####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS014_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 66 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 37 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 60 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 42 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 48 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 109 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 10 105 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 97 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 28 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 66 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 66 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 59 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 31 93 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 62 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 25 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 22 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 112 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 82.96 92.59 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.56 0.70 0.78 0.86 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.11 0.98 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.782 0 0.021 0.021 0.832 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.815 0 0.029 0.090 1.553 81.818 72.929 1.553 LGA W 167 W 167 0.629 0 0.105 0.128 1.370 77.727 80.909 0.959 LGA I 168 I 168 0.827 0 0.048 0.580 1.601 77.727 67.955 1.482 LGA S 169 S 169 0.949 0 0.328 0.816 2.870 70.000 62.121 2.870 LGA G 170 G 170 0.861 0 0.048 0.048 1.208 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.841 0 0.107 1.284 4.832 77.727 60.227 1.436 LGA A 172 A 172 0.759 0 0.078 0.109 0.934 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.492 0 0.021 0.160 1.374 95.455 84.935 1.374 LGA Y 174 Y 174 0.474 0 0.056 0.145 0.882 100.000 87.879 0.872 LGA G 175 G 175 0.451 0 0.069 0.069 0.451 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.565 0 0.058 0.151 0.588 86.364 93.939 0.308 LGA Q 177 Q 177 0.731 0 0.083 0.143 1.359 86.364 82.020 0.922 LGA L 178 L 178 0.497 0 0.093 0.124 0.894 90.909 86.364 0.894 LGA N 179 N 179 1.045 0 0.164 0.718 4.896 70.455 41.591 4.896 LGA K 180 K 180 3.259 0 0.240 0.940 12.430 29.545 13.131 12.430 LGA K 181 K 181 1.743 0 0.368 1.010 9.110 70.000 33.737 9.110 LGA T 182 T 182 0.611 0 0.077 1.128 3.480 82.273 70.649 3.480 LGA S 183 S 183 1.046 0 0.118 0.108 1.525 69.545 63.333 1.525 LGA K 184 K 184 0.943 0 0.081 0.867 3.316 73.636 65.657 3.316 LGA L 185 L 185 0.526 0 0.052 0.077 0.534 90.909 95.455 0.438 LGA D 186 D 186 0.176 0 0.054 0.213 1.046 95.455 88.864 0.674 LGA P 187 P 187 0.438 0 0.000 0.000 0.748 90.909 92.208 0.442 LGA V 188 V 188 0.700 0 0.000 0.077 0.832 81.818 81.818 0.637 LGA E 189 E 189 0.793 0 0.000 0.169 1.550 81.818 72.929 1.550 LGA D 190 D 190 0.976 0 0.052 0.144 1.900 81.818 68.182 1.900 LGA E 191 E 191 0.507 0 0.053 0.141 0.650 90.909 93.939 0.472 LGA A 192 A 192 0.418 0 0.000 0.000 0.446 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.518 0 0.016 0.536 2.318 90.909 79.596 1.841 LGA V 194 V 194 0.452 0 0.046 0.051 0.665 100.000 92.208 0.520 LGA V 195 V 195 0.167 0 0.000 0.052 0.235 100.000 100.000 0.208 LGA Q 196 Q 196 0.289 0 0.019 0.223 1.443 100.000 88.485 1.213 LGA L 197 L 197 0.250 0 0.026 0.109 0.578 100.000 95.455 0.528 LGA I 198 I 198 0.128 0 0.105 0.118 0.409 100.000 100.000 0.291 LGA F 199 F 199 0.282 0 0.050 0.103 0.423 100.000 100.000 0.183 LGA N 200 N 200 0.330 0 0.018 0.599 1.603 100.000 91.591 1.603 LGA I 201 I 201 0.170 0 0.056 0.063 0.599 100.000 97.727 0.599 LGA F 202 F 202 0.154 0 0.052 0.091 0.828 100.000 91.736 0.828 LGA L 203 L 203 0.363 0 0.000 0.103 0.791 100.000 95.455 0.716 LGA N 204 N 204 0.210 0 0.056 0.055 1.314 95.455 84.545 1.079 LGA G 205 G 205 0.276 0 0.097 0.097 0.685 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.388 0 0.000 0.423 1.487 90.909 88.864 0.473 LGA N 207 N 207 1.272 0 0.084 0.495 2.431 65.909 58.636 1.627 LGA G 208 G 208 1.628 0 0.033 0.033 2.063 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.434 0 0.036 0.240 2.770 65.455 51.919 2.770 LGA D 210 D 210 1.361 0 0.056 0.898 2.460 65.455 60.227 2.460 LGA Y 211 Y 211 1.711 0 0.081 0.553 2.148 54.545 56.061 1.490 LGA S 212 S 212 2.335 0 0.684 0.741 6.157 34.545 23.939 6.157 LGA Y 213 Y 213 2.962 0 0.215 1.449 14.589 38.636 13.030 14.589 LGA A 215 A 215 1.108 0 0.205 0.221 2.040 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.557 0 0.026 0.195 0.623 90.909 93.182 0.431 LGA A 217 A 217 0.296 0 0.033 0.047 0.379 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.555 0 0.056 0.074 1.159 90.909 85.152 1.159 LGA H 219 H 219 0.510 0 0.005 0.079 0.794 95.455 87.273 0.692 LGA L 220 L 220 0.383 0 0.026 0.099 0.503 100.000 97.727 0.447 LGA T 221 T 221 0.174 0 0.024 0.040 0.455 100.000 100.000 0.128 LGA N 222 N 222 0.443 0 0.029 0.116 0.817 90.909 93.182 0.140 LGA L 223 L 223 0.730 0 0.040 0.039 1.071 81.818 79.773 0.962 LGA Q 224 Q 224 0.711 0 0.061 0.814 4.003 77.727 58.384 3.041 LGA I 225 I 225 0.427 0 0.048 0.092 0.455 100.000 100.000 0.278 LGA P 226 P 226 0.357 0 0.032 0.035 0.534 100.000 97.403 0.457 LGA T 227 T 227 0.193 0 0.027 0.271 0.808 100.000 97.403 0.327 LGA P 228 P 228 0.405 0 0.342 0.354 1.482 91.364 87.273 0.913 LGA S 229 S 229 0.559 0 0.132 0.123 0.965 81.818 81.818 0.672 LGA G 230 G 230 0.644 0 0.000 0.000 0.736 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.504 0 0.178 0.704 2.393 82.273 85.253 2.393 LGA K 232 K 232 0.258 0 0.149 0.762 1.399 95.455 84.242 0.923 LGA R 233 R 233 0.221 0 0.030 1.172 6.385 100.000 57.190 6.385 LGA W 234 W 234 0.229 0 0.135 0.174 0.549 95.455 96.104 0.346 LGA N 235 N 235 1.340 0 0.102 1.092 3.125 65.455 57.727 1.301 LGA Q 236 Q 236 0.845 0 0.035 1.111 3.688 81.818 59.394 3.568 LGA Y 237 Y 237 0.660 0 0.028 0.302 2.228 86.364 71.667 2.228 LGA T 238 T 238 0.655 0 0.019 0.194 1.178 81.818 79.481 1.178 LGA I 239 I 239 0.327 0 0.000 0.066 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA K 240 K 240 0.535 0 0.096 0.462 2.478 86.364 75.758 2.478 LGA A 241 A 241 0.863 0 0.171 0.180 1.607 74.091 75.636 - LGA I 242 I 242 0.294 0 0.047 0.059 0.994 100.000 90.909 0.994 LGA L 243 L 243 0.073 0 0.000 0.117 0.320 100.000 100.000 0.144 LGA Q 244 Q 244 0.284 0 0.140 0.557 2.261 86.818 77.980 2.000 LGA N 245 N 245 0.261 0 0.000 0.122 0.560 100.000 97.727 0.560 LGA E 246 E 246 0.326 0 0.000 0.324 0.959 100.000 91.919 0.959 LGA V 247 V 247 0.070 0 0.074 0.159 0.377 100.000 100.000 0.333 LGA Y 248 Y 248 0.321 0 0.059 0.106 0.905 100.000 93.939 0.905 LGA I 249 I 249 0.497 0 0.063 0.074 0.747 95.455 88.636 0.629 LGA G 250 G 250 0.097 0 0.026 0.026 0.416 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.351 0 0.075 0.107 0.426 100.000 100.000 0.251 LGA V 252 V 252 0.355 0 0.101 0.150 0.823 95.455 94.805 0.617 LGA K 253 K 253 0.369 0 0.076 0.174 1.161 95.455 84.242 1.161 LGA Y 254 Y 254 0.462 0 0.064 0.445 2.373 100.000 79.242 2.373 LGA K 255 K 255 0.903 0 0.254 0.319 2.101 66.818 75.354 0.713 LGA V 256 V 256 0.769 0 0.073 0.109 0.922 81.818 81.818 0.763 LGA R 257 R 257 0.643 0 0.084 1.259 5.809 81.818 57.686 4.287 LGA E 258 E 258 0.865 0 0.038 1.258 5.398 81.818 49.293 5.398 LGA K 259 K 259 1.078 0 0.025 0.269 2.013 69.545 64.242 2.013 LGA T 260 T 260 1.388 0 0.024 0.100 1.623 65.455 63.377 1.485 LGA K 261 K 261 1.601 0 0.080 0.845 5.662 50.909 36.364 5.662 LGA D 262 D 262 2.187 0 0.047 0.279 2.816 38.636 32.955 2.779 LGA G 263 G 263 1.739 0 0.105 0.105 1.851 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.443 0 0.000 0.486 2.379 65.455 57.576 2.379 LGA R 265 R 265 0.873 0 0.068 0.932 3.688 77.727 55.372 3.688 LGA T 266 T 266 0.950 0 0.037 0.163 1.271 81.818 74.805 1.027 LGA I 267 I 267 0.735 0 0.108 0.167 1.173 77.727 82.045 0.830 LGA R 268 R 268 0.772 0 0.012 0.991 2.544 81.818 68.264 1.872 LGA P 269 P 269 0.756 0 0.000 0.023 0.818 81.818 81.818 0.818 LGA E 270 E 270 0.928 0 0.019 0.902 2.328 81.818 68.081 1.997 LGA K 271 K 271 0.756 0 0.110 0.740 3.592 77.727 59.798 3.298 LGA E 272 E 272 0.564 0 0.108 0.314 1.501 77.727 71.111 1.137 LGA Q 273 Q 273 0.896 0 0.131 0.234 1.703 70.000 74.747 1.178 LGA I 274 I 274 0.635 0 0.047 0.104 0.868 81.818 81.818 0.868 LGA V 275 V 275 0.461 0 0.019 0.027 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA V 276 V 276 0.472 0 0.000 0.049 0.533 95.455 94.805 0.485 LGA Q 277 Q 277 0.475 0 0.056 0.891 3.149 100.000 81.010 3.149 LGA D 278 D 278 0.173 0 0.035 0.395 1.562 100.000 89.318 1.562 LGA A 279 A 279 0.293 0 0.030 0.044 0.330 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.184 0 0.038 0.138 0.429 100.000 100.000 0.294 LGA A 281 A 281 0.273 0 0.000 0.000 0.409 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.235 0 0.032 0.053 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA I 283 I 283 0.432 0 0.035 0.069 0.572 95.455 97.727 0.395 LGA I 284 I 284 0.458 0 0.019 0.114 0.575 90.909 95.455 0.290 LGA D 285 D 285 1.031 0 0.109 0.542 2.721 69.545 59.091 1.633 LGA K 286 K 286 1.072 0 0.023 0.415 1.193 65.455 69.091 1.191 LGA E 287 E 287 1.113 0 0.043 0.178 1.694 65.455 63.838 1.694 LGA Q 288 Q 288 0.824 0 0.000 0.336 1.697 81.818 78.384 0.735 LGA F 289 F 289 0.833 0 0.071 0.105 1.023 77.727 80.331 0.872 LGA Q 290 Q 290 1.056 0 0.000 0.959 2.288 77.727 68.081 2.288 LGA Q 291 Q 291 0.770 0 0.000 0.244 1.149 81.818 80.000 1.149 LGA S 292 S 292 0.606 0 0.073 0.670 2.275 81.818 74.545 2.275 LGA Q 293 Q 293 0.928 0 0.040 0.239 1.201 73.636 69.091 1.145 LGA V 294 V 294 1.159 0 0.035 0.050 1.437 69.545 67.792 1.215 LGA K 295 K 295 0.690 0 0.190 0.318 1.795 74.091 86.465 0.432 LGA I 296 I 296 0.994 0 0.062 0.114 1.511 70.000 73.864 0.931 LGA A 297 A 297 1.671 0 0.155 0.181 2.352 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.470 0 0.125 0.771 2.324 78.182 74.773 2.324 LGA K 299 K 299 3.220 0 0.373 0.798 14.419 46.364 20.606 14.419 LGA V 300 V 300 2.127 0 0.116 0.191 4.947 51.818 32.208 4.188 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.910 1.842 83.529 77.577 63.728 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.815 97.745 12.987 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.509791 * X + -0.299033 * Y + -0.806655 * Z + 155.536362 Y_new = -0.330668 * X + -0.797508 * Y + 0.504618 * Z + 152.276093 Z_new = -0.794212 * X + 0.523985 * Y + 0.307682 * Z + 142.809738 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.566178 0.917709 1.039845 [DEG: -147.0312 52.5808 59.5787 ] ZXZ: -2.129805 1.258041 -0.987594 [DEG: -122.0288 72.0804 -56.5850 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS014_6-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.745 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS014_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 6 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 152.902 187.012 153.604 1.00 89.95 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.220 187.691 154.713 1.00 89.95 C ATOM 2722 C GLY 165 150.690 187.554 154.723 1.00 89.95 C ATOM 2723 O GLY 165 150.018 188.292 155.438 1.00 89.95 O ATOM 2724 N LYS 166 150.109 186.632 153.943 1.00 90.82 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.665 186.336 153.984 1.00 90.82 C ATOM 2728 C LYS 166 148.319 185.503 155.239 1.00 90.82 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.232 185.664 152.664 1.00 90.82 C ATOM 2732 O LYS 166 149.145 184.732 155.735 1.00 90.82 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.373 186.548 151.407 1.00 90.82 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.166 185.701 150.136 1.00 90.82 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.312 186.496 148.825 1.00 90.82 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.410 185.614 147.622 1.00 90.82 N ATOM 2746 N TRP 167 147.085 185.599 155.740 1.00 92.22 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.620 184.935 156.969 1.00 92.22 C ATOM 2750 C TRP 167 145.822 183.647 156.681 1.00 92.22 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.822 185.941 157.800 1.00 92.22 C ATOM 2754 O TRP 167 144.662 183.678 156.280 1.00 92.22 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.391 185.435 159.141 1.00 92.22 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.193 184.880 159.431 1.00 92.22 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.136 185.461 160.397 1.00 92.22 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.313 184.908 161.421 1.00 92.22 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.414 185.921 160.780 1.00 92.22 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.146 184.568 160.777 1.00 92.22 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 147.005 185.289 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PRO 173 142.865 188.177 165.637 1.00 93.87 C ATOM 2839 C PRO 173 141.849 189.293 165.914 1.00 93.87 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.299 188.708 165.771 1.00 93.87 C ATOM 2843 O PRO 173 141.482 190.028 165.005 1.00 93.87 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.976 188.404 164.433 1.00 93.87 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.844 188.129 163.455 1.00 93.87 C ATOM 2850 N TYR 174 141.470 189.473 167.181 1.00 95.62 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.732 190.660 167.633 1.00 95.62 C ATOM 2854 C TYR 174 141.486 191.939 167.252 1.00 95.62 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.590 190.577 169.152 1.00 95.62 C ATOM 2858 O TYR 174 142.714 191.955 167.350 1.00 95.62 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.686 191.619 169.776 1.00 95.62 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 140.224 192.632 170.593 1.00 95.62 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 138.294 191.541 169.584 1.00 95.62 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 139.370 193.563 171.213 1.00 95.62 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 137.437 192.451 170.227 1.00 95.62 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.144 194.348 171.657 1.00 95.62 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.973 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