####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS014_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 46 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 59 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 24 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 40 109 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 7 11 112 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 30 98 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 64 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 68 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 68 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 67 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 67 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 11 92 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 49 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 5 68 106 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 82.96 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.54 0.70 0.75 0.79 0.89 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.08 0.95 0.93 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.835 0 0.030 0.030 0.863 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.809 0 0.053 0.159 1.842 81.818 72.929 1.842 LGA W 167 W 167 0.316 0 0.041 0.108 0.835 95.455 90.909 0.781 LGA I 168 I 168 0.546 0 0.032 0.076 0.908 86.364 84.091 0.908 LGA S 169 S 169 0.760 0 0.086 0.569 2.450 77.727 71.818 2.450 LGA G 170 G 170 0.891 0 0.000 0.000 0.894 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.713 0 0.110 1.362 4.525 77.727 58.409 1.791 LGA A 172 A 172 0.786 0 0.056 0.074 0.890 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.393 0 0.031 0.090 0.776 95.455 92.208 0.674 LGA Y 174 Y 174 0.472 0 0.045 0.143 0.806 100.000 87.879 0.756 LGA G 175 G 175 0.443 0 0.059 0.059 0.443 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.458 0 0.067 0.114 0.509 95.455 98.485 0.076 LGA Q 177 Q 177 0.743 0 0.067 0.121 0.863 86.364 83.838 0.834 LGA L 178 L 178 0.517 0 0.099 0.146 0.842 86.364 84.091 0.806 LGA N 179 N 179 1.112 0 0.170 0.705 4.922 65.909 39.318 4.922 LGA K 180 K 180 3.210 0 0.222 0.938 12.240 29.545 13.131 12.240 LGA K 181 K 181 1.834 0 0.380 0.982 8.839 70.000 33.737 8.839 LGA T 182 T 182 0.674 0 0.061 1.123 3.395 86.364 72.987 3.395 LGA S 183 S 183 0.915 0 0.124 0.112 1.291 82.273 76.667 1.251 LGA K 184 K 184 0.843 0 0.077 0.875 3.326 73.636 65.657 3.326 LGA L 185 L 185 0.524 0 0.070 0.092 0.627 90.909 95.455 0.424 LGA D 186 D 186 0.206 0 0.049 0.221 0.946 100.000 97.727 0.376 LGA P 187 P 187 0.438 0 0.000 0.045 0.622 90.909 94.805 0.416 LGA V 188 V 188 0.734 0 0.000 0.056 0.834 81.818 81.818 0.672 LGA E 189 E 189 0.771 0 0.000 0.158 1.237 81.818 78.182 1.237 LGA D 190 D 190 0.862 0 0.061 0.183 1.815 86.364 70.455 1.815 LGA E 191 E 191 0.457 0 0.051 0.138 0.587 95.455 97.980 0.412 LGA A 192 A 192 0.421 0 0.000 0.000 0.439 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.466 0 0.020 0.541 2.082 100.000 85.657 1.568 LGA V 194 V 194 0.365 0 0.040 0.044 0.572 100.000 97.403 0.433 LGA V 195 V 195 0.127 0 0.000 0.039 0.207 100.000 100.000 0.207 LGA Q 196 Q 196 0.276 0 0.020 0.206 1.320 100.000 90.303 1.027 LGA L 197 L 197 0.263 0 0.038 0.106 0.456 100.000 100.000 0.374 LGA I 198 I 198 0.104 0 0.108 0.121 0.469 100.000 100.000 0.284 LGA F 199 F 199 0.291 0 0.055 0.092 0.457 100.000 100.000 0.166 LGA N 200 N 200 0.325 0 0.016 0.584 1.277 100.000 91.364 1.190 LGA I 201 I 201 0.209 0 0.066 0.114 0.839 95.455 95.455 0.839 LGA F 202 F 202 0.200 0 0.034 0.069 0.689 100.000 93.388 0.689 LGA L 203 L 203 0.420 0 0.036 0.110 0.809 95.455 93.182 0.704 LGA N 204 N 204 0.244 0 0.048 0.047 1.045 95.455 88.864 0.921 LGA G 205 G 205 0.319 0 0.082 0.082 0.791 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.464 0 0.000 1.244 3.125 90.909 71.364 2.097 LGA N 207 N 207 1.356 0 0.079 0.448 2.187 61.818 54.773 1.738 LGA G 208 G 208 1.736 0 0.062 0.062 2.298 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.406 0 0.038 0.268 2.688 65.455 54.949 2.688 LGA D 210 D 210 1.335 0 0.062 0.998 3.025 65.455 57.727 3.025 LGA Y 211 Y 211 1.657 0 0.090 0.557 2.041 54.545 56.061 1.456 LGA S 212 S 212 2.268 0 0.685 0.745 6.072 34.545 23.939 6.072 LGA Y 213 Y 213 2.975 0 0.222 1.461 14.606 38.636 13.030 14.606 LGA A 215 A 215 1.013 0 0.224 0.241 1.999 86.818 79.636 - LGA I 216 I 216 0.456 0 0.035 0.199 0.512 95.455 95.455 0.442 LGA A 217 A 217 0.163 0 0.048 0.061 0.316 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.418 0 0.061 0.133 1.279 100.000 91.212 1.279 LGA H 219 H 219 0.400 0 0.027 0.092 0.631 100.000 94.545 0.519 LGA L 220 L 220 0.343 0 0.006 0.092 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA T 221 T 221 0.248 0 0.024 0.040 0.583 95.455 97.403 0.209 LGA N 222 N 222 0.515 0 0.032 0.093 0.821 86.364 88.636 0.334 LGA L 223 L 223 0.773 0 0.046 0.052 1.170 81.818 77.727 1.024 LGA Q 224 Q 224 0.804 0 0.071 0.791 3.958 77.727 58.990 3.064 LGA I 225 I 225 0.515 0 0.051 0.098 0.550 90.909 95.455 0.359 LGA P 226 P 226 0.349 0 0.021 0.034 0.532 100.000 97.403 0.434 LGA T 227 T 227 0.217 0 0.033 0.279 0.903 100.000 97.403 0.278 LGA P 228 P 228 0.437 0 0.345 0.359 1.478 91.364 87.273 0.908 LGA S 229 S 229 0.588 0 0.129 0.121 0.815 86.364 84.848 0.668 LGA G 230 G 230 0.594 0 0.000 0.000 0.701 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.481 0 0.176 0.697 2.338 86.818 81.212 2.338 LGA K 232 K 232 0.292 0 0.132 0.751 1.401 95.455 86.263 0.899 LGA R 233 R 233 0.402 0 0.025 1.260 7.322 100.000 52.397 7.322 LGA W 234 W 234 0.139 0 0.136 0.173 0.585 95.455 96.104 0.335 LGA N 235 N 235 1.149 0 0.082 1.096 3.353 77.727 65.682 1.197 LGA Q 236 Q 236 0.817 0 0.034 0.814 3.749 81.818 70.707 0.353 LGA Y 237 Y 237 0.617 0 0.029 0.311 2.038 86.364 73.030 2.038 LGA T 238 T 238 0.459 0 0.015 0.139 0.734 100.000 94.805 0.734 LGA I 239 I 239 0.247 0 0.010 0.060 0.310 100.000 100.000 0.310 LGA K 240 K 240 0.443 0 0.100 0.414 1.967 90.909 82.828 1.967 LGA A 241 A 241 0.708 0 0.174 0.184 1.493 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.242 0 0.051 0.066 0.935 100.000 90.909 0.935 LGA L 243 L 243 0.098 0 0.000 0.128 0.351 100.000 100.000 0.147 LGA Q 244 Q 244 0.276 0 0.155 0.547 2.346 86.818 76.566 2.146 LGA N 245 N 245 0.270 0 0.000 0.133 0.566 100.000 97.727 0.566 LGA E 246 E 246 0.268 0 0.000 0.306 0.936 100.000 93.939 0.936 LGA V 247 V 247 0.085 0 0.030 0.102 0.245 100.000 100.000 0.245 LGA Y 248 Y 248 0.286 0 0.033 0.096 0.913 100.000 93.939 0.913 LGA I 249 I 249 0.437 0 0.041 0.058 0.595 95.455 95.455 0.545 LGA G 250 G 250 0.130 0 0.018 0.018 0.283 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.263 0 0.066 0.090 0.349 100.000 100.000 0.191 LGA V 252 V 252 0.250 0 0.039 0.085 0.542 95.455 97.403 0.424 LGA K 253 K 253 0.382 0 0.036 0.169 1.177 95.455 88.081 1.177 LGA Y 254 Y 254 0.568 0 0.047 0.505 3.041 90.909 68.333 3.041 LGA K 255 K 255 0.558 0 0.256 0.911 5.792 74.091 48.889 5.792 LGA V 256 V 256 0.577 0 0.091 0.143 0.627 90.909 87.013 0.583 LGA R 257 R 257 0.315 0 0.084 1.266 6.074 90.909 57.355 5.234 LGA E 258 E 258 0.316 0 0.026 1.673 6.896 95.455 54.343 6.896 LGA K 259 K 259 0.660 0 0.025 0.286 2.120 81.818 73.333 2.120 LGA T 260 T 260 0.880 0 0.026 0.096 1.284 81.818 74.805 1.084 LGA K 261 K 261 0.808 0 0.095 0.879 4.798 81.818 60.808 4.798 LGA D 262 D 262 1.602 0 0.058 0.298 2.477 51.364 46.364 2.477 LGA G 263 G 263 1.283 0 0.119 0.119 1.344 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.219 0 0.000 0.477 2.263 65.455 59.192 2.263 LGA R 265 R 265 0.734 0 0.039 0.973 4.146 77.727 53.223 3.808 LGA T 266 T 266 0.937 0 0.048 0.159 1.205 81.818 77.143 0.994 LGA I 267 I 267 0.978 0 0.099 0.150 1.583 70.000 67.727 1.499 LGA R 268 R 268 1.018 0 0.000 0.976 3.862 69.545 54.711 2.314 LGA P 269 P 269 1.368 0 0.023 0.030 1.454 65.455 65.455 1.372 LGA E 270 E 270 1.673 0 0.025 0.764 3.026 50.909 43.232 2.644 LGA K 271 K 271 1.851 0 0.132 0.677 4.561 47.727 36.162 4.561 LGA E 272 E 272 1.233 0 0.179 0.357 2.103 61.818 59.192 1.287 LGA Q 273 Q 273 1.236 0 0.084 0.166 1.807 61.818 63.838 1.218 LGA I 274 I 274 0.736 0 0.041 0.130 1.247 81.818 79.773 1.247 LGA V 275 V 275 0.440 0 0.026 0.067 0.534 100.000 97.403 0.434 LGA V 276 V 276 0.298 0 0.000 0.041 0.411 100.000 100.000 0.347 LGA Q 277 Q 277 0.245 0 0.050 1.100 3.952 100.000 72.121 3.237 LGA D 278 D 278 0.170 0 0.032 0.414 1.476 100.000 93.409 1.476 LGA A 279 A 279 0.195 0 0.033 0.047 0.252 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.115 0 0.036 0.111 0.299 100.000 100.000 0.299 LGA A 281 A 281 0.252 0 0.000 0.000 0.332 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.248 0 0.037 0.058 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA I 283 I 283 0.425 0 0.029 0.055 0.539 95.455 97.727 0.393 LGA I 284 I 284 0.428 0 0.020 0.125 0.487 100.000 100.000 0.324 LGA D 285 D 285 0.958 0 0.125 0.988 3.527 77.727 61.136 1.569 LGA K 286 K 286 0.882 0 0.113 0.319 1.370 77.727 78.182 1.370 LGA E 287 E 287 0.965 0 0.058 0.609 2.145 77.727 66.263 2.145 LGA Q 288 Q 288 0.690 0 0.000 0.698 2.421 81.818 76.970 0.825 LGA F 289 F 289 0.655 0 0.051 0.123 0.824 81.818 81.818 0.813 LGA Q 290 Q 290 0.930 0 0.000 0.517 3.218 81.818 62.828 1.841 LGA Q 291 Q 291 0.648 0 0.000 0.283 0.968 81.818 81.818 0.968 LGA S 292 S 292 0.517 0 0.083 0.667 2.200 81.818 74.545 2.200 LGA Q 293 Q 293 0.834 0 0.045 0.224 1.106 77.727 78.182 1.023 LGA V 294 V 294 0.980 0 0.052 0.077 1.197 77.727 77.143 0.892 LGA K 295 K 295 0.556 0 0.132 0.285 1.447 77.727 86.061 0.470 LGA I 296 I 296 0.944 0 0.063 0.129 1.496 73.636 75.682 0.866 LGA A 297 A 297 1.674 0 0.107 0.134 2.351 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.913 0 0.123 0.767 2.372 62.273 66.591 2.372 LGA K 299 K 299 3.749 0 0.359 0.965 14.546 31.818 14.141 14.546 LGA V 300 V 300 2.302 0 0.127 0.132 4.642 38.636 24.675 4.401 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.932 0.904 1.884 84.620 78.276 64.034 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.706 13.086 LGA_LOCAL RMSD: 0.932 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.932 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.932 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.698103 * X + -0.713842 * Y + 0.055512 * Z + 155.058136 Y_new = -0.712837 * X + -0.685654 * Y + 0.147451 * Z + 152.571732 Z_new = -0.067195 * X + -0.142507 * Y + -0.987510 * Z + 141.760040 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.795841 0.067246 -2.998273 [DEG: -45.5983 3.8529 -171.7884 ] ZXZ: 2.781530 2.983379 -2.700985 [DEG: 159.3699 170.9350 -154.7551 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS014_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS014_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.706 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS014_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 152.949 187.136 153.509 1.00 91.11 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.206 187.774 154.598 1.00 91.11 C ATOM 2722 C GLY 165 150.680 187.621 154.506 1.00 91.11 C ATOM 2723 O GLY 165 149.967 188.315 155.226 1.00 91.11 O ATOM 2724 N LYS 166 150.154 186.733 153.646 1.00 90.97 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.722 186.378 153.645 1.00 90.97 C ATOM 2728 C LYS 166 148.398 185.604 154.944 1.00 90.97 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.332 185.591 152.366 1.00 90.97 C ATOM 2732 O LYS 166 149.184 184.758 155.382 1.00 90.97 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.569 186.324 151.018 1.00 90.97 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.223 185.479 149.762 1.00 90.97 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.404 186.274 148.448 1.00 90.97 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.216 185.473 147.193 1.00 90.97 N ATOM 2746 N TRP 167 147.233 185.840 155.548 1.00 92.95 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.754 185.157 156.757 1.00 92.95 C ATOM 2750 C TRP 167 145.968 183.886 156.404 1.00 92.95 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.930 186.120 157.613 1.00 92.95 C ATOM 2754 O TRP 167 144.956 183.923 155.707 1.00 92.95 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.464 185.541 158.915 1.00 92.95 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.266 184.952 159.141 1.00 92.95 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.173 185.503 160.194 1.00 92.95 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.335 184.869 161.156 1.00 92.95 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.431 185.960 160.643 1.00 92.95 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.190 184.556 160.462 1.00 92.95 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.973 185.169 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PRO 173 142.763 188.061 165.652 1.00 94.27 C ATOM 2839 C PRO 173 141.842 189.258 165.920 1.00 94.27 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.231 188.426 165.904 1.00 94.27 C ATOM 2843 O PRO 173 141.551 190.025 165.010 1.00 94.27 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.967 187.730 164.761 1.00 94.27 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.973 187.825 163.614 1.00 94.27 C ATOM 2850 N TYR 174 141.454 189.454 167.181 1.00 95.52 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.739 190.656 167.628 1.00 95.52 C ATOM 2854 C TYR 174 141.499 191.928 167.243 1.00 95.52 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.607 190.584 169.148 1.00 95.52 C ATOM 2858 O TYR 174 142.726 191.942 167.345 1.00 95.52 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.681 191.609 169.767 1.00 95.52 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.196 192.628 170.588 1.00 95.52 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.291 191.499 169.575 1.00 95.52 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.321 193.533 171.218 1.00 95.52 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.412 192.379 170.231 1.00 95.52 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.078 194.244 171.694 1.00 95.52 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.926 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