####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS015_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.14 1.14 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.14 1.14 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.96 1.18 LCS_AVERAGE: 67.75 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 47 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 41 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 9 100 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 3 6 27 114 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 53 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 23 63 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 22 99 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 58 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 18 94 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 23 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 47 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 62 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 46 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 20 97 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 8 97 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 8 97 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 8 89 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 17 48 119 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 12 17 63 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 42 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 64 105 118 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281 A 281 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 84 135 135 46 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 84 135 135 46 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 84 135 135 63 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 84 135 135 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 84 135 135 64 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 84 135 135 62 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 84 135 135 46 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 84 135 135 31 82 117 124 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 84 135 135 39 103 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 64 135 135 3 6 57 117 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 59 135 135 3 28 50 114 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 89.25 ( 67.75 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 64 105 118 125 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 47.41 77.78 87.41 92.59 95.56 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.57 0.69 0.86 0.95 1.12 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 GDT RMS_ALL_AT 1.44 1.21 1.21 1.16 1.15 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 1.14 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.111 0 0.042 0.042 1.219 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.149 0 0.076 0.229 2.780 69.545 58.384 2.780 LGA W 167 W 167 0.724 0 0.095 0.196 1.464 77.727 79.740 0.849 LGA I 168 I 168 1.318 0 0.019 0.109 2.310 59.091 53.409 1.941 LGA S 169 S 169 2.456 0 0.605 0.539 5.249 44.545 30.606 5.249 LGA G 170 G 170 0.946 0 0.181 0.181 1.202 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.997 0 0.044 1.397 5.170 73.636 56.818 1.666 LGA A 172 A 172 1.000 0 0.054 0.076 1.191 78.182 75.636 - LGA P 173 P 173 0.460 0 0.031 0.095 1.019 90.909 84.675 0.994 LGA Y 174 Y 174 0.479 0 0.082 0.207 0.954 95.455 86.364 0.866 LGA G 175 G 175 0.495 0 0.065 0.065 0.495 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.602 0 0.083 0.162 0.689 86.364 90.909 0.395 LGA Q 177 Q 177 1.106 0 0.000 0.575 2.238 73.636 61.212 1.578 LGA L 178 L 178 0.782 0 0.096 0.127 1.159 82.273 80.000 1.159 LGA N 179 N 179 0.735 0 0.162 0.710 4.530 70.000 44.545 4.530 LGA K 180 K 180 3.441 0 0.262 0.934 13.024 29.545 13.131 13.024 LGA K 181 K 181 1.516 0 0.362 1.046 8.928 78.636 38.182 8.928 LGA T 182 T 182 0.534 0 0.065 1.108 3.415 77.727 65.714 3.415 LGA S 183 S 183 1.344 0 0.124 0.112 1.824 69.545 63.333 1.824 LGA K 184 K 184 1.142 0 0.069 0.893 3.297 65.455 60.202 3.297 LGA L 185 L 185 0.707 0 0.067 0.087 0.723 81.818 81.818 0.559 LGA D 186 D 186 0.283 0 0.063 0.191 0.715 95.455 95.455 0.341 LGA P 187 P 187 0.599 0 0.000 0.361 1.567 74.545 80.260 0.627 LGA V 188 V 188 1.077 0 0.012 0.053 1.228 69.545 67.792 1.228 LGA E 189 E 189 1.165 0 0.005 0.274 2.346 65.455 60.808 2.346 LGA D 190 D 190 1.169 0 0.000 0.064 1.579 73.636 67.727 1.579 LGA E 191 E 191 0.799 0 0.055 0.145 0.947 86.364 83.838 0.813 LGA A 192 A 192 0.524 0 0.000 0.000 0.614 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.643 0 0.028 0.622 3.275 81.818 68.687 2.990 LGA V 194 V 194 0.567 0 0.040 0.052 0.730 90.909 87.013 0.668 LGA V 195 V 195 0.234 0 0.000 0.041 0.328 100.000 100.000 0.253 LGA Q 196 Q 196 0.270 0 0.035 0.254 1.653 100.000 85.253 1.513 LGA L 197 L 197 0.268 0 0.024 0.106 0.682 100.000 93.182 0.682 LGA I 198 I 198 0.272 0 0.100 0.107 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA F 199 F 199 0.230 0 0.043 0.091 0.348 100.000 100.000 0.173 LGA N 200 N 200 0.264 0 0.040 0.614 2.001 100.000 87.727 2.001 LGA I 201 I 201 0.274 0 0.053 0.064 0.608 100.000 97.727 0.608 LGA F 202 F 202 0.220 0 0.045 0.051 0.813 100.000 91.736 0.813 LGA L 203 L 203 0.211 0 0.000 0.068 0.693 100.000 95.455 0.589 LGA N 204 N 204 0.387 0 0.064 0.078 1.447 90.909 80.227 1.001 LGA G 205 G 205 0.524 0 0.077 0.077 0.524 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.562 0 0.000 0.309 1.178 81.818 84.318 0.303 LGA N 207 N 207 1.259 0 0.076 0.405 2.449 69.545 62.273 1.431 LGA G 208 G 208 1.577 0 0.000 0.000 1.844 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.603 0 0.065 0.256 3.604 61.818 43.636 3.604 LGA D 210 D 210 1.359 0 0.106 0.826 2.206 65.455 64.091 2.206 LGA Y 211 Y 211 1.907 0 0.089 0.515 2.317 50.909 48.788 1.677 LGA S 212 S 212 2.558 0 0.684 0.732 6.360 28.636 20.000 6.360 LGA Y 213 Y 213 2.828 0 0.208 1.466 14.394 45.455 15.303 14.394 LGA A 215 A 215 1.143 0 0.209 0.223 1.944 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.555 0 0.000 0.182 0.639 90.909 93.182 0.217 LGA A 217 A 217 0.437 0 0.034 0.045 0.480 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.645 0 0.047 0.069 1.132 86.364 82.121 1.132 LGA H 219 H 219 0.626 0 0.026 0.064 0.835 81.818 81.818 0.835 LGA L 220 L 220 0.486 0 0.018 0.121 0.557 95.455 93.182 0.522 LGA T 221 T 221 0.259 0 0.024 0.033 0.359 100.000 100.000 0.207 LGA N 222 N 222 0.477 0 0.038 0.102 0.978 90.909 88.636 0.397 LGA L 223 L 223 0.639 0 0.049 0.068 0.934 81.818 81.818 0.807 LGA Q 224 Q 224 0.453 0 0.071 0.720 4.254 90.909 62.424 3.578 LGA I 225 I 225 0.229 0 0.059 0.090 0.270 100.000 100.000 0.170 LGA P 226 P 226 0.446 0 0.029 0.035 0.678 95.455 89.610 0.678 LGA T 227 T 227 0.387 0 0.023 0.261 0.653 95.455 92.208 0.599 LGA P 228 P 228 0.828 0 0.280 0.307 1.084 86.364 79.740 1.062 LGA S 229 S 229 0.902 0 0.165 0.631 2.897 81.818 72.727 2.897 LGA G 230 G 230 0.814 0 0.000 0.000 0.814 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.441 0 0.166 0.683 2.203 86.818 87.273 2.203 LGA K 232 K 232 0.082 0 0.133 0.782 1.805 95.455 83.232 1.656 LGA R 233 R 233 0.079 0 0.019 1.263 7.250 100.000 54.050 7.250 LGA W 234 W 234 0.383 0 0.104 0.170 0.488 100.000 100.000 0.153 LGA N 235 N 235 0.829 0 0.020 0.905 2.178 81.818 74.318 2.178 LGA Q 236 Q 236 0.465 0 0.046 0.768 3.609 95.455 75.152 1.642 LGA Y 237 Y 237 0.701 0 0.042 0.421 2.476 86.364 71.667 2.476 LGA T 238 T 238 0.663 0 0.000 0.313 1.335 81.818 79.481 1.335 LGA I 239 I 239 0.476 0 0.008 0.076 0.560 95.455 95.455 0.516 LGA K 240 K 240 0.635 0 0.068 0.536 3.563 81.818 65.657 3.563 LGA A 241 A 241 0.881 0 0.129 0.136 1.328 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.287 0 0.057 0.063 0.992 100.000 90.909 0.992 LGA L 243 L 243 0.134 0 0.000 0.129 0.410 100.000 100.000 0.232 LGA Q 244 Q 244 0.514 0 0.101 0.448 1.392 82.273 82.424 1.316 LGA N 245 N 245 0.465 0 0.000 0.266 0.947 95.455 93.182 0.947 LGA E 246 E 246 0.439 0 0.000 0.524 1.515 100.000 84.646 1.515 LGA V 247 V 247 0.296 0 0.051 0.587 1.326 100.000 90.130 1.125 LGA Y 248 Y 248 0.398 0 0.053 0.097 1.101 100.000 89.545 1.101 LGA I 249 I 249 0.495 0 0.025 0.043 0.747 95.455 88.636 0.747 LGA G 250 G 250 0.190 0 0.044 0.044 0.575 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.454 0 0.050 0.099 0.503 95.455 97.403 0.347 LGA V 252 V 252 0.481 0 0.096 0.132 0.894 95.455 89.610 0.755 LGA K 253 K 253 0.384 0 0.061 0.107 0.908 95.455 87.879 0.908 LGA Y 254 Y 254 0.420 0 0.093 0.443 2.504 95.455 78.333 2.504 LGA K 255 K 255 0.838 0 0.253 0.609 1.949 74.091 73.131 0.643 LGA V 256 V 256 0.774 0 0.098 0.148 1.043 86.364 82.078 0.814 LGA R 257 R 257 1.070 0 0.100 1.182 4.615 65.455 52.893 2.778 LGA E 258 E 258 1.646 0 0.067 1.264 6.083 54.545 33.131 6.083 LGA K 259 K 259 1.949 0 0.039 0.113 2.763 47.727 40.000 2.763 LGA T 260 T 260 2.514 0 0.011 0.080 3.073 30.000 27.532 3.073 LGA K 261 K 261 2.746 0 0.057 0.858 6.515 27.273 18.990 6.515 LGA D 262 D 262 3.586 0 0.067 0.574 5.086 14.545 9.091 5.086 LGA G 263 G 263 2.823 0 0.185 0.185 2.956 27.273 27.273 - LGA K 264 K 264 2.274 0 0.029 0.554 3.131 38.182 35.960 3.131 LGA R 265 R 265 1.589 0 0.135 0.960 3.261 58.182 53.554 3.261 LGA T 266 T 266 1.435 0 0.058 0.193 1.947 61.818 59.221 1.414 LGA I 267 I 267 0.796 0 0.077 0.120 1.120 77.727 79.773 0.927 LGA R 268 R 268 0.768 0 0.014 0.995 2.155 81.818 66.777 2.155 LGA P 269 P 269 0.751 0 0.000 0.029 0.814 81.818 81.818 0.814 LGA E 270 E 270 0.885 0 0.026 0.935 3.318 81.818 65.253 2.658 LGA K 271 K 271 0.913 0 0.091 0.701 2.991 77.727 62.424 2.718 LGA E 272 E 272 0.641 0 0.100 0.127 1.415 77.727 74.545 1.381 LGA Q 273 Q 273 0.885 0 0.108 0.214 1.547 70.000 74.747 1.178 LGA I 274 I 274 0.621 0 0.070 0.094 0.758 81.818 81.818 0.758 LGA V 275 V 275 0.395 0 0.027 0.053 0.524 100.000 97.403 0.524 LGA V 276 V 276 0.519 0 0.000 0.041 0.661 90.909 87.013 0.661 LGA Q 277 Q 277 0.410 0 0.055 0.624 2.721 95.455 76.364 2.721 LGA D 278 D 278 0.309 0 0.041 0.115 0.847 100.000 93.182 0.847 LGA A 279 A 279 0.473 0 0.032 0.049 0.528 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.161 0 0.036 0.185 0.527 100.000 98.182 0.299 LGA A 281 A 281 0.401 0 0.000 0.000 0.640 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.279 0 0.000 0.026 0.678 100.000 92.208 0.678 LGA I 283 I 283 0.422 0 0.018 0.078 0.649 95.455 95.455 0.466 LGA I 284 I 284 0.477 0 0.000 0.087 0.658 90.909 95.455 0.301 LGA D 285 D 285 1.037 0 0.077 0.422 2.585 69.545 59.091 1.557 LGA K 286 K 286 1.144 0 0.002 0.306 1.459 65.455 69.091 0.762 LGA E 287 E 287 1.260 0 0.038 0.187 1.707 65.455 62.222 1.707 LGA Q 288 Q 288 0.844 0 0.000 0.320 2.117 77.727 71.515 1.161 LGA F 289 F 289 0.803 0 0.068 0.128 1.010 77.727 80.331 0.886 LGA Q 290 Q 290 1.192 0 0.000 1.028 2.369 65.455 66.465 2.369 LGA Q 291 Q 291 0.914 0 0.000 0.251 1.443 77.727 74.545 1.443 LGA S 292 S 292 0.679 0 0.068 0.686 2.434 81.818 74.545 2.434 LGA Q 293 Q 293 1.126 0 0.040 0.209 1.420 69.545 67.273 1.238 LGA V 294 V 294 1.320 0 0.024 0.029 1.549 65.455 63.377 1.330 LGA K 295 K 295 0.859 0 0.095 0.154 1.512 70.000 82.626 0.479 LGA I 296 I 296 1.250 0 0.044 0.070 1.759 58.182 65.909 0.961 LGA A 297 A 297 1.931 0 0.136 0.163 2.692 45.000 43.636 - LGA N 298 N 298 1.225 0 0.097 0.575 1.717 58.182 64.091 1.174 LGA K 299 K 299 3.031 0 0.301 0.910 14.045 46.818 20.808 14.045 LGA V 300 V 300 2.797 0 0.110 0.121 5.878 35.455 20.519 5.878 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.144 1.111 1.966 79.195 73.263 58.701 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.14 92.593 96.449 10.852 LGA_LOCAL RMSD: 1.144 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.144 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.144 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.980594 * X + -0.154839 * Y + 0.120252 * Z + 156.202225 Y_new = -0.082774 * X + -0.229037 * Y + -0.969892 * Z + 151.371246 Z_new = 0.177719 * X + -0.961024 * Y + 0.211776 * Z + 142.076828 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.057381 -0.178668 -1.353898 [DEG: -175.1750 -10.2369 -77.5727 ] ZXZ: 0.123355 1.357405 2.958731 [DEG: 7.0677 77.7736 169.5228 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS015_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.14 96.449 1.14 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS015_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT 4kis_A 6dnw_A 3g13_A 3bvp_A 3guv_A 4bqq_A 2mhc_A 4m6f_A 5cy1_A 2gm4_A ATOM 2717 N GLY 165 152.606 186.876 153.699 1.00 86.82 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.882 187.581 154.761 1.00 86.82 C ATOM 2722 C GLY 165 150.353 187.430 154.711 1.00 86.82 C ATOM 2723 O GLY 165 149.655 188.143 155.428 1.00 86.82 O ATOM 2724 N LYS 166 149.801 186.519 153.892 1.00 87.46 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.361 186.195 153.908 1.00 87.46 C ATOM 2728 C LYS 166 148.023 185.422 155.197 1.00 87.46 C ATOM 2729 CB LYS 166 147.937 185.409 152.644 1.00 87.46 C ATOM 2732 O LYS 166 148.738 184.495 155.585 1.00 87.46 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.121 186.140 151.293 1.00 87.46 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.650 185.307 150.072 1.00 87.46 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.742 186.110 148.759 1.00 87.46 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.202 185.401 147.557 1.00 87.46 N ATOM 2746 N TRP 167 146.911 185.752 155.855 1.00 89.51 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.481 185.115 157.103 1.00 89.51 C ATOM 2750 C TRP 167 145.769 183.780 156.845 1.00 89.51 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.625 186.075 157.930 1.00 89.51 C ATOM 2754 O TRP 167 144.626 183.712 156.399 1.00 89.51 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.204 185.541 159.269 1.00 89.51 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.989 185.030 159.577 1.00 89.51 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.983 185.479 160.503 1.00 89.51 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.152 184.957 161.538 1.00 89.51 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.305 185.823 160.857 1.00 89.51 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.955 184.689 160.915 1.00 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