####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS014_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.00 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 58 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 39 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 61 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 44 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 49 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 29 103 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 47 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 6 10 19 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 5 95 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 59 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 28 105 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 28 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 61 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 47 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 62 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 64 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 61 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 29 91 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 60 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 7 101 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 22 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 80.00 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.56 0.70 0.82 0.88 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.19 1.04 1.02 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.889 0 0.039 0.039 0.974 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.919 0 0.025 0.133 1.901 81.818 71.313 1.901 LGA W 167 W 167 0.693 0 0.064 0.138 1.319 77.727 79.740 1.022 LGA I 168 I 168 0.973 0 0.035 0.412 1.752 73.636 65.909 1.558 LGA S 169 S 169 1.082 0 0.078 0.801 2.966 69.545 61.818 2.966 LGA G 170 G 170 1.198 0 0.024 0.024 1.393 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.908 0 0.124 1.293 4.837 73.636 56.364 1.523 LGA A 172 A 172 0.798 0 0.076 0.106 1.001 90.909 85.818 - LGA P 173 P 173 0.468 0 0.032 0.169 1.343 95.455 84.935 1.343 LGA Y 174 Y 174 0.482 0 0.055 0.150 0.900 95.455 86.364 0.882 LGA G 175 G 175 0.462 0 0.069 0.069 0.464 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.611 0 0.053 0.167 0.647 86.364 92.424 0.490 LGA Q 177 Q 177 0.758 0 0.082 0.153 1.511 86.364 78.586 0.966 LGA L 178 L 178 0.519 0 0.093 0.123 0.984 86.364 84.091 0.984 LGA N 179 N 179 0.989 0 0.162 0.721 4.840 74.545 43.636 4.840 LGA K 180 K 180 3.360 0 0.238 0.939 12.538 29.545 13.131 12.538 LGA K 181 K 181 1.644 0 0.363 1.011 8.964 78.636 38.182 8.964 LGA T 182 T 182 0.615 0 0.070 1.125 3.518 77.727 67.013 3.518 LGA S 183 S 183 1.096 0 0.118 0.109 1.590 69.545 63.333 1.590 LGA K 184 K 184 1.011 0 0.076 0.872 3.334 69.545 63.838 3.334 LGA L 185 L 185 0.574 0 0.049 0.076 0.593 90.909 86.364 0.505 LGA D 186 D 186 0.129 0 0.054 0.226 1.078 95.455 88.864 0.583 LGA P 187 P 187 0.446 0 0.000 0.000 0.817 90.909 89.610 0.506 LGA V 188 V 188 0.745 0 0.005 0.084 0.902 81.818 81.818 0.684 LGA E 189 E 189 0.830 0 0.000 0.171 1.603 81.818 72.929 1.603 LGA D 190 D 190 1.014 0 0.052 0.140 1.963 77.727 66.136 1.963 LGA E 191 E 191 0.542 0 0.055 0.144 0.683 90.909 89.899 0.517 LGA A 192 A 192 0.438 0 0.000 0.000 0.470 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.542 0 0.016 0.536 2.362 90.909 79.596 1.895 LGA V 194 V 194 0.484 0 0.052 0.052 0.693 100.000 92.208 0.556 LGA V 195 V 195 0.190 0 0.000 0.053 0.262 100.000 100.000 0.234 LGA Q 196 Q 196 0.296 0 0.014 0.220 1.421 100.000 88.485 1.241 LGA L 197 L 197 0.264 0 0.030 0.087 0.613 100.000 95.455 0.510 LGA I 198 I 198 0.170 0 0.101 0.116 0.347 100.000 100.000 0.312 LGA F 199 F 199 0.275 0 0.046 0.101 0.416 100.000 100.000 0.173 LGA N 200 N 200 0.328 0 0.020 0.593 1.658 100.000 89.318 1.658 LGA I 201 I 201 0.193 0 0.050 0.063 0.607 100.000 97.727 0.607 LGA F 202 F 202 0.143 0 0.043 0.087 0.825 100.000 91.736 0.825 LGA L 203 L 203 0.339 0 0.021 0.109 0.745 100.000 95.455 0.699 LGA N 204 N 204 0.232 0 0.056 0.058 1.338 95.455 84.545 1.072 LGA G 205 G 205 0.345 0 0.088 0.088 0.658 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.472 0 0.000 0.427 1.477 90.909 86.591 0.510 LGA N 207 N 207 1.381 0 0.086 0.498 2.618 61.818 53.409 1.737 LGA G 208 G 208 1.715 0 0.016 0.016 2.120 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.534 0 0.041 0.247 2.861 61.818 47.677 2.861 LGA D 210 D 210 1.440 0 0.055 0.912 2.543 65.455 60.682 2.543 LGA Y 211 Y 211 1.800 0 0.087 0.534 2.199 54.545 52.424 1.562 LGA S 212 S 212 2.364 0 0.684 0.746 6.162 34.545 23.939 6.162 LGA Y 213 Y 213 2.976 0 0.213 1.457 14.596 38.636 13.030 14.596 LGA A 215 A 215 1.172 0 0.203 0.219 2.087 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.594 0 0.015 0.194 0.670 90.909 93.182 0.408 LGA A 217 A 217 0.343 0 0.032 0.046 0.421 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.612 0 0.059 0.078 1.208 90.909 85.152 1.208 LGA H 219 H 219 0.560 0 0.026 0.075 0.803 86.364 83.636 0.740 LGA L 220 L 220 0.422 0 0.016 0.082 0.492 100.000 100.000 0.427 LGA T 221 T 221 0.185 0 0.038 0.044 0.404 100.000 100.000 0.100 LGA N 222 N 222 0.426 0 0.038 0.120 0.866 90.909 93.182 0.165 LGA L 223 L 223 0.708 0 0.031 0.039 1.060 81.818 79.773 0.980 LGA Q 224 Q 224 0.646 0 0.069 0.803 4.108 77.727 58.384 3.103 LGA I 225 I 225 0.405 0 0.055 0.093 0.425 100.000 100.000 0.248 LGA P 226 P 226 0.333 0 0.036 0.039 0.522 100.000 97.403 0.446 LGA T 227 T 227 0.201 0 0.024 0.270 0.794 100.000 97.403 0.350 LGA P 228 P 228 0.419 0 0.344 0.360 1.467 91.364 87.273 0.924 LGA S 229 S 229 0.570 0 0.136 0.125 1.012 77.727 79.091 0.712 LGA G 230 G 230 0.668 0 0.000 0.000 0.768 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.498 0 0.182 0.705 2.418 86.818 87.273 2.418 LGA K 232 K 232 0.296 0 0.148 0.757 1.367 95.455 84.242 0.860 LGA R 233 R 233 0.196 0 0.022 1.163 6.327 100.000 57.190 6.327 LGA W 234 W 234 0.249 0 0.133 0.166 0.530 100.000 97.403 0.330 LGA N 235 N 235 1.379 0 0.102 1.080 3.038 65.455 57.727 1.372 LGA Q 236 Q 236 0.842 0 0.042 1.123 3.695 86.364 63.232 3.584 LGA Y 237 Y 237 0.571 0 0.030 0.304 2.291 86.364 73.030 2.291 LGA T 238 T 238 0.647 0 0.014 0.218 1.264 81.818 79.481 1.264 LGA I 239 I 239 0.331 0 0.019 0.063 0.446 100.000 100.000 0.446 LGA K 240 K 240 0.493 0 0.094 0.451 2.413 90.909 77.778 2.413 LGA A 241 A 241 0.835 0 0.184 0.192 1.651 74.091 75.636 - LGA I 242 I 242 0.306 0 0.049 0.062 1.032 100.000 88.864 1.032 LGA L 243 L 243 0.026 0 0.000 0.119 0.302 100.000 100.000 0.157 LGA Q 244 Q 244 0.263 0 0.132 0.562 2.240 86.818 76.566 2.002 LGA N 245 N 245 0.256 0 0.000 0.094 0.568 100.000 97.727 0.568 LGA E 246 E 246 0.373 0 0.018 0.365 1.178 100.000 88.081 1.178 LGA V 247 V 247 0.156 0 0.086 0.170 0.506 95.455 97.403 0.313 LGA Y 248 Y 248 0.363 0 0.068 0.125 0.950 100.000 92.424 0.950 LGA I 249 I 249 0.493 0 0.068 0.072 0.750 95.455 88.636 0.644 LGA G 250 G 250 0.085 0 0.026 0.026 0.442 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.383 0 0.056 0.096 0.419 100.000 100.000 0.276 LGA V 252 V 252 0.386 0 0.092 0.142 0.744 95.455 94.805 0.616 LGA K 253 K 253 0.443 0 0.075 0.158 1.190 95.455 84.242 1.190 LGA Y 254 Y 254 0.474 0 0.076 0.465 2.489 95.455 77.727 2.489 LGA K 255 K 255 0.981 0 0.109 0.246 1.540 77.727 71.111 1.540 LGA V 256 V 256 0.845 0 0.085 0.102 1.030 81.818 79.481 0.969 LGA R 257 R 257 0.992 0 0.073 1.247 5.826 73.636 53.058 3.849 LGA E 258 E 258 1.185 0 0.036 1.220 5.367 65.455 40.202 5.367 LGA K 259 K 259 1.517 0 0.017 0.288 2.651 54.545 51.515 2.651 LGA T 260 T 260 1.774 0 0.022 0.098 1.975 50.909 50.909 1.831 LGA K 261 K 261 2.110 0 0.086 0.850 6.242 41.364 28.081 6.242 LGA D 262 D 262 2.553 0 0.053 0.278 3.209 30.000 25.227 3.069 LGA G 263 G 263 2.171 0 0.118 0.118 2.255 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.714 0 0.000 0.460 2.309 50.909 46.667 2.302 LGA R 265 R 265 1.249 0 0.080 0.939 3.605 65.909 53.388 3.605 LGA T 266 T 266 1.219 0 0.043 0.188 1.477 65.455 65.455 1.314 LGA I 267 I 267 0.858 0 0.099 0.153 1.293 77.727 79.773 0.877 LGA R 268 R 268 0.710 0 0.000 0.977 3.880 81.818 61.653 2.016 LGA P 269 P 269 0.616 0 0.017 0.021 0.808 81.818 81.818 0.808 LGA E 270 E 270 0.699 0 0.023 0.900 2.605 81.818 62.626 2.605 LGA K 271 K 271 0.601 0 0.047 0.827 4.328 81.818 56.566 4.059 LGA E 272 E 272 0.562 0 0.075 0.196 1.370 81.818 76.364 1.229 LGA Q 273 Q 273 0.810 0 0.139 0.243 1.554 74.091 76.566 1.280 LGA I 274 I 274 0.609 0 0.085 0.101 0.794 81.818 81.818 0.732 LGA V 275 V 275 0.371 0 0.014 0.026 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA V 276 V 276 0.439 0 0.000 0.035 0.510 100.000 97.403 0.510 LGA Q 277 Q 277 0.459 0 0.055 0.874 3.520 100.000 78.384 3.520 LGA D 278 D 278 0.216 0 0.041 0.331 1.448 100.000 91.136 1.448 LGA A 279 A 279 0.335 0 0.038 0.050 0.398 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.157 0 0.040 0.180 0.459 100.000 100.000 0.380 LGA A 281 A 281 0.359 0 0.000 0.000 0.567 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.170 0 0.030 0.047 0.442 100.000 100.000 0.442 LGA I 283 I 283 0.361 0 0.029 0.083 0.532 95.455 97.727 0.355 LGA I 284 I 284 0.425 0 0.000 0.073 0.583 90.909 95.455 0.249 LGA D 285 D 285 0.950 0 0.077 0.359 2.336 77.727 66.364 1.469 LGA K 286 K 286 1.035 0 0.008 0.369 1.164 65.455 71.111 1.164 LGA E 287 E 287 1.174 0 0.032 0.265 1.781 65.455 60.606 1.781 LGA Q 288 Q 288 0.792 0 0.000 0.300 1.802 81.818 76.566 0.880 LGA F 289 F 289 0.807 0 0.072 0.102 0.980 81.818 81.818 0.856 LGA Q 290 Q 290 1.068 0 0.000 1.029 2.516 77.727 68.687 2.516 LGA Q 291 Q 291 0.724 0 0.000 0.265 1.118 81.818 80.000 1.118 LGA S 292 S 292 0.552 0 0.072 0.672 2.241 81.818 74.545 2.241 LGA Q 293 Q 293 0.910 0 0.043 0.237 1.206 73.636 72.727 1.096 LGA V 294 V 294 1.121 0 0.024 0.041 1.403 69.545 67.792 1.141 LGA K 295 K 295 0.686 0 0.166 0.287 1.697 74.091 84.444 0.470 LGA I 296 I 296 1.013 0 0.069 0.108 1.536 65.909 71.818 0.863 LGA A 297 A 297 1.695 0 0.153 0.180 2.402 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.633 0 0.130 0.713 2.002 73.636 74.545 2.002 LGA K 299 K 299 3.363 0 0.373 0.753 14.523 43.182 19.192 14.523 LGA V 300 V 300 2.183 0 0.124 0.188 5.045 51.818 31.429 4.542 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.002 0.964 1.880 82.505 76.275 61.070 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.889 97.199 12.252 LGA_LOCAL RMSD: 1.002 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.002 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.002 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.770872 * X + 0.020242 * Y + -0.636669 * Z + 156.062256 Y_new = -0.525822 * X + -0.584369 * Y + 0.618081 * Z + 152.155487 Z_new = -0.359538 * X + 0.811235 * Y + 0.461117 * Z + 143.182022 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.542972 0.367773 1.053926 [DEG: -145.7016 21.0718 60.3855 ] ZXZ: -2.341381 1.091542 -0.417183 [DEG: -134.1513 62.5408 -23.9029 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS014_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.199 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS014_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 152.814 186.951 153.673 1.00 90.75 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.105 187.663 154.744 1.00 90.75 C ATOM 2722 C GLY 165 150.576 187.510 154.719 1.00 90.75 C ATOM 2723 O GLY 165 149.884 188.235 155.427 1.00 90.75 O ATOM 2724 N LYS 166 150.024 186.586 153.920 1.00 91.51 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.591 186.237 153.955 1.00 91.51 C ATOM 2728 C LYS 166 148.279 185.425 155.233 1.00 91.51 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.197 185.482 152.668 1.00 91.51 C ATOM 2732 O LYS 166 149.124 184.673 155.720 1.00 91.51 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.293 186.258 151.337 1.00 91.51 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.094 185.287 150.150 1.00 91.51 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.049 185.951 148.763 1.00 91.51 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.233 184.954 147.665 1.00 91.51 N ATOM 2746 N TRP 167 147.057 185.519 155.763 1.00 92.63 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.622 184.862 157.008 1.00 92.63 C ATOM 2750 C TRP 167 145.846 183.558 156.735 1.00 92.63 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.812 185.867 157.833 1.00 92.63 C ATOM 2754 O TRP 167 144.746 183.566 156.188 1.00 92.63 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.397 185.388 159.190 1.00 92.63 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.196 184.853 159.507 1.00 92.63 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.153 185.439 160.439 1.00 92.63 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.335 184.919 161.485 1.00 92.63 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.440 185.894 160.800 1.00 92.63 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.160 184.573 160.859 1.00 92.63 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 147.048 185.322 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PRO 173 142.857 188.170 165.681 1.00 93.83 C ATOM 2839 C PRO 173 141.851 189.297 165.954 1.00 93.83 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.297 188.682 165.820 1.00 93.83 C ATOM 2843 O PRO 173 141.483 190.027 165.039 1.00 93.83 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.965 188.395 164.473 1.00 93.83 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.827 188.132 163.497 1.00 93.83 C ATOM 2850 N TYR 174 141.480 189.487 167.221 1.00 95.53 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.748 190.679 167.668 1.00 95.53 C ATOM 2854 C TYR 174 141.499 191.952 167.272 1.00 95.53 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.617 190.611 169.190 1.00 95.53 C ATOM 2858 O TYR 174 142.729 191.965 167.351 1.00 95.53 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.703 191.650 169.807 1.00 95.53 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 140.232 192.666 170.625 1.00 95.53 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 138.313 191.562 169.609 1.00 95.53 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 139.369 193.595 171.238 1.00 95.53 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 137.447 192.467 170.248 1.00 95.53 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.136 194.363 171.674 1.00 95.53 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.973 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