####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS015_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 103 182 - 285 1.00 1.10 LCS_AVERAGE: 74.23 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 59 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 33 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 58 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 58 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 96 135 135 27 102 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 96 135 135 60 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 96 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 96 135 135 51 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 96 135 135 3 3 80 100 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 96 135 135 19 97 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 103 135 135 24 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 103 135 135 19 103 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 103 135 135 24 103 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 103 135 135 50 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 103 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 103 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 103 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 103 135 135 59 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 103 135 135 59 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 103 135 135 59 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 103 135 135 42 102 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 103 135 135 23 98 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 103 135 135 10 98 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 103 135 135 24 102 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 103 135 135 19 88 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 103 135 135 4 30 66 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 103 135 135 3 10 16 52 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 103 135 135 45 102 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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262 D 262 103 135 135 5 33 64 112 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 263 G 263 103 135 135 11 50 100 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 264 K 264 103 135 135 15 59 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 265 R 265 103 135 135 18 81 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 266 T 266 103 135 135 18 90 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 267 I 267 103 135 135 22 104 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 268 R 268 103 135 135 40 104 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 269 P 269 103 135 135 47 104 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 270 E 270 103 135 135 44 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 271 K 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280 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 103 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 103 135 135 49 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 101 135 135 49 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 85 135 135 49 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 85 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 85 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 85 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 85 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 85 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 85 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 85 135 135 61 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 85 135 135 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 85 135 135 51 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 85 135 135 40 99 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 85 135 135 59 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 85 135 135 5 9 105 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 81 135 135 5 55 105 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 91.41 ( 74.23 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 62 105 120 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 45.93 77.78 88.89 93.33 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.56 0.69 0.81 0.94 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.28 1.17 1.14 1.11 1.09 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.839 0 0.024 0.024 0.951 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.894 0 0.037 0.092 1.490 81.818 74.545 1.490 LGA W 167 W 167 0.695 0 0.068 0.146 1.212 77.727 83.377 0.622 LGA I 168 I 168 0.882 0 0.093 0.308 1.897 73.636 64.091 1.669 LGA S 169 S 169 0.981 0 0.080 0.813 2.612 73.636 67.273 2.612 LGA G 170 G 170 1.187 0 0.034 0.034 1.187 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.891 0 0.076 1.371 4.641 81.818 62.273 1.105 LGA A 172 A 172 0.856 0 0.041 0.050 1.036 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.345 0 0.003 0.081 0.556 100.000 97.403 0.426 LGA Y 174 Y 174 0.415 0 0.053 0.173 0.917 100.000 89.394 0.894 LGA G 175 G 175 0.443 0 0.050 0.050 0.446 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.476 0 0.083 0.151 0.588 95.455 95.455 0.159 LGA Q 177 Q 177 0.953 0 0.000 0.600 2.334 86.364 66.869 1.632 LGA L 178 L 178 0.726 0 0.096 0.126 1.081 90.909 84.318 1.081 LGA N 179 N 179 0.672 0 0.165 0.651 4.264 70.000 45.000 4.264 LGA K 180 K 180 3.552 0 0.266 0.941 13.216 27.727 12.323 13.216 LGA K 181 K 181 1.548 0 0.354 1.017 8.567 78.636 38.182 8.567 LGA T 182 T 182 0.631 0 0.065 1.098 3.517 81.818 67.013 3.517 LGA S 183 S 183 1.190 0 0.137 0.123 1.646 69.545 63.333 1.646 LGA K 184 K 184 1.126 0 0.070 0.887 3.308 65.455 62.020 3.308 LGA L 185 L 185 0.740 0 0.085 0.093 0.873 81.818 81.818 0.549 LGA D 186 D 186 0.215 0 0.060 0.225 0.873 95.455 95.455 0.228 LGA P 187 P 187 0.547 0 0.000 0.366 1.495 78.182 82.338 0.567 LGA V 188 V 188 0.955 0 0.000 0.051 1.089 81.818 77.143 1.089 LGA E 189 E 189 1.074 0 0.000 0.231 2.122 65.455 60.808 2.122 LGA D 190 D 190 1.129 0 0.028 0.052 1.752 73.636 64.091 1.752 LGA E 191 E 191 0.738 0 0.054 0.138 0.879 86.364 83.838 0.748 LGA A 192 A 192 0.498 0 0.000 0.000 0.570 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.608 0 0.022 0.592 2.970 81.818 69.697 2.539 LGA V 194 V 194 0.551 0 0.039 0.054 0.702 90.909 87.013 0.658 LGA V 195 V 195 0.254 0 0.000 0.040 0.330 100.000 100.000 0.260 LGA Q 196 Q 196 0.280 0 0.021 0.273 1.712 100.000 85.253 1.557 LGA L 197 L 197 0.272 0 0.022 0.101 0.684 100.000 93.182 0.684 LGA I 198 I 198 0.336 0 0.092 0.097 0.473 100.000 100.000 0.469 LGA F 199 F 199 0.223 0 0.035 0.091 0.455 100.000 100.000 0.247 LGA N 200 N 200 0.280 0 0.035 0.622 1.864 100.000 89.318 1.864 LGA I 201 I 201 0.282 0 0.052 0.072 0.638 100.000 97.727 0.638 LGA F 202 F 202 0.236 0 0.037 0.057 0.789 100.000 91.736 0.789 LGA L 203 L 203 0.208 0 0.000 0.048 0.645 100.000 95.455 0.585 LGA N 204 N 204 0.371 0 0.058 0.077 1.389 90.909 84.318 0.982 LGA G 205 G 205 0.553 0 0.076 0.076 0.553 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.577 0 0.000 0.344 1.331 81.818 84.318 0.417 LGA N 207 N 207 1.171 0 0.064 0.373 2.088 69.545 64.091 1.218 LGA G 208 G 208 1.586 0 0.063 0.063 1.916 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.528 0 0.068 0.276 3.366 61.818 46.667 3.366 LGA D 210 D 210 1.309 0 0.091 0.548 1.547 69.545 67.727 1.547 LGA Y 211 Y 211 1.975 0 0.164 0.545 2.549 50.909 46.970 1.861 LGA S 212 S 212 2.413 0 0.676 0.744 6.243 31.364 21.818 6.243 LGA Y 213 Y 213 2.878 0 0.210 1.459 14.380 41.818 14.091 14.380 LGA A 215 A 215 1.167 0 0.229 0.245 1.997 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.562 0 0.044 0.203 0.645 90.909 93.182 0.341 LGA A 217 A 217 0.403 0 0.052 0.066 0.462 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.626 0 0.054 0.124 1.412 86.364 82.121 1.412 LGA H 219 H 219 0.589 0 0.025 0.072 0.797 81.818 81.818 0.797 LGA L 220 L 220 0.480 0 0.015 0.120 0.536 95.455 95.455 0.486 LGA T 221 T 221 0.274 0 0.027 0.041 0.359 100.000 100.000 0.228 LGA N 222 N 222 0.442 0 0.035 0.103 0.893 90.909 90.909 0.363 LGA L 223 L 223 0.633 0 0.040 0.062 0.887 81.818 81.818 0.790 LGA Q 224 Q 224 0.504 0 0.068 0.727 4.255 81.818 58.384 3.653 LGA I 225 I 225 0.354 0 0.059 0.093 0.398 100.000 100.000 0.209 LGA P 226 P 226 0.593 0 0.041 0.049 0.792 81.818 81.818 0.789 LGA T 227 T 227 0.308 0 0.032 0.262 0.670 95.455 92.208 0.670 LGA P 228 P 228 0.771 0 0.283 0.309 0.997 86.364 84.416 0.983 LGA S 229 S 229 0.915 0 0.158 0.620 2.548 73.636 67.273 2.548 LGA G 230 G 230 0.956 0 0.000 0.000 0.956 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.594 0 0.178 0.697 2.148 77.727 83.232 2.148 LGA K 232 K 232 0.216 0 0.198 0.773 1.940 95.455 81.616 1.940 LGA R 233 R 233 0.147 0 0.028 1.089 5.825 100.000 60.000 5.825 LGA W 234 W 234 0.299 0 0.092 0.133 0.494 100.000 100.000 0.095 LGA N 235 N 235 0.703 0 0.027 0.822 2.264 81.818 74.318 2.264 LGA Q 236 Q 236 0.381 0 0.040 1.046 4.218 95.455 69.495 3.579 LGA Y 237 Y 237 0.745 0 0.052 0.408 2.256 82.273 71.667 2.256 LGA T 238 T 238 0.732 0 0.000 0.283 1.333 81.818 79.481 1.333 LGA I 239 I 239 0.535 0 0.000 0.088 0.616 86.364 88.636 0.541 LGA K 240 K 240 0.692 0 0.075 0.428 2.586 81.818 68.889 2.586 LGA A 241 A 241 0.925 0 0.126 0.132 1.350 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.279 0 0.062 0.071 1.011 100.000 88.864 1.011 LGA L 243 L 243 0.156 0 0.000 0.116 0.458 100.000 100.000 0.229 LGA Q 244 Q 244 0.521 0 0.104 0.467 1.510 82.273 80.808 1.459 LGA N 245 N 245 0.474 0 0.000 0.259 0.739 100.000 95.455 0.739 LGA E 246 E 246 0.484 0 0.000 0.547 1.535 100.000 84.646 1.535 LGA V 247 V 247 0.210 0 0.000 0.888 2.010 100.000 84.156 2.010 LGA Y 248 Y 248 0.382 0 0.032 0.059 1.012 100.000 88.030 1.012 LGA I 249 I 249 0.532 0 0.000 0.029 0.775 90.909 86.364 0.775 LGA G 250 G 250 0.241 0 0.044 0.044 0.454 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.413 0 0.048 0.093 0.486 100.000 100.000 0.338 LGA V 252 V 252 0.409 0 0.086 0.122 0.796 95.455 94.805 0.620 LGA K 253 K 253 0.444 0 0.072 0.110 0.944 95.455 87.879 0.944 LGA Y 254 Y 254 0.521 0 0.069 0.382 2.723 90.909 72.424 2.723 LGA K 255 K 255 1.091 0 0.235 0.266 2.035 58.636 67.879 1.029 LGA V 256 V 256 1.067 0 0.108 0.135 1.136 69.545 67.792 1.088 LGA R 257 R 257 1.345 0 0.091 1.202 5.319 65.455 50.413 2.731 LGA E 258 E 258 1.797 0 0.107 1.191 6.091 51.364 30.707 6.091 LGA K 259 K 259 2.080 0 0.045 0.279 4.993 41.364 27.071 4.993 LGA T 260 T 260 2.409 0 0.016 0.092 2.756 32.727 35.065 2.444 LGA K 261 K 261 3.012 0 0.056 0.684 7.636 22.727 14.141 7.636 LGA D 262 D 262 3.068 0 0.041 0.814 4.680 25.000 17.045 4.680 LGA G 263 G 263 2.555 0 0.049 0.049 2.693 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.852 0 0.041 0.585 2.208 44.545 53.333 2.208 LGA R 265 R 265 1.541 0 0.158 0.983 3.391 58.182 57.686 3.391 LGA T 266 T 266 1.434 0 0.050 0.193 1.747 61.818 59.221 1.455 LGA I 267 I 267 0.929 0 0.069 0.107 1.135 77.727 79.773 0.904 LGA R 268 R 268 0.802 0 0.000 0.965 3.171 81.818 64.628 1.791 LGA P 269 P 269 0.482 0 0.022 0.364 1.456 86.364 84.675 1.456 LGA E 270 E 270 0.650 0 0.020 0.973 3.244 81.818 66.465 2.427 LGA K 271 K 271 0.630 0 0.077 0.684 3.303 81.818 63.434 2.924 LGA E 272 E 272 0.683 0 0.086 0.182 1.459 77.727 72.727 1.191 LGA Q 273 Q 273 0.901 0 0.087 0.172 1.335 77.727 78.182 1.155 LGA I 274 I 274 0.576 0 0.072 0.111 0.841 81.818 81.818 0.841 LGA V 275 V 275 0.350 0 0.021 0.048 0.446 100.000 100.000 0.446 LGA V 276 V 276 0.401 0 0.000 0.038 0.500 100.000 97.403 0.500 LGA Q 277 Q 277 0.357 0 0.055 0.659 3.124 95.455 75.152 3.124 LGA D 278 D 278 0.270 0 0.041 0.106 0.805 100.000 95.455 0.805 LGA A 279 A 279 0.364 0 0.037 0.050 0.418 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.087 0 0.034 0.137 0.377 100.000 100.000 0.308 LGA A 281 A 281 0.349 0 0.000 0.000 0.473 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.434 0 0.006 0.026 0.722 95.455 89.610 0.722 LGA I 283 I 283 0.543 0 0.000 0.066 0.728 86.364 86.364 0.579 LGA I 284 I 284 0.584 0 0.018 0.064 0.723 81.818 90.909 0.361 LGA D 285 D 285 1.169 0 0.032 0.459 1.944 69.545 65.682 1.944 LGA K 286 K 286 1.269 0 0.033 0.320 1.423 65.455 70.909 0.839 LGA E 287 E 287 1.331 0 0.028 0.562 2.588 65.455 52.323 2.588 LGA Q 288 Q 288 0.845 0 0.000 0.322 2.172 77.727 69.697 1.330 LGA F 289 F 289 0.847 0 0.042 0.117 1.028 81.818 80.331 0.986 LGA Q 290 Q 290 1.204 0 0.000 0.987 2.204 65.455 64.444 2.204 LGA Q 291 Q 291 0.926 0 0.000 0.227 1.499 77.727 72.727 1.499 LGA S 292 S 292 0.679 0 0.060 0.675 2.520 81.818 72.727 2.520 LGA Q 293 Q 293 1.102 0 0.030 0.194 1.351 69.545 67.273 1.333 LGA V 294 V 294 1.307 0 0.013 0.038 1.549 65.455 63.377 1.355 LGA K 295 K 295 0.889 0 0.198 0.248 1.866 70.000 82.626 0.429 LGA I 296 I 296 1.163 0 0.093 0.113 1.586 65.909 69.773 0.925 LGA A 297 A 297 1.686 0 0.174 0.200 2.356 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.753 0 0.590 0.968 3.018 61.818 70.455 1.848 LGA K 299 K 299 2.258 0 0.000 0.374 5.995 38.636 23.030 5.995 LGA V 300 V 300 2.299 0 0.110 0.119 2.664 35.455 38.442 2.478 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.078 1.079 1.821 79.943 74.513 59.389 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 92.778 96.754 11.456 LGA_LOCAL RMSD: 1.078 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.078 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.078 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.987006 * X + 0.043101 * Y + 0.154794 * Z + 153.773499 Y_new = -0.033980 * X + -0.885579 * Y + 0.463244 * Z + 151.509720 Z_new = 0.157048 * X + -0.462485 * Y + -0.872607 * Z + 139.685486 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.034413 -0.157701 -2.654232 [DEG: -1.9717 -9.0356 -152.0763 ] ZXZ: 2.819106 2.631312 2.814235 [DEG: 161.5229 150.7631 161.2438 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS015_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 96.754 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS015_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT 4kis_A 6dnw_A 4bqq_A 3g13_A 3bvp_A 3guv_A 2mhc_A 4m6f_A 2gm4_A 3uj3_X ATOM 2717 N GLY 165 152.860 186.921 153.773 1.00 85.07 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.148 187.595 154.865 1.00 85.07 C ATOM 2722 C GLY 165 150.617 187.476 154.813 1.00 85.07 C ATOM 2723 O GLY 165 149.928 188.226 155.498 1.00 85.07 O ATOM 2724 N LYS 166 150.055 186.558 154.011 1.00 85.49 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.609 186.266 154.017 1.00 85.49 C ATOM 2728 C LYS 166 148.236 185.452 155.272 1.00 85.49 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.199 185.551 152.715 1.00 85.49 C ATOM 2732 O LYS 166 149.020 184.623 155.739 1.00 85.49 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.337 186.397 151.431 1.00 85.49 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.244 185.497 150.184 1.00 85.49 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.319 186.268 148.853 1.00 85.49 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.516 185.366 147.677 1.00 85.49 N ATOM 2746 N TRP 167 147.027 185.636 155.803 1.00 87.57 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.534 184.954 157.008 1.00 87.57 C ATOM 2750 C TRP 167 145.784 183.654 156.664 1.00 87.57 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.676 185.918 157.828 1.00 87.57 C ATOM 2754 O TRP 167 144.703 183.668 156.082 1.00 87.57 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.216 185.367 159.143 1.00 87.57 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.008 184.811 159.400 1.00 87.57 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.955 185.313 160.400 1.00 87.57 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.126 184.702 161.387 1.00 87.57 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.242 185.728 160.808 1.00 87.57 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.947 184.430 160.730 1.00 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