####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS014_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 52 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 30 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 53 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 47 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 6 10 19 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 99 124 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 28 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 67 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 24 108 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 24 97 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 103 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 105 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 90 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 22 37 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 38 62 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 42 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 67 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 67 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 67 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 67 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 47 96 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 60 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 6 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 5 13 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 84.44 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.56 0.69 0.77 0.84 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.07 0.95 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.831 0 0.028 0.028 0.880 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.828 0 0.031 0.132 1.875 81.818 71.313 1.875 LGA W 167 W 167 0.561 0 0.093 0.131 1.252 77.727 83.506 0.944 LGA I 168 I 168 0.748 0 0.037 0.563 1.616 77.727 67.955 1.538 LGA S 169 S 169 0.854 0 0.217 0.741 2.760 77.727 70.000 2.760 LGA G 170 G 170 0.880 0 0.036 0.036 1.167 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.798 0 0.111 1.288 4.797 77.727 60.227 1.419 LGA A 172 A 172 0.757 0 0.079 0.109 0.939 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.497 0 0.043 0.152 1.405 90.909 82.338 1.405 LGA Y 174 Y 174 0.505 0 0.087 0.201 0.864 86.364 83.333 0.811 LGA G 175 G 175 0.491 0 0.082 0.082 0.491 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.578 0 0.060 0.147 0.603 86.364 92.424 0.284 LGA Q 177 Q 177 0.722 0 0.079 0.150 1.506 86.364 78.586 0.991 LGA L 178 L 178 0.475 0 0.098 0.131 0.850 90.909 86.364 0.850 LGA N 179 N 179 1.056 0 0.163 0.711 4.887 70.455 41.591 4.887 LGA K 180 K 180 3.246 0 0.235 0.938 12.387 29.545 13.131 12.387 LGA K 181 K 181 1.763 0 0.369 1.007 9.088 70.000 33.737 9.088 LGA T 182 T 182 0.613 0 0.071 1.128 3.472 82.273 70.649 3.472 LGA S 183 S 183 1.028 0 0.122 0.112 1.530 69.545 65.758 1.530 LGA K 184 K 184 0.922 0 0.082 0.871 3.339 73.636 65.657 3.339 LGA L 185 L 185 0.529 0 0.056 0.078 0.529 86.364 93.182 0.432 LGA D 186 D 186 0.185 0 0.057 0.215 1.041 95.455 88.864 0.725 LGA P 187 P 187 0.456 0 0.000 0.000 0.792 90.909 92.208 0.472 LGA V 188 V 188 0.713 0 0.019 0.081 0.865 81.818 81.818 0.639 LGA E 189 E 189 0.787 0 0.000 0.170 1.537 81.818 72.929 1.537 LGA D 190 D 190 0.948 0 0.049 0.141 1.853 81.818 68.182 1.853 LGA E 191 E 191 0.503 0 0.053 0.138 0.640 90.909 95.960 0.478 LGA A 192 A 192 0.410 0 0.000 0.000 0.436 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.501 0 0.020 0.534 2.278 95.455 81.616 1.808 LGA V 194 V 194 0.431 0 0.053 0.056 0.636 100.000 92.208 0.501 LGA V 195 V 195 0.161 0 0.000 0.046 0.269 100.000 100.000 0.269 LGA Q 196 Q 196 0.278 0 0.033 0.223 1.456 100.000 88.485 1.181 LGA L 197 L 197 0.237 0 0.034 0.098 0.536 100.000 97.727 0.452 LGA I 198 I 198 0.113 0 0.105 0.118 0.421 100.000 100.000 0.299 LGA F 199 F 199 0.267 0 0.050 0.087 0.446 100.000 100.000 0.201 LGA N 200 N 200 0.328 0 0.021 0.566 1.541 100.000 91.591 1.541 LGA I 201 I 201 0.151 0 0.055 0.064 0.545 100.000 97.727 0.545 LGA F 202 F 202 0.136 0 0.050 0.095 0.798 100.000 91.736 0.798 LGA L 203 L 203 0.344 0 0.000 0.092 0.729 100.000 95.455 0.697 LGA N 204 N 204 0.200 0 0.057 0.055 1.278 95.455 84.545 1.067 LGA G 205 G 205 0.257 0 0.092 0.092 0.721 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.359 0 0.000 0.423 1.504 90.909 87.045 0.442 LGA N 207 N 207 1.229 0 0.084 0.489 2.333 69.545 62.273 1.582 LGA G 208 G 208 1.600 0 0.039 0.039 2.043 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.388 0 0.035 0.248 2.774 65.455 54.949 2.774 LGA D 210 D 210 1.323 0 0.061 0.913 2.546 65.455 58.864 2.546 LGA Y 211 Y 211 1.669 0 0.082 0.557 2.109 54.545 56.061 1.455 LGA S 212 S 212 2.293 0 0.684 0.742 6.118 34.545 23.939 6.118 LGA Y 213 Y 213 2.973 0 0.216 1.419 14.670 38.636 13.030 14.670 LGA A 215 A 215 1.070 0 0.204 0.220 2.013 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.523 0 0.000 0.192 0.584 90.909 93.182 0.438 LGA A 217 A 217 0.265 0 0.025 0.038 0.348 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.492 0 0.052 0.077 1.119 100.000 91.212 1.119 LGA H 219 H 219 0.464 0 0.022 0.078 0.748 100.000 90.909 0.653 LGA L 220 L 220 0.372 0 0.027 0.102 0.465 100.000 100.000 0.397 LGA T 221 T 221 0.222 0 0.054 0.218 0.717 100.000 97.403 0.717 LGA N 222 N 222 0.432 0 0.036 0.106 0.788 90.909 93.182 0.192 LGA L 223 L 223 0.721 0 0.039 0.038 1.049 81.818 79.773 0.934 LGA Q 224 Q 224 0.738 0 0.074 0.804 4.066 77.727 58.384 3.082 LGA I 225 I 225 0.496 0 0.047 0.095 0.507 95.455 97.727 0.294 LGA P 226 P 226 0.414 0 0.024 0.036 0.581 100.000 97.403 0.496 LGA T 227 T 227 0.189 0 0.030 0.279 0.894 100.000 97.403 0.274 LGA P 228 P 228 0.411 0 0.344 0.359 1.496 91.364 87.273 0.942 LGA S 229 S 229 0.531 0 0.140 0.129 0.939 81.818 81.818 0.784 LGA G 230 G 230 0.630 0 0.022 0.022 0.816 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.489 0 0.182 0.694 2.305 83.182 85.657 2.305 LGA K 232 K 232 0.318 0 0.163 0.757 1.351 90.909 82.222 0.884 LGA R 233 R 233 0.406 0 0.024 1.225 6.848 100.000 55.372 6.848 LGA W 234 W 234 0.182 0 0.141 0.177 0.553 95.455 98.701 0.297 LGA N 235 N 235 1.321 0 0.099 1.094 3.139 73.636 61.818 1.264 LGA Q 236 Q 236 0.867 0 0.032 1.115 3.656 81.818 59.394 3.546 LGA Y 237 Y 237 0.643 0 0.033 0.304 2.286 86.364 71.667 2.286 LGA T 238 T 238 0.613 0 0.013 0.174 1.051 86.364 82.078 1.051 LGA I 239 I 239 0.318 0 0.016 0.068 0.396 100.000 100.000 0.386 LGA K 240 K 240 0.549 0 0.092 0.428 2.263 86.364 75.758 2.263 LGA A 241 A 241 0.871 0 0.192 0.200 1.727 74.091 75.636 - LGA I 242 I 242 0.286 0 0.055 0.065 1.006 100.000 88.864 1.006 LGA L 243 L 243 0.075 0 0.007 0.126 0.308 100.000 100.000 0.146 LGA Q 244 Q 244 0.314 0 0.156 0.551 2.218 86.818 77.980 1.981 LGA N 245 N 245 0.238 0 0.000 0.119 0.525 100.000 97.727 0.525 LGA E 246 E 246 0.318 0 0.005 0.345 1.050 100.000 90.101 1.050 LGA V 247 V 247 0.065 0 0.068 0.159 0.374 100.000 100.000 0.335 LGA Y 248 Y 248 0.292 0 0.054 0.085 1.067 100.000 91.061 1.067 LGA I 249 I 249 0.469 0 0.053 0.066 0.667 95.455 88.636 0.601 LGA G 250 G 250 0.066 0 0.021 0.021 0.407 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.313 0 0.063 0.096 0.379 100.000 100.000 0.268 LGA V 252 V 252 0.315 0 0.102 0.147 0.828 95.455 94.805 0.569 LGA K 253 K 253 0.407 0 0.074 0.166 1.253 95.455 84.242 1.253 LGA Y 254 Y 254 0.446 0 0.060 0.412 2.485 100.000 76.364 2.485 LGA K 255 K 255 0.877 0 0.243 0.324 2.082 66.818 75.354 0.637 LGA V 256 V 256 0.740 0 0.076 0.125 1.003 81.818 79.481 0.764 LGA R 257 R 257 0.625 0 0.108 1.255 6.025 77.727 57.355 4.458 LGA E 258 E 258 0.836 0 0.034 1.237 5.187 81.818 49.293 5.187 LGA K 259 K 259 1.031 0 0.020 0.244 1.971 69.545 67.475 1.971 LGA T 260 T 260 1.281 0 0.023 0.103 1.492 65.455 65.455 1.353 LGA K 261 K 261 1.526 0 0.074 0.848 5.668 54.545 37.980 5.668 LGA D 262 D 262 2.120 0 0.038 0.272 2.610 41.364 37.045 2.560 LGA G 263 G 263 1.692 0 0.106 0.106 1.791 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.249 0 0.000 0.470 2.179 65.455 59.192 2.179 LGA R 265 R 265 0.785 0 0.054 0.940 3.635 77.727 56.033 3.635 LGA T 266 T 266 0.873 0 0.044 0.177 1.137 81.818 77.143 0.986 LGA I 267 I 267 0.647 0 0.108 0.172 1.119 77.727 82.045 0.713 LGA R 268 R 268 0.702 0 0.014 0.980 2.786 81.818 68.264 1.673 LGA P 269 P 269 0.700 0 0.000 0.028 0.736 81.818 81.818 0.736 LGA E 270 E 270 0.866 0 0.038 0.957 3.719 81.818 66.869 3.719 LGA K 271 K 271 0.724 0 0.109 0.687 3.089 77.727 61.616 2.677 LGA E 272 E 272 0.512 0 0.104 0.252 1.403 77.727 74.545 1.100 LGA Q 273 Q 273 0.886 0 0.128 0.241 1.707 70.000 74.747 1.273 LGA I 274 I 274 0.646 0 0.054 0.110 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA V 275 V 275 0.428 0 0.022 0.024 0.428 100.000 100.000 0.424 LGA V 276 V 276 0.424 0 0.000 0.051 0.516 100.000 97.403 0.472 LGA Q 277 Q 277 0.343 0 0.049 0.919 4.035 100.000 76.566 4.035 LGA D 278 D 278 0.186 0 0.038 0.361 1.497 100.000 93.409 1.497 LGA A 279 A 279 0.250 0 0.039 0.051 0.325 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.115 0 0.037 0.135 0.393 100.000 100.000 0.265 LGA A 281 A 281 0.273 0 0.000 0.000 0.380 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.230 0 0.038 0.054 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA I 283 I 283 0.471 0 0.027 0.070 0.613 95.455 95.455 0.442 LGA I 284 I 284 0.496 0 0.020 0.137 0.590 90.909 95.455 0.352 LGA D 285 D 285 1.117 0 0.124 0.986 3.442 69.545 57.955 1.668 LGA K 286 K 286 1.083 0 0.087 0.364 1.253 65.455 69.091 1.151 LGA E 287 E 287 1.121 0 0.045 0.114 1.777 73.636 64.242 1.777 LGA Q 288 Q 288 0.799 0 0.000 0.629 2.382 81.818 76.970 0.702 LGA F 289 F 289 0.784 0 0.059 0.111 0.944 81.818 81.818 0.820 LGA Q 290 Q 290 1.038 0 0.000 1.132 2.780 77.727 68.687 2.780 LGA Q 291 Q 291 0.747 0 0.000 0.251 1.183 81.818 80.000 1.183 LGA S 292 S 292 0.538 0 0.091 0.574 1.737 81.818 76.667 1.737 LGA Q 293 Q 293 0.841 0 0.047 0.236 1.149 73.636 76.364 0.999 LGA V 294 V 294 1.084 0 0.034 0.052 1.376 69.545 67.792 1.138 LGA K 295 K 295 0.603 0 0.213 0.353 1.855 74.091 84.444 0.412 LGA I 296 I 296 0.897 0 0.062 0.138 1.414 73.636 75.682 0.995 LGA A 297 A 297 1.581 0 0.151 0.178 2.276 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.530 0 0.115 0.701 2.026 73.636 74.545 2.026 LGA K 299 K 299 3.190 0 0.373 0.836 14.416 46.364 20.606 14.416 LGA V 300 V 300 2.042 0 0.119 0.193 4.798 55.000 34.026 4.176 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.917 0.889 1.841 83.798 77.884 63.254 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.370 97.969 13.271 LGA_LOCAL RMSD: 0.917 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.917 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.917 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.377569 * X + -0.363403 * Y + -0.851692 * Z + 155.443085 Y_new = -0.206968 * X + -0.863384 * Y + 0.460144 * Z + 152.391708 Z_new = -0.902555 * X + 0.350010 * Y + 0.250775 * Z + 142.767288 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.640163 1.125667 0.949096 [DEG: -151.2702 64.4960 54.3792 ] ZXZ: -2.066139 1.317316 -1.200852 [DEG: -118.3810 75.4767 -68.8038 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS014_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.969 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS014_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 152.887 187.035 153.621 1.00 89.77 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.174 187.724 154.704 1.00 89.77 C ATOM 2722 C GLY 165 150.644 187.586 154.662 1.00 89.77 C ATOM 2723 O GLY 165 149.952 188.310 155.372 1.00 89.77 O ATOM 2724 N LYS 166 150.089 186.675 153.848 1.00 90.68 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.656 186.334 153.880 1.00 90.68 C ATOM 2728 C LYS 166 148.336 185.533 155.163 1.00 90.68 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.257 185.579 152.590 1.00 90.68 C ATOM 2732 O LYS 166 149.175 184.778 155.663 1.00 90.68 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.339 186.361 151.262 1.00 90.68 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.107 185.412 150.062 1.00 90.68 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.050 186.108 148.689 1.00 90.68 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.194 185.137 147.561 1.00 90.68 N ATOM 2746 N TRP 167 147.111 185.631 155.684 1.00 92.31 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.660 184.962 156.915 1.00 92.31 C ATOM 2750 C TRP 167 145.879 183.667 156.617 1.00 92.31 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.848 185.955 157.748 1.00 92.31 C ATOM 2754 O TRP 167 144.733 183.690 156.175 1.00 92.31 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.413 185.443 159.087 1.00 92.31 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.213 184.889 159.372 1.00 92.31 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.153 185.466 160.348 1.00 92.31 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.323 184.914 161.366 1.00 92.31 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.430 185.922 160.738 1.00 92.31 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.160 184.575 160.715 1.00 92.31 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 147.005 185.292 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PRO 173 142.862 188.168 165.610 1.00 93.97 C ATOM 2839 C PRO 173 141.804 189.247 165.886 1.00 93.97 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.277 188.748 165.737 1.00 93.97 C ATOM 2843 O PRO 173 141.333 189.899 164.961 1.00 93.97 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.971 188.426 164.412 1.00 93.97 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.846 188.133 163.429 1.00 93.97 C ATOM 2850 N TYR 174 141.493 189.476 167.162 1.00 95.67 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.764 190.674 167.596 1.00 95.67 C ATOM 2854 C TYR 174 141.494 191.938 167.127 1.00 95.67 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.670 190.637 169.123 1.00 95.67 C ATOM 2858 O TYR 174 142.719 191.924 167.019 1.00 95.67 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.734 191.650 169.753 1.00 95.67 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 140.244 192.659 170.590 1.00 95.67 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 138.344 191.540 169.556 1.00 95.67 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 139.366 193.559 171.223 1.00 95.67 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 137.463 192.418 170.213 1.00 95.67 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.122 194.286 171.674 1.00 95.67 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.972 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