####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS015_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 96 165 - 261 0.98 1.15 LCS_AVERAGE: 68.12 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 34 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 34 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 65 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 58 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 12 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 96 135 135 63 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 96 135 135 55 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 96 135 135 3 3 22 101 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 96 135 135 5 88 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 96 135 135 65 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 96 135 135 27 102 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 96 135 135 22 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 96 135 135 58 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 96 135 135 62 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 96 135 135 62 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 96 135 135 62 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 96 135 135 62 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 96 135 135 32 102 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 96 135 135 25 96 117 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 96 135 135 7 96 117 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 96 135 135 7 96 117 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 96 135 135 9 81 116 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 96 135 135 3 7 59 118 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 96 135 135 3 14 20 60 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 96 135 135 40 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 96 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 96 135 135 66 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LCS_GDT Q 290 Q 290 84 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 84 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 84 135 135 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 84 135 135 64 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 84 135 135 36 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 84 135 135 62 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 84 135 135 36 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 84 135 135 24 81 117 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 84 135 135 52 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 63 135 135 3 3 59 104 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 28 135 135 3 3 11 115 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 89.37 ( 68.12 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 103 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 76.30 87.41 92.59 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.54 0.71 0.82 0.96 1.09 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 GDT RMS_ALL_AT 1.32 1.23 1.17 1.15 1.13 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.013 0 0.043 0.043 1.223 69.545 69.545 - LGA K 166 K 166 1.052 0 0.082 0.192 2.139 65.455 59.192 2.139 LGA W 167 W 167 0.721 0 0.071 0.092 1.243 77.727 83.377 0.597 LGA I 168 I 168 1.215 0 0.057 0.844 3.162 59.091 49.318 3.162 LGA S 169 S 169 1.114 0 0.287 0.806 3.271 61.818 55.152 3.271 LGA G 170 G 170 0.952 0 0.049 0.049 1.045 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.932 0 0.061 1.394 4.869 77.727 60.227 1.239 LGA A 172 A 172 0.854 0 0.046 0.054 1.017 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.335 0 0.000 0.074 0.595 100.000 94.805 0.518 LGA Y 174 Y 174 0.415 0 0.055 0.159 0.841 100.000 90.909 0.796 LGA G 175 G 175 0.425 0 0.045 0.045 0.426 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.526 0 0.068 0.164 0.581 90.909 93.939 0.138 LGA Q 177 Q 177 0.763 0 0.066 0.310 2.134 86.364 77.172 0.963 LGA L 178 L 178 0.611 0 0.093 0.122 0.962 86.364 84.091 0.962 LGA N 179 N 179 0.798 0 0.164 0.682 4.496 70.000 45.000 4.496 LGA K 180 K 180 3.410 0 0.256 0.934 13.038 29.545 13.131 13.038 LGA K 181 K 181 1.631 0 0.366 1.037 8.949 78.636 38.182 8.949 LGA T 182 T 182 0.575 0 0.060 1.102 3.416 77.727 65.714 3.416 LGA S 183 S 183 1.181 0 0.127 0.115 1.609 69.545 63.333 1.609 LGA K 184 K 184 1.051 0 0.068 0.890 3.318 69.545 63.838 3.318 LGA L 185 L 185 0.659 0 0.082 0.085 0.781 81.818 84.091 0.477 LGA D 186 D 186 0.195 0 0.065 0.183 0.684 95.455 95.455 0.239 LGA P 187 P 187 0.530 0 0.000 0.364 1.469 78.182 82.338 0.570 LGA V 188 V 188 0.992 0 0.000 0.050 1.112 81.818 74.805 1.112 LGA E 189 E 189 1.075 0 0.007 0.286 2.337 65.455 60.808 2.337 LGA D 190 D 190 1.048 0 0.000 0.061 1.325 73.636 69.545 1.325 LGA E 191 E 191 0.718 0 0.056 0.133 0.858 86.364 83.838 0.712 LGA A 192 A 192 0.489 0 0.000 0.000 0.558 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.603 0 0.038 0.626 3.255 81.818 67.677 3.012 LGA V 194 V 194 0.529 0 0.041 0.050 0.651 90.909 87.013 0.600 LGA V 195 V 195 0.244 0 0.000 0.036 0.326 100.000 100.000 0.234 LGA Q 196 Q 196 0.308 0 0.021 0.263 1.696 100.000 83.232 1.530 LGA L 197 L 197 0.278 0 0.031 0.097 0.647 100.000 93.182 0.643 LGA I 198 I 198 0.295 0 0.097 0.106 0.417 100.000 100.000 0.411 LGA F 199 F 199 0.296 0 0.045 0.089 0.472 100.000 100.000 0.271 LGA N 200 N 200 0.324 0 0.031 0.599 1.778 100.000 89.318 1.778 LGA I 201 I 201 0.311 0 0.054 0.069 0.589 100.000 97.727 0.589 LGA F 202 F 202 0.291 0 0.044 0.056 0.748 100.000 93.388 0.748 LGA L 203 L 203 0.356 0 0.025 0.065 0.655 100.000 95.455 0.614 LGA N 204 N 204 0.428 0 0.067 0.081 1.387 90.909 84.318 0.978 LGA G 205 G 205 0.581 0 0.084 0.084 0.581 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.624 0 0.012 0.332 1.299 77.727 82.273 0.322 LGA N 207 N 207 1.358 0 0.071 0.404 2.513 61.818 57.045 1.492 LGA G 208 G 208 1.634 0 0.000 0.000 1.957 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.666 0 0.053 0.267 3.002 54.545 43.434 3.002 LGA D 210 D 210 1.539 0 0.095 0.814 1.971 62.273 62.273 1.971 LGA Y 211 Y 211 1.984 0 0.153 0.554 2.415 50.909 48.788 1.713 LGA S 212 S 212 2.566 0 0.679 0.728 6.339 28.636 20.000 6.339 LGA Y 213 Y 213 2.822 0 0.198 1.622 14.448 41.818 14.091 14.448 LGA A 215 A 215 1.183 0 0.225 0.239 2.019 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.546 0 0.045 0.199 0.643 90.909 93.182 0.304 LGA A 217 A 217 0.392 0 0.047 0.059 0.455 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.670 0 0.051 0.121 1.359 86.364 82.121 1.359 LGA H 219 H 219 0.605 0 0.031 0.065 0.725 81.818 81.818 0.725 LGA L 220 L 220 0.426 0 0.018 0.127 0.519 95.455 95.455 0.519 LGA T 221 T 221 0.235 0 0.024 0.038 0.327 100.000 100.000 0.201 LGA N 222 N 222 0.398 0 0.034 0.090 0.880 100.000 95.455 0.399 LGA L 223 L 223 0.551 0 0.035 0.076 0.882 86.364 84.091 0.726 LGA Q 224 Q 224 0.397 0 0.065 0.724 4.220 90.909 65.455 3.616 LGA I 225 I 225 0.255 0 0.055 0.090 0.294 100.000 100.000 0.078 LGA P 226 P 226 0.485 0 0.034 0.041 0.681 95.455 89.610 0.668 LGA T 227 T 227 0.298 0 0.029 0.250 0.579 100.000 94.805 0.579 LGA P 228 P 228 0.725 0 0.282 0.302 0.969 86.364 84.416 0.969 LGA S 229 S 229 0.893 0 0.170 0.157 1.039 77.727 79.091 0.897 LGA G 230 G 230 0.914 0 0.000 0.000 0.944 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.583 0 0.168 0.683 2.330 77.727 83.232 2.330 LGA K 232 K 232 0.190 0 0.164 0.777 1.675 95.455 79.596 1.675 LGA R 233 R 233 0.102 0 0.027 1.157 6.254 100.000 58.017 6.254 LGA W 234 W 234 0.302 0 0.094 0.140 0.411 100.000 100.000 0.151 LGA N 235 N 235 0.770 0 0.019 0.779 2.187 81.818 76.364 2.187 LGA Q 236 Q 236 0.491 0 0.036 1.064 4.400 95.455 69.495 3.645 LGA Y 237 Y 237 0.585 0 0.051 0.419 1.981 86.364 78.030 1.981 LGA T 238 T 238 0.600 0 0.000 0.281 1.300 81.818 79.481 1.300 LGA I 239 I 239 0.367 0 0.000 0.076 0.462 100.000 100.000 0.424 LGA K 240 K 240 0.569 0 0.075 0.571 3.927 86.364 67.071 3.927 LGA A 241 A 241 0.789 0 0.106 0.112 1.103 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.219 0 0.051 0.059 0.937 100.000 93.182 0.937 LGA L 243 L 243 0.151 0 0.000 0.130 0.492 100.000 100.000 0.234 LGA Q 244 Q 244 0.498 0 0.111 0.459 1.611 86.818 81.212 1.589 LGA N 245 N 245 0.485 0 0.000 0.278 0.824 100.000 95.455 0.824 LGA E 246 E 246 0.536 0 0.000 0.447 1.145 90.909 82.222 1.145 LGA V 247 V 247 0.257 0 0.019 0.916 2.034 100.000 82.338 2.017 LGA Y 248 Y 248 0.415 0 0.034 0.091 1.136 100.000 89.545 1.136 LGA I 249 I 249 0.586 0 0.000 0.027 0.817 86.364 84.091 0.817 LGA G 250 G 250 0.329 0 0.049 0.049 0.623 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.502 0 0.052 0.096 0.568 86.364 89.610 0.384 LGA V 252 V 252 0.508 0 0.093 0.133 0.847 86.364 84.416 0.765 LGA K 253 K 253 0.495 0 0.097 0.153 1.031 82.273 82.020 0.863 LGA Y 254 Y 254 0.553 0 0.056 0.415 2.862 90.909 70.303 2.862 LGA K 255 K 255 1.135 0 0.038 0.307 1.338 65.455 65.455 1.042 LGA V 256 V 256 1.157 0 0.075 0.087 1.229 65.455 65.455 1.176 LGA R 257 R 257 1.362 0 0.062 1.251 5.557 65.455 49.091 2.790 LGA E 258 E 258 1.699 0 0.072 1.200 5.931 54.545 32.121 5.931 LGA K 259 K 259 1.926 0 0.042 0.106 2.866 47.727 40.000 2.866 LGA T 260 T 260 2.463 0 0.023 0.084 2.933 35.455 31.948 2.933 LGA K 261 K 261 2.619 0 0.062 0.890 6.418 27.273 18.990 6.418 LGA D 262 D 262 3.318 0 0.040 0.563 4.969 16.364 10.682 4.969 LGA G 263 G 263 2.696 0 0.161 0.161 2.836 27.273 27.273 - LGA K 264 K 264 2.295 0 0.031 0.563 2.925 38.182 36.970 2.925 LGA R 265 R 265 1.636 0 0.156 0.980 3.642 58.182 49.256 3.642 LGA T 266 T 266 1.669 0 0.055 0.183 1.999 54.545 52.987 1.678 LGA I 267 I 267 1.181 0 0.081 0.131 1.557 61.818 63.636 1.236 LGA R 268 R 268 1.069 0 0.000 0.946 3.030 73.636 61.653 2.132 LGA P 269 P 269 0.886 0 0.000 0.032 1.082 81.818 77.143 1.082 LGA E 270 E 270 0.766 0 0.028 0.889 3.280 81.818 66.465 2.342 LGA K 271 K 271 0.735 0 0.068 0.689 3.325 81.818 63.434 2.949 LGA E 272 E 272 0.850 0 0.086 0.220 2.023 81.818 66.465 1.541 LGA Q 273 Q 273 0.940 0 0.074 0.147 1.229 77.727 78.182 1.165 LGA I 274 I 274 0.695 0 0.095 0.120 0.927 81.818 81.818 0.927 LGA V 275 V 275 0.408 0 0.025 0.028 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA V 276 V 276 0.459 0 0.000 0.044 0.579 95.455 89.610 0.579 LGA Q 277 Q 277 0.409 0 0.052 0.652 3.154 95.455 71.919 3.154 LGA D 278 D 278 0.352 0 0.037 0.112 0.938 100.000 93.182 0.938 LGA A 279 A 279 0.422 0 0.032 0.047 0.493 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.087 0 0.039 0.155 0.450 100.000 100.000 0.316 LGA A 281 A 281 0.389 0 0.000 0.000 0.537 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.467 0 0.000 0.020 0.820 90.909 87.013 0.820 LGA I 283 I 283 0.490 0 0.026 0.061 0.705 90.909 90.909 0.508 LGA I 284 I 284 0.545 0 0.000 0.091 0.692 86.364 93.182 0.360 LGA D 285 D 285 1.060 0 0.093 0.472 2.660 69.545 59.091 1.528 LGA K 286 K 286 1.118 0 0.020 0.318 1.358 65.455 70.909 0.810 LGA E 287 E 287 1.195 0 0.025 0.571 2.387 65.455 54.747 2.146 LGA Q 288 Q 288 0.753 0 0.000 0.356 2.243 81.818 73.333 1.122 LGA F 289 F 289 0.711 0 0.043 0.132 0.953 81.818 81.818 0.914 LGA Q 290 Q 290 1.080 0 0.048 1.066 2.734 69.545 67.071 2.734 LGA Q 291 Q 291 0.832 0 0.000 0.237 1.382 81.818 78.182 1.382 LGA S 292 S 292 0.570 0 0.059 0.684 2.480 81.818 74.545 2.480 LGA Q 293 Q 293 1.116 0 0.026 0.152 1.415 69.545 67.273 1.257 LGA V 294 V 294 1.240 0 0.036 0.106 1.316 65.455 65.455 1.146 LGA K 295 K 295 0.859 0 0.117 0.188 1.660 70.000 76.566 0.655 LGA I 296 I 296 1.274 0 0.044 0.074 1.850 58.182 65.909 0.794 LGA A 297 A 297 2.026 0 0.130 0.160 2.608 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 0.937 0 0.068 0.813 2.103 62.273 66.818 2.103 LGA K 299 K 299 3.379 0 0.316 1.083 13.545 36.364 16.364 13.545 LGA V 300 V 300 2.452 0 0.132 0.152 4.081 32.727 22.597 3.911 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.123 1.101 1.937 79.111 73.376 58.961 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.12 92.222 96.381 11.038 LGA_LOCAL RMSD: 1.123 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.123 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.123 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.929896 * X + -0.357943 * Y + -0.084673 * Z + 157.065445 Y_new = -0.309467 * X + -0.885778 * Y + 0.345873 * Z + 153.355240 Z_new = -0.198805 * X + -0.295423 * Y + -0.934453 * Z + 139.715805 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.321268 0.200138 -2.835390 [DEG: -18.4073 11.4671 -162.4559 ] ZXZ: -2.901505 2.777516 -2.549253 [DEG: -166.2440 159.1399 -146.0614 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS015_6-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.12 96.381 1.12 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS015_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 6 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.740 186.873 153.777 1.00 85.85 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.987 187.487 154.875 1.00 85.85 C ATOM 2722 C GLY 165 150.460 187.327 154.794 1.00 85.85 C ATOM 2723 O GLY 165 149.746 187.984 155.548 1.00 85.85 O ATOM 2724 N LYS 166 149.926 186.468 153.911 1.00 86.45 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.482 186.164 153.861 1.00 86.45 C ATOM 2728 C LYS 166 148.076 185.334 155.096 1.00 86.45 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.098 185.457 152.540 1.00 86.45 C ATOM 2732 O LYS 166 148.750 184.365 155.452 1.00 86.45 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.367 186.270 151.252 1.00 86.45 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.991 185.516 149.953 1.00 86.45 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.196 186.397 148.705 1.00 86.45 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.837 185.731 147.419 1.00 86.45 N ATOM 2746 N TRP 167 146.950 185.662 155.732 1.00 88.26 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.431 184.975 156.920 1.00 88.26 C ATOM 2750 C TRP 167 145.523 183.794 156.540 1.00 88.26 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.723 185.973 157.841 1.00 88.26 C ATOM 2754 O TRP 167 144.421 183.958 156.024 1.00 88.26 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.253 185.392 159.143 1.00 88.26 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.039 184.841 159.387 1.00 88.26 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.986 185.308 160.404 1.00 88.26 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.149 184.679 161.373 1.00 88.26 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.271 185.712 160.826 1.00 88.26 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.971 184.428 160.707 1.00 88.26 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.851 184.874 163.084 1.00 88.26 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.566 184.457 162.694 1.00 88.26 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.698 185.500 162.152 1.00 88.26 C ATOM 2770 N ILE 168 145.992 182.568 156.799 1.00 79.51 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.391 181.323 156.265 1.00 79.51 C ATOM 2774 C ILE 168 144.643 180.503 157.332 1.00 79.51 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.490 180.431 155.623 1.00 79.51 C ATOM 2777 O ILE 168 143.936 179.544 157.012 1.00 79.51 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.587 181.242 154.900 1.00 79.51 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 145.893 179.399 154.640 1.00 79.51 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.705 180.365 154.351 1.00 79.51 C ATOM 2789 N SER 169 144.889 180.769 158.617 1.00 70.86 N ATOM 2791 CA SER 169 144.754 179.750 159.665 1.00 70.86 C ATOM 2793 C SER 169 143.928 180.211 160.862 1.00 70.86 C ATOM 2794 CB SER 169 146.148 179.285 160.090 1.00 70.86 C ATOM 2797 O SER 169 144.476 180.663 161.864 1.00 70.86 O ATOM 2798 OG SER 169 146.051 178.336 161.133 1.00 70.86 O ATOM 2800 N GLY 170 142.623 179.953 160.797 1.00 70.43 N ATOM 2802 CA GLY 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