 215 A 215 0.998 0 0.209 0.223 2.066 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.395 0 0.028 0.204 0.535 100.000 93.182 0.532 LGA A 217 A 217 0.187 0 0.020 0.040 0.333 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.490 0 0.047 0.072 1.201 100.000 91.212 1.201 LGA H 219 H 219 0.203 0 0.015 0.042 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA L 220 L 220 0.186 0 0.025 0.076 0.289 100.000 100.000 0.289 LGA T 221 T 221 0.216 0 0.028 0.031 0.434 100.000 100.000 0.267 LGA N 222 N 222 0.271 0 0.028 0.041 0.457 100.000 100.000 0.396 LGA L 223 L 223 0.435 0 0.051 0.063 0.708 100.000 93.182 0.634 LGA Q 224 Q 224 0.570 0 0.057 0.770 4.057 77.727 59.596 4.057 LGA I 225 I 225 0.616 0 0.062 0.112 0.666 81.818 90.909 0.251 LGA P 226 P 226 0.779 0 0.061 0.067 0.947 81.818 81.818 0.924 LGA T 227 T 227 0.166 0 0.036 0.162 0.563 100.000 97.403 0.230 LGA P 228 P 228 0.717 0 0.183 0.196 1.003 90.909 84.675 1.003 LGA S 229 S 229 0.554 0 0.149 0.137 0.992 86.364 84.848 0.992 LGA G 230 G 230 0.617 0 0.052 0.052 1.058 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.739 0 0.135 0.656 2.928 78.182 74.141 2.928 LGA K 232 K 232 0.686 0 0.169 0.847 3.708 77.727 60.000 3.708 LGA R 233 R 233 0.339 0 0.033 1.312 7.635 100.000 51.901 7.635 LGA W 234 W 234 0.198 0 0.071 0.127 0.520 100.000 97.403 0.324 LGA N 235 N 235 0.588 0 0.000 0.872 1.998 81.818 78.182 1.998 LGA Q 236 Q 236 0.472 0 0.035 0.798 3.410 90.909 76.970 0.589 LGA Y 237 Y 237 0.679 0 0.040 0.415 2.148 86.364 70.455 2.148 LGA T 238 T 238 0.489 0 0.022 0.266 0.869 100.000 94.805 0.869 LGA I 239 I 239 0.302 0 0.010 0.076 0.419 100.000 100.000 0.291 LGA K 240 K 240 0.444 0 0.067 0.591 3.806 95.455 75.758 3.806 LGA A 241 A 241 0.513 0 0.093 0.099 0.788 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.292 0 0.055 0.068 0.896 100.000 90.909 0.896 LGA L 243 L 243 0.147 0 0.025 0.127 0.511 95.455 97.727 0.139 LGA Q 244 Q 244 0.281 0 0.065 0.388 1.525 95.455 86.667 1.408 LGA N 245 N 245 0.344 0 0.000 0.115 0.674 100.000 95.455 0.674 LGA E 246 E 246 0.297 0 0.000 0.461 1.379 100.000 90.303 1.163 LGA V 247 V 247 0.233 0 0.060 0.117 0.268 100.000 100.000 0.117 LGA Y 248 Y 248 0.328 0 0.023 0.091 1.006 100.000 88.030 1.006 LGA I 249 I 249 0.244 0 0.045 0.063 0.379 100.000 100.000 0.300 LGA G 250 G 250 0.178 0 0.074 0.074 0.352 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.117 0 0.055 0.069 0.280 100.000 100.000 0.160 LGA V 252 V 252 0.191 0 0.068 0.130 0.544 100.000 97.403 0.544 LGA K 253 K 253 0.551 0 0.040 0.110 0.954 81.818 81.818 0.954 LGA Y 254 Y 254 0.706 0 0.075 0.380 2.516 81.818 69.394 2.516 LGA K 255 K 255 0.796 0 0.190 0.259 1.740 77.727 76.566 1.740 LGA V 256 V 256 0.566 0 0.113 0.140 0.780 81.818 81.818 0.780 LGA R 257 R 257 1.062 0 0.088 1.077 5.800 65.455 45.785 3.930 LGA E 258 E 258 1.131 0 0.025 0.972 4.472 61.818 45.253 4.472 LGA K 259 K 259 1.783 0 0.021 0.075 3.812 50.909 35.152 3.812 LGA T 260 T 260 1.424 0 0.030 0.093 1.952 58.182 61.299 1.304 LGA K 261 K 261 2.200 0 0.057 1.006 8.562 41.364 25.657 8.562 LGA D 262 D 262 1.820 0 0.107 0.210 2.059 50.909 49.318 1.721 LGA G 263 G 263 2.234 0 0.129 0.129 2.730 38.636 38.636 - LGA K 264 K 264 1.706 0 0.013 0.312 2.163 50.909 54.545 0.932 LGA R 265 R 265 1.577 0 0.097 1.009 3.641 54.545 48.760 3.641 LGA T 266 T 266 1.179 0 0.005 0.192 1.317 65.455 67.792 1.242 LGA I 267 I 267 0.843 0 0.050 0.093 1.066 81.818 79.773 1.066 LGA R 268 R 268 0.302 0 0.000 0.973 2.714 100.000 77.851 1.940 LGA P 269 P 269 0.216 0 0.000 0.006 0.262 100.000 100.000 0.146 LGA E 270 E 270 0.399 0 0.021 0.891 3.354 100.000 74.545 2.160 LGA K 271 K 271 0.551 0 0.059 0.670 4.258 90.909 58.586 3.887 LGA E 272 E 272 0.366 0 0.059 0.199 1.070 100.000 90.101 0.776 LGA Q 273 Q 273 0.197 0 0.047 0.115 0.700 100.000 93.939 0.700 LGA I 274 I 274 0.230 0 0.041 0.076 0.506 100.000 97.727 0.506 LGA V 275 V 275 0.239 0 0.022 0.023 0.383 100.000 100.000 0.357 LGA V 276 V 276 0.151 0 0.000 0.034 0.316 100.000 100.000 0.316 LGA Q 277 Q 277 0.173 0 0.052 0.620 2.822 100.000 78.384 2.528 LGA D 278 D 278 0.158 0 0.026 0.190 0.576 100.000 95.455 0.576 LGA A 279 A 279 0.217 0 0.025 0.043 0.230 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.233 0 0.041 0.253 0.608 100.000 92.727 0.608 LGA A 281 A 281 0.315 0 0.000 0.000 0.409 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.212 0 0.018 0.032 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.027 0.067 0.586 95.455 95.455 0.459 LGA I 284 I 284 0.399 0 0.000 0.089 0.417 100.000 100.000 0.307 LGA D 285 D 285 0.802 0 0.096 0.956 3.240 81.818 67.727 1.128 LGA K 286 K 286 0.711 0 0.030 0.246 1.211 81.818 80.000 1.211 LGA E 287 E 287 0.790 0 0.035 0.272 1.331 81.818 80.000 0.507 LGA Q 288 Q 288 0.515 0 0.000 0.466 1.421 90.909 84.040 0.815 LGA F 289 F 289 0.375 0 0.059 0.121 0.598 100.000 95.041 0.580 LGA Q 290 Q 290 0.598 0 0.005 1.148 3.366 81.818 69.293 3.366 LGA Q 291 Q 291 0.414 0 0.000 0.256 0.922 95.455 89.899 0.922 LGA S 292 S 292 0.201 0 0.055 0.069 0.408 100.000 100.000 0.158 LGA Q 293 Q 293 0.527 0 0.038 0.203 0.806 86.364 83.838 0.805 LGA V 294 V 294 0.712 0 0.020 0.050 0.855 81.818 81.818 0.726 LGA K 295 K 295 0.489 0 0.070 0.173 1.091 86.818 94.141 0.432 LGA I 296 I 296 0.802 0 0.025 0.056 1.299 73.636 82.273 0.442 LGA A 297 A 297 1.368 0 0.121 0.148 2.195 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.213 0 0.056 0.636 2.555 52.273 65.455 1.599 LGA K 299 K 299 3.230 0 0.329 0.949 14.373 43.182 19.192 14.373 LGA V 300 V 300 2.041 0 0.176 0.227 4.593 55.000 34.026 4.593 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.925 0.889 1.869 85.862 80.007 65.317 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.370 97.765 13.168 LGA_LOCAL RMSD: 0.925 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.797269 * X + 0.161244 * Y + -0.581689 * Z + 161.462036 Y_new = -0.601457 * X + -0.130630 * Y + 0.788153 * Z + 159.623749 Z_new = 0.051099 * X + 0.978231 * Y + 0.201129 * Z + 144.924423 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.495284 -0.051121 1.368018 [DEG: -142.9692 -2.9290 78.3816 ] ZXZ: -2.505790 1.368286 0.052189 [DEG: -143.5712 78.3970 2.9902 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS019_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS019_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.765 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS019_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 4bqqA 1q2lA 4kisA 6vr4A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.093 187.033 153.834 1.00 87.07 ATOM 2719 CA GLY 165 152.362 187.759 154.877 1.00 87.07 ATOM 2722 C GLY 165 150.842 187.548 154.838 1.00 87.07 ATOM 2723 O GLY 165 150.096 188.359 155.380 1.00 87.07 ATOM 2724 N LYS 166 150.351 186.493 154.171 1.00 88.21 ATOM 2726 CA LYS 166 148.915 186.171 154.130 1.00 88.21 ATOM 2728 C LYS 166 148.502 185.388 155.375 1.00 88.21 ATOM 2729 CB LYS 166 148.545 185.425 152.840 1.00 88.21 ATOM 2732 O LYS 166 149.215 184.497 155.839 1.00 88.21 ATOM 2733 CG LYS 166 148.729 186.307 151.597 1.00 88.21 ATOM 2736 CD LYS 166 148.553 185.502 150.305 1.00 88.21 ATOM 2739 CE LYS 166 148.597 186.460 149.112 1.00 88.21 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.760 185.730 147.834 1.00 88.21 ATOM 2746 N TRP 167 147.308 185.673 155.885 1.00 89.81 ATOM 2748 CA TRP 167 146.727 184.986 157.031 1.00 89.81 ATOM 2750 C TRP 167 145.941 183.745 156.594 1.00 89.81 ATOM 2751 CB TRP 167 145.872 185.959 157.832 1.00 89.81 ATOM 2754 O TRP 167 145.002 183.815 155.806 1.00 89.81 ATOM 2755 CG TRP 167 145.405 185.389 159.133 1.00 89.81 ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.265 184.693 159.345 1.00 89.81 ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.105 185.421 160.411 1.00 89.81 ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.322 184.717 161.370 1.00 89.81 ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.330 185.966 160.850 1.00 89.81 ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.212 184.302 160.669 1.00 89.81 ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.948 185.129 163.113 1.00 89.81 ATOM 2766 CZ2 TRP 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PRO 173 144.539 188.272 165.990 1.00 88.22 ATOM 2843 O PRO 173 141.806 189.794 165.158 1.00 88.22 ATOM 2844 CG PRO 173 144.904 188.616 164.548 1.00 88.22 ATOM 2847 CD PRO 173 144.038 187.697 163.700 1.00 88.22 ATOM 2850 N TYR 174 141.731 189.298 167.352 1.00 90.11 ATOM 2852 CA TYR 174 140.924 190.459 167.737 1.00 90.11 ATOM 2854 C TYR 174 141.597 191.763 167.302 1.00 90.11 ATOM 2855 CB TYR 174 140.756 190.435 169.256 1.00 90.11 ATOM 2858 O TYR 174 142.817 191.846 167.361 1.00 90.11 ATOM 2859 CG TYR 174 139.791 191.474 169.778 1.00 90.11 ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.250 192.502 170.622 1.00 90.11 ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.431 191.408 169.421 1.00 90.11 ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.343 193.459 171.113 1.00 90.11 ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.520 192.352 169.927 1.00 90.11 ATOM 2868 OH TYR 174 137.107 194.312 171.241 1.00 90.11 ATOM 2870 CZ TYR 174 137.978 193.385 170.769 1.00 90.11 ATOM 2871 N GLY 175 140.839 192.761 166.857 1.00 88.81 ATOM 2873 CA GLY 175 141.404 193.969 166.247 1.00 88.81 ATOM 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