####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS017_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS017_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 39 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 53 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 61 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 39 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 69 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 65 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 55 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 69 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 29 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 46 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 17 103 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 50 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 55 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 55 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 57 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 61 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 58 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 68 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 65 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 53 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 55 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 90 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 47 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 31 98 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 70 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 82.96 93.33 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.35 0.52 0.69 0.78 0.84 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.98 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.900 0 0.038 0.038 1.004 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.800 0 0.025 0.178 2.357 81.818 68.283 2.357 LGA W 167 W 167 0.480 0 0.067 0.154 0.915 86.364 87.013 0.779 LGA I 168 I 168 0.577 0 0.192 0.217 2.001 71.364 66.591 1.102 LGA S 169 S 169 0.612 0 0.000 0.636 2.856 81.818 72.727 2.856 LGA G 170 G 170 0.877 0 0.000 0.000 0.877 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.804 0 0.020 1.313 4.686 81.818 64.318 1.256 LGA A 172 A 172 0.860 0 0.033 0.026 0.981 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.421 0 0.034 0.087 1.017 95.455 87.273 1.017 LGA Y 174 Y 174 0.359 0 0.000 0.160 0.791 95.455 87.879 0.791 LGA G 175 G 175 0.414 0 0.065 0.065 0.464 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.532 0 0.000 0.136 0.704 86.364 90.909 0.465 LGA Q 177 Q 177 0.852 0 0.062 0.455 1.574 81.818 76.566 1.112 LGA L 178 L 178 0.827 0 0.035 0.070 1.165 77.727 77.727 1.165 LGA N 179 N 179 0.888 0 0.163 0.622 4.322 70.000 43.182 4.322 LGA K 180 K 180 3.541 0 0.313 0.976 13.271 27.727 12.323 13.271 LGA K 181 K 181 1.494 0 0.358 0.975 8.169 82.273 39.798 8.169 LGA T 182 T 182 0.451 0 0.050 1.115 3.193 82.273 68.312 3.193 LGA S 183 S 183 1.290 0 0.175 0.156 1.581 69.545 63.333 1.581 LGA K 184 K 184 1.057 0 0.050 0.758 1.962 69.545 69.293 1.962 LGA L 185 L 185 0.523 0 0.023 0.039 0.581 81.818 90.909 0.282 LGA D 186 D 186 0.334 0 0.072 0.088 0.751 95.455 97.727 0.235 LGA P 187 P 187 0.603 0 0.000 0.117 1.492 78.182 82.338 0.604 LGA V 188 V 188 1.130 0 0.037 0.035 1.331 69.545 67.792 1.331 LGA E 189 E 189 1.079 0 0.044 0.567 2.885 69.545 65.051 2.885 LGA D 190 D 190 1.032 0 0.020 0.076 1.262 77.727 71.591 1.262 LGA E 191 E 191 0.824 0 0.055 0.104 1.399 86.364 78.384 1.399 LGA A 192 A 192 0.406 0 0.016 0.027 0.540 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.444 0 0.053 0.671 3.196 100.000 75.758 3.196 LGA V 194 V 194 0.544 0 0.031 0.040 0.582 90.909 87.013 0.541 LGA V 195 V 195 0.208 0 0.000 0.033 0.414 100.000 100.000 0.256 LGA Q 196 Q 196 0.291 0 0.042 0.288 1.545 100.000 86.869 1.545 LGA L 197 L 197 0.250 0 0.025 0.055 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA I 198 I 198 0.338 0 0.087 0.124 0.456 100.000 100.000 0.293 LGA F 199 F 199 0.261 0 0.045 0.083 0.364 100.000 100.000 0.237 LGA N 200 N 200 0.309 0 0.041 0.657 1.649 100.000 89.545 1.649 LGA I 201 I 201 0.164 0 0.036 0.074 0.287 100.000 100.000 0.170 LGA F 202 F 202 0.287 0 0.000 0.083 0.572 100.000 95.041 0.572 LGA L 203 L 203 0.457 0 0.022 0.117 1.046 100.000 88.864 0.834 LGA N 204 N 204 0.211 0 0.037 0.071 0.852 95.455 90.909 0.719 LGA G 205 G 205 0.484 0 0.038 0.038 0.500 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.495 0 0.000 0.593 2.152 90.909 83.182 0.670 LGA N 207 N 207 1.186 0 0.082 0.214 1.364 69.545 67.500 1.180 LGA G 208 G 208 1.518 0 0.020 0.020 1.859 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.412 0 0.072 0.138 1.851 65.455 58.990 1.851 LGA D 210 D 210 1.357 0 0.074 0.634 1.491 65.455 67.500 1.452 LGA Y 211 Y 211 1.828 0 0.065 0.479 2.150 50.909 50.000 1.524 LGA S 212 S 212 2.232 0 0.706 0.782 5.781 34.545 24.848 5.781 LGA Y 213 Y 213 3.002 0 0.126 1.620 14.825 36.364 12.273 14.825 LGA A 215 A 215 1.008 0 0.166 0.174 2.070 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.357 0 0.000 0.173 0.537 100.000 97.727 0.380 LGA A 217 A 217 0.356 0 0.013 0.047 0.420 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.465 0 0.048 0.078 1.184 95.455 88.182 1.184 LGA H 219 H 219 0.229 0 0.046 0.059 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA L 220 L 220 0.237 0 0.033 0.130 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA T 221 T 221 0.066 0 0.021 0.042 0.190 100.000 100.000 0.158 LGA N 222 N 222 0.233 0 0.043 0.093 0.429 100.000 100.000 0.232 LGA L 223 L 223 0.502 0 0.037 0.066 0.974 95.455 88.636 0.858 LGA Q 224 Q 224 0.421 0 0.097 0.857 4.425 100.000 68.485 4.425 LGA I 225 I 225 0.449 0 0.068 0.118 0.449 100.000 100.000 0.303 LGA P 226 P 226 0.618 0 0.080 0.092 0.947 86.364 84.416 0.947 LGA T 227 T 227 0.162 0 0.057 0.168 0.440 100.000 100.000 0.311 LGA P 228 P 228 0.784 0 0.048 0.068 0.860 81.818 84.416 0.739 LGA S 229 S 229 0.791 0 0.054 0.145 1.206 90.909 82.424 1.206 LGA G 230 G 230 0.462 0 0.036 0.036 0.703 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.537 0 0.085 0.702 3.054 82.273 74.949 3.054 LGA K 232 K 232 0.713 0 0.131 0.903 4.174 81.818 61.212 4.174 LGA R 233 R 233 0.553 0 0.056 1.339 7.676 86.364 46.942 7.676 LGA W 234 W 234 0.276 0 0.052 0.095 0.364 100.000 100.000 0.228 LGA N 235 N 235 0.565 0 0.072 0.944 2.620 86.364 75.227 2.620 LGA Q 236 Q 236 0.521 0 0.047 0.793 3.238 86.364 74.949 0.826 LGA Y 237 Y 237 0.615 0 0.029 0.355 2.345 86.364 70.455 2.345 LGA T 238 T 238 0.358 0 0.000 0.217 0.580 100.000 94.805 0.580 LGA I 239 I 239 0.392 0 0.022 0.100 0.413 100.000 100.000 0.196 LGA K 240 K 240 0.559 0 0.062 0.660 4.396 86.364 64.444 4.396 LGA A 241 A 241 0.516 0 0.046 0.054 0.666 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.357 0 0.023 0.067 0.876 100.000 90.909 0.876 LGA L 243 L 243 0.299 0 0.036 0.149 0.432 100.000 100.000 0.319 LGA Q 244 Q 244 0.271 0 0.023 0.258 1.189 95.455 88.283 1.189 LGA N 245 N 245 0.480 0 0.050 0.091 0.569 95.455 90.909 0.522 LGA E 246 E 246 0.451 0 0.041 0.745 2.671 100.000 85.859 0.506 LGA V 247 V 247 0.189 0 0.022 0.106 0.254 100.000 100.000 0.254 LGA Y 248 Y 248 0.331 0 0.044 0.170 1.239 95.455 89.545 1.239 LGA I 249 I 249 0.326 0 0.071 0.096 0.725 100.000 95.455 0.725 LGA G 250 G 250 0.321 0 0.028 0.028 0.442 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.402 0 0.089 0.112 0.571 95.455 94.805 0.473 LGA V 252 V 252 0.371 0 0.026 0.103 0.653 95.455 94.805 0.506 LGA K 253 K 253 0.443 0 0.017 0.236 0.691 95.455 95.960 0.335 LGA Y 254 Y 254 0.559 0 0.036 0.312 2.713 86.364 69.697 2.713 LGA K 255 K 255 0.687 0 0.064 0.554 3.705 81.818 58.586 3.289 LGA V 256 V 256 0.875 0 0.075 0.116 1.075 81.818 79.481 0.796 LGA R 257 R 257 0.763 0 0.025 1.116 5.481 77.727 55.041 3.996 LGA E 258 E 258 0.977 0 0.092 0.848 4.740 70.000 50.303 4.740 LGA K 259 K 259 1.256 0 0.000 0.195 1.518 65.455 63.838 1.422 LGA T 260 T 260 1.458 0 0.025 0.159 1.770 58.182 55.065 1.603 LGA K 261 K 261 1.900 0 0.033 0.753 6.659 47.727 30.909 6.659 LGA D 262 D 262 2.049 0 0.058 0.951 3.777 44.545 33.182 3.777 LGA G 263 G 263 1.554 0 0.067 0.067 1.668 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.295 0 0.046 0.542 2.251 61.818 66.263 2.251 LGA R 265 R 265 0.972 0 0.057 0.995 3.481 77.727 61.818 3.481 LGA T 266 T 266 0.869 0 0.043 0.119 1.236 77.727 79.481 0.866 LGA I 267 I 267 0.634 0 0.018 0.087 0.907 81.818 81.818 0.907 LGA R 268 R 268 0.587 0 0.000 1.045 2.896 81.818 69.917 2.896 LGA P 269 P 269 0.721 0 0.022 0.058 0.962 81.818 81.818 0.962 LGA E 270 E 270 0.735 0 0.000 0.864 3.448 81.818 63.838 2.694 LGA K 271 K 271 0.728 0 0.043 0.752 5.434 81.818 52.727 5.434 LGA E 272 E 272 0.635 0 0.082 0.091 1.521 81.818 74.747 1.521 LGA Q 273 Q 273 0.816 0 0.029 0.046 1.018 81.818 80.000 0.838 LGA I 274 I 274 0.580 0 0.071 0.069 0.714 81.818 81.818 0.673 LGA V 275 V 275 0.344 0 0.026 0.046 0.506 100.000 97.403 0.429 LGA V 276 V 276 0.400 0 0.000 0.046 0.545 100.000 97.403 0.470 LGA Q 277 Q 277 0.477 0 0.050 0.682 3.652 95.455 69.899 3.652 LGA D 278 D 278 0.350 0 0.111 0.160 0.830 95.455 88.636 0.830 LGA A 279 A 279 0.395 0 0.018 0.058 0.502 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.282 0 0.042 0.212 0.517 100.000 98.182 0.317 LGA A 281 A 281 0.382 0 0.000 0.000 0.577 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.326 0 0.019 0.049 0.758 90.909 89.610 0.706 LGA I 283 I 283 0.543 0 0.036 0.096 0.897 86.364 84.091 0.765 LGA I 284 I 284 0.519 0 0.000 0.061 0.589 86.364 93.182 0.475 LGA D 285 D 285 0.760 0 0.047 1.048 4.207 81.818 62.955 1.735 LGA K 286 K 286 0.726 0 0.023 0.236 1.558 81.818 74.747 1.558 LGA E 287 E 287 0.820 0 0.034 0.265 1.009 81.818 80.000 0.805 LGA Q 288 Q 288 0.590 0 0.000 0.256 1.570 86.364 76.768 1.570 LGA F 289 F 289 0.524 0 0.036 0.146 0.903 81.818 81.818 0.851 LGA Q 290 Q 290 0.863 0 0.048 0.543 1.614 81.818 74.747 0.944 LGA Q 291 Q 291 0.719 0 0.000 0.171 1.138 81.818 80.000 1.138 LGA S 292 S 292 0.478 0 0.069 0.687 2.544 86.364 78.788 2.544 LGA Q 293 Q 293 0.768 0 0.024 0.241 1.124 77.727 76.364 1.124 LGA V 294 V 294 1.056 0 0.024 0.069 1.205 77.727 72.468 1.205 LGA K 295 K 295 0.616 0 0.053 0.159 0.921 81.818 81.818 0.921 LGA I 296 I 296 0.972 0 0.033 0.103 1.393 73.636 75.682 0.796 LGA A 297 A 297 1.615 0 0.075 0.087 2.210 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.137 0 0.098 0.547 2.282 55.000 65.227 2.116 LGA K 299 K 299 3.051 0 0.440 0.876 13.783 50.455 22.626 13.783 LGA V 300 V 300 2.055 0 0.106 0.129 4.389 41.364 26.753 4.389 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.927 0.899 1.863 84.034 77.628 61.788 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.000 97.807 13.149 LGA_LOCAL RMSD: 0.927 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.101459 * X + -0.608966 * Y + -0.786680 * Z + 154.815933 Y_new = 0.821981 * X + 0.496759 * Y + -0.278528 * Z + 152.770737 Z_new = 0.560405 * X + -0.618377 * Y + 0.550959 * Z + 141.337112 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.447986 -0.594875 -0.842989 [DEG: 82.9635 -34.0838 -48.2997 ] ZXZ: -1.230513 0.987283 2.405334 [DEG: -70.5032 56.5672 137.8155 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS017_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS017_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.807 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS017_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT casp16.T1228v1.chA.T1228v1_unrelaxed_rank_003_alphafold2_multimer_v3_model_3_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 152.736 186.937 153.498 1.00 39.51 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.152 187.771 154.554 1.00 37.69 C ATOM 1347 C GLY 165 150.650 187.614 154.668 1.00 32.55 C ATOM 1348 O GLY 165 149.989 188.396 155.367 1.00 30.80 O ATOM 1349 N LYS 166 150.103 186.678 153.963 1.00 31.30 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.660 186.409 154.005 1.00 30.59 C ATOM 1351 C LYS 166 148.289 185.660 155.284 1.00 30.03 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.206 185.624 152.786 1.00 34.88 C ATOM 1353 O LYS 166 149.119 184.967 155.869 1.00 28.22 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.420 186.347 151.464 1.00 38.90 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.908 185.536 150.292 1.00 42.28 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.122 186.259 148.970 1.00 49.28 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.615 185.462 147.805 1.00 54.43 N ATOM 1358 N TRP 167 147.118 185.956 155.729 1.00 31.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.595 185.236 156.879 1.00 32.78 C ATOM 1360 C TRP 167 145.868 183.949 156.447 1.00 39.24 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.654 186.131 157.690 1.00 31.39 C ATOM 1362 O TRP 167 144.796 184.031 155.850 1.00 46.95 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.238 185.550 159.009 1.00 31.65 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.066 184.897 159.286 1.00 35.04 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.986 185.546 160.216 1.00 34.10 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.216 184.896 161.198 1.00 40.20 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.244 186.058 160.576 1.00 34.77 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.046 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ATOM 1403 N PRO 173 142.639 187.652 164.257 1.00 43.81 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.831 188.096 165.637 1.00 49.28 C ATOM 1405 C PRO 173 141.965 189.289 165.994 1.00 43.81 C ATOM 1406 CB PRO 173 144.318 188.450 165.683 1.00 46.67 C ATOM 1407 O PRO 173 141.562 190.054 165.111 1.00 39.51 O ATOM 1408 CG PRO 173 144.900 187.856 164.441 1.00 43.73 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.775 187.593 163.469 1.00 40.20 C ATOM 1410 N TYR 174 141.659 189.410 167.265 1.00 48.04 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.844 190.541 167.763 1.00 42.67 C ATOM 1412 C TYR 174 141.447 191.861 167.334 1.00 35.64 C ATOM 1413 CB TYR 174 140.710 190.473 169.281 1.00 44.07 C ATOM 1414 O TYR 174 142.644 192.093 167.502 1.00 34.05 O ATOM 1415 CG TYR 174 139.740 191.498 169.847 1.00 37.63 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.199 192.584 170.570 1.00 33.16 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.373 191.354 169.637 1.00 40.20 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.314 193.522 171.084 1.00 31.18 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.475 192.287 170.160 1.00 40.13 C ATOM 1420 OH TYR 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170.784 1.00 55.21 O ATOM 1852 OG SER 229 134.619 184.573 172.902 1.00 50.69 O ATOM 1853 N GLY 230 132.526 187.296 171.517 1.00 45.65 N ATOM 1854 CA GLY 230 131.211 187.873 171.746 1.00 51.03 C ATOM 1855 C GLY 230 130.686 187.632 173.143 1.00 47.25 C ATOM 1856 O GLY 230 129.515 187.892 173.419 1.00 56.02 O ATOM 1857 N LYS 231 131.500 187.153 173.978 1.00 42.67 N ATOM 1858 CA LYS 231 131.082 186.910 175.357 1.00 48.24 C ATOM 1859 C LYS 231 131.151 188.153 176.199 1.00 45.46 C ATOM 1860 CB LYS 231 131.931 185.807 175.985 1.00 49.38 C ATOM 1861 O LYS 231 131.795 189.141 175.803 1.00 41.89 O ATOM 1862 CG LYS 231 131.807 184.437 175.284 1.00 51.38 C ATOM 1863 CD LYS 231 132.548 183.364 176.055 1.00 52.68 C ATOM 1864 CE LYS 231 132.400 182.013 175.387 1.00 54.30 C ATOM 1865 NZ LYS 231 133.160 180.939 176.100 1.00 57.72 N ATOM 1866 N LYS 232 130.494 188.063 177.342 1.00 50.69 N ATOM 1867 CA LYS 232 130.348 189.252 178.189 1.00 47.34 C ATOM 1868 C LYS 232 131.535 189.394 179.104 1.00 43.56 C ATOM 1869 CB LYS 232 129.063 189.161 179.001 1.00 52.43 C ATOM 1870 O LYS 232 131.926 190.524 179.438 1.00 42.91 O ATOM 1871 CG LYS 232 127.790 189.316 178.169 1.00 53.41 C ATOM 1872 CD LYS 232 126.545 189.289 179.045 1.00 56.30 C ATOM 1873 CE LYS 232 125.275 189.470 178.230 1.00 56.58 C ATOM 1874 NZ LYS 232 124.051 189.457 179.084 1.00 57.86 N ATOM 1875 N ARG 233 132.145 188.303 179.479 1.00 46.67 N ATOM 1876 CA ARG 233 133.210 188.371 180.468 1.00 43.40 C ATOM 1877 C ARG 233 134.573 188.100 179.837 1.00 42.83 C ATOM 1878 CB ARG 233 132.951 187.391 181.617 1.00 50.36 C ATOM 1879 O ARG 233 134.763 187.087 179.171 1.00 48.55 O ATOM 1880 CG ARG 233 131.934 187.879 182.650 1.00 50.92 C ATOM 1881 CD ARG 233 131.845 186.930 183.832 1.00 54.17 C ATOM 1882 NE ARG 233 131.005 187.486 184.897 1.00 55.35 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 131.241 185.665 186.300 1.00 58.16 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 129.973 187.478 186.936 1.00 58.75 N ATOM 1885 CZ ARG 233 130.745 186.863 186.026 1.00 53.92 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 147.650 187.702 173.706 1.00 45.92 C ATOM 1956 CB ALA 241 146.500 185.530 174.199 1.00 55.62 C ATOM 1957 O ALA 241 148.479 187.757 172.806 1.00 49.49 O ATOM 1958 N ILE 242 146.787 188.560 173.942 1.00 43.32 N ATOM 1959 CA ILE 242 146.754 189.771 173.118 1.00 40.70 C ATOM 1960 C ILE 242 148.047 190.558 173.292 1.00 33.80 C ATOM 1961 CB ILE 242 145.532 190.649 173.448 1.00 38.00 C ATOM 1962 O ILE 242 148.641 191.003 172.309 1.00 32.55 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 144.240 190.005 172.952 1.00 45.65 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 145.711 192.056 172.855 1.00 32.41 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 142.971 190.692 173.402 1.00 40.70 C ATOM 1966 N LEU 243 148.510 190.693 174.461 1.00 30.92 N ATOM 1967 CA LEU 243 149.700 191.496 174.794 1.00 27.21 C ATOM 1968 C LEU 243 150.947 190.828 174.210 1.00 30.19 C ATOM 1969 CB LEU 243 149.849 191.661 176.310 1.00 25.26 C ATOM 1970 O LEU 243 151.941 191.497 173.941 1.00 30.03 O ATOM 1971 CG LEU 243 148.844 192.581 176.984 1.00 22.71 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 148.924 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O ATOM 2197 CG GLU 270 163.257 180.206 166.484 1.00 53.16 C ATOM 2198 CD GLU 270 164.193 181.235 167.091 1.00 51.38 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 163.873 181.763 168.158 1.00 56.02 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 165.254 181.486 166.476 1.00 53.54 O ATOM 2201 N LYS 271 163.901 177.706 162.618 1.00 47.54 N ATOM 2202 CA LYS 271 164.267 177.598 161.204 1.00 49.17 C ATOM 2203 C LYS 271 163.106 177.056 160.370 1.00 46.29 C ATOM 2204 CB LYS 271 165.495 176.707 161.035 1.00 52.80 C ATOM 2205 O LYS 271 163.056 177.262 159.156 1.00 53.92 O ATOM 2206 CG LYS 271 165.307 175.292 161.554 1.00 49.49 C ATOM 2207 CD LYS 271 166.566 174.447 161.366 1.00 54.56 C ATOM 2208 CE LYS 271 166.380 173.030 161.890 1.00 53.92 C ATOM 2209 NZ LYS 271 167.586 172.192 161.646 1.00 58.31 N ATOM 2210 N GLU 272 162.202 176.528 161.000 1.00 41.36 N ATOM 2211 CA GLU 272 161.083 175.915 160.290 1.00 47.25 C ATOM 2212 C GLU 272 159.848 176.818 160.332 1.00 44.32 C ATOM 2213 CB GLU 272 160.753 174.543 160.883 1.00 47.05 C ATOM 2214 O GLU 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ATOM 2266 OD2 ASP 278 158.375 195.885 157.976 1.00 55.35 O ATOM 2267 N ALA 279 153.590 192.589 157.488 1.00 40.92 N ATOM 2268 CA ALA 279 152.625 191.908 156.653 1.00 41.89 C ATOM 2269 C ALA 279 151.335 192.697 156.511 1.00 45.02 C ATOM 2270 CB ALA 279 152.328 190.503 157.207 1.00 35.25 C ATOM 2271 O ALA 279 150.635 192.596 155.503 1.00 47.54 O ATOM 2272 N HIS 280 150.961 193.457 157.528 1.00 44.75 N ATOM 2273 CA HIS 280 149.768 194.291 157.579 1.00 47.84 C ATOM 2274 C HIS 280 149.986 195.528 158.458 1.00 48.34 C ATOM 2275 CB HIS 280 148.569 193.485 158.087 1.00 40.48 C ATOM 2276 O HIS 280 151.038 195.657 159.080 1.00 47.34 O ATOM 2277 CG HIS 280 148.801 192.876 159.440 1.00 33.06 C ATOM 2278 CD2 HIS 280 148.450 193.287 160.685 1.00 29.87 C ATOM 2279 ND1 HIS 280 149.473 191.665 159.588 1.00 29.64 N ATOM 2280 CE1 HIS 280 149.525 191.380 160.888 1.00 26.55 C ATOM 2281 NE2 HIS 280 148.910 192.329 161.560 1.00 26.25 N ATOM 2282 N ALA 281 149.030 196.332 158.455 1.00 49.28 N ATOM 2283 CA ALA 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