####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS014_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 64 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 105 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 58 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 104 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 6 10 112 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 96 122 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 31 108 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 42 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 63 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 28 100 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 28 96 122 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 99 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 99 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 90 122 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 7 24 53 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 41 61 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 108 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 38 96 122 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 27 119 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 5 13 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 109 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 80.74 91.11 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.56 0.71 0.82 0.87 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.26 1.03 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.816 0 0.000 0.000 0.861 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.861 0 0.030 0.096 1.704 81.818 71.313 1.704 LGA W 167 W 167 0.667 0 0.095 0.125 1.375 77.727 80.909 0.952 LGA I 168 I 168 0.923 0 0.049 0.570 1.657 73.636 65.909 1.484 LGA S 169 S 169 1.070 0 0.367 0.832 3.051 65.909 57.879 3.051 LGA G 170 G 170 0.891 0 0.056 0.056 1.283 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.916 0 0.106 1.289 4.906 77.727 60.227 1.473 LGA A 172 A 172 0.794 0 0.081 0.113 0.972 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.496 0 0.037 0.146 1.375 90.909 82.338 1.375 LGA Y 174 Y 174 0.484 0 0.079 0.177 0.890 95.455 86.364 0.873 LGA G 175 G 175 0.479 0 0.072 0.072 0.479 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.567 0 0.054 0.126 0.606 86.364 92.424 0.155 LGA Q 177 Q 177 0.745 0 0.077 0.151 1.483 86.364 80.202 0.954 LGA L 178 L 178 0.513 0 0.094 0.123 0.910 86.364 84.091 0.910 LGA N 179 N 179 1.010 0 0.161 0.723 4.876 70.455 41.591 4.876 LGA K 180 K 180 3.257 0 0.239 0.942 12.411 29.545 13.131 12.411 LGA K 181 K 181 1.728 0 0.363 1.017 9.159 70.000 33.737 9.159 LGA T 182 T 182 0.608 0 0.077 1.130 3.493 77.727 68.052 3.493 LGA S 183 S 183 1.112 0 0.127 0.117 1.699 69.545 63.333 1.699 LGA K 184 K 184 0.983 0 0.081 0.868 3.290 73.636 65.657 3.290 LGA L 185 L 185 0.574 0 0.063 0.081 0.589 86.364 93.182 0.463 LGA D 186 D 186 0.197 0 0.056 0.212 1.044 95.455 88.864 0.701 LGA P 187 P 187 0.442 0 0.000 0.000 0.817 90.909 92.208 0.440 LGA V 188 V 188 0.718 0 0.007 0.074 0.847 81.818 81.818 0.675 LGA E 189 E 189 0.820 0 0.000 0.166 1.581 81.818 72.929 1.581 LGA D 190 D 190 1.010 0 0.051 0.139 1.935 77.727 66.136 1.935 LGA E 191 E 191 0.542 0 0.056 0.138 0.684 90.909 87.879 0.551 LGA A 192 A 192 0.425 0 0.000 0.000 0.460 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.537 0 0.011 0.534 2.346 90.909 79.596 1.874 LGA V 194 V 194 0.471 0 0.044 0.048 0.692 100.000 92.208 0.551 LGA V 195 V 195 0.166 0 0.000 0.052 0.241 100.000 100.000 0.190 LGA Q 196 Q 196 0.291 0 0.025 0.222 1.441 100.000 88.485 1.236 LGA L 197 L 197 0.259 0 0.028 0.099 0.593 100.000 95.455 0.521 LGA I 198 I 198 0.144 0 0.102 0.118 0.393 100.000 100.000 0.335 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.045 0.097 0.421 100.000 100.000 0.205 LGA N 200 N 200 0.340 0 0.028 0.603 1.665 100.000 89.318 1.665 LGA I 201 I 201 0.182 0 0.054 0.063 0.623 100.000 97.727 0.623 LGA F 202 F 202 0.155 0 0.056 0.089 0.840 100.000 91.736 0.840 LGA L 203 L 203 0.357 0 0.010 0.101 0.784 100.000 95.455 0.716 LGA N 204 N 204 0.212 0 0.064 0.061 1.352 95.455 84.545 1.109 LGA G 205 G 205 0.272 0 0.091 0.091 0.655 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.385 0 0.000 0.425 1.489 90.909 88.864 0.480 LGA N 207 N 207 1.266 0 0.087 0.486 2.428 65.909 58.636 1.615 LGA G 208 G 208 1.638 0 0.032 0.032 2.083 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.476 0 0.033 0.226 2.815 65.455 51.919 2.815 LGA D 210 D 210 1.400 0 0.058 0.884 2.315 65.455 60.227 2.315 LGA Y 211 Y 211 1.746 0 0.073 0.552 2.161 54.545 54.848 1.497 LGA S 212 S 212 2.377 0 0.685 0.741 6.209 34.545 23.939 6.209 LGA Y 213 Y 213 2.928 0 0.213 1.650 14.615 38.636 13.030 14.615 LGA A 215 A 215 1.156 0 0.202 0.218 2.036 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.584 0 0.019 0.188 0.657 90.909 93.182 0.395 LGA A 217 A 217 0.387 0 0.017 0.033 0.448 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.592 0 0.050 0.079 1.160 86.364 82.121 1.160 LGA H 219 H 219 0.569 0 0.026 0.078 0.807 81.818 81.818 0.696 LGA L 220 L 220 0.455 0 0.020 0.108 0.499 100.000 100.000 0.452 LGA T 221 T 221 0.326 0 0.059 0.213 0.803 100.000 97.403 0.803 LGA N 222 N 222 0.445 0 0.025 0.105 0.874 90.909 90.909 0.281 LGA L 223 L 223 0.696 0 0.042 0.042 1.034 81.818 79.773 0.986 LGA Q 224 Q 224 0.596 0 0.074 0.797 4.178 77.727 58.384 3.146 LGA I 225 I 225 0.403 0 0.046 0.093 0.412 100.000 100.000 0.245 LGA P 226 P 226 0.356 0 0.028 0.036 0.548 100.000 97.403 0.487 LGA T 227 T 227 0.190 0 0.022 0.284 0.788 100.000 97.403 0.437 LGA P 228 P 228 0.410 0 0.349 0.362 1.446 91.364 87.273 0.930 LGA S 229 S 229 0.672 0 0.141 0.131 1.046 77.727 79.091 0.615 LGA G 230 G 230 0.772 0 0.000 0.000 0.840 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.519 0 0.180 0.711 2.368 77.727 83.232 2.368 LGA K 232 K 232 0.351 0 0.176 0.760 1.386 95.455 82.424 0.867 LGA R 233 R 233 0.306 0 0.031 1.199 6.732 100.000 57.025 6.732 LGA W 234 W 234 0.242 0 0.135 0.172 0.541 95.455 96.104 0.349 LGA N 235 N 235 1.380 0 0.097 1.092 3.181 65.455 57.727 1.340 LGA Q 236 Q 236 0.824 0 0.036 1.117 3.672 86.364 61.414 3.564 LGA Y 237 Y 237 0.647 0 0.025 0.302 2.231 86.364 71.667 2.231 LGA T 238 T 238 0.681 0 0.000 0.173 1.129 81.818 79.481 1.129 LGA I 239 I 239 0.357 0 0.000 0.061 0.446 100.000 100.000 0.445 LGA K 240 K 240 0.563 0 0.088 0.417 2.104 86.364 74.141 2.104 LGA A 241 A 241 0.905 0 0.184 0.193 1.717 74.091 75.636 - LGA I 242 I 242 0.298 0 0.051 0.060 1.024 100.000 88.864 1.024 LGA L 243 L 243 0.070 0 0.000 0.116 0.333 100.000 100.000 0.186 LGA Q 244 Q 244 0.345 0 0.143 0.547 2.102 86.818 77.980 1.880 LGA N 245 N 245 0.306 0 0.000 0.112 0.583 100.000 97.727 0.583 LGA E 246 E 246 0.404 0 0.000 0.368 1.122 100.000 88.081 1.122 LGA V 247 V 247 0.129 0 0.045 0.136 0.352 100.000 100.000 0.340 LGA Y 248 Y 248 0.276 0 0.035 0.085 1.017 100.000 91.061 1.017 LGA I 249 I 249 0.493 0 0.049 0.059 0.706 95.455 88.636 0.656 LGA G 250 G 250 0.099 0 0.018 0.018 0.436 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.385 0 0.066 0.097 0.454 100.000 100.000 0.282 LGA V 252 V 252 0.382 0 0.105 0.152 0.845 95.455 94.805 0.611 LGA K 253 K 253 0.405 0 0.066 0.157 1.190 95.455 84.242 1.190 LGA Y 254 Y 254 0.409 0 0.083 0.464 2.353 100.000 80.758 2.353 LGA K 255 K 255 0.991 0 0.294 0.268 2.142 66.818 73.333 1.256 LGA V 256 V 256 0.900 0 0.075 0.132 1.091 81.818 77.143 0.934 LGA R 257 R 257 0.874 0 0.108 1.228 5.494 73.636 54.545 3.989 LGA E 258 E 258 1.150 0 0.042 1.229 5.420 69.545 42.020 5.420 LGA K 259 K 259 1.369 0 0.020 0.315 2.777 65.455 59.596 2.777 LGA T 260 T 260 1.647 0 0.013 0.093 1.814 50.909 50.909 1.712 LGA K 261 K 261 1.959 0 0.077 0.833 5.963 47.727 30.909 5.963 LGA D 262 D 262 2.506 0 0.035 0.272 2.989 32.727 30.000 2.875 LGA G 263 G 263 2.075 0 0.103 0.103 2.182 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.586 0 0.000 0.467 2.354 58.182 52.727 2.354 LGA R 265 R 265 1.108 0 0.078 0.930 3.350 73.636 58.182 3.350 LGA T 266 T 266 1.119 0 0.048 0.188 1.413 69.545 67.792 1.168 LGA I 267 I 267 0.801 0 0.104 0.161 1.178 77.727 79.773 0.788 LGA R 268 R 268 0.791 0 0.014 0.980 2.902 81.818 65.455 1.652 LGA P 269 P 269 0.722 0 0.000 0.019 0.889 81.818 81.818 0.889 LGA E 270 E 270 0.695 0 0.035 0.941 3.588 81.818 68.687 3.588 LGA K 271 K 271 0.659 0 0.057 0.840 4.145 81.818 57.172 3.861 LGA E 272 E 272 0.557 0 0.099 0.405 1.247 77.727 72.727 1.030 LGA Q 273 Q 273 0.884 0 0.144 0.255 1.744 70.000 74.747 1.242 LGA I 274 I 274 0.635 0 0.063 0.104 0.801 81.818 81.818 0.801 LGA V 275 V 275 0.430 0 0.006 0.022 0.433 100.000 100.000 0.432 LGA V 276 V 276 0.467 0 0.000 0.032 0.520 95.455 94.805 0.496 LGA Q 277 Q 277 0.451 0 0.054 0.902 3.733 100.000 76.768 3.733 LGA D 278 D 278 0.220 0 0.035 0.349 1.510 100.000 89.318 1.510 LGA A 279 A 279 0.297 0 0.042 0.053 0.359 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.095 0 0.041 0.125 0.412 100.000 100.000 0.245 LGA A 281 A 281 0.200 0 0.000 0.000 0.292 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.271 0 0.034 0.050 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA I 283 I 283 0.404 0 0.026 0.060 0.557 95.455 97.727 0.368 LGA I 284 I 284 0.462 0 0.000 0.108 0.604 90.909 95.455 0.270 LGA D 285 D 285 1.035 0 0.095 0.494 2.681 69.545 59.091 1.593 LGA K 286 K 286 1.109 0 0.019 0.372 1.161 65.455 71.111 1.111 LGA E 287 E 287 1.165 0 0.045 0.211 1.698 65.455 63.838 1.698 LGA Q 288 Q 288 0.841 0 0.021 0.326 1.702 81.818 78.384 0.774 LGA F 289 F 289 0.827 0 0.060 0.102 0.985 81.818 81.818 0.867 LGA Q 290 Q 290 1.126 0 0.000 1.126 2.650 65.455 63.232 2.650 LGA Q 291 Q 291 0.784 0 0.000 0.259 1.164 81.818 80.000 1.164 LGA S 292 S 292 0.595 0 0.090 0.628 2.010 81.818 74.545 2.010 LGA Q 293 Q 293 0.955 0 0.047 0.237 1.247 73.636 70.909 1.124 LGA V 294 V 294 1.156 0 0.031 0.049 1.446 69.545 67.792 1.171 LGA K 295 K 295 0.702 0 0.205 0.325 1.858 70.000 84.646 0.425 LGA I 296 I 296 0.977 0 0.068 0.156 1.500 73.636 71.591 1.157 LGA A 297 A 297 1.682 0 0.156 0.184 2.395 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.601 0 0.129 0.701 2.048 73.636 74.545 2.048 LGA K 299 K 299 3.316 0 0.350 0.773 14.565 43.182 19.192 14.565 LGA V 300 V 300 1.989 0 0.108 0.164 4.633 62.273 40.000 3.905 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.981 0.953 1.869 82.512 76.659 62.047 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.259 97.411 12.485 LGA_LOCAL RMSD: 0.981 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.981 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.981 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.145015 * X + -0.402146 * Y + -0.904019 * Z + 155.553543 Y_new = -0.039086 * X + -0.910635 * Y + 0.411359 * Z + 152.450928 Z_new = -0.988657 * X + 0.094987 * Y + 0.116338 * Z + 142.959320 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.878321 1.420036 0.684708 [DEG: -164.9157 81.3621 39.2309 ] ZXZ: -1.997828 1.454195 -1.475013 [DEG: -114.4671 83.3192 -84.5120 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS014_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.411 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS014_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 152.865 186.973 153.623 1.00 90.01 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.183 187.664 154.724 1.00 90.01 C ATOM 2722 C GLY 165 150.652 187.536 154.718 1.00 90.01 C ATOM 2723 O GLY 165 149.978 188.304 155.399 1.00 90.01 O ATOM 2724 N LYS 166 150.074 186.596 153.956 1.00 90.63 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.630 186.301 154.000 1.00 90.63 C ATOM 2728 C LYS 166 148.286 185.474 155.256 1.00 90.63 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.193 185.615 152.690 1.00 90.63 C ATOM 2732 O LYS 166 149.111 184.702 155.751 1.00 90.63 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.320 186.485 151.424 1.00 90.63 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.068 185.626 150.171 1.00 90.63 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.218 186.399 148.849 1.00 90.63 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.271 185.495 147.662 1.00 90.63 N ATOM 2746 N TRP 167 147.055 185.578 155.760 1.00 92.34 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.591 184.921 156.992 1.00 92.34 C ATOM 2750 C TRP 167 145.779 183.641 156.709 1.00 92.34 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.804 185.935 157.823 1.00 92.34 C ATOM 2754 O TRP 167 144.633 183.684 156.270 1.00 92.34 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.371 185.433 159.165 1.00 92.34 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.168 184.891 159.458 1.00 92.34 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.118 185.453 160.420 1.00 92.34 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.290 184.912 161.446 1.00 92.34 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.403 185.897 160.799 1.00 92.34 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.119 184.581 160.803 1.00 92.34 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.989 185.277 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PRO 173 142.806 188.183 165.646 1.00 93.79 C ATOM 2839 C PRO 173 141.757 189.270 165.923 1.00 93.79 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.224 188.756 165.774 1.00 93.79 C ATOM 2843 O PRO 173 141.314 189.946 165.002 1.00 93.79 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.922 188.416 164.456 1.00 93.79 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.799 188.129 163.470 1.00 93.79 C ATOM 2850 N TYR 174 141.423 189.479 167.198 1.00 95.57 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.692 190.675 167.637 1.00 95.57 C ATOM 2854 C TYR 174 141.436 191.942 167.197 1.00 95.57 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.580 190.621 169.162 1.00 95.57 C ATOM 2858 O TYR 174 142.663 191.932 167.150 1.00 95.57 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.667 191.655 169.789 1.00 95.57 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 140.200 192.668 170.608 1.00 95.57 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 138.274 191.567 169.600 1.00 95.57 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 139.342 193.593 171.230 1.00 95.57 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 137.412 192.471 170.247 1.00 95.57 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.113 194.366 171.679 1.00 95.57 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.945 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