####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS015_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 114 182 - 296 0.99 1.08 LCS_AVERAGE: 82.19 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 98 135 135 55 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 98 135 135 49 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 98 135 135 58 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 98 135 135 58 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 98 135 135 16 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 98 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 98 135 135 50 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 98 135 135 3 3 6 110 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 112 135 135 23 94 119 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 114 135 135 62 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 114 135 135 26 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 114 135 135 26 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 114 135 135 54 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 114 135 135 66 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 114 135 135 63 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 114 135 135 62 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 114 135 135 62 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 114 135 135 40 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 114 135 135 24 97 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 114 135 135 5 96 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 114 135 135 23 97 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 114 135 135 10 79 114 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 114 135 135 3 4 51 116 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 114 135 135 3 13 55 112 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 114 135 135 48 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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K 271 114 135 135 13 97 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 272 E 272 114 135 135 22 102 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 273 Q 273 114 135 135 22 102 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 274 I 274 114 135 135 43 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 275 V 275 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 276 V 276 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 277 Q 277 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 278 D 278 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 279 A 279 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT H 280 H 280 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 114 135 135 50 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 114 135 135 53 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 114 135 135 66 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 114 135 135 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 114 135 135 63 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 114 135 135 63 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 85 135 135 39 96 117 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 85 135 135 45 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 69 135 135 3 4 8 102 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 64 135 135 3 85 113 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.06 ( 82.19 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 104 121 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 77.04 89.63 95.56 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.52 0.75 0.90 0.94 1.03 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 GDT RMS_ALL_AT 1.34 1.22 1.11 1.08 1.08 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.911 0 0.050 0.050 1.084 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.958 0 0.048 0.112 1.774 81.818 67.879 1.706 LGA W 167 W 167 0.681 0 0.090 0.162 1.287 77.727 83.377 0.643 LGA I 168 I 168 0.785 0 0.081 0.271 1.784 77.727 67.955 1.546 LGA S 169 S 169 0.869 0 0.099 0.812 2.611 77.727 70.000 2.611 LGA G 170 G 170 1.094 0 0.032 0.032 1.094 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.881 0 0.084 1.365 4.751 81.818 62.273 1.202 LGA A 172 A 172 0.923 0 0.053 0.073 1.140 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.472 0 0.021 0.105 1.158 95.455 84.935 1.158 LGA Y 174 Y 174 0.451 0 0.072 0.194 0.950 95.455 86.364 0.885 LGA G 175 G 175 0.470 0 0.057 0.057 0.477 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.574 0 0.063 0.144 0.638 86.364 92.424 0.151 LGA Q 177 Q 177 0.812 0 0.071 0.312 2.077 86.364 77.172 0.867 LGA L 178 L 178 0.666 0 0.090 0.125 0.986 86.364 84.091 0.986 LGA N 179 N 179 0.834 0 0.157 0.718 4.609 70.000 43.636 4.609 LGA K 180 K 180 3.268 0 0.265 0.937 12.998 29.545 13.131 12.998 LGA K 181 K 181 1.753 0 0.374 1.040 9.209 74.545 35.758 9.209 LGA T 182 T 182 0.622 0 0.071 1.117 3.484 86.364 70.649 3.484 LGA S 183 S 183 1.170 0 0.120 0.108 1.636 69.545 63.333 1.636 LGA K 184 K 184 1.024 0 0.079 0.886 3.426 69.545 63.838 3.426 LGA L 185 L 185 0.677 0 0.070 0.077 0.779 81.818 84.091 0.488 LGA D 186 D 186 0.249 0 0.065 0.212 0.882 95.455 93.182 0.521 LGA P 187 P 187 0.643 0 0.000 0.038 1.300 82.273 82.078 0.705 LGA V 188 V 188 0.981 0 0.000 0.063 1.098 81.818 77.143 1.046 LGA E 189 E 189 1.090 0 0.016 0.267 2.234 65.455 60.808 2.234 LGA D 190 D 190 1.114 0 0.018 0.042 1.536 73.636 67.727 1.536 LGA E 191 E 191 0.732 0 0.058 0.140 0.895 86.364 83.838 0.742 LGA A 192 A 192 0.511 0 0.018 0.018 0.577 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.617 0 0.028 0.621 3.185 81.818 68.687 2.876 LGA V 194 V 194 0.506 0 0.050 0.054 0.676 90.909 87.013 0.598 LGA V 195 V 195 0.181 0 0.000 0.030 0.275 100.000 100.000 0.150 LGA Q 196 Q 196 0.319 0 0.023 0.242 1.634 100.000 84.848 1.473 LGA L 197 L 197 0.270 0 0.032 0.091 0.605 100.000 95.455 0.548 LGA I 198 I 198 0.232 0 0.112 0.118 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA F 199 F 199 0.312 0 0.047 0.084 0.497 100.000 100.000 0.301 LGA N 200 N 200 0.310 0 0.032 0.602 1.876 100.000 89.318 1.876 LGA I 201 I 201 0.236 0 0.058 0.069 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA F 202 F 202 0.260 0 0.056 0.269 0.968 100.000 90.083 0.622 LGA L 203 L 203 0.339 0 0.020 0.074 0.832 100.000 93.182 0.700 LGA N 204 N 204 0.250 0 0.075 0.095 1.383 95.455 84.545 1.027 LGA G 205 G 205 0.361 0 0.089 0.089 0.510 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.405 0 0.011 0.377 1.360 86.364 86.591 0.301 LGA N 207 N 207 1.095 0 0.057 0.415 1.966 69.545 65.682 1.202 LGA G 208 G 208 1.446 0 0.000 0.000 1.807 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.505 0 0.072 0.288 3.056 61.818 49.293 3.056 LGA D 210 D 210 1.388 0 0.061 0.801 2.120 69.545 62.273 2.120 LGA Y 211 Y 211 1.854 0 0.171 0.549 2.287 50.909 48.788 1.590 LGA S 212 S 212 2.588 0 0.675 0.731 6.521 28.636 19.394 6.521 LGA Y 213 Y 213 2.746 0 0.216 1.685 14.603 45.455 15.606 14.603 LGA A 215 A 215 1.027 0 0.231 0.245 1.871 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.490 0 0.034 0.201 0.585 95.455 95.455 0.241 LGA A 217 A 217 0.381 0 0.053 0.064 0.420 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.602 0 0.049 0.110 1.181 86.364 82.121 1.181 LGA H 219 H 219 0.574 0 0.023 0.101 0.697 81.818 81.818 0.697 LGA L 220 L 220 0.467 0 0.000 0.110 0.522 95.455 97.727 0.491 LGA T 221 T 221 0.249 0 0.036 0.044 0.346 100.000 100.000 0.183 LGA N 222 N 222 0.428 0 0.038 0.093 0.867 90.909 90.909 0.352 LGA L 223 L 223 0.614 0 0.035 0.045 0.863 81.818 81.818 0.801 LGA Q 224 Q 224 0.439 0 0.072 0.736 4.292 90.909 64.242 3.456 LGA I 225 I 225 0.278 0 0.063 0.093 0.305 100.000 100.000 0.189 LGA P 226 P 226 0.473 0 0.040 0.045 0.695 100.000 92.208 0.695 LGA T 227 T 227 0.345 0 0.028 0.265 0.638 95.455 92.208 0.638 LGA P 228 P 228 0.850 0 0.289 0.313 1.082 81.818 77.143 1.043 LGA S 229 S 229 1.029 0 0.163 0.623 2.730 69.545 64.545 2.730 LGA G 230 G 230 0.914 0 0.000 0.000 0.924 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.399 0 0.175 0.698 1.938 86.818 88.687 1.938 LGA K 232 K 232 0.139 0 0.159 0.740 1.493 95.455 84.444 1.280 LGA R 233 R 233 0.123 0 0.019 1.180 6.545 100.000 57.190 6.545 LGA W 234 W 234 0.334 0 0.096 0.153 0.445 100.000 100.000 0.197 LGA N 235 N 235 0.748 0 0.000 0.914 2.102 81.818 72.500 2.102 LGA Q 236 Q 236 0.422 0 0.037 0.753 3.624 90.909 74.747 1.343 LGA Y 237 Y 237 0.739 0 0.043 0.414 2.648 86.364 66.970 2.648 LGA T 238 T 238 0.655 0 0.017 0.266 1.184 81.818 79.481 1.184 LGA I 239 I 239 0.438 0 0.012 0.085 0.543 95.455 97.727 0.485 LGA K 240 K 240 0.662 0 0.081 0.520 3.563 81.818 64.242 3.563 LGA A 241 A 241 0.883 0 0.091 0.097 1.119 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.252 0 0.058 0.069 1.001 100.000 91.136 1.001 LGA L 243 L 243 0.219 0 0.052 0.135 0.700 95.455 97.727 0.325 LGA Q 244 Q 244 0.533 0 0.106 0.498 1.661 82.273 79.192 1.538 LGA N 245 N 245 0.501 0 0.000 0.236 0.885 90.909 93.182 0.885 LGA E 246 E 246 0.524 0 0.000 0.375 0.956 90.909 87.879 0.808 LGA V 247 V 247 0.273 0 0.062 0.249 0.642 100.000 94.805 0.525 LGA Y 248 Y 248 0.398 0 0.021 0.087 1.094 100.000 91.061 1.094 LGA I 249 I 249 0.588 0 0.036 0.052 0.830 86.364 84.091 0.830 LGA G 250 G 250 0.308 0 0.055 0.055 0.680 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.508 0 0.067 0.097 0.608 86.364 89.610 0.433 LGA V 252 V 252 0.468 0 0.079 0.118 0.880 95.455 89.610 0.758 LGA K 253 K 253 0.381 0 0.083 0.198 0.915 95.455 89.899 0.915 LGA Y 254 Y 254 0.605 0 0.054 0.401 3.076 90.909 68.333 3.076 LGA K 255 K 255 0.993 0 0.222 0.228 2.100 66.818 63.232 1.423 LGA V 256 V 256 0.961 0 0.094 0.103 0.979 81.818 81.818 0.908 LGA R 257 R 257 1.005 0 0.083 1.201 4.822 65.455 52.727 3.408 LGA E 258 E 258 1.397 0 0.058 1.153 5.235 65.455 42.424 5.235 LGA K 259 K 259 1.558 0 0.036 0.086 2.453 54.545 49.697 2.453 LGA T 260 T 260 2.198 0 0.026 0.096 2.749 38.182 33.506 2.749 LGA K 261 K 261 2.323 0 0.040 0.790 5.919 32.727 24.848 5.919 LGA D 262 D 262 3.157 0 0.053 0.773 4.971 22.727 15.227 4.971 LGA G 263 G 263 2.275 0 0.182 0.182 2.437 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.817 0 0.023 0.538 3.053 50.909 47.273 3.053 LGA R 265 R 265 1.347 0 0.113 0.949 2.683 61.818 58.347 2.683 LGA T 266 T 266 1.494 0 0.041 0.192 1.972 65.455 61.299 1.401 LGA I 267 I 267 1.182 0 0.096 0.151 1.569 61.818 63.636 1.479 LGA R 268 R 268 1.194 0 0.000 0.943 3.088 65.455 57.190 1.856 LGA P 269 P 269 1.331 0 0.000 0.035 1.429 65.455 65.455 1.429 LGA E 270 E 270 1.386 0 0.053 0.740 3.632 65.455 46.667 3.042 LGA K 271 K 271 1.471 0 0.113 0.657 1.737 61.818 66.061 0.963 LGA E 272 E 272 1.079 0 0.133 0.359 2.731 69.545 55.354 2.011 LGA Q 273 Q 273 1.082 0 0.082 0.203 1.633 61.818 63.838 1.162 LGA I 274 I 274 0.820 0 0.084 0.126 1.167 81.818 79.773 1.167 LGA V 275 V 275 0.513 0 0.036 0.050 0.569 95.455 89.610 0.531 LGA V 276 V 276 0.491 0 0.000 0.048 0.554 90.909 87.013 0.554 LGA Q 277 Q 277 0.501 0 0.060 0.668 3.092 86.364 67.879 3.092 LGA D 278 D 278 0.400 0 0.036 0.252 1.557 100.000 87.045 1.557 LGA A 279 A 279 0.449 0 0.029 0.046 0.518 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.091 0 0.039 0.131 0.434 100.000 100.000 0.233 LGA A 281 A 281 0.384 0 0.000 0.000 0.526 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.432 0 0.007 0.038 0.724 95.455 89.610 0.724 LGA I 283 I 283 0.470 0 0.007 0.063 0.634 90.909 93.182 0.476 LGA I 284 I 284 0.550 0 0.000 0.090 0.750 86.364 93.182 0.322 LGA D 285 D 285 1.097 0 0.068 0.458 2.772 69.545 59.091 1.652 LGA K 286 K 286 1.236 0 0.018 0.328 1.439 65.455 69.091 0.880 LGA E 287 E 287 1.343 0 0.043 0.158 2.121 65.455 57.576 2.121 LGA Q 288 Q 288 0.901 0 0.000 0.318 1.930 77.727 72.929 1.018 LGA F 289 F 289 0.822 0 0.044 0.126 0.985 81.818 81.818 0.961 LGA Q 290 Q 290 1.217 0 0.016 1.062 2.461 65.455 64.444 2.461 LGA Q 291 Q 291 0.929 0 0.000 0.270 1.565 77.727 72.929 1.565 LGA S 292 S 292 0.681 0 0.058 0.687 2.547 81.818 72.727 2.547 LGA Q 293 Q 293 1.088 0 0.020 0.187 1.335 69.545 67.273 1.304 LGA V 294 V 294 1.284 0 0.064 0.081 1.524 65.455 63.377 1.272 LGA K 295 K 295 0.911 0 0.149 0.229 1.739 70.000 82.626 0.446 LGA I 296 I 296 1.107 0 0.050 0.071 1.621 65.909 69.773 0.799 LGA A 297 A 297 1.803 0 0.114 0.141 2.383 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 1.056 0 0.036 0.901 2.491 55.000 62.955 2.491 LGA K 299 K 299 3.071 0 0.300 1.003 13.807 39.545 17.778 13.807 LGA V 300 V 300 1.828 0 0.194 0.341 2.712 51.364 41.039 2.665 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.070 1.047 1.896 79.741 74.014 59.725 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.07 93.148 96.862 11.542 LGA_LOCAL RMSD: 1.070 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.070 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.070 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.969276 * X + -0.137882 * Y + 0.203697 * Z + 155.798004 Y_new = -0.190600 * X + -0.944479 * Y + 0.267640 * Z + 155.194733 Z_new = 0.155485 * X + -0.298241 * Y + -0.941741 * Z + 139.347992 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.194164 -0.156119 -2.834894 [DEG: -11.1248 -8.9449 -162.4275 ] ZXZ: 2.491033 2.798567 2.661019 [DEG: 142.7257 160.3461 152.4651 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS015_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS015_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.07 96.862 1.07 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS015_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 4kis_A 6dnw_A 3g13_A 4bqq_A 3bvp_A 3guv_A 2mhc_A 4m6f_A 2gm4_A 3uj3_X ATOM 2717 N GLY 165 152.781 186.949 153.678 1.00 88.86 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.080 187.597 154.793 1.00 88.86 C ATOM 2722 C GLY 165 150.551 187.432 154.789 1.00 88.86 C ATOM 2723 O GLY 165 149.871 188.075 155.582 1.00 88.86 O ATOM 2724 N LYS 166 149.980 186.578 153.925 1.00 89.46 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.537 186.266 153.939 1.00 89.46 C ATOM 2728 C LYS 166 148.182 185.446 155.194 1.00 89.46 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.117 185.543 152.643 1.00 89.46 C ATOM 2732 O LYS 166 148.954 184.588 155.627 1.00 89.46 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.250 186.371 151.350 1.00 89.46 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.029 185.487 150.104 1.00 89.46 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.015 186.291 148.794 1.00 89.46 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.284 185.433 147.605 1.00 89.46 N ATOM 2746 N TRP 167 146.993 185.650 155.761 1.00 90.79 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.521 184.962 156.971 1.00 90.79 C ATOM 2750 C TRP 167 145.809 183.637 156.636 1.00 90.79 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.645 185.914 157.786 1.00 90.79 C ATOM 2754 O TRP 167 144.688 183.608 156.134 1.00 90.79 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.191 185.370 159.107 1.00 90.79 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.983 184.818 159.370 1.00 90.79 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.928 185.336 160.367 1.00 90.79 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.093 184.749 161.363 1.00 90.79 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.212 185.761 160.773 1.00 90.79 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.918 184.462 160.705 1.00 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